Per il sedicesimo compleanno di Jenny, Serena decide di organizzare un grande party, ma la ragazza preferirebbe una cosa in famiglia e le chiede di annullarla. Tuttavia, quando le Perfide insinuano che non si sarebbe presentato nessuno, Serena decide di farla lo stesso. Scopertolo, per ripicca Jenny posta un messaggio su Gossip Girl per invitare ancora più gente; la situazione, però, sfugge di mano, tanto da richiedere l'intervento della polizia. Del disastro viene incolpata Serena, che decide di partire con la sua amica Poppy Lifton e il ragazzo di questa, Gabriel, per una vacanza di una settimana in Spagna. Blair vorrebbe che il suo rapporto con Nate diventasse più di una semplice amicizia. Intanto, Vanessa viene a sapere da Chuck che il motivo per cui Nate non la chiama da una settimana è che si vede con Blair, e i due decidono di attuare un piano per farli ingelosire. Di conseguenza, alla festa di Jenny, Vanessa e Chuck si baciano di fronte a Nate e Blair. Quest'ultima, sconvolta, cerca di andare a letto con Nate, ma il ragazzo rifiuta. Il giorno dopo, credendo di aver ormai perso Nate, Blair va al parco e vi trova il ragazzo, venuto a scusarsi. Mentre i due si baciano, Vanessa e Chuck vanno a letto insieme. Rufus scopre che la domanda di Dan per una borsa di studio è stata rifiutata e, preoccupato di non avere abbastanza soldi per mandare il figlio a Yale, accetta il consiglio di Lily di contattare un'agenzia immobiliare per vendere il loft e trasferirsi tutti a casa della donna. Alla fine, però, Rufus rinuncia al suo proposito perché lui e Lily capiscono di non essere ancora pronti a vivere insieme. Intanto, Dan contatta un suo ammiratore che gli ha spedito una lettera per complimentarsi del suo racconto pubblicato sul New Yorker. Si scopre così che l'ammiratore di Dan è Scott, il figlio di Lily e Rufus, che ha scoperto di essere stato adottato. Alla telefonata, però, rispondono i genitori adottivi, che decidono di non dire al figlio che Dan ha chiamato.

Le vacanze estive sono quasi finite e Serena torna a New York dopo aver passato l'estate in giro per il mondo ad attirare l'attenzione dei paparazzi insieme a Carter Baizen, delusa perché il padre non ha voluto parlare con lei. Chuck e Blair, invece, si sono divertiti a giocare, facendo adescare a lui numerose ragazze da far umiliare a Blair per tenere vivo il loro rapporto, ma poi decidono di smettere. Nate è tornato con una misteriosa ragazza, Bree, della quale inizialmente non conosce l'identità, ma, quando scopre che appartiene alla famiglia rivale dei van der Bilt, i Buckley, decide comunque di uscire con lei nonostante il nonno cerchi di convincerlo a tornare a lavorare per il sindaco. Vanessa, che ora esce con Scott, litiga con Dan, che ritiene essere troppo cambiato ora che è diventato ricco. Per fare pace, la ragazza convince Rufus ad invitarla, insieme a Scott, all'annuale partita di polo dei van der Bilt, ma i due hanno nuovamente un diverbio.

Lily è arrabbiata con Rufus, che incolpa di non aver impedito a Serena di rinunciare alla Brown. I figli, però, riescono a farli riappacificare e la coppia decide di sposarsi il giorno dopo al giardino botanico. Intanto, Georgina torna in città e scopre che Dan esce con un'altra; ricatta quindi Vanessa dicendole che, se non li farà lasciare, rivelerà la vera identità di Scott. I tentativi di Vanessa, però, non vanno a buon fine e, quando Dan si convince che voglia che lasci Olivia perché è innamorata di lui, la ragazza gli confessa tutta la verità. Dan decide così di fingere di amare ancora Georgina per impedirle di rovinare il matrimonio, ma la ragazza capisce che è una farsa e riporta Scott a New York. Lily, nel frattempo, matura dei dubbi sulla scelta di sposarsi così di fretta e Scott assiste al litigio tra lei e Rufus, scappando sconvolto: Georgina rivela poco dopo alla coppia che Scott è il loro figlio, e i due riescono a impedirgli di andarsene. Lily ammette di essere terrorizzata perché, amando Rufus come non ha mai amato nessuno, ha paura di soffrire e la coppia, riconciliatasi, si sposa nel loft degli Humphrey. Anche Lily perdona Serena per la sua scelta di non andare al college, mentre Scott torna a Boston; Georgina, invece, viene mandata in Bielorussia con l'inganno. Nel frattempo, Chuck scopre i rapporti che legano Bree Buckley e Carter Baizen, e compra a quest'ultimo un biglietto aereo per lasciare New York. Carter, però, decide di essere onesto con Serena e raccontarle la verità: alcuni mesi prima dell'estate, avendo contratto numerosi debiti, aveva finto di voler sposare Beth, la cugina di Bree, per approfittare del suo patrimonio, ma l'aveva lasciata all'altare. Il ragazzo viene poi prelevato da alcuni membri della famiglia Buckley, mentre Bree e Nate si lasciano quando lei gli confessa di averlo solo usato per trovare Carter.

