Wanneer hij plots ten prooi valt aan geheimzinnige angstaanvallen, stemt Tony Soprano, hoofd van een maffiafamilie uit New Jersey, erin toe om in therapie te gaan. Naarmate hij zich meer openstelt voor zijn psychiater, Dr. Jennifer Melfi, onthult Tony details over zijn problemen aan het thuisfront. Vooral de relatie met zijn vrouw Carmela, zijn kinderen Meadow en Anthony Jr. zijn Uncle Junior en zijn dominante moeder Livia, blijken voor de nodige stress te zorgen.

Terwijl Jackie Aprile, het hoofd van de clan, zijn strijd met kanker aan het verliezen is, zet Tony zich schrap voor een machtsstrijd met Uncle Junior. Christopher en zijn zakenpartner Brendan steken zichzelf in nesten door een vrachtwagen met dvd-spelers te kapen. De moeder van Tony, Livia, laat zich eindelijk vermurwen om haar intrek te nemen in een bejaardentehuis. Big Pussy en Paulie Walnuts worden op pad gestuurd om een gestolen auto op te sporen.

Mikey Palmice, een handlanger van Uncle Junior, bindt de kat de bel aan wanneer hij Junior wil laten geloven dat Tony binnenkort de leiding over de familie zal opeisen. Intussen moeten Tony, Paulie en Silvio komaf maken met Hassidische gezinsperikelen.

Het gaat van kwaad naar erger met de gezondheid van Jackie Aprile, wat Tony ertoe noopt om een moeilijke knoop door te hakken. Intussen ontdekt Anthony Jr. de ware toedracht in verband met de bedrijfsactiviteiten van zijn vader. De term "vuilnisverwerking" krijgt meteen een heel andere bijklank. Tony doet een beroep op de diensten van een gore politie-inspecteur om de achtergrond van Dr. Melfi uit te spitten.

Tony rijdt met zijn dochter Meadow naar Maine om er voorbereidende gesprekken te voeren voor haar toelating tot de universiteit. Maar onderweg meent hij een man gezien te hebben die de maffia verklikt heeft en nu ondergedoken leeft. Aan het thuisfront laat Carmela zich gewillig troosten door Eerwaarde Phil.

Op aanraden van Tony wordt Junior na de dood van Jackie aangesteld tot hoofd van de familie. Tijdens een van zijn therapiesessies verrast Tony zijn psychiater, Dr. Melfi, met een bekentenis. Sinds zijn libido onder het nulpunt is gezakt, komen Carmela en Irina, zijn maîtresse, nauwelijks nog aan hun trekken.

Wanneer Anthony Jr. tijdelijk van school gestuurd wordt omdat hij het erg bont heeft gemaakt, begint een bezorgde Tony zich af te vragen of het misschien zijn slechte invloed is die aan de basis ligt van het ongeoorloofde gedrag van zijn zoon.

Wanneer het gerucht zich verspreidt dat de FBI werk gaat maken van haar zaak tegen de Soprano's is het alle hens aan dek om het huis "misdaadvrij" te maken. Christopher sukkelt in een depressie wanneer zijn naam niet eens op de verdachtenlijst voorkomt en hij neemt enkele onzalige beslissingen. Livia licht Junior in over de therapie van Tony.

Uncle Junior geniet van een romantisch rendez-voustje in Boca met zijn vriendin Bobbi, maar wat hij niet beseft is dat ze in het schoonheidssalon heeft zitten opscheppen over zijn orale vaardigheden. Intussen ontstaat er een controverse wanneer Meadows voetbalcoach aankondigt dat hij de school verlaat.

Christopher en Adrianna gaan in zee met een bekende gangsta rapper. Die beweert dat Hesh royalties op zak heeft gestoken die eigenlijk toekwamen aan een neef die lang geleden verschillende hits scoorde. Tony speelt intussen een partijtje golf met Cusamano en zijn kleinburgerlijke vriendjes.

Nadat Jimmy en Pussy gearresteerd werden tijdens een inval van de FBI, vertelt Makazian aan een verbijsterde Tony dat het niet ondenkbaar is dat Pussy afluisterapparatuur droeg. Tony stuurt Paulie erop uit om te achterhalen of zijn bewering klopt. Achteraf verneemt Tony dat Makazian wellicht probeert om Pussy erin te luizen omdat hij zelf gokschulden bij hem heeft.

Een stelletje huurmoordenaars trekt op pad om Tony uit de weg te ruimen. Die ziet zijn depressie plots als sneeuw voor de zon verdwijnen wanneer hij kennis maakt met Isabella, een beeldschone Italiaanse studente die in het kader van een uitwisselingsprogramma bij zijn buren verblijft.

