De groep weet te ontsnappen en keert terug naar het kamp in de heuvels van Atlanta. Ze laten Merle Dixon achter die Rick heeft vastgeboeid aan het dak wegens een slaande ruzie. Rick ziet voor het eerst weer zijn gezin terug. De jongere broer van Merle Dixon, Daryl, verblijft ook in dit kamp en is vastberaden om zijn broer terug te halen. Rick besluit samen met Daryl, Glenn en T-Dog om Merle op te gaan halen in Atlanta. Lori waarschuwt Shane om weg te blijven van haar gezin nu Rick is teruggekeerd. Ricks terugkeer is een verrassing, want Shane had haar verteld dat Rick was overleden in het ziekenhuis. Het reddingsteam vertrekt naar Atlanta. Wanneer ze op het dak komen blijkt Merle te zijn ontkomen door zijn eigen hand met een ijzerzaag te hebben afgezaagd. Ze achtervolgen zijn bloedspoor maar stuiten op een dood spoor.

Wanneer de groep Merle niet meer kan vinden, proberen ze de tas met wapens die Rick bij zijn vorige bezoek aan Atlanta heeft laten vallen bij de tank, terug te halen. Tijdens de zoektocht wordt de groep door een andere groep mensen aangevallen die ook op zoek is naar wapens. Hierbij ontsnappen de aanvallers en nemen Glenn als gijzelaar mee, ook de groep van Rick heeft een gijzelaar kunnen vangen. Na het ondervragen van hun gijzelaar, komen Rick, Daryl en T-Dog erachter waar de aanvallers zich schuilhouden. Besloten wordt om de gijzelaars te ruilen, echter willen de aanvallers ook de gehele tas met wapens wat Rick niet accepteert. Rick keert later op de dag terug om de aanval in te zetten, op het laatste moment wordt duidelijk dat de aanvallers een verpleeghuis beschermen met bejaarde mensen. Uiteindelijk wordt de helft van de wapens afgestaan en de gijzelaars vrijgelaten. Wanneer de groep terugkeert naar het kamp, blijken er walkers aanwezig te zijn die verschillende leden van de groep hebben gedood. Rick weet nog net op tijd samen met de groep de resterende walkers te doden.

Ed en Amy zijn tijdens de aanval doodgebeten. Andrea blijft ontroostbaar bij het lichaam van Amy, totdat ze ontwaakt als walker waarna Andrea haar doodschiet. Ook Jim blijkt te zijn gebeten. Er wordt besloten om samen met de groep zo snel mogelijk naar het CDC te vertrekken. Tijdens het vertrek splitst Morales met zijn gezin zich van de groep af om hun eigen weg naar Birmingham te vervolgen. Wanneer onderweg de camper het begeeft ontstaat er een conflict tussen Rick en Shane. Shane wil niet naar het CDC omdat het volgens hem een dood einde is. Jim geeft hier tevens aan niet met de groep verder af te willen reizen, waarna hij wordt achtergelaten. Toch vervolgt de groep de reis naar het CDC in Atlanta, waar ze Edwin Jenner, een wetenschapper, aantreffen.

Nadat de groep zijn intrede heeft gemaakt in het CDC, blijkt dat er op Dr. Jenner na niemand meer aanwezig is. Dr. Jenner bekent dat alle andere medewerkers zijn gevlucht of zelfmoord hebben gepleegd. De volgende ochtend legt Dr. Jenner uit aan de groep, met behulp van een computeranimatie genaamd Test Subject 19, het proces in de hersenen dat plaatsvindt wanneer een persoon is gebeten en daarna gedeeltelijk weer tot leven komt als een walker. Ook is er nog geen medicijn ontwikkeld. Doordat de generators zonder brandstof vallen, treedt het veiligheidsmechanisme in werking waardoor het gebouw zichzelf zal vernietigen na een bepaalde tijd. Jenner beslist om te blijven omdat hij gefaald heeft in zijn missie om een medicijn te ontwikkelen. Ook Jacqui en Andrea willen in eerste instantie blijven, maar Dale kan Andrea overtuigen om zich toch terug aan te sluiten bij de groep. Net voor hun vertrek fluistert Jenner iets in het oor van Rick. Eenmaal buiten ontploft het gebouw.