Pur avendo perdonato Blair, Chuck non si fida ancora di lei e chiede quindi a Serena di aiutarlo ad organizzare in ventiquattro ore l'inaugurazione del suo nuovo locale, il Village Club, chiedendole di non dire nulla a Blair. Quest'ultima, però, decide di aiutarlo comunque chiamando Jack per fargli ottenere la licenza per gli alcolici: quando Chuck lo scopre, le revoca l'invito perché voleva fare tutto con le sue forze, senza approfittare del nome dei Bass. Blair si presenta comunque alla festa, dove fa pace con Chuck e, dopo essere stata informata da lui che la licenza è falsa, chiamano la polizia per fare pubblicità al locale. Dopo la retata, Chuck decide di trasformare il locale in un club clandestino per soli soci. Intanto, mentre Jonathan ed Eric sfidano l'autorità di Jenny davanti alle Perfide, costringendola a vendicarsi di loro, KC chiede a Serena di far lasciare Dan e Olivia perché la ragazza risulta essere fidanzata con Patrick, il protagonista maschile della saga dei Cavalieri Eterni. Per soddisfare il suo capo, Serena chiede a Olivia di presentarsi all'inaugurazione del Village Club fingendosi per l'ultima volta la fidanzata di Patrick: la cosa, però, non sta bene a Dan, che arriva alla festa insieme a Olivia, attirando le ire di KC, alla quale Serena aveva fatto credere che i due si fossero lasciati. Per risolvere la situazione, Serena rivela pubblicamente la relazione tra Olivia e Dan, e finge di essere lei la ragazza di Patrick. Poco dopo, Serena scopre che Blair e Chuck hanno approfittato della presenza dei due attori per fare pubblicità al locale con una retata della polizia e si arrabbia con l'amica, rompendo i legami con lei.

Nel giorno del Ringraziamento Eleanor torna a casa da Parigi per dare a Blair una notizia importante: la ragazza, trovando un test di gravidanza, pensa che la madre sia incinta. In realtà, ad aspettare un bambino è Dorota, mentre Eleanor dice a Blair di aver deciso di trasferirsi definitivamente a Parigi con Cyrus. Mentre Jenny scopre dalla stessa Blair che è stato Eric a sabotarla al ballo delle debuttanti, Vanessa riceve la visita della madre Gabriela, che considera il Ringraziamento una festa commerciale: questa divergenza di opinioni porta tensione tra madre e figlia, che grazie a Dan, però, si riconciliano. Il ragazzo, inoltre, capisce di essere innamorato di Vanessa, ma Gabriela gli consiglia di tenere i suoi sentimenti per sé perché non vuole che la figlia soffra ancora come qualche anno prima. Intanto, Serena continua la sua relazione con Trip, che decide di divorziare da Maureen per stare con lei; tuttavia Nate, geloso, recupera un video delle telecamere degli ascensori dell'Empire che mostra Serena e Trip baciarsi e lo consegna alla moglie del cugino. Sia Trip, sia Maureen vengono invitati da Lily al Ringraziamento a casa sua: qui Maureen minaccia i due amanti di diffondere il video e Serena le promette che non vedrà mai più Trip, decidendo poi di partire per Parigi con Blair. Nel cercare il passaporto in cassaforte, però, la ragazza trova una lettera per lei da parte del padre, arrivata da qualche settimana, ma che Lily non le ha mai consegnato. La ragazza, così, decide di restare con Trip e i due partono insieme, nonostante Nate le confessi i propri sentimenti e le chieda una seconda possibilità.

