アーミヤ率いるロドス・アイランド製薬は、チェルノボーグの石棺でコールドスリープに就いていたドクターを救出する作戦に臨んだ。無事ドクターとの再会を果たすも、感染者組織レユニオン・ムーブメントの暴動に巻き込まれてしまう。

チェルノボーグは依然として暴動が収まる気配はなく、警察組織さえも秩序を失ってしまった。それでもロドスは、混乱に包まれたチェルノボーグ脱出を目指して歩を進める。

全てを燃やし尽くす強大なタルラの炎を前に、ロドスは絶体絶命の窮地に立たされる。さらには天災の訪れが刻一刻と迫っており……。

ロドスはBSWのフランカ、リスカムの協力を得て、次にレユニオンが侵攻を目論む龍門へ向かう。龍門近衛局の隊長・チェンの迎えを受け、龍門総督・ウェイが待つ面会の場まで案内されると、そこには先に到着していたケルシーが待っていた。

ロドスはチェンに命じられ、感染者の少女・ミーシャを保護した。しかしスラム街には、ミーシャを狙う大量のレユニオンが集まっている。今度はレユニオンの幹部・スカルシュレッダーまで現れて……。

ロドスはレユニオンの追っ手を振り切り、チェンと合流してミーシャの身柄を近衛局に預けた。引き続きロドスはスラム街に残りレユニオンの注意を惹くも、狙いに気づいたレユニオンの幹部・Wが動き出す。

レユニオンに連れ去られたミーシャは、スカルシュレッダーが幼い頃に生き別れた弟だと知る。彼の口から、感染者として差別されてきた過去、レユニオンとして戦う覚悟を聞いたミーシャは、ロドスとレユニオンのどちらが正しいのかと思い悩む。

ミーシャは感染者としてレユニオンと共に往く覚悟を決める。もう一度ミーシャと会って話をするため、アーミヤは迷いを断ち切り再び戦場に立つ。