Na de mislukte poging om hem uit de weg te ruimen, maakt Tony zich op voor wraakacties tegen de daders. Wie beschrijft zijn verbijstering wanneer hij ontdekt dat zijn eigen moeder en oom achter de aanslag zaten? Junior probeert het hazepad te kiezen wanneer hij vermoedt dat Tony het op hem gemunt heeft, maar de FBI komt tussenbeide vooraleer Junior kan verdwijnen. Livia zet Artie op tegen Tony in een ultieme poging om haar vel te redden. Carmela zegt Eerwaarde Phil eindelijk waar het op staat.

Net nu Tony zich comfortabel begint te voelen in zijn leidinggevende positie als uitvoerend hoofd van de Jersey-afdeling van de familie, worden zijn plannen ruw verstoord door de terugkeer van Big Pussy en zijn bloedeigen zuster Janice. Melfi gaat op consult bij haar eigen therapeut, omdat ze zich schuldig voelt over haar weigering om Tony nog langer te behandelen. Christopher probeert een graantje mee te pikken van de witteboordencriminaliteit, maar zijn partners, die het concept niet helemaal begrijpen, gaan er met vuile voeten door.

In een bouwgeschil speelt Tony beide partijen handig tegen elkaar uit. Pussy, van zijn kant, heeft een leerrijke ontmoeting met een agent van de FBI. Livia begint te vermoeden dat er meer schuilgaat achter de gezellige aanpak van Janice. Junior komt vrij uit de gevangenis, maar Tony wil hem kort houden en hij laat hem erg snel voelen wie er nu eigenlijk de baas is.

De positie van Tony komt andermaal in het gedrang wanneer Richie Aprile, de broer van Jackie, vrijkomt uit de gevangenis en meteen pogingen onderneemt om zijn deel van Tony's koek op te eisen. Wanneer een feestje van Meadow uit de hand loopt en het huis van Livia in een stortplaats herschapen wordt, proberen haar ouders wanhopig om een geschikte straf te bedenken. Dr. Melfi voelt zich schuldig over het feit dat ze Tony niet wil behandelen en haar verzuim begint zelfs haar dromen binnen te dringen.

Tony, Christopher en Paulie vertrekken naar Italië op zakenreis. Wanneer de vrouw van Pussy het over haar echtscheiding heeft, begint Carmela ook haar eigen huwelijk in vraag te stellen. Pussy onderneemt actie tegen een oude vriend wanneer hij hem betrapt op een gesprek met de FBI.

Zowel Christopher als Pussy voelen zich gepasseerd wanneer Tony zijn pionnen herschikt en de interne hiërarchie grondig dooreenschudt. Christopher probeert zijn stress de baas te blijven door zich in te schrijven voor een acteercursus voor auteurs. Pussy, van zijn kant, zoekt toenadering tot de FBI. Tony toont zijn nieuwe mannetje Furio hoe hij de zaken moet aanpakken door hem een "ophaalklusje" te laten uitvoeren. Melfi geeft zich eindelijk gewonnen en ze laat Tony weten dat ze hem opnieuw wil behandelen.

Tony realiseert eindelijk één van zijn grote dromen: hij wordt de motor achter het zogenaamde Executive Game, een pokernachtje voor "respectabele" gokkers. Maar wanneer de gokverslaafde vader van een van Meadows vriendinnen zijn van het huis geleende jetons niet kan terugbetalen, valt hij uit de gratie bij Tony en Richie Aprile. Daarnaast moet Tony noodgedwongen de aanwezigheid van zijn moeder Livia dulden tijdens een begrafenis.

Tony en Carmela maken maken zich ernstig zorgen over het apathische gedrag van hun zoon Anthony Jr., die binnenkort zijn Heilig Vormsel viert. Ze schakelen ten einde raad zijn peter, Big Pussy, in om tot Anthony door te dringen. Maar Pussy heeft - met de hete adem van de FBI in zijn nek - wel andere kopzorgen. Christopher Moltisanti droomt intussen, en tot grote ergernis van Tony, nog steeds van Hollywood. Hij probeert bij regisseur Jon Favreau in het gevlij te komen door hem enkele geheime waargebeurde maffia-anekdotes te verklappen.

Carmela maakt zich zorgen om Meadows verdere studies en ze vraagt haar naaste buurvrouw, Jean Cusamano, om hulp. Wat later klopt ze bij een invloedrijk advocatenkantoor aan met een lekkere ricottataart en het vriendelijke, doch dringende verzoek haar een universitaire aanbevelingsbrief voor dochter Meadow mee te geven. Een gunst die niemand met gezond verstand kan weigeren. Richie Aprile probeert een verzoenend gebaar te stellen naar Tony toe, maar de leren jas die hij hem schenkt, creëert nog meer wrijvingen. En wanneer Sean en Matt, de handlangers van Christopher, hun status proberen op te krikken door te scoren bij Richie, is het hek helemaal van de dam...

