Walter a changé d'identité. Pour survivre, il doit retrouver les vidéos de Gus et s'assurer qu'elles ne tomberont pas entre les mains de Hank. Il lui faut entrer en contact avec Mike, qui est le seul à savoir où sont ces précieux enregistrements. Hélas, la police a déjà saisi les vidéos et les a mises sous scellés…

La police continue ses recherches sur les affaires de Gus. Elle s'intéresse notamment à une entreprise allemande, la Madrigal Eletromotive, à laquelle le malfrat était lié financièrement. Mike, lui, s'inquiète à cause de ses entretiens avec Hank. Coincé, il finit par accepter de travailler avec Walt et Jesse…

Walter envisage de mettre sur pied un laboratoire mobile, moins risqué, pour sa production de méthamphétamine. Il crée donc une entreprise de dératisation qui lui servira de société écran. De son côté, Jesse s'adresse à Badger et Skinny Pete pour l'approvisionnement des matériaux nécessaires à la construction du nouveau laboratoire. Le jeune homme décide par ailleurs de quitter Andrea et de prendre ses distances avec Brock. Marie ne comprend pas pourquoi sa soeur est si dure avec son mari et tente d'en parler avec elle. Walter et Mike ne sont pas d'accord sur la manière de répartir les profits de leur production…

Alors que l'anniversaire de Walter approche, Skyler, de plus en plus déprimée, songe à mettre fin à ses jours. Elle finit par avouer à son mari que son souhait le plus cher serait qu'il soit rattrapé par son cancer. Elle décide alors d'envoyer vivre leurs deux enfants chez sa soeur pour les éloigner de leur père et de ses activités. Dans le même temps, Hank et ses hommes font une descente dans les locaux de Madrigal Electromotive et procèdent à l'arrestation d'un des proches de Lydia. Celle-ci manipule Jesse et Mike pour ne pas éveiller leurs soupçons…

Walter profite d'une visite dans le nouveau bureau de son beau-frère pour lui confier ses problèmes conjugaux. Mais cet entretien n'est en fait qu'un prétexte pour cacher un micro dans les locaux de la police. Jesse, Mike et Walter ont du mal à faire confiance à Lydia, qui prétend que sa marchandise est surveillée par les forces de l'ordre. Pour montrer sa bonne foi et sauver sa peau, Lydia leur livre des informations confidentielles, censées leur permettre de s'approprier une grande quantité de drogue. Pendant ce temps, Junior se demande pourquoi sa mère tente de l'empêcher d'entrer en contact avec son père…

Jesse désapprouve les nouvelles méthodes employées par ses associés : traumatisé par le meurtre du jeune garçon, il exige le départ de Todd, mais Walter refuse catégoriquement. Le désaccord entre Jesse, Mike et Walter ne cesse de croître. De son côté, Skyler confie à sa soeur, Marie, qu'elle craint l'influence de Walter sur ses enfants…

Walter, Mike et Jesse veulent s'associer avec Declan afin qu'il s'occupe de la distribution de leur stock de drogue. Mike, qui cherche à se retirer de l'association, decide de vendre son stock de meth à Declan. Jesse quitte Walt à son tour, malgré les tentatives de celui-ci pour le retenir. Il se tourne alors vers Todd, dont il fait son nouvel assistant. Grâce au micro que Walt a caché dans le bureau de Hank, Mike apprend que son appartement va bientôt être fouillé par la police. Bredouille, Hank porte son attention sur Dan, l'avocat des complices de Mike…

Todd et Walter doivent se débarrasser du corps de Mike sans éveiller les soupçons de Jesse. Walt reprend contact avec Lydia, qui lui propose d'ouvrir sa propre distribution de drogue en République tchèque. Walt accepte et, pour éviter d'être la cible d'une vengeance, fait éliminer les complices de Mike par des malfrats proches de l'oncle de Todd…

Après avoir trouvé dans la salle de bains de Walter un livre dédicacé par Gale Boetticher, Hank a compris que son beau-frère était impliqué dans la fabrication de méthamphétamine bleue. Totalement déboussolé par cette information, il est pris de panique sur le chemin du retour. Plus tard, en reprenant tout le dossier, il réalise qu'il a fait fausse route depuis le départ. Walt, de son côté, à tenu sa promesse envers Skyler et a cessé ses activités criminelles. Il commence à travailler à la station de lavage de voitures et souhaite en ouvrir une nouvelle. Malheureusement, ses derniers examens de santé sont mauvais…

