村屋火警，現場發現一具焦屍，屋主任樂萍行動不便的二妹任樂盈神秘失蹤。重案組高級督察井浩然、法醫范佩清及法證部高級化驗師余星柏合力展開調查，發現樂盈遭人綁架，綁匪更與任家關係密切。佩清檢驗焦屍，發現死因並不單純。星柏到現場搜索，發現平時只有樂萍會觸碰的平安鐘遭人動過手腳。浩然認為這是一宗謀殺案，目標是樂萍，與她相熟的租車司機岑冠鋒嫌疑最大，冠鋒卻在此時駕車失控，墮崖而死……

浩然安排樂萍前往交贖款，她將贖款放進垃圾桶後，失去蹤影。浩然發現贖金被人偷龍轉鳳。同時，佩清與星柏發現毒死租車司機岑冠鋒的兇手線索……浩然追查樂萍的位置，率眾趕至現場卻赫見不願看到的狀況，只有倒在血泊中的樂盈生還。樂盈向眾人憶述當日遭綁架的經過……正當所有人以為事件告一段落，星柏與佩清發現樂萍與樂盈姊妹情深的背後隱藏著重重秘密……

佩清發現信件被拆開，在星柏和軍裝女警霍寶英協助下尋獲涉事的釋囚秦克男。佩清認出克男是七年前「情侶自殺案」倖存者，克男堅稱女友被謀殺，求佩清翻案。浩然參加「失眠群組」，認識新加入的自由工作者譚倩雯。女富商徐淑娟遭劫殺，倩雯因早前在其豪宅內負責公關工作被邀問話，其上司韋建邦成為疑兇。倩雯記起當晚有可疑人物。克男到殮房找佩清，數名小混混闖入殮房搶屍，混亂間保安員中刀昏迷，眾人更遭不明毒氣侵襲……

星柏和寶英分別往訪處理「情侶自殺案」的退休法醫黃永權，赫然發現他伏屍後院。佩清好友韻遙得悉搶屍案，問起克男來歷。星柏和寶英翻查永權遺物，找不到紀錄案件的手稿，透過相片等資料追查至永權生前常光顧的咖啡店……建邦謀殺罪成，倩雯打鼓發洩情緒，引起浩然關注。佩清翻閱詩詩的驗屍報告，發現其小腿塗有一種醫護人員專用的按摩膏，與克男展開調查；永權手稿提及克男與詩詩吃的草莓大福被混入藥物，星柏和寶英試造作驗證……

克男聯絡詩詩烹飪教室的同學，得知她當年有個好友，對方更請求詩詩代向任職醫生的克男討藥。克男受另一同學邀約與佩清往訪，但屋內無人，此時收到一張舊照，得見詩詩好友真貌，與佩清同感錯愕之際，發現所處房間已佈置了塵爆殺局……星柏在爆炸現場撿獲已氧化的圓形物，經過還原步驟發現端倪，浩然等幾經追查，拘捕涉案男子，佩清卻推斷他為人頂罪。寶英調入重案組即參與行動，一名疑犯激烈反抗被浩然抓住……

倩雯與浩然偶然看到超級月亮，記起淑娟命案當晚亦有這天文現象，猜想當時或許有人在豪宅附近拍照，可能攝下相關證據。失眠群組組員龍友聯繫攝影愛好者提供相關照片，浩然和倩雯發現其中一張有可疑……因有新疑點出現，警方重啟調查。湛霆再次搜查淑娟睡房，竟發現新證據……法庭判建邦無罪，當庭釋放。湛霆為一宗交通事故出庭作供，辯方大狀放大湛霆工作出錯致令建邦坐冤獄，以證湛霆證供不可信。建邦的妻子小產，決定追究湛霆……

佩清在醫學院教授解剖課程，學生傅劍成發現大體老師身上有不少瘀傷，懷疑死者生前曾遭虐待。網上流出安老院護理員疑似虐老片段，加上佩清報案指控來自同一間安老院的死者陳永福死因有可疑，重案組接手調查。佩清解剖永福遺體，破例讓劍成旁觀，劍成根據種種跡象判斷出死因；永福的院友受驚下向浩然說出內情……浩然懷疑有人在背後調查永福死因，查到上載虐老片段的網路通訊協定地址……星柏收到湛霆的訊息，急忙設法追查其行蹤……