Een klinisch dode Christopher treedt tijdens de operatie heel even uit zijn lichaam, precies zoals de boekjes het beschrijven. Tony heeft intussen ontdekt wie Christopher neergeschoten heeft en belegt, samen met Big Pussy, een wraakexpeditie. Carmela is de buitenechtelijke fratsen van Tony beu en ze eist dat hij zijn Russische maîtresse aan de deur zet. Paulie zit met twijfels en raadpleegt een helderziende. Dr. Melfi worstelt met haar gevoelens voor Tony en ze vertelt haar eigen psychiater over hun complexe verhouding en haar toenemende drankprobleem.

Een ooggetuige heeft de moord op Matt Bevilague gezien. Tony en een handlanger... Big Pussy krijgt een fikse waarschuwing van FBI-agent Lipardi. Voor Tony begint een race tegen de tijd. Als hij niet snel ontdekt wie hem gezien heeft, kan hij voor lange tijd achter de tralies verdwijnen. Just in case treft Tony een regeling met zijn advocaat. Hij moet ervoor zorgen dat het Carmela en de kinderen aan niets ontbreekt. Intussen gaan de zaken natuurlijk gewoon door. Een sportwinkeleigenaar met schulden moet het zwaar ontgelden. De gefrustreerde Richie Aprile laat zich makkelijk manipuleren door Janice, en besluit Uncle Junior in te schakelen om Tony uit de weg te ruimen.

Wanneer de ooggetuige plots zijn getuigenis intrekt, ontspringt Tony op het laatste nippertje de dans. Omdat de FBI hem hoe dan ook wil pakken, raadt zijn advocaat hem aan om het illegale circuit tijdelijk links te laten liggen. Tony gaat "aan de slag" bij Barone Brothers Sanitation, een vuilnisverwerkend bedrijf. Wanneer Tony ontdekt dat Richie coke dealt op de routes van zijn vuilniswagens, waarschuwt hij hem om in te binden. Hij wil niet dat de overheid zich opnieuw met de zaken gaat bemoeien. Maar hiermee ondermijnt Tony ook de plannetjes van Uncle Junior. Richie voelt zich hierdoor extra gesterkt en maakt zich op om Tony van zijn troon te stoten.

Richie Aprile slaat de waarschuwingen van Tony in de wind en blijft zijn deel van de koek opeisen. Om steun te zoeken voor zijn "project" klopt Richie aan bij Uncle Junior, die hem aanraadt te peilen naar de mening van de andere "capos". Maar de onderneming van Richie draait op een sisser uit. Tony geniet respect, Richie niet, zo simpel is het. Dus kiest Junior eieren voor zijn geld en brengt hij Tony op de hoogte van Richies plannen. Hét signaal voor Tony om zijn concurrent en aanstaande schoonbroer uit de weg te ruimen. Maar wanneer Silvio zich naar de nieuwe woonst van Richie en Janice, blijkt een huiselijke twist bepaald ontaard te zijn...

Het gaat Tony voor de wind, lijkt het haast. Die vervelende Richie Aprile is uit de weg geruimd, zijn zus Janice is met de noorderzon verdwenen, Irina valt hem niet langer lastig en hij slaagt er zelfs in om zijn moeder Livia op het vliegtuig te zetten. Maar dan leidt een voedselvergiftiging tot een reeks onthullende koortsdromen. Net voor de diploma-uitreiking van Meadow, besluiten Tony, Paulie en Silvio een testritje te maken met een chique nieuwe motorboot. Hun eregast: Big Pussy...

Agent Harris en zijn team bedenken, na Pussy's enkeltje richting kabeljauwkelder, een ingewikkeld plan om afluisterapparatuur te plaatsen bij de Soprano's, en het doen en laten van elk gezinslid ook buitenshuis te kunnen volgen. Tony houdt zelf een oogje in het zeil op Patsy Parisi, tweelingbroer van de vermoorde Philip, een bondgenoot van Oom Junior.

Tony hoeft zich niet langer zorgen te maken dat zijn eigen moeder hem zal verraden bij de FBI, want ze overlijdt eer het zover is. Janice keert terug om de begrafenis te regelen, maar de zaken nemen een vreemde wending.

Christopher stelt met lede ogen vast dat "made man" zijn niet noodzakelijk aan zijn verwachtingen beantwoordt wanneer hij moet deelnemen aan een kleinschalige overval om zijn schulden aan Paulie af te betalen. Janice betrekt het huis van haar moeder, waar ze het al snel aan de stok krijgt met Livia's voormalige huishoudster. Tony en Dr. Melfi gaan naar de kern van zijn angstaanvallen.

De pogingen van Dr. Melfi om Tony met gedragstherapie bij te sturen, belanden op een zijspoor door een persoonlijke crisis. Ze slaagt er maar niet in om met zichzelf in het reine te komen en haar eigen psychiater stelt voor om Tony radicaal te dumpen. Ralph Cifaretto werkt zichzelf in de gunst bij Jackie Jr. maar verliest punten bij Tony.

