7年前、コールソンとメイはロシアから逃亡した特殊能力者のベリヤコフを追ってバーレーンに来ていた。彼女と接触中に地元ギャングの邪魔が入りベリヤコフが立てこもる事態に。そこには民間人の少女も巻き込まれていた……。安全な場所で過ごすスカイは、能力を自制できるよう訓練を続けていた。そんな時ガイド役のジャーインから驚愕の事実を聞かされる。

デイジーがソコヴィア協定署名のために上院の審問会に呼ばれる。ナディール側がスタッフ総出で出席するため、シールドはその間にコールソンとエレナが忍び込んで監視用の装置を取り付ける計画を立てる。ところが、その作戦はナディールに筒抜けになっていて、シールドは再び存亡の危機を迎えるはめに。一方、依然としてラドクリフに捕らわれている本物のメイは、脳内世界で脱走のシミュレーションを繰り返していたが……。