L'équipe est enlevée par un mystérieux commando dirigé par un homme revêtu d'une peau humaine. Mis en présence d'un étrange monolithe, ils sont tous téléportés sur une station spatiale à l'exception de Fitz.

Sur la station, les agents du SHIELD cherchent des réponses à leur présence en ces lieux. Coulson part pour la cabine de Virgil tandis que les autres cherchent à voler une tablette Kree grâce aux talents de voleuse de Yoyo.

Coulson et l'équipe veulent découvrir pourquoi Virgil les a fait venir du passé et cherchent donc à décrypter ses documents secrets mais Grill, le trafiquant, se méfie d'eux et envoie un de ses hommes les espionner.

Daisy découvre à son tour le sort réservé aux Inhumains par Kasius grâce à Ben, un Inhumain ayant la capacité de lire dans les esprits, mais l'arrivée de la Destructrice de mondes laisse songeur le Kree qui craint que la prophétie humaine du retour du SHIELD ne soit vraie.

En 2017, Fitz est laissé seul alors que les Kree ont envoyé ses amis dans le futur. Arrêté par l'armée, il accepte de collaborer avant de retrouver le responsable : Enoch, un Chronicom qui suit les visions d'une jeune Inhumaine.

Kasius organise son grand tournoi pour vendre ses meilleurs Inhumains, l'occasion qu'il attendait pour quitter la station humaine. Parmi les invités se trouve Fitz, auréolé d'une réputation de tueur impitoyable construite par Enoch et décidé à sauver ses amis.

Fitz, Simmons et Daisy sont en fuite. Kasius veut se charger de les récupérer mais Faulnak, son frère venu pour la vente tient à envoyer son meilleur homme. Coulson, Elena et Mack cherchent à cacher Flint, le jeune Inhumain, tout en cherchant un moyen de retourner sur ce qu'il reste de la Terre.

Les anciens du SHIELD rejoignent les survivants à la surface de ce qu'il reste de la Terre, où ils retrouvent Robin, maintenant âgée de près de 90 ans, mais toujours sujette à sa vision troublée du temps. May est la plus à même de communiquer avec la voyante et comprendre enfin pourquoi ils ont été envoyés dans le futur. Dans la station, Kasius décide de laisser les cafards massacrer les humains, et seuls Flint, Elena et Mack peuvent les arrêter.

Mack et Elena organisent la résistance humaine avec Flint, or le jeune Inhumain se montre un peu trop enthousiaste et tête brûlée pour Mack. Sur Terre, May est encore troublée par les révélations de Robin, mais une tempête arrive et Fitz et Simmons pensent que le Quinjet est prêt pour décoller.

Les agents du SHIELD ont leur plan pour retourner à leur époque : utiliser le pouvoir de Flint pour recréer un monolithe après avoir évacué les derniers humains de la station. Mais Kasius les attend, alerté par sa mystérieuse voyante, et quand il découvre que Sinara a été tuée, il compte utiliser les moyens les plus désespérés pour tuer ses ennemis.

L'équipe du SHIELD est revenue en 2018 au Phare, accueillie par Noah, un autre Chromicom. À peine revenus sur une Terre plus accueillante, ils découvrent que les événements menant au futur de Kasius se produisent : le signal appelant les Kree a été activé, et la générale Hale attend le retour des agents devenus ennemis publics.

L'explosion de la balise près des trois monolithes a créé une brèche dans l'espace-temps, vers une dimension générant des manifestations des peurs des agents présents. Pour aller la refermer, Coulson est prêt à se sacrifier, ayant pris conscience que les événements menant à la destruction du monde ont commencé et qu'il est déjà mourant.

L'équipe du SHIELD a besoin de plus de gravitonium pour fermer la brèche, mais le matériau a été perdu depuis la fin de Cybertek et HYDRA. Werner von Strucker a été récupéré par la générale Hale, qui veut utiliser sa mémoire éidetique pour déterrer les secrets d'HYDRA.

Grâce à l'agent Piper, Coulson parvient à capturer la générale Hale et la confronter sur ses véritables intentions, mais la militaire a des alliés puissants et connus du SHIELD. Fitz ne parvient pas à résoudre le problème du gravitonium pour fermer la faille. La solution lui apparait soudain, des mots de son double de la Charpente, le Dr Fitz de HYDRA.