De groep besluit te vertrekken naar Fort Benning, maar wordt opgehouden door een opstopping van auto's op de snelweg. Als ze besluiten om te keren komt er een grote horde walkers aan. Ze verstoppen zich onder verschillende voertuigen. Wanneer de laatste walkers Sophia opmerken slaat ze op de vlucht in het nabijgelegen bos. Rick besluit om snel achter haar aan te gaan om de walkers van haar af te houden, hij verstopt Sophia vlak bij een sloot onder een omgevallen boom. Wanneer Rick de walkers heeft uitgeschakeld en terugkeert naar Sophia blijkt ze te zijn verdwenen. Als Rick terugkeert naar de groep besluiten ze om met een paar mensen Sophia te gaan zoeken. Wanneer Rick, Shane en Carl een hert tegenkomen, benadert Carl het hert voorzichtig. Plots wordt er een schot gelost op het hert, maar deze treft ook Carl en deze raakt zwaargewond.

De groep gaat opnieuw zoeken naar Sophia, terwijl Hershel zich om onduidelijke redenen steeds meer zorgen gaat maken over hun aanwezigheid. Shane en Rick maken ruzie over de vraag om verder te zoeken, waar Shane het argument brengt dat het verloren tijd is. Rick is boos op hem, maar later begint ook hij zich af te vragen of het nog wel zin heeft om verder te zoeken. Terwijl Daryl alleen verder blijft zoeken vindt hij de pop van Sophia, maar vervolgens valt hij van een heuvel en raakt zwaargewond. Daarop krijgt hij hallucinaties van zijn broer Merle. Hij weet uiteindelijk de boerderij te bereiken, waar hij door Andrea voor een walker wordt aangezien van verre afstand. Ze raakt zijn hoofd, maar het is slechts een schampschot. Wanneer Maggie en Glenn 's avonds voor een romantische ontmoeting in de schuur afspreken komt Glenn tot de ontdekking dat deze vol walkers zit.

Nadat Glenn aan de hele groep vertelt dat er walkers in de schuur zitten, bespreekt Rick de kwestie met Hershel en probeert hem ook te overtuigen om met de groep bij de boerderij te blijven. Ondertussen probeert Dale alle wapens in het moeras te verstoppen, maar dit mislukt wanneer Shane hem achtervolgt. Shane deelt de wapens uit aan de groep tegen de wens van Rick en Hershel in. Wanneer Rick en Hershel terugkomen met vastgebonden walkers wordt Shane woedend op Hershel. Hij schiet een walker in de borst, met de vraag waarom deze niet sterft als het een levende ziekte is. Hij schiet deze vervolgens in het hoofd als Hershel kijkt. Uit woede breekt Shane de schuurdeur open, waardoor alle walkers naar buiten komen. De groep schiet ze allemaal neer, maar wanneer iedereen denkt dat het voorbij is, komt Sophia naar buiten als een walker. Rick stapt naar voren en schiet haar in het hoofd.

Na de vernietiging van zijn familie, eist Hershel dat Rick en zijn groep de boerderij verlaten. Later op de dag wordt Hershel vermist, Rick en Glenn gaan hem zoeken en vinden hem in de stad in een bar. Hij ziet het niet meer zitten en blijft alcohol drinken. Rick overtuigt hem om terug te keren naar zijn familie. Net op het moment dat ze willen terugkeren komen er 2 onbekenden de bar binnen die zich Dave en Tony noemen. Deze vragen of ze mee kunnen naar de boerderij en lichten ook toe dat Fort Benning is overlopen door walkers maar Rick weigert hierop in te gaan. Hierop trekt Dave zijn wapen maar Rick is sneller en schiet ze allebei neer. Ondertussen raakt Beth, de dochter van Hershel, bewusteloos van een onbekende kwaal. Dit leidt er toe dat Lori naar de stad gaat om Hershel op te halen. Zoekend op de kaart raakt ze een walker tijdens het rijden en slaat over de kop waarbij ze zelf ook het bewustzijn verliest.