Au début du 17e siècle au Japon, le navigateur Anglais naufragé John Blackthorne découvre l'intrigue et le choc culturel dans une société féodale qui met l'accent sur l'honneur. Un Lord rival condamne Blackthorne à mort.

Blackthorne et Mariko commencent une romance. Toronaga continue de construire son armée pour une bataille avec Ishido. Anjin-san prouve son courage lors d'un tremblement de terre et est honoré par Toranaga pour sa bravoure. Le mari de Mariko, Buntaro, arrive à Anjiro.

L'assimilation par Anjin-san des manières japonaises est évidente dans sa conduite exemplaire. Toranaga décide de rendre l'Erasmus à Anjin-san. Mariko rapporte au père Alvito un complot visant à assassiner un seigneur chrétien au Conseil des régents.

La trahison, la tragédie et la tournure des événements se produisent. Toronaga devient SHOGUN après la défaite du Seigneur Ishido. Mariko est tuée dans la bataille finale au château d'Osaka. Le cœur brisé, mais résolu, Blackthorne commence la construction d'un autre navire.