Mikey Palmice, een handlanger van Uncle Junior, bindt de kat de bel aan wanneer hij Junior wil laten geloven dat Tony binnenkort de leiding over de familie zal opeisen. Intussen moeten Tony, Paulie en Silvio komaf maken met Hassidische gezinsperikelen.

Het gaat van kwaad naar erger met de gezondheid van Jackie Aprile, wat Tony ertoe noopt om een moeilijke knoop door te hakken. Intussen ontdekt Anthony Jr. de ware toedracht in verband met de bedrijfsactiviteiten van zijn vader. De term "vuilnisverwerking" krijgt meteen een heel andere bijklank. Tony doet een beroep op de diensten van een gore politie-inspecteur om de achtergrond van Dr. Melfi uit te spitten.

Na de mislukte poging om hem uit de weg te ruimen, maakt Tony zich op voor wraakacties tegen de daders. Wie beschrijft zijn verbijstering wanneer hij ontdekt dat zijn eigen moeder en oom achter de aanslag zaten? Junior probeert het hazepad te kiezen wanneer hij vermoedt dat Tony het op hem gemunt heeft, maar de FBI komt tussenbeide vooraleer Junior kan verdwijnen. Livia zet Artie op tegen Tony in een ultieme poging om haar vel te redden. Carmela zegt Eerwaarde Phil eindelijk waar het op staat.

Tony, Christopher en Paulie vertrekken naar Italië op zakenreis. Wanneer de vrouw van Pussy het over haar echtscheiding heeft, begint Carmela ook haar eigen huwelijk in vraag te stellen. Pussy onderneemt actie tegen een oude vriend wanneer hij hem betrapt op een gesprek met de FBI.

Wanneer de ooggetuige plots zijn getuigenis intrekt, ontspringt Tony op het laatste nippertje de dans. Omdat de FBI hem hoe dan ook wil pakken, raadt zijn advocaat hem aan om het illegale circuit tijdelijk links te laten liggen. Tony gaat "aan de slag" bij Barone Brothers Sanitation, een vuilnisverwerkend bedrijf. Wanneer Tony ontdekt dat Richie coke dealt op de routes van zijn vuilniswagens, waarschuwt hij hem om in te binden. Hij wil niet dat de overheid zich opnieuw met de zaken gaat bemoeien. Maar hiermee ondermijnt Tony ook de plannetjes van Uncle Junior. Richie voelt zich hierdoor extra gesterkt en maakt zich op om Tony van zijn troon te stoten.

Richie Aprile slaat de waarschuwingen van Tony in de wind en blijft zijn deel van de koek opeisen. Om steun te zoeken voor zijn "project" klopt Richie aan bij Uncle Junior, die hem aanraadt te peilen naar de mening van de andere "capos". Maar de onderneming van Richie draait op een sisser uit. Tony geniet respect, Richie niet, zo simpel is het. Dus kiest Junior eieren voor zijn geld en brengt hij Tony op de hoogte van Richies plannen. Hét signaal voor Tony om zijn concurrent en aanstaande schoonbroer uit de weg te ruimen. Maar wanneer Silvio zich naar de nieuwe woonst van Richie en Janice, blijkt een huiselijke twist bepaald ontaard te zijn...

Tony hoeft zich niet langer zorgen te maken dat zijn eigen moeder hem zal verraden bij de FBI, want ze overlijdt eer het zover is. Janice keert terug om de begrafenis te regelen, maar de zaken nemen een vreemde wending.

Christopher stelt met lede ogen vast dat "made man" zijn niet noodzakelijk aan zijn verwachtingen beantwoordt wanneer hij moet deelnemen aan een kleinschalige overval om zijn schulden aan Paulie af te betalen. Janice betrekt het huis van haar moeder, waar ze het al snel aan de stok krijgt met Livia's voormalige huishoudster. Tony en Dr. Melfi gaan naar de kern van zijn angstaanvallen.