Om het jonge heethoofd Mustang Sally een lesje te leren, besluit Bobby 'Bacala' Baccilieri Sr. zijn pensioen te laten voor wat het is, tot groot ongenoegen van zijn zoon en Oom Junior. Restauranthouder Artie Bucco moet in het reine komen met zijn gevoelens voor zijn vrouw Charmaine en zijn dienstertje Adriana. Carmela wil een actievere rol spelen bij Tony's therapie.

Wanneer de jongens willen gaan stappen in de Bada Bing zetten Ralphs licht ontvlambare relatie met een stripper uit de club en zijn obsessie met de film Gladiator een domper op de feestvreugde. Aan de universiteit van Columbia wordt Meadows relatie met Noah op de proef gesteld door haar om aandacht bedelende kamergenote Caitlin.

Tony kan Oom Junior ertoe overhalen om zijn kanker door een andere specialist te laten bekijken. Carmela overweegt om, op aanraden van Dr. Melfi, zelf ook in therapie te gaan. Angie, de vrouw van Big Pussy, beklaagt het zich al dat ze bij Carmela is gaan aankloppen om geld te vragen voor haar zieke hond. Christopher ondergaat in stille ergernis de vernederingen die de kinky Paulie hem tijdens zijn proefperiode laat ondergaan.

Thanksgiving komt eraan, maar de vete tussen Tony en Ralph loopt, ondanks de tussenkomst van Johnny Sack, helemaal uit de hand. Tijdens een feestje aan de unief ontdekken Meadow en Jackie Jr. dat ze meer met elkaar gemeen hebben dan enkel maar hun maffiavaders.

Tony geeft Carmela een met saffieren bezette ring voor haar verjaardag, en Christopher overhandigt Adriana de sleutels van haar eigen muziekclub. Anthony Jr. wordt betrapt tijdens het vernielen van het schoolzwembad, maar moet vaststellen dat de strafmaat niet bepaald is wat hij verwacht had. Tony maakt een proefritje met een nieuwe Mercedes en met Gloria, de Mercedes-verkoopster (Annabella Sciorra).

Een slaapdronken Tony haalt herinneringen op aan voorbije kerstdagen en belandt prompt in de spreekkamer van Dr. Melfi. Janice organiseert het gevreesde jaarlijkse Kerstdiner. Silvio droomt van verdwenen kaas en een vuile rat. Bacala trekt met tegenzin het oude Kerstmanpak van Pussy aan voor een feestje. Tony en Furio hebben een feestelijke verrassing in petto voor de Rus die Janice hardhandig aanpakte.

Paulie en Christopher beleven een nachtmerrieachtige trip door de bossen van South Jersey wanneer ze proberen een uitstaande schuld van een Russische gangster te incasseren. Meadow koestert intussen vermoedens dat Jackie Jr. haar bedriegt en Tony komt tot de vaststeling dat de eisen van zijn gezin zijn romance met Gloria in gevaar brengen.

Geïnspireerd door een verhaal van Ralph over hoe zijn vader een "made man" werd, besluit Jackie Jr. om tijdens een kaartavond zijn eerste stappen op het pad van de georganiseerde misdaad te zetten. Dr. Melfi herinnert Tony aan de psychologische parallellen tussen zijn relaties met Gloria en met zijn moeder en Tony vindt het steeds moeilijker om tijd te besteden aan zijn "geschifte liefde". Carmela besluit, overmand door schuldgevoelens, een interessante biecht af te leggen bij de parochiepriester.

A.J. begaat andermaal een academische flater, waardoor zijn ouders zich gedwongen zien om hem naar de militaire school te sturen. Tony draagt Ralph op om de toestand rond Jackie Jr. eigenhandig op te lossen, maar lijkt achteraf de zijde van Ralph te kiezen in een geldkwestie tussen hem en Paulie. Het gezin komt voor de zoveelste keer samen in het restaurant van Artie Bucco, waar Meadow mijmert over wat het betekent om een Soprano te zijn.

De recessie laat zich ook gevoelen bij de Soprano's en Tony en Carmela maken zich zorgen over hoe het gezin financieel verder moet. Nu zijn rechtzaak op til is, moet ook Junior zijn eigen geldzorgen onder ogen durven zien. Adriana brengt haar nieuwe vriendin mee naar het traditionele zondagsetentje bij de Soprano's, maar ze heeft er totaal geen benul van wie Danielles werkgevers zijn. Tony verstevigt zijn banden met Christopher door hem de kans te geven om de moord op zijn vader te wreken.

Het klettert tussen Meadow en haar ouders wanneer ze verkondigt dat ze er de brui aan geeft op de universiteit en naar Europa vertrekt voor een rondreis. Tony stuurt haar naar een psycholoog, maar dat maakt de zaken er alleen erger op. Christopher wordt tot capo van Paulies crew bevorderd terwijl Paulie zijn straf uitzit, maar hij lijkt niet meteen uit het goede leidershout gesneden. Danielles undercoveroperatie met Adriana loopt op een sisser af.

