Thanksgiving komt eraan, maar de vete tussen Tony en Ralph loopt, ondanks de tussenkomst van Johnny Sack, helemaal uit de hand. Tijdens een feestje aan de unief ontdekken Meadow en Jackie Jr. dat ze meer met elkaar gemeen hebben dan enkel maar hun maffiavaders.

Het klettert tussen Meadow en haar ouders wanneer ze verkondigt dat ze er de brui aan geeft op de universiteit en naar Europa vertrekt voor een rondreis. Tony stuurt haar naar een psycholoog, maar dat maakt de zaken er alleen erger op. Christopher wordt tot capo van Paulies crew bevorderd terwijl Paulie zijn straf uitzit, maar hij lijkt niet meteen uit het goede leidershout gesneden. Danielles undercoveroperatie met Adriana loopt op een sisser af.

Silvio en Ralphie zetten zich schrap om in actie te schieten als ze vernemen dat een groepje Indianen de jaarlijkse Columbus Day Parade willen verstoren met een protestactie. Bobby krijgt een vreselijke klap te verwerken. Paulie blijft Johnny Sack vanuit de gevangenis belangrijke informatie toestoppen. Janice maakt een einde aan haar vluchtige affaire met Ralphie.

Het zit er bovenarms op tussen Ralphie en Johnny Sack nadat Ralphies onbeschofte opmerkingen over Ginny in de openbaarheid zijn gekomen. Carmela brengt een bezoekje aan de nieuwe woning van Furio en ze komt tot de ontdekking dat ze zich steeds meer tot hem aangetrokken voelt.

Tony en Ralph raken betrokken bij een louche immobiliëntransactie met een corrupt politicus, maar het wordt pas echt ingewikkeld wanneer Zellman aan Tony opbiecht dat hij een relatie heeft met zijn oude vriendin. Adriana wil dat Christopher met haar trouwt in de hoop dat haar "werk" voor de FBI op die manier nietig zou worden. Paulie komt uit de gevangenis en belegt een nieuwe ontmoeting met Johnny Sack.

Tony begint een affaire met de recentste verovering van Ralph en hij verneemt van zijn zus Janice dat hij er enkele verrassende bedgeheimpjes op nahoudt. Carmela spreekt heimelijk Tony's verborgen geldvoorraad aan. Intussen plaatst Paulie zijn moeder in een bejaardentehuis. Furio vliegt naar Italië terug om er zijn vader raad te vragen over zijn gevoelens voor Carmela en het advies dat hij krijgt, is niet mis te verstaan.

Wanneer zijn eigen mannen zich vragen beginnen te stellen over de plotse verdwijning van Ralphie, schakelt Tony de hulp van Johnny Sack in. Hij ziet er ook op toe dat Christopher, die compleet van slag is door de drugs, naar een ontwenningskliniek gaat. Zijn groepstherapie ontaardt echter in een gevecht. Bij zijn terugkeer uit Italië gedraagt Furio zich merkelijk afstandelijker tegenover Carmela.

Furio neemt zijn ontslag uit de Soprano-crew en keert naar Italië terug. Carmela is er het hart van in en belandt in een depressie. Paulie probeert zijn trouw aan de Soprano's te bewijzen, maar zijn inbraakplannetje eindigt op een gewelddadige noot. Tony's vete met de clan van New York begint intussen zijn financiële tol te eisen, tot Johnny Sack hem plots een voorstel doet dat hun beider problemen kan oplossen.

Tony en Johnny Sack bundelen hun krachten om Carmine een hak te zetten, maar Tony heeft het spelletje door en hij overweegt een andere optie. Intussen probeert hij af te dingen bij een advocaat die hem zijn strandhuis wil verkopen, een cadeautje waarmee hij Carmela wil plezieren. De rechter velt een belangrijk oordeel in de zaak-Junior en Christopher keert, gezond en wel, uit de ontwenningskliniek terug. Wanneer Tony's voormalige maitresse haar treitert via de telefoon, is het voor Carmela welletjes geweest.

Nu Tony gescheiden leeft van Carmela begint Dr. Melfi zijn romantische interesse op te wekken. Wanneer een beer haar huis bedreigt, zit er voor Carmela niets anders op dan Tony's hulp in te roepen. Johnny Sack ziet een kans op promotie wanneer Carmine getroffen wordt door een beroerte. Na haar huwelijk met Bobby, probeert Janice zich aan het echtelijke leven aan te passen. Het komt tot een hoogoplopende ruzie tussen Paulie en Christopher als die laatste voor de zoveelste keer de rekening moet betalen.

Tony organiseert een "welkom terug"-feestje voor zijn neef, Tony Blundetto, die op borgtocht werd vrijgelaten uit de gevangenis. De FBI blijft Adriana onder druk zetten voor extra informatie. Het overlijden van Carmine zet de deuren wijdopen voor Johnny Sack, maar Little Carmine heeft daar zo zijn eigen ideeën over. Tony krijgt andermaal lucht van een verklikker binnen zijn organisatie.

