Huippuälykäs mutta ikävystynyt opiskelija Light Yagami huomaa yhtäkkiä pitelevänsä elämän ja kuoleman avaimia käsissään.

Maailman rikolliset alkavat äkillisesti kuolla, ja L tapaa tietokoneen välityksellä eri kansakuntien edustajia.

Shinigami Ryuk, kuoleman jumala, joka toi Death Noten ihmisten maailmaan, varoittaa Lightia ja kertoo jonkun olevan tämän jäljillä.

Light, joka tunnetaan nyt nimellä Kira, testaa muistikirjaa päästäkseen selville sen voimista tappamalla kuusi rikollista eri tavoilla.

Soichiro Yagami vaatii saada tavata L:n henkilökohtaisesti ja saa selville, että L on tuonut FBI-agentteja salaa Japaniin.

Light tapaa poliisilaitoksella naisen, jolla on kiireellinen viesti Kira-tiimille.

Light käyttää vihkoa päästäkseen eroon naisesta, jonka avulla hänet voitaisiin saada kiinni, mutta järkyttyy, kun vihko ei toimikaan odotetulla tavalla.

L haluaa asentaa kuuntelulaitteita ja valvontakameroita päällikkö Yagamin ja varajohtaja Kitamuran koteihin.

Murhat jatkuvat. L alkaa epäillä Lightin käytöstä ja aloittaa omat tutkimuksensa.

L:n epäilykset Lightia kohtaan voimistuvat, ja hän päättää kutsua tämän mukaan tutkimuksiin.

Sakura TV:lle lähetettyjen nauhojen ennustusten mukaisesti Kiraa kohtaan epäilyksiä esittäneitä uutisankkureita ja kommentaattoreita alkaa kuolla yksitellen.

Toinen Kira on vapaalla jalalla, ja L pyytää Lightia liittymään tiimiin ja esiintymään oikeana Kirana, jotta toinen Kira saadaan kiinni.

Light lähtee Aoyamaan paljastaakseen vale-Kiran henkilöllisyyden, ennen kuin L:n epäilykset kasvavat liiaksi.

Light ja Misa näyttävät Death Notensa toisilleen, ja Light kehottaa Misaa pyytämään shinigami Remiä hankkiutumaan eroon L:stä.

Todistusaineisto viittaa siihen, että Misa Amane on toinen Kira.

Misa on vankina, ja hänen muistonsa Death Notesta ovat pyyhkiytyneet kokonaan pois.

Viidenkymmenen päivän jälkeen murhat jatkuvat yhä, ja Misa ja Light vapautetaan.

Vaikka L on yhä epäileväinen, Light ja Misa, joiden muistot Kirana olemisesta ovat pyyhkiytyneet pois, palaavat päämajaan.

Matsuda, tutkintayksikön jäsen, joka vahtii Misaa, haluaa innokkaasti kunnostautua tehtävässään.

L:n tiimi saa selville, että Yotsuba Group järjestää salaisen tapaamisen sopiakseen yritykselle haitallisten yksilöiden eliminoimisesta.

Yotsuba Group palkkaa Eraldo Coilin paljastamaan L:n henkilöllisyyden.

Misan onnistuu rajata Kiraksi epäillyt henkilöt Yotsuba Groupin sisällä yhteen ainoaan: Higuchiin.

Yotsuba Groupin Higuchi yrittää tappaa tutkintayksikössä toimivan Matsudan, mutta yllättyy, kun tämä ei kuolekaan 40 sekunnissa.

Higuchi otetaan kiinni, jolloin hän kertoo tutkijoille Death Notesta.

Lightin muisti on palannut, ja hän määrää Misan aloittamaan tappamisen Higuchin kuoleman jälkeen.

Light on raivannut kaikki esteet tieltään ja on saavuttamaisillaan täydellisen maailman, josta hän on unelmoinut.