Silvio en Ralphie zetten zich schrap om in actie te schieten als ze vernemen dat een groepje Indianen de jaarlijkse Columbus Day Parade willen verstoren met een protestactie. Bobby krijgt een vreselijke klap te verwerken. Paulie blijft Johnny Sack vanuit de gevangenis belangrijke informatie toestoppen. Janice maakt een einde aan haar vluchtige affaire met Ralphie.

Het zit er bovenarms op tussen Ralphie en Johnny Sack nadat Ralphies onbeschofte opmerkingen over Ginny in de openbaarheid zijn gekomen. Carmela brengt een bezoekje aan de nieuwe woning van Furio en ze komt tot de ontdekking dat ze zich steeds meer tot hem aangetrokken voelt.

Tony ontdekt tot zijn verbazing dat hij het nieuwe racepaard van Ralphie een warm hart toedraagt. Hij brengt meer tijd door in de paardenstallen dan bij Carmela, die bovendien niet te spreken valt over hun nieuwe financiële regeling. De FBI begint Adriana intussen steeds meer onder druk te zetten, terwijl Janice niet aarzelt om de rouwende Bobby rond haar vinger te draaien.

Tony wordt overstelpt door schuldgevoelens wanneer hij slecht nieuws verneemt in verband met een oude vlam. Hij plooit zich van de weeromstuit dubbel om zijn naasten te bewijzen hoeveel hij van hen houdt. Artie wordt in de luren gelegd en doet een beroep op Tony om hem te helpen. Christopher kan niet van de drugs afblijven en bevindt zich in een neerwaartse spiraal. Carmela organiseert een blind date voor Furio...

Tony en Ralph raken betrokken bij een louche immobiliëntransactie met een corrupt politicus, maar het wordt pas echt ingewikkeld wanneer Zellman aan Tony opbiecht dat hij een relatie heeft met zijn oude vriendin. Adriana wil dat Christopher met haar trouwt in de hoop dat haar "werk" voor de FBI op die manier nietig zou worden. Paulie komt uit de gevangenis en belegt een nieuwe ontmoeting met Johnny Sack.

Tony begint een affaire met de recentste verovering van Ralph en hij verneemt van zijn zus Janice dat hij er enkele verrassende bedgeheimpjes op nahoudt. Carmela spreekt heimelijk Tony's verborgen geldvoorraad aan. Intussen plaatst Paulie zijn moeder in een bejaardentehuis. Furio vliegt naar Italië terug om er zijn vader raad te vragen over zijn gevoelens voor Carmela en het advies dat hij krijgt, is niet mis te verstaan.

Junior maakt handig gebruik van een verwonding die hij opliep buiten het gerechtsgebouw om zijn verdediging over een compleet nieuwe boeg te gooien. Ralphie stelt zich ernstige vragen bij de manier waarop hij zijn leven leidt wanneer zijn zoontje zwaargewond raakt bij een boogschietincident. Een brand in de stallen veroorzaakt de dood van Tony's favoriete koerspaard en hij vermoedt dat Ralphie er voor iets tussenzit.

Wanneer zijn eigen mannen zich vragen beginnen te stellen over de plotse verdwijning van Ralphie, schakelt Tony de hulp van Johnny Sack in. Hij ziet er ook op toe dat Christopher, die compleet van slag is door de drugs, naar een ontwenningskliniek gaat. Zijn groepstherapie ontaardt echter in een gevecht. Bij zijn terugkeer uit Italië gedraagt Furio zich merkelijk afstandelijker tegenover Carmela.

De spanningen tussen de clans uit Jersey en New York lopen hoog op wanneer Tony en Carmine het oneens blijken over de winstverdeling van een zwendel met onroerend goed. Ook Janice haar geduld raakt uitgeput, en de rouwende Bobby begint danig op haar systeem te werken. Tony treft een beslissing in verband met zijn therapie. Junior moet een nieuwe strategie uitstippelen voor zijn verdediging want de rechter heeft zijn recentste argumenten van tafel geveegd.

Furio neemt zijn ontslag uit de Soprano-crew en keert naar Italië terug. Carmela is er het hart van in en belandt in een depressie. Paulie probeert zijn trouw aan de Soprano's te bewijzen, maar zijn inbraakplannetje eindigt op een gewelddadige noot. Tony's vete met de clan van New York begint intussen zijn financiële tol te eisen, tot Johnny Sack hem plots een voorstel doet dat hun beider problemen kan oplossen.