De pogingen van Dr. Melfi om Tony met gedragstherapie bij te sturen, belanden op een zijspoor door een persoonlijke crisis. Ze slaagt er maar niet in om met zichzelf in het reine te komen en haar eigen psychiater stelt voor om Tony radicaal te dumpen. Ralph Cifaretto werkt zichzelf in de gunst bij Jackie Jr. maar verliest punten bij Tony.

Wanneer de jongens willen gaan stappen in de Bada Bing zetten Ralphs licht ontvlambare relatie met een stripper uit de club en zijn obsessie met de film Gladiator een domper op de feestvreugde. Aan de universiteit van Columbia wordt Meadows relatie met Noah op de proef gesteld door haar om aandacht bedelende kamergenote Caitlin.

Thanksgiving komt eraan, maar de vete tussen Tony en Ralph loopt, ondanks de tussenkomst van Johnny Sack, helemaal uit de hand. Tijdens een feestje aan de unief ontdekken Meadow en Jackie Jr. dat ze meer met elkaar gemeen hebben dan enkel maar hun maffiavaders.

Tony geeft Carmela een met saffieren bezette ring voor haar verjaardag, en Christopher overhandigt Adriana de sleutels van haar eigen muziekclub. Anthony Jr. wordt betrapt tijdens het vernielen van het schoolzwembad, maar moet vaststellen dat de strafmaat niet bepaald is wat hij verwacht had. Tony maakt een proefritje met een nieuwe Mercedes en met Gloria, de Mercedes-verkoopster (Annabella Sciorra).

Geïnspireerd door een verhaal van Ralph over hoe zijn vader een "made man" werd, besluit Jackie Jr. om tijdens een kaartavond zijn eerste stappen op het pad van de georganiseerde misdaad te zetten. Dr. Melfi herinnert Tony aan de psychologische parallellen tussen zijn relaties met Gloria en met zijn moeder en Tony vindt het steeds moeilijker om tijd te besteden aan zijn "geschifte liefde". Carmela besluit, overmand door schuldgevoelens, een interessante biecht af te leggen bij de parochiepriester.

A.J. begaat andermaal een academische flater, waardoor zijn ouders zich gedwongen zien om hem naar de militaire school te sturen. Tony draagt Ralph op om de toestand rond Jackie Jr. eigenhandig op te lossen, maar lijkt achteraf de zijde van Ralph te kiezen in een geldkwestie tussen hem en Paulie. Het gezin komt voor de zoveelste keer samen in het restaurant van Artie Bucco, waar Meadow mijmert over wat het betekent om een Soprano te zijn.

De recessie laat zich ook gevoelen bij de Soprano's en Tony en Carmela maken zich zorgen over hoe het gezin financieel verder moet. Nu zijn rechtzaak op til is, moet ook Junior zijn eigen geldzorgen onder ogen durven zien. Adriana brengt haar nieuwe vriendin mee naar het traditionele zondagsetentje bij de Soprano's, maar ze heeft er totaal geen benul van wie Danielles werkgevers zijn. Tony verstevigt zijn banden met Christopher door hem de kans te geven om de moord op zijn vader te wreken.

Silvio en Ralphie zetten zich schrap om in actie te schieten als ze vernemen dat een groepje Indianen de jaarlijkse Columbus Day Parade willen verstoren met een protestactie. Bobby krijgt een vreselijke klap te verwerken. Paulie blijft Johnny Sack vanuit de gevangenis belangrijke informatie toestoppen. Janice maakt een einde aan haar vluchtige affaire met Ralphie.

Het zit er bovenarms op tussen Ralphie en Johnny Sack nadat Ralphies onbeschofte opmerkingen over Ginny in de openbaarheid zijn gekomen. Carmela brengt een bezoekje aan de nieuwe woning van Furio en ze komt tot de ontdekking dat ze zich steeds meer tot hem aangetrokken voelt.