Un matin, un vieil homme quitte sa maison et découvre une liasse de billets dans son allée. En regardant dans la rue, il en voit d'autres. En suivant les liasses, il finit par trouver la voiture de Jesse, accidentée dans un parc. Jesse est allongé sur un carousel, le regard vide. Après sa confrontation avec Hank, Walt cherche désespérément à contacter Skyler. N'obtenant pas de réponse, il se rend de toute urgence au car wash, mais après avoir parlé avec Hank au téléphone, elle a quitté les lieux pour retrouver son beau-frère dans un restaurant. Il lui assure qu'elle n'a plus rien à craindre de Walt…

Walt et Skyler retrouvent Hank et Marie dans un restaurant. Ils tentent de les convaincre de reprendre le cours de leur vie, en tâchant d'oublier ce qu'ils ont découvert, puisque Walt risque de toute façon de ne plus être là dans quelques mois. Cependant, Hank refuse de laisser tomber son enquête. Avant de le quitter, son beau-frère lui laisse un DVD contenant ses confessions. Walt y affirme avoir été obligé de se lancer dans la fabrication de méthamphétamine sous la pression de Hank. De son côté, Jesse est libéré de prison. Walt parvient à le persuader de quitter la région sous une nouvelle identité…

La voiture de Saul est garée dans l'allée de la maison de Walt et la porte d'entrée est ouverte. Pensant que Jesse l'attend, il passe par derrière mais, une fois entré, il constate qu'il n'y a personne. De l'essence a été répandue partout dans le salon. Walt essaie en vain de tout nettoyer…

Lydia critique la qualité de la drogue produite par Todd, qui se voit chargé, par Walt de proposer un contrat à son oncle. Jesse suggère un nouveau plan d'action à Hank et Gomez : s'en prendre à l'argent de Walt. Dans le hangar, Walt rencontre Todd et son oncle, pour planifier l'élimination de Jesse. Les deux hommes acceptent à la condition que Walt contribue à améliorer leur produit…

Walt et Jesse survivent à la fusillade dans le désert. Cette fois, Walt espère que Jack, l'oncle de Todd, s'acquittera de sa part du marché en éliminant son ex-assistant. Mais Todd parvient à convaincre son oncle de garder Jesse en vie, afin qu'il transforme ce qu'il leur reste de méthylamine. Pendant que Walt révèle à Jesse la vérité sur la mort de Jane, Marie va trouver sa soeur à la station de lavage. Après un appel de Hank, elle pense que le mari de Skyler est désormais sous les verrous. Pourtant, quand elle rentre chez elle, Skyler trouve Walt à la maison, prêt à fuir avec elle et les enfants…

Walt est prêt à quitter Albuquerque pour toujours, sous une nouvelle identitée concoctée par le contact de Saul. L'avocat est lui aussi en fuite, car il sait que les autorités ne tarderont pas à faire le lien entre lui et Heisenberg. Walt essaie de le convaincre de le suivre, mais sans succès. Chacun suit sa propre voie. Pour le chimiste, une nouvelle vie démarre bientôt dans le New Hampshire. Le contact de Saul l'emmène dans une cabane perdue dans une montagne enneigée, qu'il ne pourra pas quitter avant des mois s'il veut éviter d'être arrêter. Pourtant, Walt n'a pas l'intention d'attendre sa mort dans ce lieu perdu…

Walt est de retour à Albuquerque pour régler ses comptes. Il se rend tout d'abord chez Elliott et Gretchen Schwartz, à qui il confie une très importante somme d'argent, qu'ils auront pour mission de faire parvenir à sa famille. Le couple hésite, mais il les convainc finalement par la menace. Ensuite, Walt rend visite à Skyler pour la dernière fois et lui avoue enfin qu'il n'a pas seulement agi pour protéger les siens. Plus tard, il retrouve Todd et Lydia et leur explique qu'il a trouvé une nouvelle formule chimique permettant de fabriquer de la drogue plus facilement. Enfin, il se rend dans la cachette de Todd et son oncle…