Tony en Johnny Sack bundelen hun krachten om Carmine een hak te zetten, maar Tony heeft het spelletje door en hij overweegt een andere optie. Intussen probeert hij af te dingen bij een advocaat die hem zijn strandhuis wil verkopen, een cadeautje waarmee hij Carmela wil plezieren. De rechter velt een belangrijk oordeel in de zaak-Junior en Christopher keert, gezond en wel, uit de ontwenningskliniek terug. Wanneer Tony's voormalige maitresse haar treitert via de telefoon, is het voor Carmela welletjes geweest.

Nu Tony gescheiden leeft van Carmela begint Dr. Melfi zijn romantische interesse op te wekken. Wanneer een beer haar huis bedreigt, zit er voor Carmela niets anders op dan Tony's hulp in te roepen. Johnny Sack ziet een kans op promotie wanneer Carmine getroffen wordt door een beroerte. Na haar huwelijk met Bobby, probeert Janice zich aan het echtelijke leven aan te passen. Het komt tot een hoogoplopende ruzie tussen Paulie en Christopher als die laatste voor de zoveelste keer de rekening moet betalen.

Tony organiseert een "welkom terug"-feestje voor zijn neef, Tony Blundetto, die op borgtocht werd vrijgelaten uit de gevangenis. De FBI blijft Adriana onder druk zetten voor extra informatie. Het overlijden van Carmine zet de deuren wijdopen voor Johnny Sack, maar Little Carmine heeft daar zo zijn eigen ideeën over. Tony krijgt andermaal lucht van een verklikker binnen zijn organisatie.

Feech gaat een stapje te ver wanneer hij probeert een graantje mee te pikken van Paulies tuindeals. Tony begint zich ernstig zorgen te maken over de geestesgesteldheid van Oom Junior. Blijkbaar zwerft Junior in zijn oude buurt rond, op zoek naar zijn lang overleden broer. Terwijl de vijandelijkheden in New York hand over hand toenemen, geeft Johnny Sack aan de gebroeders Leotardo de opdracht om Little Carmine een niet mis te verstane boodschap te sturen.

Tony en Carmela maken ruzie nadat A.J. een woeste nacht heeft beleefd in de Big Apple. Tony moet noodgedwongen ingrijpen wanneer blijkt dat Feech niet kan nalaten om buiten de lijntjes te kleuren. Carmela voelt zich aangetrokken tot de studiebegeleider van A.J. Intussen eist de oorlog in New York zijn eerste twee slachtoffers.

Omdat hij Adriana maar niet uit zijn hoofd kan zetten, besluit Tony opnieuw te rade te gaan bij Dr. Melfi. Tegelijkertijd maakt hij zich ook ernstig zorgen over het feit dat hij misschien huidkanker heeft. Omdat Christopher weg is op "zakenreis", beginnen de andere bendeleden te praten over de geruchten die in verband met Adriana de ronde doen.

Tony B. heeft zich, na zijn vrijlating, vast voorgenomen om voortaan het rechte pad te bewandelen. Terwijl hij voorbereidingen treft om zijn eigen massagecentrum te openen, brengt een geheimzinnige zak met geld hem echter terug op het slechte pad. A.J. trekt opnieuw bij zijn moeder in na een ruzie met Tony. De relatie tussen Carmela en de studiebegeleider van haar zoon wordt intussen steeds intenser.

Tijdens de begrafenis van zijn tante ziet Tony op het kerkhof een vrouw bij het graf van zijn ouders staan. Fran Felstein beweert dat ze de maitresse van zijn vader was. Tony luistert aandachtig naar haar verhalen over zijn ouders en zijn jeugd en bouwt een vertrouwensrelatie met haar op. Christopher neemt zijn beste maatje uit de ontwenningskliniek mee naar een pokeravond met hoge inzetten. Maar wanneer die zijn schulden niet kan inlossen, aarzelt Christopher niet om zijn "buddy" wat fatsoen bij te brengen.

Carmela nodigt Tony uit op het verrassingsfeestje dat ze voor de 75ste verjaardag van haar vader organiseert. De avond zelf eindigt ook op een verrassende noot. Intussen proberen twee van Little Carmines mannen de tegenstribbelende Tony Blundetto te rekruteren voor een wraakactie tegen de trawanten van Johnny Sack. Na lang aarzelen stemt Tony B. toe.

Er komen Johnny Sack geruchten ter ore dat Tony B. betrokken was bij de aanslag op Joey Peeps, zijn naaste medewerker en beschermeling. Sack en Little Carmine treffen voorbereidingen voor een oorlog op alle fronten. Meadow behartigt de financiële belangen van haar vriendje en ze voert de druk op wanneer er geen schot komt in hun relatie. Carmela ontdekt dat Tony al haar pogingen om een echtscheidingsadvocaat in te huren vakkundig heeft gedwarsboomd. Tony gaat met zijn schuldgevoelens over de opsluiting van zijn neef te rade bij Dr. Melfi.

