ソコヴィアの大惨事の後、ジャーインは巨大な石のことを聞かされ、ゴードンとレイナを捜索に行かせる。シールド本部ではスカイが救出されたリンカーンを看護していた。目覚めたリンカーンはスカイに仲間が危険だと告げる。またシールドのメンバーも特殊能力者であるリンカーンたちを脅威と感じていた。コールソンは彼らのリーダーと会談を設けるべく、スカイに仲介を依頼する。

シールドと特殊能力者たちとの会談が始まるが事態は急転する。現場にいたスカイやシールドのメンバーたちは状況を把握できず混乱していた。スカイはレイナの能力を頼って彼女のもとを訪れるが、レイナはやっと答えが見つかったと告げる。一方で偵察に出動したモースとの通信がスペインで途絶え行方不明に。彼女の行方は？

カルはシールドに連行されていたときに謎の薬を飲んでいた。そして彼の身体に変化が始まる……。そのころジャーイン率いる特殊能力者たちは、シールドの空母を襲撃し制圧、さらに世界中のエージェントたちにS.O.S.を発信し、シールドの壊滅を狙う。特殊能力者たちの望みは何か？　コールソンやエージェントたちの運命は？