Tony en Ralph raken betrokken bij een louche immobiliëntransactie met een corrupt politicus, maar het wordt pas echt ingewikkeld wanneer Zellman aan Tony opbiecht dat hij een relatie heeft met zijn oude vriendin. Adriana wil dat Christopher met haar trouwt in de hoop dat haar "werk" voor de FBI op die manier nietig zou worden. Paulie komt uit de gevangenis en belegt een nieuwe ontmoeting met Johnny Sack.

Tony begint een affaire met de recentste verovering van Ralph en hij verneemt van zijn zus Janice dat hij er enkele verrassende bedgeheimpjes op nahoudt. Carmela spreekt heimelijk Tony's verborgen geldvoorraad aan. Intussen plaatst Paulie zijn moeder in een bejaardentehuis. Furio vliegt naar Italië terug om er zijn vader raad te vragen over zijn gevoelens voor Carmela en het advies dat hij krijgt, is niet mis te verstaan.

Junior maakt handig gebruik van een verwonding die hij opliep buiten het gerechtsgebouw om zijn verdediging over een compleet nieuwe boeg te gooien. Ralphie stelt zich ernstige vragen bij de manier waarop hij zijn leven leidt wanneer zijn zoontje zwaargewond raakt bij een boogschietincident. Een brand in de stallen veroorzaakt de dood van Tony's favoriete koerspaard en hij vermoedt dat Ralphie er voor iets tussenzit.

Wanneer zijn eigen mannen zich vragen beginnen te stellen over de plotse verdwijning van Ralphie, schakelt Tony de hulp van Johnny Sack in. Hij ziet er ook op toe dat Christopher, die compleet van slag is door de drugs, naar een ontwenningskliniek gaat. Zijn groepstherapie ontaardt echter in een gevecht. Bij zijn terugkeer uit Italië gedraagt Furio zich merkelijk afstandelijker tegenover Carmela.

Furio neemt zijn ontslag uit de Soprano-crew en keert naar Italië terug. Carmela is er het hart van in en belandt in een depressie. Paulie probeert zijn trouw aan de Soprano's te bewijzen, maar zijn inbraakplannetje eindigt op een gewelddadige noot. Tony's vete met de clan van New York begint intussen zijn financiële tol te eisen, tot Johnny Sack hem plots een voorstel doet dat hun beider problemen kan oplossen.

Tony organiseert een "welkom terug"-feestje voor zijn neef, Tony Blundetto, die op borgtocht werd vrijgelaten uit de gevangenis. De FBI blijft Adriana onder druk zetten voor extra informatie. Het overlijden van Carmine zet de deuren wijdopen voor Johnny Sack, maar Little Carmine heeft daar zo zijn eigen ideeën over. Tony krijgt andermaal lucht van een verklikker binnen zijn organisatie.

Tony B. heeft zich, na zijn vrijlating, vast voorgenomen om voortaan het rechte pad te bewandelen. Terwijl hij voorbereidingen treft om zijn eigen massagecentrum te openen, brengt een geheimzinnige zak met geld hem echter terug op het slechte pad. A.J. trekt opnieuw bij zijn moeder in na een ruzie met Tony. De relatie tussen Carmela en de studiebegeleider van haar zoon wordt intussen steeds intenser.

Carmela nodigt Tony uit op het verrassingsfeestje dat ze voor de 75ste verjaardag van haar vader organiseert. De avond zelf eindigt ook op een verrassende noot. Intussen proberen twee van Little Carmines mannen de tegenstribbelende Tony Blundetto te rekruteren voor een wraakactie tegen de trawanten van Johnny Sack. Na lang aarzelen stemt Tony B. toe.

Nadat ze een andere moeder heeft aangevallen tijdens de voetbalwedstrijd van haar stiefdochter, moet Janice een cursus woedebeheersing volgen. Ook Tony moet zijn woede onder controle proberen te houden wanneer Johnny Sack een wraakactie tegen de Soprano's onderneemt. Christopher en Tony B. leggen hun geschillen bij wanneer ze samen op pad moeten om op het platteland enkele lichamen definitief te laten verdwijnen.