Coulson a été emmené dans la base secrète de Hale où elle tente de lui expliquer son plan : depuis sa jeunesse, elle a été formée par l'HYDRA, mais le combat contre le SHIELD l'a amené à devenir la dernière représentante de l'organisation, et donc la dernière à connaitre l’existence d'un pacte avec la Confédération, une alliance extraterrestre qui protège la Terre d'une invasion imminente.

Pour retrouver Coulson, Daisy veut utiliser le pouvoir de Robin Hinton. Elle confie la base à Mack, mais Fitz, Simmons et Yo-yo, qui savent qu'ils survivront à la destruction de la Terre, vont avoir leur propre plan. Dans le repaire de l’HYDRA, Coulson planifie son évasion avec Carl Creel, alors que Ruby et Werner von Strucker progressent dans leur plan.

Coulson et Talbot se sont enfuis grâce au téléporteur de Hale, mais bien que Daisy arrive pour les sauver, Ruby est également à leurs trousses. Fitz, Simmons et Yo-yo sont partis prendre d'assaut une usine gardée par les hommes du Supérieur, où Hale garde ses secrets.

Ruby et Werner von Strucker détiennent Fitz et Simmons, forcés d'achever l’infuseur de gravitonium pour la tueuse de l’HYDRA. Daisy et May se chargent de les retrouver avant qu'il ne soit trop tard. Mais dans la base du Phare, dans le dos de Coulson, Mack et Deke, Talbot remplit une mission, endoctriné par l'HYDRA.

La mort de Ruby et la disparition de la générale Hale laisse le SHIELD dans le doute sur les changements à venir pour le futur et avec toutes les tensions dans l’équipe irrésolues. Ils se préparent à déplacer le gravitonium quand Qovas, l'allié Remorath de la générale Hale, lance son attaque contre le Phare. Daisy est partie à temps, à la recherche des projets de Cybertek qui pourraient sauver Coulson.

Devenu surpuissant par le gravitonium, Talbot se rend sur le vaisseau Remorath et se sent prêt à défier la Confédération avec Coulson. Sur Terre, Daisy revient avec de quoi relancer le projet Centipede et constate les divisions profondes entre les membres du SHIELD.

Talbot devient incontrôlable et impossible à arrêter dans sa quête pour obtenir plus de gravitonium, tuant quiconque se met sur son chemin. Coulson, May et Daisy sont toujours prisonniers des derniers membres de la Confédération et leur seul renfort est Deke. Fitz et Simmons essaient de mettre au point une version du sérum Centipède qui pourrait sauver Coulson.

Graviton a trouvé grâce à Robin un gisement de gravitonium au cœur de Chicago. La ville subit des tremblements de terre violents. Alors que l'équipe choisit d'utiliser le sérum Centipède pour sauver Coulson, ce dernier donne discrètement le sérum à Daisy pour qu'elle aille affronter Talbot.

Dans l'espace, Daisy, Simmons et les agents Davis et Piper essaient de retrouver le conteneur de Fitz, alors en stase cryogénique dans un vaisseau mais détruit par une force inconnue. Sur Terre, Mack a repris la reconstitution du SHIELD un an après la mort de Coulson. Si une équipe de terrain a été formée et enrôlée par May, il reste à embaucher des scientifiques pour enquêter sur les phénomènes de distorsion de la réalité qui apparaissent ponctuellement à travers le monde.

Le SHIELD continue de traquer la mystérieuse équipe menée par un double de Coulson, dont ils ignorent l'origine et les motivations. Ils les suivent vers une bijouterie, intéressés par les pierres précieuses comme source d'énergie. Fitz survit avec Enoch sur un vaisseau Sivas en prenant leur apparence mais sa couverture va être découverte.

Fitz et Enoch sont abandonnés sur la planète Kitson avec pour seul paiement un jeton pour le casino de la planète, connue pour être un repère de criminels. Daisy et Simmons rejoignent la planète à leur tour, mais y débarquent dans un état second et avec un tueur à leurs trousses.

Sarge et son équipe traquent des personnes a priori sans histoire et utilisent un poignard pour les changer en cristaux. Leur prochaine cible est Deke Shaw, devenu chef d'une start-up exploitant des technologies du SHIELD. Keller et Yo-Yo évoquent l'idée de parler de leur relation à Mack.