Chuck continua a indagare su Elizabeth e, introdottosi nella sua camera d'albergo di nascosto, trova il pezzo mancante del medaglione, nel quale è infilata una foto di Elizabeth con un neonato in braccio. Nonostante la donna voglia spiegare a Chuck come stanno le cose, lui si rifiuta di darle una possibilità e così Serena organizza un incontro a insaputa del fratellastro. Chuck, però, offre a Elizabeth un assegno affinché se ne vada per sempre e la donna lo accetta; poco dopo, il ragazzo confessa a Blair che quello era solo un test, che la donna non ha superato. Nonostante questo, Serena non si arrende e chiede a Elizabeth perché è tornata: la donna le racconta di essere rimasta incinta a diciannove anni e che lei e Bart, non sposati, avevano deciso di dare il bambino in adozione, ma, alla sua nascita, Bart aveva deciso di tenerlo e lei gli aveva quindi chiesto di raccontare a Chuck che era morta di parto. Serena riesce a convincere la donna che, nonostante Chuck l'abbia respinta, non c'è figlio che non desideri conoscere i genitori; così Elizabeth restituisce l'assegno e racconta la sua storia a Chuck, che accetta di conoscere la madre. Serena, invece, decide di non voler più incontrare suo padre perché lui, pur avendo sempre saputo dove si trovava, non ha mai cercato di contattarla. Nel frattempo, mentre Dan e Vanessa decidono di stare insieme, Jenny esce con Damien, ma la relazione tra i due non è vista di buon occhio da Lily, che li sorprende in camera di Jenny e chiama Rufus. Quest'ultimo decide di portare la figlia a Brooklyn con lui, ma Jenny si ribella e se ne va con Damien, al quale porta delle pastiglie rubate a Lily. Quest'ultima viene a sapere da Vanya che forse Rufus la tradisce con Hollande.

Jack dice a Blair che, se vuole che l'hotel Empire torni a Chuck, dovrà passare la notte con lui; inizialmente restìa, vedendo la disperazione di Chuck la ragazza accetta, ma scopre che Jack e Chuck si erano messi d'accordo e lascia il ragazzo. Intanto, Serena organizza una festa a sorpresa per il compleanno di Nate: Jenny, decisa a conquistare il ragazzo, approfitta del gioco dell'Assassino per baciarlo, mentre Eric incontra un ragazzo, Elliot, e Vanya chiede a Dorota di sposarlo.

Spaventata dall'arrivo imminente dei genitori, ignari che sia incinta, Dorota decide di sposarsi il giorno seguente e Chuck si offre di organizzare il matrimonio per stare vicino a Blair e tentare una riconciliazione. Non sapendo dei loro problemi, Dorota chiede a Chuck e Blair di essere la coppia felice che, secondo la tradizione matrimoniale dell'est Europa, accompagna gli sposi alla cappella per portare loro fortuna. Alla cerimonia, però, Blair confessa a Dorota che lei e Chuck sono in crisi e informa il ragazzo che tra loro è finita per sempre, perché non è felice di quello che è diventata stando con lui. Nel frattempo, Elliot confessa ad Eric di essere bisessuale e che lui gli piace molto. Parallelamente, Carter torna in città e Serena lo vede di nascosto senza dirlo a Nate: il ragazzo, però, lo scopre e crede che lei lo stia tradendo; Serena gli confessa, allora, di non aver rinunciato a cercare suo padre e che Carter la sta aiutando. Dopo il matrimonio, Serena si allontana dalla festa per andare con Carter a Palm Beach, dove il ragazzo ha rintracciato il dottor van der Woodsen; scopre però che il ragazzo ha cercato di farla litigare con Nate e lo lascia a metà strada, chiedendo poi a Jenny d'informare Nate che lei non è più con Carter. Tuttavia, Jenny approfitta della situazione e tace la cosa a Nate, mentre Serena rimane sconvolta quando la porta della camera d'albergo del padre viene aperta da Lily, che teoricamente doveva trovarsi insieme a CeCe.