法證部就一宗交通意外上訴，星柏把寶英的頭盔呈堂，證明在雨天使用防水噴霧後視野無阻，並做實驗類比交通意外情況，證明私家車司機超速，為法證部挽回聲譽。星柏來到西貢休假，結識前化驗師司徒亮。村內一棵沉香樹被拋棄在引水道，上村、下村村長互相指責，要求司徒亮調查，司徒亮卻指是星柏所為……星柏發現有人把調查的影片上載網路，引來電視台追訪，司徒亮乘機拖星柏下水，硬要他一起調查四十年前的紙盒藏屍案。

透過寶英幫忙，司徒亮等終找到紙盒藏屍案的關鍵證物一百元鈔票，他卻在化驗前被人擊暈搶走鈔票。在星柏幫助下，浩然與寶英分別追查至穎兒家，竟見她遭挾持險被殺……四十二年前，涼茶店遭爆竊，晶晶被錯手殺死，藏屍紙箱；另一邊廂，蛇頭林發因虐打偷渡女童遇反抗被殺，並藏屍水泥牆內……涉案的一百元鈔票已被燒毀，司徒亮回收鈔票灰燼，星柏指現今技術能還原鈔票，但科技並不能還原殘留在鈔票上的指紋，無法以此指證兇手……

寶英偶然來到潛水用品店，發現自己與星柏剛好錯過，竟不自覺流下淚來。原來寶英曾鼓起勇氣向星柏表白……星柏休假後重回法證部，重驗淑娟被殺案所有證物，發現有人在化驗過程中做過手腳……浩然在失眠群組見不到倩雯，卻被組員貓奴拉住助查懷疑虐貓案；另一組員暴食與克男原是某拉麵店的常客，麵店沒有營業，暴食想起拉麵師傅田中因遭徒弟背叛欲找對方晦氣，遂與克男一同尋找其下落。失眠群組眾人各有各忙時，喪屍竟在城市出現……

倩雯與失眠群組的龍友參與拍攝喪屍電影，女主角的愛犬走失，倩雯尋找時遇上正在尋血貓的浩然與貓奴，托他順道尋狗。浩然尋獲的血貓身上有人造血漿；克男與暴食意外找到拉麵師傅田中的恩師佐藤，得知田中的秘密……浩然將狗送回倩雯，聊起彼此失眠原因……碼頭發現浮屍，浩然懷疑與電影拍攝有關，倩雯認出死者當晚被當成道具屍體，一名臨時演員有可疑。死者與血貓身上均沾有人造血漿，星柏取證後，與寶英將貓送回貓竇時有所發現……

星柏與寶英在貓竇發現一張沾有血跡的條碼紙，懷疑與浮屍案有關。浩然循條碼追查至一食品公司……暴食邀請失眠群組眾人為田中及其師傅佐藤的拉麵比試出任評審，浩然意外發現警方一直在尋找的臨時演員……佐藤斥田中忘恩負義，然而田中只想向佐藤道歉……先後有兩人向警方認罪，自認殺人兇手，但在重案組和法證部調查下，發現真兇其實另有其人……

一具屍體從高空墮下，星柏推測出兇手以極度殘忍的手法殺人。佩清因家居維修暫租住高級公寓，原來克男就住在隔離的陳舊唐樓，唐樓環境惡劣。離奇兇案接連發生，佩清與鄰居應偉更目睹其中一案的案發經過。寶英發現三單案件存在關連，疑找到兇手的殺人模式。佩清想起克男的話，懷疑兇案或與唐樓有關，到唐樓一探究竟。克男照顧一名病重老人，老人不肯吃藥意欲求死……佩清在天台牆上有所發現……

佩清在天台發現連環兇案線索即聯絡浩然，此時卻遭人從後襲擊。克男來到天台時發現佩清已被人捉走。重案組與法證部到來搜證，發現兇徒極可能就是連環殺人犯，擔心佩清成下一名受害者。星柏在兇徒的物品上有所發現，與浩然等追尋兇徒的藏身之處……佩清打算搬離公寓時再遇應偉，雙方互有好感。佩清重新上班，竟有不速之客在殮房出現。佩清遭人迷暈，兇徒欲對佩清施以極刑……

浩然提議與佩清、倩雯合組樂隊，最後星柏亦加入，組成了失眠樂隊。浩然協助倩雯調查其父譚森下落，發現十年前譚森遇上意外失憶送院，然後被一名女子帶走。浩然、倩雯追查至一間餃子店，竟發現兩名女子倒臥現場，其中一人中刀身亡，另一人昏迷不醒，下落不明的譚森或是關鍵人物……星柏在餃子店現場搜證，推斷案發時之情形……倩雯仍受失眠困擾，浩然一直陪伴在旁，二人終邁進一步成為情侶。另一邊廂，佩清要進行解剖驗屍時發現……