Tony maakt zich ernstig zorgen over het nakende RICO-proces van Johnny Sack en de impact die dat zal hebben op de misdaadfamilies uit New York en New Jersey. Junior begint steeds meer te dementeren. Eugene erft een grote som geld, maar hij kan er niet mee doen wat hij zou willen. De modelwoning van Carmela wordt geplaagd door constructieproblemen.

Terwijl de mannen opnieuw het verlies van een collega moeten verwerken, droomt de comateuze Tony van een leven als "burger". Hij is op zakenreis naar de westkust, maar zijn plannen worden in de war gestuurd doordat hij voor iemand anders wordt aangezien. Carmela, Meadow en A.J. waken intussen aan zijn bed. Tijdens Tony's afwezigheid ontstaat er een machtsvacuüm dat enkele handlangers maar al te graag zouden opvullen.

Tony bevindt zich nog steeds in een coma en beleeft zijn droom verder. Het extra werk dat Silvio moet verzetten, eist een tol van zijn gezondheid. Carmela heeft steeds meer moeite om A.J. onder controle te houden. Vito en Paulie maken ruzie over de winsten van een recente klus. Christopher wil het er nog eens op wagen in de filmbusiness.

Johnny Sack dient een verzoek in om tijdelijk de gevangenis te mogen verlaten voor de bruiloft van zijn dochter. Tony besluit zich tijdens zijn herstel met wat tastbaarder bescherming te omringen en hij zorgt ervoor dat hij niet zwak overkomt. Een toevalllige ontmoeting in een club laat Vito in totale verwarring achter.

Voor de aanslag op Rusty krijgt Tony hulp vanuit Italië. Vito probeert te ontsnappen wanneer zijn dubbelleven aan het licht komt en Tony over zijn lot moet beslissen. Carmela, die zich een beetje uitgerangeerd voelt door de hectische agenda van Angie, besluit de constructie van haar woning opnieuw op te starten, maar dat verloopt niet van een leien dakje.

Tony haalt zijn voordeel uit de financiële ellende van Johnny Sack en hij probeert te verhinderen dat Carmela haar woning afmaakt. Bobby Bacala loopt een verwonding op aan zijn oog. Janice gaat in de clinch met Tony over de manier waarop hij haar en Bobby behandelt. Vito begint hevig naar zijn oude levensstijl terug te verlangen.

Tijdens haar verblijf in Parijs met Rosalie begint Carmela het leven van een andere kant te bekijken. Meadow besluit om zich met Finn in het westen te gaan vestigen. Phil blijft er bij Tony op aandringen om Vito uit de weg te ruimen. Tony stelt zijn zoon A.J. voor een ultimatum.

Cleaver, de film van Christopher, gaat in première en maakt in één klap duidelijk hoe hij over Tony denkt. Johnny Sack krijgt met gezondheidsproblemen te kampen. Phil Leotardo heeft een hekel aan zijn familie - en zichzelf - omdat ze zo zwak en uitgeteld zijn. Silvio raakt betrokken bij het machtsvacuüm in New York.

Twee misdaadfamilies ruziën over een geval van asbestverwijdering: de Soprano's en de Lupertazzi's. Tony bewerkt een problematische zakenpartner. Paulie krijgt een schokkend persoonlijk verlies te verwerken. A.J. stelt zijn vriendschap met Jason Parisi en Jason Gervasi in vraag.

Net nu Phil Leotardo beslist heeft hoe hij de recente problemen met de Soprano's wil gaan aanpakken, hangt het spook van het verraad dreigend boven Tony's manschappen. Een moordaanslag loopt faliekant af, met gruwelijke gevolgen. De manier waarop A.J. met zijn depressie omgaat, krijgt een knauw.

Tony probeert vrede te sluiten met de mannen van Leotardo. Aan het thuisfront probeert hij te achterhalen of de geruchten dat een van zijn crew hem verraden heeft, kloppen. A.J. treft een besluit met betrekking tot zijn toekomst. Junior glijdt steeds verder weg in zijn dementie.