Nadat ze een andere moeder heeft aangevallen tijdens de voetbalwedstrijd van haar stiefdochter, moet Janice een cursus woedebeheersing volgen. Ook Tony moet zijn woede onder controle proberen te houden wanneer Johnny Sack een wraakactie tegen de Soprano's onderneemt. Christopher en Tony B. leggen hun geschillen bij wanneer ze samen op pad moeten om op het platteland enkele lichamen definitief te laten verdwijnen.

Wanneer zijn recentste verovering na een kookongelukje in het ziekenhuis belandt, ontsnapt Tony naar het Plaza Hotel om eindelijk van een zalige nachtrust te genieten. Maar in zijn slaap valt hij ten prooi aan een vreselijke nachtmerrie, waarin hij achtervolgd wordt door gezichten uit zijn verleden. Er valt weer een slachtoffer in de oorlog tussen Johnny Sack en Little Carmine en Tony B trekt naar New York om zich te wreken.

De FBI ontdekt nieuw bewijsmateriaal en aarzelt niet om de druk op Adriana op te voeren. Adriana laat zich vermurwen en probeert Christopher ervan te overtuigen om samen met haar in het getuigenbeschermingsprogramma te stappen. Tony en Carmela beleggen een lunchafspraak om een eventuele verzoening te bespreken. Eén van de voorwaarden is een nieuw vastgoedproject voor Carmela. Johnny Sack stelt Tony voor een ultimatum, maar die is niet van plan om zijn neef zomaar op te geven.

Tony komt onder druk te staan wanneer zelfs zijn eigen mannetjes beginnen te eisen dat hij zijn neef overdraagt aan Johnny Sack. Nadat hij zijn hart heeft uitgestort op de sofa van Dr. Melfi, treft hij eindelijk een besluit. A.J. blijkt, ondanks alles, toch wat zakelijk bloed in zijn aderen te hebben. Christopher vertelt aan Carmela dat hij en Adriana een punt hebben gezet achter hun relatie. Tony belegt een ontmoeting met Johnny Sack om de vrede tussen Jersey en New York te herstellen, maar dat is buiten een verrassing van de FBI gerekend...

Tony maakt zich ernstig zorgen over het nakende RICO-proces van Johnny Sack en de impact die dat zal hebben op de misdaadfamilies uit New York en New Jersey. Junior begint steeds meer te dementeren. Eugene erft een grote som geld, maar hij kan er niet mee doen wat hij zou willen. De modelwoning van Carmela wordt geplaagd door constructieproblemen.

Terwijl de mannen opnieuw het verlies van een collega moeten verwerken, droomt de comateuze Tony van een leven als "burger". Hij is op zakenreis naar de westkust, maar zijn plannen worden in de war gestuurd doordat hij voor iemand anders wordt aangezien. Carmela, Meadow en A.J. waken intussen aan zijn bed. Tijdens Tony's afwezigheid ontstaat er een machtsvacuüm dat enkele handlangers maar al te graag zouden opvullen.

Tony bevindt zich nog steeds in een coma en beleeft zijn droom verder. Het extra werk dat Silvio moet verzetten, eist een tol van zijn gezondheid. Carmela heeft steeds meer moeite om A.J. onder controle te houden. Vito en Paulie maken ruzie over de winsten van een recente klus. Christopher wil het er nog eens op wagen in de filmbusiness.

De verkoop van Barone Sanitation wordt bemoeilijkt door een zoon die duidelijk niet snapt hoe de vork aan de steel zit. Tony, die herstellende is, raakt verwikkeld in een discussie over godsdienst en dinosaurussen. Paulie ontdekkend iets schokkends in verband met zijn opvoeding. Bobby helpt een wannabe rapper met zijn stoere imago.

Johnny Sack dient een verzoek in om tijdelijk de gevangenis te mogen verlaten voor de bruiloft van zijn dochter. Tony besluit zich tijdens zijn herstel met wat tastbaarder bescherming te omringen en hij zorgt ervoor dat hij niet zwak overkomt. Een toevalllige ontmoeting in een club laat Vito in totale verwarring achter.

Voor de aanslag op Rusty krijgt Tony hulp vanuit Italië. Vito probeert te ontsnappen wanneer zijn dubbelleven aan het licht komt en Tony over zijn lot moet beslissen. Carmela, die zich een beetje uitgerangeerd voelt door de hectische agenda van Angie, besluit de constructie van haar woning opnieuw op te starten, maar dat verloopt niet van een leien dakje.

Restauranthouder Artie ziet het niet meer zitten. Niet alleen moet zijn Vesuvio heel wat klanten inleveren aan betere restaurants, ook in de interne keuken blijkt iets louche aan de gang. Christopher en Little Carmine trekken westwaarts om hun film op de sporen te krijgen. Christopher raakt geobsedeerd door de Hollywoodiaanse luxe. De jacht op Vito gaat onverminderd door.

