Een onbekende groep neemt Phil Coulson, Melinda May, Daisy Johnson, Jemma Simmons, Alphonso "Mack" MacKenzie en Yo-Yo Rodriguez gevangen. Ze bevinden zich op een mysterieus schip in de ruimte. Dit is nog maar het begin van de nachtmerrie die hen te wachten staat.

Een onbekende groep neemt Phil Coulson, Melinda May, Daisy Johnson, Jemma Simmons, Alphonso "Mack" MacKenzie en Yo-Yo Rodriguez gevangen. Ze bevinden zich op een mysterieus schip in de ruimte. Dit is nog maar het begin van de nachtmerrie die hen te wachten staat.

Daisy besluit dat ze Simmons zal redden, zelfs als het betekent dat ze hiervoor alles op het spel moet zetten. Tijdens een ruimtevlucht hebben Coulson, May, Mack en Tess moeite met de aantekeningen van Virgil.

Coulson en het team ontdekken wat de ware bedoelingen van hun ontvoerders zijn. Daarnaast ontdekken ze dat in de ruimte is ontsnappen geen optie.

Met hulp van Lance Hunter zal niets Fitz ervan weerhouden om het verloren team te vinden. De reden van de mysterieuze reis van Fitz wordt onthuld.

Met het leven van Daisy op het spel probeert een onverwachte vriend haar te redden. Flint wordt door Yo-Yo opgenomen in het team. Grill weet het team op te sporen.

Net als het team herenigt, worden ze ten prooi aan een ongeslagen Kree-krijger, die erop uit is om hen allemaal te doden. Daisy, Fitz en Simmons dat het station wordt onderhouden door gravitonium.

Coulson en het team ontdekken dat de meest onverwachte persoon uit het verleden van S.H.I.E.L.D. de sleutel kan zijn om de vernietiging van de aarde te voorkomen.

Het team heeft nog een laatste kans om terug te keren naar de tijdlijn, maar hun daden kunnen dodelijke gevolgen hebben. Enoch blijft achter op Zephyr.

Coulson en het team willen de koers van het lot van de mensheid herschrijven. Ze weten niet dat hun inspanningen het leven van een S.H.I.E.L.D.-agent dramatisch zullen veranderen.

Met behulp van gravitonium creëert Fitz een apparaat dat in staat is om de kloof te dichten. Coulson onthult eindelijk de mysterieuze deal die hij met Ghost Rider maakte, die iedereen in het SHIELD-team zal treffen.

Wanneer de kloof zich opnieuw begint te openen, stuurt Fitz het team op zoek naar meer gravitonium. Het team jaagt op een voorsprong in Baton Rouge. Mack herenigt zich met zijn schoolmaatje.

Terwijl Fitz en Simmons racen om een ​​manier te vinden om de Rift te verzegelen, worden ze geconfronteerd met één van hun grootste gemanifesteerde angsten.

Coulson onthult de de geheimen van generaal Hale. Het zou het einde van de wereld kunnen zijn als S.H.I.E.L.D. haar niet helpt. In het heden slaagt Hale er niet in om een ​​recent ontwaakte Talbot te overtuigen om Hydra-smokkelwaar af te staan.

Coulson wordt gedwongen om samen te werken met verrassende bondgenoten om de wereld te redden, terwijl het S.H.I.E.L.D.-team hem probeert op te sporen en te redden.

Terwijl het leven van een agent in de balans blijft hangen, proberen Fitz, Simmons en Yo-Yo een wapen te neutraliseren dat een rol zou kunnen spelen bij de vernietiging van de aarde.

Het team moet een manier vinden om Ruby te stoppen, voordat de geprofeteerde kettingreactie, die de aarde kan vernietigen, in gang wordt gezet.

Het team komt vast te zitten en wordt onder vuur genomen bij de vuurtoren. Terwijl Coulson, May, Mack, Fitz en Deke de controlekamer verdedigen, haalt Yo-Yo Talbot op en gaat verder naar het laboratorium waar Simmons, Piper en Davis het gravitonium bewaken.

Een pas opgerichte Talbot neemt Coulson mee om de vijand te ontmoeten en probeert de vernietiging van de aarde af te wenden.

Wanneer een bewusteloze Daisy wordt vervoerd, communiceert Taryan met haar via een apparaat. Daisy vernietigt het apparaat, wordt wakker en weet vervolgens haar ontvoerders te slim af te zijn.

Coulson's leven of dood is de uitdaging waar het team in verkeert, omdat de verkeerde beslissing de vernietiging van de aarde zal veroorzaken.