하이드라의 침투에 기지 곳곳이 무력화된 쉴드. 그래도 콜슨 팀은 아직 무사하다. 정부 기관에서 해체해 버리기 전에 유령처럼 사라질 수만 있다면, 앞으로도 무사하리라.

메시지를 남기고 사라진 팀원들. 누가 적군이고 누가 아군인가. 상황을 파악하려 콜슨과 남은 팀원들이 애쓰는 그때, 비밀 기지에 부대가 들이닥친다. 낯익은 얼굴과 함께.

조직 재정비에 분주한 콜슨. 부정적 시선과 제한된 자원을 극복하고 쉴드 재건에 성공할 수 있을까. 일단 치명적 무기 오벨리스크가 하이드라에 넘어가는 일부터 막아라!

헌터가 잡혀갔다. 이제 그의 입에 조직의 사활이 걸린 상황. 그 사이 메이는 오벨리스크를 가져간 크릴을 쫓고. 피츠도 나름대로 방법을 찾지만 아직은 몸이 따라주질 않는다.

하이드라의 비밀을 풀어줄 그림을 훔쳐라. 자선 파티에 위장 침투해 작전을 펼치는 콜슨과 메이. 그런데 현장에서 탤벗 장관을 마주쳤다. 같은 목적인가, 아니면 함정인가.

하이드라가 쉴드를 사칭해 UN 총회장을 습격하면서 세계가 쉴드에 등을 돌린다. 이를 기회로 상원 의원이 쉴드 폐쇄에 나서는데. 사방이 적인 지금, 콜슨에게 남은 카드는?

팀원들이 각자의 방식으로 슬픔을 이겨내는 사이, 격리된 스카이는 생소한 자기 모습에 적응하려 애쓴다. 수장이 사라진 하이드라는 혼란을 딛고 다시 일어설 수 있을까.

워드와 함께 마스크 복구에 나선 33 요원. 드디어 진짜 얼굴을 드러내는가. 팀에서는 스카이 문제로 의견이 갈린 가운데, 맥이 진짜를 보여준다며 헌터를 어디론가 데려간다.

인휴먼 대책 회의를 앞두고 탤벗에게 손을 내미는 콜슨. 인휴먼 정보를 수집하고 맬릭의 첩자도 찾자고 제안하는데. 이때 탤벗을 뒤따르는 수상한 존재가 감시망에 잡힌다.

기지 재정비가 한창인 가운데, 팀원들이 유전학 전문가를 찾아 루마니아로 향한다. 떠나간 동료를 되찾고 추가 피해를 막을 유일한 해법이 그의 머릿속에 들어 있으므로.

인휴먼 등록제가 발효되면 쉴드는 끝이다. 콜슨이 정부 설득에 나선 동안 하이브 공격을 맡는 메이. 하이브의 최종 목표를 알아낸 다음, 무슨 수를 써서라도 막아야 한다!

모든 무기가 하이브 수중에 있다. 미사일 발사를 무력화하는 데 실패하면 지구 초토화는 시간 문제. 후유증에 시달리는 데이지는 언제쯤 어둠에서 벗어날 수 있을까.

행사장에 저격수가 나타나 소동이 벌어진다. 표적은 국장. 이번엔 총알을 피했지만, 암살 기도가 또 있을지는 아무도 모른다! 피츠는 은밀히 별도의 연구를 시작한다.

국장과 함께 상원 청문회의 참석하는 데이지. 그녀의 답변 하나하나에 쉴드의 운명이 걸렸다! 그 사이 콜슨은 불법을 피하려는 장군의 만류를 뿌리치고 금지된 곳에 잠입한다.

탈출의 기쁨은 그리 오래가지 못했으니. 두고 온 동료와 사라진 동료에다 새로워진 에이다와 기지 공격까지, 숨 돌릴 틈 없는 요원들. 진짜 세계로 돌아온 것을 환영하네!

여전히 갇힌 동료들은 프레임워크가 소멸하기 전에 돌아올 수 있을까. 여전히 다크홀드를 지닌 적들은 또 어떻게 진화할 것인가. 그렇게 쉴드의 운명이 다시금 갈림길에 선다.

헤일 장군이 콜슨에게 협력을 요청하며 야심 찬 프로젝트를 공개한다. 28년 전, 졸업반 우등생이었던 그녀는 무슨 일을 겪었던 걸까. 콜슨은 지금 어떤 선택을 내려야 옳을까.

그래비토늄을 흡수하려 했다가 후유증에 시달리는 크릴. 팀에서는 콜슨을 찾으려는 논의가 한창이다. 시몬스는 피츠를 활용하자고 하지만, 데이지는 그를 믿을 수가 없는데.

영국의 깊은 산속에 떨어진 콜슨과 탤벗. 뒤이어 떠난 루비가 바짝 따라붙는 사이, 팀원들도 각자의 방식으로 콜슨을 추적한다. 우리가 찾을 수 없다면, 그가 우릴 찾게 하자.

루비가 통제를 벗어났다. 피츠와 시몬스를 인질 삼아 폭주하는 소녀, 세계의 파괴자를 자청하는 저 소녀를 막아야 한다! 미래에 우리가 겪었던 그 일들이 현실이 되기 전에.

루비에게 벌어진 일을 두고 요요와 데이지가 갈등을 빚는다. 논쟁이 점차 확산되자 다급히 중재에 나서는 콜슨. 탤벗은 머리에서 맴도는 숫자를 되뇌다가 콜슨에게 달려간다.

탤벗과 함께 외계 전함으로 향하는 콜슨. 새로운 힘을 믿고 기세등등한 탤벗을 보자니 불안감이 엄습하고. 데이지는 비밀 임무를 끝내고 들어오다가 다시 요요와 부딪힌다.

귀에 익은 악몽 같은 이름이 잠든 데이지의 의식을 파고든다. 탤벗은 콜슨과 메이를 전쟁 포로로 던져둔 채 제퍼로 향하고, 피츠는 요요의 경고를 피할 묘수를 제안하는데.

콜슨이 위독하다. 콜슨을 구할 방법도, 탤벗을 막을 방법도 오로지 하나. 선견자의 예언을 따를 것인가. 미래의 경험을 믿을 것인가. 지구의 운명이 걸린 투표가 시작된다.