A.J. probeert zijn levensstandaard wat op te krikken en uitgebreider te genieten van de privileges die de naam Soprano met zich meebrengt. Tony laat zich intussen verleiden door een "onroerend" aanbod van een vrouwelijke makelaar. Op allerlei manieren. De toenemende aanwezigheid van grote bedrijven zet een domper op de afpersingspraktijken van Patsy. Vito is onder de indruk van iemand anders heldhaftige gedrag tijdens een brand.

Christopher doet een mededeling waarmee hij iedereen verrast. Paulies bezuinigingen tijdens een Italiaanse straatmarkt breken hem zuur op. Na een ouderwetse, geslaagde kraak voelt Tony zich herboren. Carmela begint vraagtekens te plaatsen bij de "verdwijning" van Adriana...

Tony haalt zijn voordeel uit de financiële ellende van Johnny Sack en hij probeert te verhinderen dat Carmela haar woning afmaakt. Bobby Bacala loopt een verwonding op aan zijn oog. Janice gaat in de clinch met Tony over de manier waarop hij haar en Bobby behandelt. Vito begint hevig naar zijn oude levensstijl terug te verlangen.

Tijdens haar verblijf in Parijs met Rosalie begint Carmela het leven van een andere kant te bekijken. Meadow besluit om zich met Finn in het westen te gaan vestigen. Phil blijft er bij Tony op aandringen om Vito uit de weg te ruimen. Tony stelt zijn zoon A.J. voor een ultimatum.

Phil Leotardo wil de cirkel van wraak en vergelding tussen de families uit New York en Jersey niet doorbreken. Christopher worstelt met zijn verslavingen. Tony besluit uiteindelijk toch dat het een goede zaak is dat Carmela zich bezighoudt met de constructie van haar modelwoning. A.J. komt aanzetten met een nieuw vriendinnetje.

Tony wordt 47 en Bobby en Janice willen dat vieren door in hun vakantiehuisje in de Adirondacks een woest verjaardagsfeestje te organiseren. De dingen die Tony gedaan heeft na de arrestatie van Johnny Sack blijven hem echter achtervolgen. A.J. profiteert van de afwezigheid van zijn ouders om thuis zijn eigen feestje te organiseren.

Cleaver, de film van Christopher, gaat in première en maakt in één klap duidelijk hoe hij over Tony denkt. Johnny Sack krijgt met gezondheidsproblemen te kampen. Phil Leotardo heeft een hekel aan zijn familie - en zichzelf - omdat ze zo zwak en uitgeteld zijn. Silvio raakt betrokken bij het machtsvacuüm in New York.

Als de bewijzen van Tony's allereerste moord boven water dreigen te komen, slaat hij met Paulie op de vlucht naar Florida. Daar bezint hij zich over hun vriendschap. Junior organiseert een pokertoernooi in de instelling. De machtsstrijd in New York gaat onverminderd door.

Maria Spatafore komt bij Tony aankloppen omdat ze wil dat hij haar helpt met de rebelse Vito Jr. Hij stuurt Phil op hem af, die de klus met tegenzin klaart. Tony's zoveelste tegenslag veroorzaakt een breuk tussen hem en Hesh. A.J. treft een belangrijk besluit met betrekking tot zijn toekomst en doet een huwelijksaanzoek aan Blanca.

De relatie tussen Christopher en Paulie krijgt het hard te verduren en Tony kan Paulie niet helemaal ongelijk geven. A.J., die zijn huwelijksaanzoek door Bianca afgewezen zag, zinkt weg in een depressie. Tony geeft de namen door van de Arabieren die in de Bada Bing rondhingen, in de hoop dat het ooit in zijn voordeel zal spelen.

Twee misdaadfamilies ruziën over een geval van asbestverwijdering: de Soprano's en de Lupertazzi's. Tony bewerkt een problematische zakenpartner. Paulie krijgt een schokkend persoonlijk verlies te verwerken. A.J. stelt zijn vriendschap met Jason Parisi en Jason Gervasi in vraag.

Tony onderneemt verwoede pogingen om de breuk tussen de misdaadfamilies uit New Jersey en New York te lijmen. A.J. kampt nog steeds met een allesverterende depressie. Een zakenpartner uit New York overschrijdt een grens bij Meadow.

Net nu Phil Leotardo beslist heeft hoe hij de recente problemen met de Soprano's wil gaan aanpakken, hangt het spook van het verraad dreigend boven Tony's manschappen. Een moordaanslag loopt faliekant af, met gruwelijke gevolgen. De manier waarop A.J. met zijn depressie omgaat, krijgt een knauw.

Tony probeert vrede te sluiten met de mannen van Leotardo. Aan het thuisfront probeert hij te achterhalen of de geruchten dat een van zijn crew hem verraden heeft, kloppen. A.J. treft een besluit met betrekking tot zijn toekomst. Junior glijdt steeds verder weg in zijn dementie.