Paulie et Silvio ont une promotion, Furio est le bienvenue alors que Pussy est mis de côté. Chris, quant à lui, devient frustré car ses ambitions hollywoodiennes ne mènent nulle part...

Pour dissiper les soupçons du FBI sur lui, Tony retroune travailler à des heures régulières à son vrai job.

Pour la première fois, Carmela accompagne Tony lors de l'une de ses séances thérapeutiques. Là, elle déclare que la condition de Tony est sans doute la conséquence de sa culpabilité vis-à-vis de son infidélité permanente. De son côté, le tueur à gages Bobby Baccalieri sort de sa retraite à la demande des Spatafore : il y a du règlement de comptes dans l'air...

Alors qu'il se relaxe au Bada Bing, Tony est accosté par une jeune danseuse, Tracee. Celle-ci tient absolument à remercier son patron pour un habile conseil qu'il lui aurait donné. Quelques jours plus tard, la jeune femme, qui est enceinte de Ralph Cifaretto, insulte ce dernier devant ses amis. La correction ne se fait pas attendre : Tracee est retrouvée morte dans le parking du Bada Bing, battue à coups de poing. Découvrant le cadavre de Tracee, Tony n'a plus qu'une idée en tête : se venger...

Pauli et Chris se rendent chez un Russe pour récupérer une somme d'argent. Mais la rencontre s'envenime, et une bagarre éclate. Meadow s'interroge au sujet de la fidélité de Jackie. Elle décide de lui faire une petite visite...

Alors que Christopher est promu, Meadow pense sérieusement abandonner ses études pour partir en Europe avec ses amis. Tony met en garde Janice à propos de son amant. Et Adriana découvre que son amie Danielle travaille bien pour le FBI...

Johnny Sack, particulièrement remonté, cherche à se venger après avoir entendu une remarque désobligeante sur sa femme. Meadow envisage de faire du bénévolat dans un centre juridique du Bronx. Silvio et Christopher font des propositions à un ancien de la mafia. Et Carmela et Tony se disputent à propos des finances familiales...

Tony et Ralph négligent les conseils financiers d'un professionnel, le cousin de Carmela, à propos d'un montage financier lucratif. Adriana est anxieuse à l'idée de se marier. Et Paulie sort finalement de prison...

Allongé sur le divan, Tony se livre à une estimation personnelle qui ne plaît guère au docteur Melfi. Anthony Jr. accompagne de mauvais gré sa mère voir Furio. Et Christopher n'a peut-être pas un venir aussi rose qu'il le croit...

Lors d'un rendez-vous donné dans l'arrière salle d'un club, Carmine, accompagné de Johnny, informe Tony qu'ils désirent avoir 40% de l'affaire. Devant son refus, ils envoient leurs gros bras tabasser l'expert en bâtiments de Tony. Le procès de l'oncle Junior est loin d'être terminé...

Carmela, ignorant les conseils de Rosalie, se rend chez Furio pour lui proposer de décorer l'appartement de sa mère. Tony aimerait prendre quelques jours de vacances avec Carmela. Quant à Furio, méprisant de plus en plus la façon d'agir de Tony, il décide de repartir en Italie...

Les temps changent : le paysage établi, dominé par l'alliance Soprano-Lupertazzi, se voit bouleversé par une vague de crimes organisés. Dans le même temps, Janice tente de rétablir tant bien que mal la tradition du déjeuner dominical en famille alors que Carmela et A.J. font l'expérience d'une certaine faune locale. Christopher lui, las de récolter des factures, entend bien changer cette habitude et c'est Paulie qui en fait les frais. Quant à Tony, il essaie de présenter à sa psychologue, le docteur Melfi, son "autre" lui...

