조직 재정비에 분주한 콜슨. 부정적 시선과 제한된 자원을 극복하고 쉴드 재건에 성공할 수 있을까. 일단 치명적 무기 오벨리스크가 하이드라에 넘어가는 일부터 막아라!

헌터가 잡혀갔다. 이제 그의 입에 조직의 사활이 걸린 상황. 그 사이 메이는 오벨리스크를 가져간 크릴을 쫓고. 피츠도 나름대로 방법을 찾지만 아직은 몸이 따라주질 않는다.

늘 쉴드보다 발빠르게 능력자를 포섭하는 하이드라. 냉각 능력이 있는 도니만큼은 우리가 영입한다! 하이드라 상부에 불려간 시몬스는 무사히 심문을 통과할 수 있을까.

하이드라의 비밀을 풀어줄 그림을 훔쳐라. 자선 파티에 위장 침투해 작전을 펼치는 콜슨과 메이. 그런데 현장에서 탤벗 장관을 마주쳤다. 같은 목적인가, 아니면 함정인가.

살아남으려면 오벨리스크가 절실하다. 진퇴양난에 빠진 레이나. 그러나 좌절도 잠시, 우연히 시몬스가 쉴드와 내통하는 장면을 포착한 뒤 콜슨을 찾아가 거래를 제안한다.

하이드라가 쉴드를 사칭해 UN 총회장을 습격하면서 세계가 쉴드에 등을 돌린다. 이를 기회로 상원 의원이 쉴드 폐쇄에 나서는데. 사방이 적인 지금, 콜슨에게 남은 카드는?

시체로 발견된 전직 쉴드 요원들. 몸에는 하나같이 외계 문양이 새겨져 있다. 연이어 드러나는 또 하나의 공통점. 이로써, 콜슨을 괴롭히던 퍼즐이 온전한 모습을 드러내는가.

문제도 해법도, 역사가 알려주리니. 팀은 오벨리스크의 열쇠를 찾아 옛 하이드라 수장의 흔적을 파헤치고, 워드는 형을 납치해 어린 시절 끔찍한 기억의 장소로 끌고 간다.

도시를 찾았다. 이제 사원에 진입해 자물쇠만 찾으면 된다. 이때 하이드라가 레이나를 노린다는 소식이 전해지고, 콜슨은 스카이를 메이와 함께 구출 작전에 내보낸다.

뜻밖의 인물과 재회하는 스카이. 그가 털어놓는 충격적인 진실 앞에서 혼란과 고민이 커져만 가고. 폭파 작전을 준비하던 팀은 하이드라의 예사롭지 않은 움직임을 감시한다.

팀원들이 각자의 방식으로 슬픔을 이겨내는 사이, 격리된 스카이는 생소한 자기 모습에 적응하려 애쓴다. 수장이 사라진 하이드라는 혼란을 딛고 다시 일어설 수 있을까.

레이디 시프가 발견됐다. 누군가와 싸우다 기억을 잃었다는데, 이번엔 누구를 잡으러 지구에 왔나. 맥과 비밀리에 다음 작전을 계획하는 바비는 헌터가 자못 신경 쓰인다.

조용하고 민첩한 칼의 움직임 속에 쉴드의 적대 세력이 속속 집결한다. 명단에 오르면서 정신감정이 필요해진 스카이. 이를 위해 메이가 신뢰할 만한 적임자를 찾아간다.

워드와 함께 마스크 복구에 나선 33 요원. 드디어 진짜 얼굴을 드러내는가. 팀에서는 스카이 문제로 의견이 갈린 가운데, 맥이 진짜를 보여준다며 헌터를 어디론가 데려간다.

쉴드가 붕괴하던 날, 대체 무슨 일이 있었나. 바비와 맥을 여기까지 오게 했던 전말이 드러난다. 스카이는 은신처에서 새로운 능력과 분투하던 중 미지의 손님을 맞이한다.

팀원들을 전방위로 압박하는 곤잘레스. 콜슨과 헌터는 스카이를 찾아 나서지만 단서가 없어 막막하다. 같은 시각, 스카이는 낯선 곳에서 특별한 '치료'를 받으며 눈을 뜬다.

7년 전 그날을 어찌 잊을까. 쉴드에서 벌어지는 내분을 보며 고통스러운 기억을 떠올리는 메이. 스카이는 훈련을 통해 능력을 발굴하면서 묘한 희열과 안도감에 휩싸인다.

하이드라 침투에 사활을 건 콜슨과 헌터. 성공할 수 있다면 누구와도 손잡을 수 있다. 악마라 할지라도. 떠나는 칼을 따라나선 스카이는 다시금 원치 않는 전쟁에 휘말린다.

링컨이 어딘가 갇혀서 다쳤다는, 레이나의 생생한 꿈 이야기가 그대로 현실로 나타났다! 콜슨은 사령관을 찾아가 동맹을 제안한다. 적의 적은 동지가 아니던가.

가까운 팀원마저 몰랐던 콜슨의 비밀 병기. 덕분에 분열했던 쉴드 조직이 일대 전기를 맞이한다. 그러나 스카이는 쉴드와 인휴먼의 대립을 지켜보며 딜레마에 빠진다.

전쟁이다! 회담이 깨지자 쉴드를 공격하는 스카이와 인휴먼들. 그러나 수상한 낌새를 감지한 콜슨은 무력 대응을 저지하고, 자잉 측이 넘긴 '평화의 선물'에 주목한다.

결국 쉴드 항모가 점령됐다. 자잉은 콜슨 팀을 유인하려 구조 요청을 보내고, 워드는 바비를 미끼로 메이와 헌터를 불러들인다. 절정으로 치닫는 전쟁, 그 결말은?