De positie van Tony komt andermaal in het gedrang wanneer Richie Aprile, de broer van Jackie, vrijkomt uit de gevangenis en meteen pogingen onderneemt om zijn deel van Tony's koek op te eisen. Wanneer een feestje van Meadow uit de hand loopt en het huis van Livia in een stortplaats herschapen wordt, proberen haar ouders wanhopig om een geschikte straf te bedenken. Dr. Melfi voelt zich schuldig over het feit dat ze Tony niet wil behandelen en haar verzuim begint zelfs haar dromen binnen te dringen.

Zowel Christopher als Pussy voelen zich gepasseerd wanneer Tony zijn pionnen herschikt en de interne hiërarchie grondig dooreenschudt. Christopher probeert zijn stress de baas te blijven door zich in te schrijven voor een acteercursus voor auteurs. Pussy, van zijn kant, zoekt toenadering tot de FBI. Tony toont zijn nieuwe mannetje Furio hoe hij de zaken moet aanpakken door hem een "ophaalklusje" te laten uitvoeren. Melfi geeft zich eindelijk gewonnen en ze laat Tony weten dat ze hem opnieuw wil behandelen.

Een klinisch dode Christopher treedt tijdens de operatie heel even uit zijn lichaam, precies zoals de boekjes het beschrijven. Tony heeft intussen ontdekt wie Christopher neergeschoten heeft en belegt, samen met Big Pussy, een wraakexpeditie. Carmela is de buitenechtelijke fratsen van Tony beu en ze eist dat hij zijn Russische maîtresse aan de deur zet. Paulie zit met twijfels en raadpleegt een helderziende. Dr. Melfi worstelt met haar gevoelens voor Tony en ze vertelt haar eigen psychiater over hun complexe verhouding en haar toenemende drankprobleem.

Wanneer de ooggetuige plots zijn getuigenis intrekt, ontspringt Tony op het laatste nippertje de dans. Omdat de FBI hem hoe dan ook wil pakken, raadt zijn advocaat hem aan om het illegale circuit tijdelijk links te laten liggen. Tony gaat "aan de slag" bij Barone Brothers Sanitation, een vuilnisverwerkend bedrijf. Wanneer Tony ontdekt dat Richie coke dealt op de routes van zijn vuilniswagens, waarschuwt hij hem om in te binden. Hij wil niet dat de overheid zich opnieuw met de zaken gaat bemoeien. Maar hiermee ondermijnt Tony ook de plannetjes van Uncle Junior. Richie voelt zich hierdoor extra gesterkt en maakt zich op om Tony van zijn troon te stoten.

De pogingen van Dr. Melfi om Tony met gedragstherapie bij te sturen, belanden op een zijspoor door een persoonlijke crisis. Ze slaagt er maar niet in om met zichzelf in het reine te komen en haar eigen psychiater stelt voor om Tony radicaal te dumpen. Ralph Cifaretto werkt zichzelf in de gunst bij Jackie Jr. maar verliest punten bij Tony.

Thanksgiving komt eraan, maar de vete tussen Tony en Ralph loopt, ondanks de tussenkomst van Johnny Sack, helemaal uit de hand. Tijdens een feestje aan de unief ontdekken Meadow en Jackie Jr. dat ze meer met elkaar gemeen hebben dan enkel maar hun maffiavaders.

Het zit er bovenarms op tussen Ralphie en Johnny Sack nadat Ralphies onbeschofte opmerkingen over Ginny in de openbaarheid zijn gekomen. Carmela brengt een bezoekje aan de nieuwe woning van Furio en ze komt tot de ontdekking dat ze zich steeds meer tot hem aangetrokken voelt.

De spanningen tussen de clans uit Jersey en New York lopen hoog op wanneer Tony en Carmine het oneens blijken over de winstverdeling van een zwendel met onroerend goed. Ook Janice haar geduld raakt uitgeput, en de rouwende Bobby begint danig op haar systeem te werken. Tony treft een beslissing in verband met zijn therapie. Junior moet een nieuwe strategie uitstippelen voor zijn verdediging want de rechter heeft zijn recentste argumenten van tafel geveegd.

Nu Tony gescheiden leeft van Carmela begint Dr. Melfi zijn romantische interesse op te wekken. Wanneer een beer haar huis bedreigt, zit er voor Carmela niets anders op dan Tony's hulp in te roepen. Johnny Sack ziet een kans op promotie wanneer Carmine getroffen wordt door een beroerte. Na haar huwelijk met Bobby, probeert Janice zich aan het echtelijke leven aan te passen. Het komt tot een hoogoplopende ruzie tussen Paulie en Christopher als die laatste voor de zoveelste keer de rekening moet betalen.

Tony en Carmela maken ruzie nadat A.J. een woeste nacht heeft beleefd in de Big Apple. Tony moet noodgedwongen ingrijpen wanneer blijkt dat Feech niet kan nalaten om buiten de lijntjes te kleuren. Carmela voelt zich aangetrokken tot de studiebegeleider van A.J. Intussen eist de oorlog in New York zijn eerste twee slachtoffers.

A.J. probeert zijn levensstandaard wat op te krikken en uitgebreider te genieten van de privileges die de naam Soprano met zich meebrengt. Tony laat zich intussen verleiden door een "onroerend" aanbod van een vrouwelijke makelaar. Op allerlei manieren. De toenemende aanwezigheid van grote bedrijven zet een domper op de afpersingspraktijken van Patsy. Vito is onder de indruk van iemand anders heldhaftige gedrag tijdens een brand.

Cleaver, de film van Christopher, gaat in première en maakt in één klap duidelijk hoe hij over Tony denkt. Johnny Sack krijgt met gezondheidsproblemen te kampen. Phil Leotardo heeft een hekel aan zijn familie - en zichzelf - omdat ze zo zwak en uitgeteld zijn. Silvio raakt betrokken bij het machtsvacuüm in New York.

Tony onderneemt verwoede pogingen om de breuk tussen de misdaadfamilies uit New Jersey en New York te lijmen. A.J. kampt nog steeds met een allesverterende depressie. Een zakenpartner uit New York overschrijdt een grens bij Meadow.

Net nu Phil Leotardo beslist heeft hoe hij de recente problemen met de Soprano's wil gaan aanpakken, hangt het spook van het verraad dreigend boven Tony's manschappen. Een moordaanslag loopt faliekant af, met gruwelijke gevolgen. De manier waarop A.J. met zijn depressie omgaat, krijgt een knauw.