劍成發現佩清出現異常狀況，欲設法幫她。浩然懷疑當年父母被劫殺一事與舅父有關，舅父在浩然逼問下終說出隱情，浩然發現事情似與已移居海外的黑幫中人鍾樹仁有關。浩然得悉樹仁已回港，與寶英往酒店找他，卻見樹仁遭刀手伏擊……警方查出刀手是社團大佬張文傑手下，文傑對警方調查採不合作態度。樹仁否認與當年的劫殺案和槍擊案有關，浩然惟有放人，並派寶英等跟蹤他，怎料……另一邊廂，倩雯接到一通打給母親孫麗霞的電話……

倩雯向浩然提出分手，浩然駕車追倩雯，卻與她失之交臂……浩然找到樹仁的私竇，搜獲自己父母的照片，相片背後的真相漸漸浮現……佩清決定休息一段時間，在醫學院收拾東西時，發現一名男學生偷藥……星柏決定做實驗幫寶英重組樹仁被殺的經過。寶英對星柏更添仰慕，星柏仍不予回應。佩清精神狀態欠佳，接連在商場及停車場，赫然見到偷藥男生及多個已不在世的人，壓迫感驟增，不顧一切踩下油門……

佩清音訊全無，經過了一天，克男終打通佩清的電話，佩清竟聲稱自己撞死了人……憑著寶英的記憶，浩然鎖定殺死樹仁的疑犯陸立榮，立榮卻彷佛人間蒸發一樣。星柏等人來到立榮家搜尋證據，仍一無所獲，星柏隱然覺得不妥……寶英終認清自己與星柏無緣，星柏的秘書彭小薇借出小貓陪伴她，寶英及後往還貓時見救護員正在搶救小薇的丈夫丁志強。志強身亡，醫生懷疑死因有可疑，小薇竟向警方承認殺夫；寶英與星柏因此事產生矛盾……

寶英帶小薇出外，與星柏展示志強對她的心意……克男、劍成設法令佩清醒悟，劍成的代價竟是……浩然請假尋找失蹤一年半的前輩卓日東，在山上找到其背囊，跟隨線索追蹤至一桌遊店，遇上倩雯、暴食。浩然遞上之前與倩雯通宵排隊買的演唱會門票，倩雯婉拒，指朋友已經再買了，二人形同陌路。浩然發現日東失蹤前正調查一間保險公司發生的謀殺案，案中嫌疑人胡定軒亦人間蒸發。克男助佩清克服心理創傷，此時佩清收到一份退回來的包裹……

桌遊店重啟《森林謀殺案》劇本殺遊戲，參與的玩家竟出現當年保險公司派對命案的多個涉案人士，玩家之一的倩雯向浩然憶述眾人在遊戲過程中的奇怪舉動。浩然循線索找到一間廢屋，在屋內找到屬於日東的東西，星柏前來搜證有所發現……浩然和倩雯因此案越走越近，關係有所緩和。浩然發現劇本殺遊戲指向的兇手是保險公司被解雇的員工，欲找尋他的下落。另一邊廂，倩雯認定某位劇本殺的玩家十分可疑，悄然尾隨，不料被識破……

浩然找到被保險公司解雇的員工魏奇峯下落，往其住處查看，發現……新入職的法證部技術員梁志新為星柏直播兇案現場實況，有所發現；佩清分析遇害的三名保險公司職員身上致命傷口十分相似，疑是同一兇器造成。另一方面，倩雯覺得劇本殺玩家伍朗廷甚有可疑，朗廷向倩雯、浩然道出他所知的內幕……劇本殺遊戲來到最後一輪的搜證環節，倩雯為引出真兇，竟將場地佈置成凶案現場……浩然與日東昔日拍檔銳麟相約露營，翌晨醒來卻不見他……

保險公司命案告一段落，浩然和倩雯已沒藉口再見面，二人各自答應了朋友去同一餐廳相親……社團崇聯的頭目大頭陳屍私家車裡，浩然等展開調查，懷疑是藥物過量致死。文傑怕警方查到大頭車房的毒品，世熙代為處理此事，發現大頭的死內有隱情。星柏發現證據裡的不合理之處，認定私家車並非兇案第一現場，調查下終揭發大頭真正的死亡地點……另一方面，世熙主動聯絡殺大頭的兇手……

