7年前、コールソンとメイはロシアから逃亡した特殊能力者のベリヤコフを追ってバーレーンに来ていた。彼女と接触中に地元ギャングの邪魔が入りベリヤコフが立てこもる事態に。そこには民間人の少女も巻き込まれていた……。安全な場所で過ごすスカイは、能力を自制できるよう訓練を続けていた。そんな時ガイド役のジャーインから驚愕の事実を聞かされる。

フィッツとシモンズはデイジーを治すための血清を作るが、インヒューマンズの実験台が必要だった。実験台になることを志願したリンカーンは、効果が出る前に免疫系が破壊される危険性を考えたシモンズとコールソンに反対されながら、自ら血清を注射する……。そんな中、顔認証ソフトによりデイジーの所在地が判明し、コールソンはチームを送り込むことを決意。一行はハイヴに買い取られた町サウスワイオミングへ向かう。

洗脳を解かれシールドに戻ったデイジーは、ハイヴについて知る限りの情報を明らかにする。また、ハイヴにATCUから盗まれた弾頭の行方を追っていたコールソンたちは、太平洋上のミサイル格納庫での異変を察知。フィッツがモーションキャプチャーを使って国防総省の高官に化け、ミサイルの発射を停止するコードを入手する。一方、マックたちはタヒチマシンを改良した機械でハイヴに接続し、ハイヴの精神を混乱させる……。

デイジーがソコヴィア協定署名のために上院の審問会に呼ばれる。ナディール側がスタッフ総出で出席するため、シールドはその間にコールソンとエレナが忍び込んで監視用の装置を取り付ける計画を立てる。ところが、その作戦はナディールに筒抜けになっていて、シールドは再び存亡の危機を迎えるはめに。一方、依然としてラドクリフに捕らわれている本物のメイは、脳内世界で脱走のシミュレーションを繰り返していたが……。

テリジェネシスでインヒューマンズとなったデイジーはメイとともに逃亡。その途中、エイダをトリスケリオンの窓から突き落とし、重傷を負わせた。フィッツはニュースキャスターのバクシに命じてデイジーとメイの情報を公開。市民に通報を呼びかける。一方、トリプレットの盗撮してきた図面を見たシモンズは、エイダの真の目的に気付く。そのための装置が現実世界でサペリアーの所有する石油掘削所にあることも判明し……。

人間の体を得たエイダはフレームワーク内のヒドラでの研究によって、インヒューマンズの能力もまた手に入れていた。フィッツをさらってテレポートしたエイダは人間の感情を体験できて大喜びするが、今まで自分が殺してきた人々を思って激しい後悔にさいなまれる。フィッツの訴えを受け入れ、サペリアーにシールドへの攻撃停止を命じるエイダ。しかしエイダが自由意思を持つと同時に、サペリアーも彼女から解放されていて……。