Jenny manda a Gossip Girl una foto di Serena e Dan che dormono nello stesso letto, facendo incrinare ancora di più i rapporti tra Serena e Nate. Blair, invece, cerca in ogni modo di evitare l'Empire State Building, ma, quando si decide a recarsi all'appuntamento con Chuck, a Dorota si rompono le acque e, per assisterla, la ragazza arriva in cima all'edificio in ritardo. Per cercare di porre rimedio alla situazione, va all'Empire dal ragazzo, dove la coppia torna insieme, ma Blair ignora che Chuck, credendo di averla persa per sempre, sia appena andato a letto con Jenny. Mentre Nate e Serena si lasciano, Jenny confessa a Eric e Dan l'accaduto, e il fratello prende a pugni Chuck proprio nel momento in cui sta per chiedere a Blair di sposarlo, facendo scoprire tutto alla ragazza. Blair lascia così Chuck per sempre e intima a Jenny di non farsi mai più vedere a New York, altrimenti la distruggerà. Una settimana dopo, Jenny lascia New York per andare a Hudson, dove finirà la scuola; Nate va a letto con molte ragazze contattate tramite il libro nero di Chuck; Serena e Blair partono per Parigi; Georgina torna in città comunicando a Dan di aspettare un figlio da lui; Chuck, a Praga, viene aggredito da un paio di malviventi che, quando il ragazzo cerca di opporsi al furto dell'anello di fidanzamento per Blair, gli sparano, lasciandolo a terra agonizzante.

Jenny torna a New York per fare un colloquio con Tim Gunn: quando Blair la scopre, le concede di restare a Manhattan un giorno, ma la ragazza potrà uscire di casa soltanto per recarsi al colloquio e non dovrà più farsi rivedere per un anno. Intenzionata a mantenere l'accordo per non irritare ulteriormente Blair, Jenny viene però attirata fuori casa da Chuck, che le ruba il portfolio con gli schizzi da mostrare a Tim Gunn. Blair lo viene a sapere e rovina i vestiti che la ragazza deve presentare a Gunn, dipingendoci sopra con la vernice la parola "whore" (puttana) e intimandole poi di tornare subito a Hudson con il treno. Per permettere a Jenny di rimediare al danno causato da Blair, Chuck la invita, con tutta la famiglia, alla cerimonia di premiazione dell'Observer, alla quale parteciperà anche l'uomo. Parlando con Gunn, Jenny scopre che a organizzare il colloquio è stato Chuck e, non volendo essere usata come arma nella guerra tra lui e Blair, si vendica dicendo a Gossip Girl che Blair l'ha esiliata da Manhattan perché è andata a letto con Chuck. Mentre Jenny torna dalla madre, Chuck e Blair stipulano una tregua per non distruggersi a vicenda. Nel frattempo, Serena va a letto con Colin, un uomo conosciuto da poco, scoprendo la mattina dopo che si tratta del nuovo professore di Psicologia del business. Volendo stare con lui, rinuncia al corso, ma poi, dopo alcune parole della madre, ci ripensa, e lei e Colin decidono di conoscersi meglio e cominciare una relazione al termine delle sette settimane di durata del corso. Colin, però, è in qualche modo legato a Juliet. Intanto Nate, andato in carcere a trovare il padre, v'incontra Juliet, che deve vedere il fratello Ben, ma la ragazza gli mente dicendo che è lì perché si occupa del programma di alfabetizzazione. Ben, saputo che la sorella vuole raccontare tutto a Nate perché lui è diverso dagli altri, fa aggredire il signor Archibald da alcuni detenuti come avvertimento per Juliet, che decide di lasciare Nate per non metterlo in pericolo.

