Six mois ont passé depuis que les missiles ont rasé Atlanta et Philadelphie de la carte. Aaron, Miles et Rachel vivent désormais au Texas chez le père de Rachel, le docteur Gene Porter. Rongée par la culpabilité, celle-ci se remet lentement des événements survenus à la Tour. Elle se sent responsable de cet holocauste nucléaire qui a coûté la vie à tant de personnes. Charlie est quant à elle partie seule à la traque de Monroe. Quant à Neville, accompagné de son fils Jason, il parcourt les camps de réfugiés dans l'espoir de retrouver son épouse disparue.

A Willoughby, au Texas, Aaron revient mystérieusement à la vie après rendu son dernier souffle quelques heures auparavant. La petite communauté est en état d'alerte après l'assassinat de leur shérif. Retenu captif, Mike est en danger et Rachel décolère que personne ne tente de le sauver... En traquant Monroe, Charlie se retrouve dans une mauvaise passe. Quant à Neville, il a bien l'intention d'infiltrer le nouveau gouvernement qu'il soupçonne d'avoir commandité l'envoi des bombes, et donc être responsable de la mort de son épouse...

Rachel prend d'énormes risques pour sauver Miles. Dans leur fuite, ils embarquent l'épouse malade du chef de la tribu. Pendant ce temps, alors qu'il tentent de s'infiltrer parmi les patriotes, Neville et son fils se font agresser par des réfugiés. Charlie, elle, est toujours sur la piste de Monroe avec Adam, le chasseur de primes...

Alertée que la tête de sa mère est mise à prix, Charlie se remet en route vers le Texas. Monroe tient à l'accompagner malgré leurs différends. Rachel, elle, grièvement blessée, se réveille après quelques jours d'un repos réparateur. Elle découvre que les patriotes ont investi la ville qu'ils protègent désormais des hommes de Titus. Peut-elle réellement faire confiance à ce nouveau gouvernement ? Elle remet en cause aussitôt leurs réelles motivations...