Mientras Misa asesina a más criminales y Light toma el cargo de L, Mello y Near comienzan a actuar. El primero, con la ayuda de la mafia, secuestra al jefe de la policía para hacer un intercambio por el Death Note que está en manos de la policía japonesa. Por otro lado, Near habla con el presidente de Estados Unidos y crean la denominada «SPK» —«Special Provision for Kira» (lit. «Disposición Especial para Kira»)—, una organización destinada a atrapar a Kira. Light escribe el nombre del jefe de la policía en el cuaderno, por lo que el plan de Mello falla, aunque luego decide secuestrar a Sayu Yagami, la hermana de Light, con la misma intención.

Ante el chantaje de Mello, Light y su equipo se ven obligados a cooperar tanto como con los secuestradores como con la SPK. El equipo de investigación es informado de que el intercambio de Sayu por el Death Note se realizará en Los Ángeles, por lo que rápidamente toman un vuelo, de forma individual, a dicha ciudad. Soichiro es quién lleva la libreta y debe realizar el intercambio. Para su sorpresa, el avión desciende en medio del desierto. Una compuerta secreta es abierta hacia un subterráneo, lugar del intercambio. Antes que nada, uno de los secuaces de Mello comprueba el uso de la libreta escribiendo un nombre, verificando que es genuina. Luego del intercambio, recuperan a Sayu y Mello es quien se queda con la libreta.

Un shinigami desciende al mundo humano a recuperar el cuaderno que Ryuk le robó, lo que supone la renuncia por parte de Light a los derechos de posesión del cuaderno. Con la intención de recuperar el cuaderno robado, el equipo de investigación es enviado a irrumpir en la guarida de Mello y además, el padre de Light hace un pacto con Ryuk para obtener los ojos de shinigami. Finalmente, y justo tras recuperar el cuaderno y negarse a matar a Mello, el padre de Light muere. Sin embargo, y gracias a la renuncia de Light a la posesión del cuaderno, el padre de Light muere feliz al creer que su hijo no es Kira ya que puede ver, justo antes de morir, el tiempo de vida restante de éste.

Estados Unidos decide acatar el nuevo orden impuesto por Kira, por lo que ya no lo seguirá persiguiendo y además pone a su disposición toda su tecnología. Mello amenaza a la agente de la CIA y SPK Halle Lidner para que lo lleve a ver a Near, con el objetivo de recuperar una fotografía. Mello le confiesa a Near que algunas reglas del Death Note son falsas, especialmente la «regla de los trece días». A la vista de los acontecimientos, el supuesto portavoz televisivo de Kira, Hitoshi Demegawa decide promover un linchamiento general a los miembros restantes de la SPK. 

El linchamiento contra la SPK promovido por Demegawa queda frustrado debido a que Near arroja dinero a los manifestantes, para luego escapar. Light, al darse cuenta de que las personas con las cuales trabaja están sospechando que él es Kira, decide elegir una nueva mano derecha que reemplace a Misa. El elegido en cuestión es un hombre llamado Mikami Teru, un fiscal con un triste pasado que adora a Kira como su propio dios.

Luego del asesinato de Demegawa por parte de Mikami Teru, éste elije como nuevo portavoz de Kira a Kiyomi Takada, una ex compañera y novia de Light de la universidad. Mello y su amigo Matt deciden vigilar a Misa sospechando que ella es el segundo Kira. Light decide encontrarse con Takada en un hotel para contarle toda la verdad acerca de los episodios pasados y su relación con Misa, convirtiéndola en una nueva y valiosa aliada.

Kiyomi Takada, la nueva portavoz de Kira, decide hablar con Misa para averiguar si ella era el segundo Kira. En su habitación, Mikami sigue matando criminales como «X-Kira» cuando recibe una llamada de Takada. Ella le pide que envíe una carta como si fuera de un fanático, que sólo ella reconocerá, con cinco páginas de la libreta. Near envía a Lidner como la nueva guardaespaldas de Takada. Mientras tanto, Near y su compañero Gevanni descubren que Mikami Teru es X-Kira, al verlo matar a un hombre en el metro escribiendo su nombre en el Death Note.

Aizawa sospecha que Light y Takada se comunican a través de mensajes escritos, por lo que coloca una marca en algunas hojas de la habitación. Gevanni observa a Mikami murmurar y envía esa información a Near. La SPK descubre que Mikami hablaba sobre un shinigami. Una vez termina la reunión Aizawa descubre que su teoría es correcta; Takada y Light se comunican a través de mensajes, lo que acrecienta la sospecha de Aizawa sobre Light. Lidner y Lester, ambos de la SPK, secuestran a Misa y Mogi.

Mello, con la ayuda de su compañero Matt decide secuestrar a Takada al descubrir la relación entre ella y Light. Sin embargo, Matt muere abaleado por los guardaespaldas de Takada y Mello muere a manos de ella por indicación de Light, que había previsto un posible retorno de Mello. Mientras, Near acuerda con Light una reunión entre los 2 equipos; la SPK y el equipo de investigación. Finalmente, y en giro sorprendente de los acontecimientos, Light provoca que Takada se suicide y queme el lugar en el que Mello la tenía recluida.

Llega el día de la reunión, donde se revelan las verdades de los 2 equipos. Mikami es utilizado por Light para que mirase los verdaderos nombres de la SPK, y los matase con el cuaderno. Mientras Mikami escribe los nombres, Near dice que no hay por qué temer por que alteró el cuaderno. Mikami termina de escribir los nombres y Light dice que su plan resultó a la perfección, revela que había un cuaderno falso y uno verdadero, dice que el que manipuló Near era el falso. Mikami entra en la habitación por orden de Light y cuenta los segundos restantes para que el cuaderno surta efecto.

Descubren que el cuaderno no ha funcionado, Near explica que cuando dijo que alteró el cuaderno se refería tanto al falso, como al verdadero; cuenta que Mikami fue al banco y buscó el cuaderno auténtico para ayudar a Light a matar a Takada y Near acusa directamente a Light de ser Kira por que entre los nombres escritos en el cuaderno, no se encontraba el suyo. Light, al sentirse acorralado por las deducciones y verdades de Near, revela que es cierto. Intenta matarlo con un trozo del Death Note que tenía guardado en su reloj, pero es disparado por Matsuda. Mikami se suicida al ver que Light había sido derrotado y éste, al ver que no podía hacer nada, escapa mientras va recordando todo lo que vivió. Como había prometido al principio de la historia, Ryuk escribe el nombre de Light en el cuaderno. Light escondido en un edificio, muere por ataque cardíaco tirado sobre unas escaleras, viendo a aquel que lo consideró como su primer amigo, L. Finalmente, el capítulo termina con Misa Amane en solitaria en el bordillo de un edificio de gran altura. Queda a deducir por el espectador si intenta suicidarse o sencillamente mira el horizonte pensativa por todo lo sucedido.