Serena è preoccupata perché, da quando sono andati a letto insieme, Ben la evita; andata a trovarlo, scopre che il ragazzo ha ricevuto la visita della madre Cynthia, che si dimostra fredda nei suoi confronti. Nel frattempo, Chuck organizza una festa per festeggiare l'accordo con il compratore delle industrie Bass, ma lui e Lily sospettano che Russell sappia della falsa dichiarazione di Lily e abbia intenzione di usarla per far saltare l'accordo. La donna parla delle sue preoccupazioni a Serena, che, dopo aver saputo da Vanessa che è stato Ben ad aver fatto picchiare il padre di Nate in carcere, scopre che la copia della dichiarazione che aveva nascosto in camera è sparita e comincia a credere che sia stato proprio Ben a darla a Russell per poter tornare ad avere la fedina penale pulita. Alla festa di Chuck, Serena affronta Ben, ma poi Lily scopre che in realtà a rubare la dichiarazione è stata Cynthia, convinta che Russell avrebbe potuto agire per garantire al figlio una vita migliore, e, pur dopo essersi chiariti, Serena e Ben si lasciano. Russell minaccia Chuck di distruggere lui e la sua famiglia tramite la dichiarazione se non rinuncerà alle industrie, ma Lily decide di andare dal procuratore a denunciare quello che ha fatto cosicché nessuno possa più ricattarli con questa storia. Raina, che ha assistito alla scena, si sente tradita dal padre e decide di non ripartire per Chicago con lui; prima di lasciare la città, Russell confessa a Chuck di odiare suo padre Bart perché l'uomo causò un incendio nel quale morì la signora Thorpe. Intanto, mentre Nate comincia una relazione con Raina, Blair e Dan escono insieme, cercando di non farsi scoprire. Incerti sui loro sentimenti, decidono di baciarsi per vedere se si amano.

Serena continua a ricevere messaggi da Gossip Girl, che le intima di restituirle la password del blog: non volendo più essere al centro dell'attenzione della blogger, la ragazza decide di far prendere a Lola il suo posto come It Girl dell'Upper East Side, approfittando della gelosia che la cugina prova nei confronti di Diana, che ha scoperto essere la ex di Nate. Lola accetta di fare la modella per la sfilata d'intimo di Kiki de Montparnasse, ma durante l'evento Serena scopre che la cugina l'ha solo sfruttata per mettere fuori gioco Diana, che minacciava il posto di lavoro di Nate, e che non vuole far parte davvero dell'Upper East Side. Dopo essere stata contattata da un agente, però, Lola cambia idea e accetta di essere una It Girl, anche se Serena non lo vuole più. Intanto, Blair riceve i documenti del divorzio, ai quali manca solo la sua firma; la ragazza, però, è titubante nel farlo perché ha sempre voluto essere una principessa e, una volta ottenuto il divorzio, non lo sarà più. Scopre anche che non è stata Georgina, come da accordi, a farle ottenere il divorzio, ma Chuck, che ha pagato la sua dote. Nel frattempo il ragazzo scopre che sua madre si trova in Tibet, ma l'investigatore lo diffida dal cercare di contattarla perché non sa come potrebbe reagire. Senza sapere cosa fare, Chuck parla con Blair, l'unica persona a essergli stata accanto due anni prima quando Elizabeth era arrivata a New York, ma la ragazza pensa che abbia secondi fini. Alla fine, mentre Blair firma i documenti del divorzio grazie a Dan, che le fa capire di essere ancora la Queen B, l'investigatore dice a Chuck di aver contattato sua madre, che ha negato di essere stata lei a donargli il sangue. Nel frattempo, Rufus parla con Ivy, che accetta di restituire l'appartamento in cambio di un assegno e dello scongelamento dei beni; tuttavia Lily inganna la ragazza, facendole credere che ci sia un assegno per lei in banca, e, non appena Ivy esce di casa, si riprende l'appartamento. Rufus, rimasto molto deluso dal comportamento della moglie, che ha ingannato anche lui, resta invece al loft.

Mentre Blair e Dan decidono di debuttare come coppia organizzando un salotto letterario al loft del ragazzo, Lola ha un provino importante, che viene però disdetto a causa di un post di Gossip Girl che la definisce altezzosa. La ragazza comincia così a sospettare che ci sia Serena dietro il blog e parla a Nate dei suoi sospetti; il ragazzo, però, non le crede e racconta tutto a Serena. Quest'ultima, intanto, sente Diana parlare al telefono con Jack della donazione di sangue che lei ha fatto per Chuck e comincia a indagare, imbucandosi al salotto di Blair e Dan per parlare con la donna. All'evento si presentano anche, non invitati, Lola, che vuole dimostrare a Nate di avere ragione, Nate e Chuck. La ragazza segue Serena e Diana in un angolo del loft e manda in diretta su Gossip Girl il dialogo tra le due, durante il quale Diana confessa di essere la madre di Chuck. Il ragazzo rimane turbato e le chiede spiegazioni: Diana gli racconta di essere rimasta incinta molto giovane, quando era l'amante di Bart mentre lui era sposato con Elizabeth. Essendo coinvolta in brutti affari e visto che Elizabeth non poteva avere figli, Diana lasciò Chuck alla coppia, scomparendo dalla città; nel frattempo, Lola decide di smettere di essere una It Girl e lasciare l'Upper East Side. Parallelamente, Lily cerca di riavvicinarsi a Rufus e gli propone di vendere l'attico per comprare un nuovo appartamento tutto per loro; poco dopo, però, la donna scopre che il marito ha pagato il soggiorno in albergo a Ivy Dickens per tutto quel tempo e gli blocca le carte di credito.