世熙向殺大頭的兇手提出合作。佩清鼓勵劍成到外國繼續學業，劍成表示考慮。社團頭目熊承宇的手下羅波四處惹事，克男擔心承宇遭牽連。佩清解剖立榮屍體，認為兇徒手法專業；星柏帶志新往立榮家搜證有所發現……文傑欲與承宇爭坐館之位。羅波販毒害克男受傷，承宇震怒。司徒亮亡友的女兒楊冰疑遭神秘男子綁走失蹤，寶英助他追尋。楊冰及後聯絡司徒亮擬同往警署銷案卻沒出現……承宇失去聯絡，克男尋至廢車場，赫見……

法證團隊到廢車場搜證，浩然請克男協助調查。司徒亮和寶英四處派發楊冰的尋人啟示，得知擄走楊冰的七人車模樣。司徒亮記起在度假屋有所發現，在星柏和寶英幫忙下，追查至一間士多……星柏、浩然等人做實驗模擬廢車場命案之行兇過程，推斷除了兩名死者，可能有第三者涉案，眾人回廢車場視察……世熙一直利用殺大頭的兇手替文傑剷除異己，對方發現合作殺人的動機不單純憤而割席。浩然為救護車開路，送病人到醫院，該病人竟是譚森。

司徒亮鍥而不捨追查楊冰下落，險些失足墮下山坡，寶英不忍見他苦苦追尋……浩然發現童年時原來曾見過倩雯，似想起了什麼。星柏、寶英合力協助司徒亮，感情起了微妙變化。譚森病逝被火化，焚化爐突然爆炸，棺內竟藏了另一具屍體；浩然等到殯儀館調查，發現另外兩具墊在棺材底的屍體，並在另一棺材內發現奄奄一息的劍成……麗霞母女苦守殮房要求取回譚森遺體，浩然承諾盡力調查。星柏重遇友人林凱馨，凱馨竟在寶英面前吻向星柏……

寶英試探星柏與凱馨的關係，星柏卻含糊其辭。浩然追查棺材另藏屍體案，認為大頭的死是整件事的起點，重新調查後發現殺大頭的真兇另有其人。對於兇手能騙過法證部，星柏心中有數……佩清驗屍發現棺材案死者體內有金黃葡萄球菌，加上臉頰留下拳撃傷痕，認為兇手攻擊死者時可能受感染。浩然循線索鎖定一名手背有傷的女拳手，倩雯受託暗中採集其傷口的膠布，星柏化驗後發現……倩雯有意與浩然重新開始，但浩然說出一件往事……

凱馨向寶英道出與星柏相識經過。克男向浩然打探承宇一案之內情，對某人起疑……司徒亮失控搗亂咖啡店後不知去向，星柏循線索找至一木廠，發現有人倒斃血泊中，警方在附近捕獲滿身血跡的司徒亮。司徒亮對當時發生的事毫無印象，只記起曾跟某人在咖啡店交談。星柏化驗神秘人留下的咖啡杯，發現DNA與木廠死者脗合，但凱馨的疑犯拼圖卻顯示是另一人。司徒亮被帶回木廠，腦海閃過零碎記憶……另一邊廂，佩清得悉木廠兇案的驚人內幕。

浩然找到兇器，司徒亮終憶起案發經過……星柏到沙灘散心，寶英到來與他互相安慰，二人均有微妙感覺。麗霞放下往事著浩然好好對倩雯，浩然、倩雯再走在一起。有人倒斃血泊中，嘴唇畫得血紅一片像極小丑，法證團隊搜證後認為死因有可疑。浩然奇怪之前案件的兇手都有「殺人可以解決痛苦」的想法，調查後懷疑有人向他們灌輸這種觀念；星柏想起死者的血紅嘴唇，並從司徒亮上傳的照片有所發現……寶英遭綁架，要脅星柏在限時內找到她……

(大結局)星柏趕回法證部，綁匪寄來一個包裹，星柏用包裹內的電話聯絡到寶英，寶英指自己被困貨櫃內，氧氣越來越少。星柏、佩清化驗包裹內的東西，希望找到寶英被困位置。星柏跟時間競賽，卻懷疑綁匪故意誤導……綁匪及後約星柏見面，不斷煽動星柏為寶英報仇，星柏終於……案件似告一段落，星柏、佩清、浩然等各自展開新生活。另一方面，有更多案件疑與綁架寶英的人有關，星柏希望對方提供資料，不料對方卻提出「交易」條件……