Alors qu'il assiste aux funérailles de sa tante Concetta, Tony décide de se recueillir sur la tombe de ses parents. Il y retrouve une séduisante sexagénaire, appelée Fran Felstein, et comprend qu'il s'agit de la maîtresse de son père. Curieux, il commence à passer du temps en sa compagnie et découvre la vérité sur certains événements de son enfance. Elle lui apprend également que Hesh ne lui a pas donné sa part d'héritage. Tony décide de la récupérer pour elle...

En remarquant la blessure au pied de Tony Blundetto, Tony pense que ce dernier est mêlé au meurtre de Joe Peeps. Et, alors que ses crises d'anxiété recommencent, il décide de confronter son cousin avec ses informations. Carmela a décidé d'entamer les procédures de divorce et rencontre d'énormes difficultés à trouver un avocat acceptant de défendre sa cause. Quant à Meadow, elle voit sa relation avec Finn prendre une nouvelle tournure...

A New York, Tony rencontre Johnny à propos du sort de Tony Blundetto qui a liquidé Joe Peeps et Billy Leotardo. Cependant, malgré la position délicate dans lequel son cousin l'a mis, Tony décide de continuer à le protéger. Plus tard, il se réconcilie avec Carmela et, après avoir promis d'être fidèle, retourne s'installer dans leur maison. Pendant ce temps, dans les bureaux du FBI, Adriana est sur le gril. Pour avoir fait obstruction à la justice, elle risque 25 ans de prison. En dernier recours, elle promet de convaincre Christopher de trahir la "Famille". Quelques heures plus tard, Tony l'appelle et l'informe que Christopher est hospitalisé pour une tentative de suicide...

Tony s'inquiète à propos du procès de Johnny Sack et de son effet sur les familles de New York et du New Jersey. De son côté, Eugène hérite une grosse somme d'argent, mais il ne peut pas faire ce qu'il veut avec. Quant à Carmela, elle doit faire face à des problèmes de construction dans sa nouvelle affaire

Johnny Sack demande à sortir de prison pour assister au mariage de sa fille. Pendant ce temps, Tony s'entoure pour montrer que son coma ne l'a pas rendu plus faible. Quant à Vito, il est bouleversé par une rencontre fortuite.

Tony reçoit de l'aide de l'Italie pour le contrat sur Rusty. Alors que la double vie de Vito est mise à jour, Tony doit décider de son sort. Quant à Carmela, elle a du mal à faire redémarrer son affaire sans l'aide d'Angie.

Christopher fait une annonce qui surprend tout le monde, alors que Paulie fait un choix qui pourrait lui coûter cher. Pendant ce temps, Carmela découvre certaines choses qui lui font douter de la disparition d'Adriana.

Pendant ce temps, la réunion organisée par Little Carmine pour que Tony Soprano et Phil Leotardo fassent la paix, tourne mal.

Le cancer de John Sacrimoni continue de progresser. Pour le soutenir, sa femme et sa fille se rapprochent de la prison. Parallèlement, Christopher a terminé son film qu'il s'empresse de projeter devant toute la famille. Il contient de nombreuses révélations sur Tony

Tony et Paulie doivent prendre la fuite après la découverte, par le FBI, de la présence d'un cadavre dans une cave. A New-York, la lutte continue dans la famille mafieuse pour s'emparer de la place laissée vacante par John Sacrimoni...

Le fils d'Anthony Soprano déprime à la suite de sa rupture avec Blanca. Le boss fait tout pour que son fils retrouve le sourire et l'encourage à fréquenter des étudiants. De son côté, Christopher se sent rejeté par la bande qui n'accepte pas sa décision d'arrêter totalement l'alcool. Fatigué d'être la risée de tous, il cède à la tentation et parle de trahir les siens.

Tony Soprano rentre de son voyage à Las Vegas. Il retrouve son fils qui est au plus mal. Bien que celui-ci soit suivi par un thérapeute, il tente de se suicider mais son père intervient à temps et le sauve. Tony prend alors conscience de son état dépressif et se sent coupable de l'avoir transmis à son fils. Parallèlement, ses relations avec Phil Leotardo se dégradent dangereusement.