Sur Terre, May a été capturée par le commando de Sarge, intrigué par le fait qu'elle semble le connaître mais surtout décidé à la recruter dans sa mission. Dans l'espace, le vaisseau de Daisy et Simmons est intercepté par les Chronicoms détenant Fitz et voulant obtenir le secret du SHIELD : le moyen de voyager dans le temps pour sauver leur planète.

Les Chronicoms ont placé Fitz et Simmons dans un simulateur de réalité virtuelle où leurs esprits vont fusionner afin de percer le secret du voyage dans le temps. Enoch sent les dégâts venir : les souvenirs et les secrets des deux amoureux vont se manifester et tordre les moments de leurs retrouvailles.

Sarge, Snowflake et Jaco sont amenés au Phare mais refusent de coopérer pour combattre les Shrike, laissant Mack et Daisy gérer leur capture. Fitz, Simmons et Enoch ont fui les Chronicoms pour se retrouver malgré eux sur Kitson, où ils sont toujours recherchés.

Afin de faire face à la bête de la Galaxie qui mange les planètes, l'équipe sur Terre demande de l'aide mais au mauvais endroit... De retour sur la comète Lazy, il se passe quelque chose de bizarre avec l’équipage d’Izel...

Pas le temps pour l’équipe de rattraper son retard, il y a une planète à sauver !

May a abattu Sarge de sang froid. Toute l'équipe du SHIELD est stupéfaite mais prend conscience peu à peu que ce geste ne ressemble pas à l'agent. Quand elle affirme quelques heures plus tard ne pas se souvenir de ses aveux, l'équipe réalise qu'Izel se cache parmi eux. Simmons se charge du corps de Sarge et à sa grande surprise, il se régénère.

Izel manipule Mack et Yo-Yo pour obtenir l'emplacement du temple des Shrike et ils finissent par révéler que seul le Dr Benson l'a localisé. Au Phare, alors que Fitz, Simmons et Deke cherchent un moyen de se protéger des Shrike et de tuer Izel, May et Daisy essaient de déterminer si Sarge est une arme à tenir loin d'Izel ou une réincarnation de Coulson.

Face au court laps de temps qu'ils disposent, les membres de l'équipe devront aller en enfer et puis revenir afin de stopper les événements. Qui survivra ?

Face au court laps de temps qu'ils disposent, les membres de l'équipe devront aller en enfer et puis revenir afin de stopper les événements. Qui survivra ?

Simmons explique rapidement la situation : le Zephyr a été modifié avec la technologie Chronicom pour les suivre dans le temps afin de les empêcher de détruire le SHIELD. Elle présente à Mack et à Daisy une version LMD de Coulson, qui se débat avec son existence et ses deux années d'aventures que le SHIELD a traversé sans lui. L'équipe, réduite avec May dans le coma et Yo-Yo ayant perdu la maîtrise de ses pouvoirs, part enquêter sur la mort de trois policiers, laissés sans visage.

Mack et Deke éloignent Freddy des policiers Chronicoms, ignorant ses liens avec HYDRA, mais ils insistent pour qu'ils restent avec lui jusqu'à ce qu'ils soient sûrs qu'il est à l'abri des Chronicoms. Alors que les trois hommes montent dans un train jusqu'au point de rendez-vous, Mack et Deke essaient de comprendre pourquoi les Chronicoms s'intéressent vraiment à lui. Pendant ce temps, Simmons et Yo-Yo se rendent au speakeasy d'Ernest Koenig pour que Simmons puisse s'occuper de Viola.

L'équipe a dû laisser Enoch en 1931 pour suivre les Chronicoms en 1955 près de la Zone 51, l'une des premières bases du SHIELD. L'équipe pense que le plan des Chronicoms implique le projet Helius, une première tentative de construction d'un générateur de fusion ionique qui, selon eux, permettrait aux Chronicoms de détruire le Zephyr, empêchant le SHIELD de les suivre à une autre période. Mais l'infiltration de la base est mise à mal par l'arrivée de Daniel Sousa.