Tony en Carmela maken ruzie nadat A.J. een woeste nacht heeft beleefd in de Big Apple. Tony moet noodgedwongen ingrijpen wanneer blijkt dat Feech niet kan nalaten om buiten de lijntjes te kleuren. Carmela voelt zich aangetrokken tot de studiebegeleider van A.J. Intussen eist de oorlog in New York zijn eerste twee slachtoffers.

Omdat hij Adriana maar niet uit zijn hoofd kan zetten, besluit Tony opnieuw te rade te gaan bij Dr. Melfi. Tegelijkertijd maakt hij zich ook ernstig zorgen over het feit dat hij misschien huidkanker heeft. Omdat Christopher weg is op "zakenreis", beginnen de andere bendeleden te praten over de geruchten die in verband met Adriana de ronde doen.

Tijdens de begrafenis van zijn tante ziet Tony op het kerkhof een vrouw bij het graf van zijn ouders staan. Fran Felstein beweert dat ze de maitresse van zijn vader was. Tony luistert aandachtig naar haar verhalen over zijn ouders en zijn jeugd en bouwt een vertrouwensrelatie met haar op. Christopher neemt zijn beste maatje uit de ontwenningskliniek mee naar een pokeravond met hoge inzetten. Maar wanneer die zijn schulden niet kan inlossen, aarzelt Christopher niet om zijn "buddy" wat fatsoen bij te brengen.

Er komen Johnny Sack geruchten ter ore dat Tony B. betrokken was bij de aanslag op Joey Peeps, zijn naaste medewerker en beschermeling. Sack en Little Carmine treffen voorbereidingen voor een oorlog op alle fronten. Meadow behartigt de financiële belangen van haar vriendje en ze voert de druk op wanneer er geen schot komt in hun relatie. Carmela ontdekt dat Tony al haar pogingen om een echtscheidingsadvocaat in te huren vakkundig heeft gedwarsboomd. Tony gaat met zijn schuldgevoelens over de opsluiting van zijn neef te rade bij Dr. Melfi.

Wanneer zijn recentste verovering na een kookongelukje in het ziekenhuis belandt, ontsnapt Tony naar het Plaza Hotel om eindelijk van een zalige nachtrust te genieten. Maar in zijn slaap valt hij ten prooi aan een vreselijke nachtmerrie, waarin hij achtervolgd wordt door gezichten uit zijn verleden. Er valt weer een slachtoffer in de oorlog tussen Johnny Sack en Little Carmine en Tony B trekt naar New York om zich te wreken.

Tony maakt zich ernstig zorgen over het nakende RICO-proces van Johnny Sack en de impact die dat zal hebben op de misdaadfamilies uit New York en New Jersey. Junior begint steeds meer te dementeren. Eugene erft een grote som geld, maar hij kan er niet mee doen wat hij zou willen. De modelwoning van Carmela wordt geplaagd door constructieproblemen.

Tony bevindt zich nog steeds in een coma en beleeft zijn droom verder. Het extra werk dat Silvio moet verzetten, eist een tol van zijn gezondheid. Carmela heeft steeds meer moeite om A.J. onder controle te houden. Vito en Paulie maken ruzie over de winsten van een recente klus. Christopher wil het er nog eens op wagen in de filmbusiness.

Johnny Sack dient een verzoek in om tijdelijk de gevangenis te mogen verlaten voor de bruiloft van zijn dochter. Tony besluit zich tijdens zijn herstel met wat tastbaarder bescherming te omringen en hij zorgt ervoor dat hij niet zwak overkomt. Een toevalllige ontmoeting in een club laat Vito in totale verwarring achter.

Christopher doet een mededeling waarmee hij iedereen verrast. Paulies bezuinigingen tijdens een Italiaanse straatmarkt breken hem zuur op. Na een ouderwetse, geslaagde kraak voelt Tony zich herboren. Carmela begint vraagtekens te plaatsen bij de "verdwijning" van Adriana...

Tony haalt zijn voordeel uit de financiële ellende van Johnny Sack en hij probeert te verhinderen dat Carmela haar woning afmaakt. Bobby Bacala loopt een verwonding op aan zijn oog. Janice gaat in de clinch met Tony over de manier waarop hij haar en Bobby behandelt. Vito begint hevig naar zijn oude levensstijl terug te verlangen.

Maria Spatafore komt bij Tony aankloppen omdat ze wil dat hij haar helpt met de rebelse Vito Jr. Hij stuurt Phil op hem af, die de klus met tegenzin klaart. Tony's zoveelste tegenslag veroorzaakt een breuk tussen hem en Hesh. A.J. treft een belangrijk besluit met betrekking tot zijn toekomst en doet een huwelijksaanzoek aan Blanca.

De relatie tussen Christopher en Paulie krijgt het hard te verduren en Tony kan Paulie niet helemaal ongelijk geven. A.J., die zijn huwelijksaanzoek door Bianca afgewezen zag, zinkt weg in een depressie. Tony geeft de namen door van de Arabieren die in de Bada Bing rondhingen, in de hoop dat het ooit in zijn voordeel zal spelen.

Tony probeert vrede te sluiten met de mannen van Leotardo. Aan het thuisfront probeert hij te achterhalen of de geruchten dat een van zijn crew hem verraden heeft, kloppen. A.J. treft een besluit met betrekking tot zijn toekomst. Junior glijdt steeds verder weg in zijn dementie.