Coulson fa una serie di esami medici asserendo siano stati ordinatigli dal suo ufficiale medico. Nel frattempo Ward testa una nuova arma stordente sostenendo sia 30 grammi troppo pesante; non appena questi esce dalla stanza Skye, Fitz e Simmons iniziano a fargli il verso. Poco dopo, la squadra è chiamata ad investigare una serie di misteriosi decessi dovuti ad anomalie elettromagnetiche che fanno levitare brevemente il cadavere della vittima. Nonostante l'idea iniziale degli agenti sia quella di una sorta di serial killer superumano, le indagini fanno emergere che, in realtà, si tratta di un virus alieno contratto accidentalmente da tre pompieri che avevano prestato soccorso dopo la battaglia di New York e si erano tenuti come souvenir un elmo chitauriano che li ha infettati al primo tocco. Sebbene l'oggetto venga preso in custodia e la minaccia di un'ulteriore infezione apparentemente scongiurata è Simmons a rimanere contagiata per via di un maldestro contatto con un cadavere. La ragazza, isolata dal resto del gruppo per ragioni di sicurezza, è dunque costretta a lottare per la sua vita cercando di sintetizzare un vaccino mentre Coulson ignora il protocollo di sicurezza che richiederebbe l'eliminazione della giovane. Dopo l'ennesimo ed apparente tentativo fallimentare Simmons, disperata, si getta dall'aereo per non mettere in pericolo i compagni ma Ward si getta a sua volta con un paracadute per recuperarla ed iniettarle il vaccino, che Fitz ha scoperto essere funzionante ad effetto ritardato. Coulson rimprovera Simmons per il suo gesto avventato ma si dice felice che sia salva, mentre Fitz, sconsolato per essere stato preceduto da Ward nell'eroico salvataggio, viene tirato su dall'amica che rivela di ritenere che essergli stata a fianco sia un gesto ben più eroico; non di meno però, essa ringrazia anche Ward il quale rivela ironicamente di essere consapevole dell'imitazione che i due scienziati e Skye fanno di lui.

Deathlok aggredisce gli agenti Garrett e Triplett in un rifugio dello S.H.I.E.L.D. a Sydney, Australia, ma questi riescono fortunosamente a metterlo in fuga. Qualche settimana dopo, Coulson riunisce gli agenti Hand, Sitwell, Garrett, Triplett e Blake per indire una caccia planetaria al Chiaroveggente, che ritiene essere uno degli individui precedentemente indagati dall'organizzazione spionistica quali potenziali dotati di abilità divinatorie. Per poter analizzare i dati di questi soggetti gestendo l'operazione dietro le quinte, dunque, Skye diviene ufficialmente un'agente dello S.H.I.E.L.D.; mentre Sitwell poco dopo l'inizio dell'operazione, viene mandato a bordo di una nave per una missione segreta. Blake e May recatisi nella casa di cura dove risiede Thomas Nash, ex-businessman in stato vegetativo facente parte della lista di sospetti, scoprono che questi è scomparso e vengono attaccati da Deathlok, il quale ferisce gravemente Blake che, però, riesce ad attaccargli un localizzatore. Convinti che Nash sia il Chiaroveggente, Coulson, i suoi uomini, Garrett, e diverse squadre di supporto rintracciano Deathlok fino ad un ippodromo abbandonato, mentre la Hand, scortata all'Hub da Simmons e Triplett, coordina l'operazione. A seguito di un nuovo scontro con il cyborg, che tuttavia riesce a fuggire, gli agenti si trovano faccia a faccia con Nash che, parlando tramite macchine, si arrende dichiarandosi il Chiaroveggente e rivelando che, anche se lo arresteranno, lui li osserverà sempre. Nel momento in cui rivela il suo intento di uccidere Skye per prenderle "qualcosa che possiede" tuttavia, Ward lo fredda con un colpo di pistola in pieno petto e, dunque, viene arrestato per essere giudicato da una commissione disciplinare. Durante il volo di rientro però Coulson, parlando con Skye, capisce che il Chiaroveggente è in realtà un membro dello S.H.I.E.L.D. con un elevato livello di autorizzazione i cui "poteri" derivano dall'aver accesso a tutti i loro fascicoli.

Il gruppo terroristico dei Cani da guardia fa esplodere una struttura dello UCMA a South Bend, Indiana, servendosi di ordigni al nitramene; dopo aver mandato ad indagare Daisy, Fitz e Mack, Coulson si rende conto che il gruppo è stato riorganizzato da blogger conservatori a milizia armata grazie alla guida dell'ex-agente S.H.I.E.L.D. Felix Blake, scomparso poco dopo che gli è stata spezzata la schiena da Deathlok. Nel corso dell'indagine tuttavia Mack è costretto ad allontanarsi dal weekend di vacanza trascorso assieme al fratello Ruben che, seguendolo, scopre la sua attività di agente dello S.H.I.E.L.D. rimanendo profondamente deluso; i fratelli MacKenzie riescono tuttavia a riappianare le loro divergenze dopo aver affrontato insieme una truppa di Cani da guardia che li ha seguiti fino a casa loro. Fitz viene colpito da un membro dei cani da giardia con un composto prossimo esplodere. L'antidoto, che Fitz aveva preparato però non funziona. Riesce poi a salvarsi grazie a dell'azoto liquido. Contemporaneamente Coulson e Lincoln rintracciano la base di Blake trovandovi tuttavia solo una sua comunicazione olografica; poco dopo Daisy e Coulson deducono che l'attacco alla struttura dello UCMA è stato solo un diversivo per rubare qualcosa custodito al suo interno.