Gossip Girl pubblica sul suo blog una pagina del diario di Blair nella quale la ragazza confessa di essere incerta sui suoi sentimenti per Dan; il ragazzo le dice quindi di fare la sua scelta tra lui e Chuck entro quella sera e di comunicargli la sua decisione alla festa di divorzio degli Shepherd. Blair, infuriata con Serena, responsabile di aver fornito le pagine di diario alla blogger, caccia di casa l'amica, che decide di vendicarsi. Quella sera, alla festa, Serena fa credere a Dan che con Blair sia tutto finito e che lei abbia scelto Chuck; i due fanno l'amore, ma poco dopo il ragazzo scopre che Serena si è inventata tutto e l'allontana in malo modo. Nel frattempo, Eleanor trasferisce alla figlia la Waldorf Design e le fa capire che ama ancora Chuck; Blair raggiunge quindi il ragazzo all'Empire per confessargli i suoi sentimenti, ma Chuck la respinge perché il padre lo ha appena estromesso dalle industrie Bass a causa dei gesti avventati che ha fatto per Blair, come pagarle la dote. Una settimana dopo, Chuck parte alla ricerca di Jack per chiedere il suo aiuto contro Bart e Nate offre a Lola di vivere con lui; la ragazza, prima di partire in tournée, trasferisce l'eredità della madre a Ivy facendole promettere di vendicarsi di Lily al posto suo. Serena, allontanata da tutti, ricomincia a drogarsi; Dan parte per la Toscana insieme a Georgina per scrivere un romanzo scandaloso sull'Upper East Side; Nate riceve da Diana un video nel quale si vede Gossip Girl incappucciata che ruba il portatile di Serena; Lily, dovendo annullare uno dei suoi matrimoni, sceglie di stare con Bart; Blair raggiunge Chuck a Montecarlo e gli promette di combattere per il loro amore.

Mentre Nate ha passato l'estate a New York costruendo un articolo per smascherare Gossip Girl e Dan è stato in Toscana a scrivere il suo romanzo insieme a Georgina, Blair e Chuck, dopo essersi promessi di stare insieme una volta raggiunti i propri obiettivi, hanno trascorso le vacanze una a Parigi, l'altro a Dubai a indagare su un affare che Bart stava conducendo prima di fingere di morire. Il gruppo fa però ritorno nell'Upper East Side quando, tramite Lily, si scopre che Serena non si vede da quattro mesi e nessuno ha notizie di lei. Nate, certo che Gossip Girl non abbia perso di vista Serena nonostante non abbia parlato di lei da primavera, scambia il video che mostra la blogger rubare il computer di Serena in cambio d'informazioni: i cinque arrivano così a una villa nei boschi, dove trovano Serena a una festa in compagnia di Steven Spence, sua nuova fiamma. Temendo che la ragazza, che si fa chiamare da tutti Sabrina, stia per sposarsi, Blair e Georgina bloccano la festa rivelando la sua vera identità. In realtà, Serena si è rifatta una vita con Steven e dice a Blair di voler proseguire senza di lei; gli amici tornano quindi a New York senza essere riusciti a convincerla a tornare. Serena arriva comunque in città poco dopo con Steven, al quale racconta tutta la verità. Intanto, Bart dà ad Amira, sua collaboratrice a Dubai, dieci milioni di dollari affinché non parli a Chuck dei suoi affari negli Emirati Arabi; Rufus, invece, viene sedotto da Ivy, ospite a casa sua dall'inizio dell'estate.