Coulson reprend conscience après l'EMP le 22 juillet 1955. Avec un bug dans son système qui lui montre la réalité comme un film noir, il sait qu'à la fin de la journée, Daniel Sousa sera abattu après avoir livré un paquet pour Howard Stark à Los Angeles. Le SHIELD doit faire avec les maigres indices laissés par les Chronicoms pour maintenir le cours de l'histoire mais la question de sauver l'agent qui inspirera des générations d'agents après lui se pose.

Le Zephyr a amené le SHIELD en 1973, où les agents découvrent que les Chronicoms ont également commencé à faire de grands changements dans la temporalité : Wilfred Malick est encore en vie et s'apprête à lancer le projet INSIGHT avec quarante ans d'avance. Daniel Sousa accepte difficilement sa situation d'homme hors du temps. Simmons commence à se déphaser avec les améliorations Chronicoms intégrées dans son corps.

Coulson et May sont capturés et amenés devant Rick Stoner, sceptique quand ils tentent de le convaincre que les Chronicoms ont infiltré la base et le projet Insight. Mack et Yo-Yo ont dû révéler l'emplacement du Zephyr pour sauver les parents de Mack, détenus dans une cellule du Phare. Le Zephyr est endommagé par un tir du SHIELD mais Simmons ne parvient pas à se souvenir du moyen de le réparer et Enoch doit intervenir. Daisy et Sousa sont retenus par Nathaniel Malick, désireux d'appliquer les recherches du Dr Whitehall et d'obtenir des pouvoirs Inhumains.

Mack et Deke se retrouvent coincés en 1982 après un départ surprise du Zephyr. Mack s'enferme dans la dépression, ayant vu ses parents tués par les Chronicoms, mais Deke refuse de l'abandonner et tente de remonter une équipe par lui-même. Vingt mois passent et Mack accepte de sortir de chez lui, découvrant que les données de l'esprit de Coulson ont survécu, et donc probablement aussi celles de Sybil.

Mack et Deke remontent dans le Zéphyr mais la situation est critique : le conducteur temporel commence à avoir des dysfonctionnements et les sauts se rapprochent de plus en plus. Seule Yo-Yo pourrait être suffisamment rapide pour le désactiver, aussi, pour retrouver ses pouvoirs, May l'accompagne à l'Afterlife, où Jiaying, encore en vie dans les années 1980, pourrait l'aider.

Daisy se réveille dans un Zéphyr en situation critique : le vaisseau est pris dans une tempête temporelle qui finira par les détruire et les incidents s’enchaînent à bord. Quand la série d'événements recommence, elle réactive Coulson qui est le seul autre membre de l'équipage à avoir conscience que le vaisseau est pris dans une boucle temporelle et que rien ne semble pouvoir permettre d'en sortir.

Dans les années 1980, Nathaniel Garrick continue de recruter des agents du SHIELD que l'équipe de Coulson combattra à l'avenir et leur offre des pouvoirs d'Inhumains. Jiaying vient se réfugier au Phare, provoquant la rencontre avec Daisy que celle-ci voulait éviter.

Kora s'est laissée amener au Phare, affirmant vouloir rejoindre le SHIELD et profiter des changements dans la ligne temporelle pour changer les méthodes de l'agence en recourant au meurtre préventif. Daisy, Sousa et Mack se doutent d'un plan de Sibyl et décident d'agir contre la logique en partant rejoindre le Zéphyr détourné par Nathaniel Malick dans l'espace. Malick fouille les souvenirs contenus de Simmons pour retrouver la seule personne qui pourrait l'arrêter : Fitz.

Alors que les vaisseaux Chronicoms détruisent les infrastructures du SHIELD, Daisy, Sousa et Mack parviennent à atteindre le vaisseau où Jemma et Deke sont retenus. L'implant mémoriel de Simmons se dissout et sa mémoire devient confuse. Sibyl reste confiante mais l'impatience de Nathaniel compromet son plan. Le Phare menace d'être détruit à son tour par John Garrett qui se téléporte à l'intérieur pour y poser des bombes.

Le portail a permis à Fitz de venir de la ligne temporelle originale par le Royaume Quantique. Deke reste pendant que les autres retournent au moment où les Chronicoms ont attaqué le Temple, avec les vaisseaux menés par Sibyl derrière eux. En chemin, Fitz aide Simmons à se rappeler le sens de leur mission et ce qui l'a poussé à suivre le plan d'Enoch.