ヒーローに憧れた青年、蒼生シュウタはとある事件で幼馴染である翠堂アスミを助けることが出来ず、ヒーローになることを諦めてしまった。その事件から1年が経った追悼ミサの場で、シュウタは幼馴染の朱城ランと翠堂コウキに偶然再会する。「RGB」と呼ばれていた3人は事件をきっかけに少しずつ疎遠になっていた。そんな3人の携帯が突如一斉に鳴り響く。画面を見ると、死んだはずのアスミからの着信だった。

タカラ商店街でお好み焼き店を切り盛りしている櫻木まり。その商店街はタカラモールという新しいショッピングモールが出来て以来、経営が厳しくなっていた。そうしたなか実施される「24区グルメフェスティバル」。グランプリ賞品が大型コンビニとの全面コラボということで、商店街の面々は、まり考案のスペシャルメニュー「まりスペ」の新作に期待を寄せる。まりはそのプレッシャーを感じ、新作をRGBの3人に相談をしようとするものの、忙しそうにする3人に相談できずにいた。

ついに「24区グルメフェスティバル」当日。まりとRGBの3人はグランプリに向けて気合を入れていたが、使用するはずだったお好み焼き用のキャベツが“半グレ組織”の一人、破鮫に買い占められてしまっていた。一時は途方に暮れていた面々だったが、恩師カバの計らいにより、商店街の知り合いからキャベツを譲ってもらえることに。果たしてまりは妨害に打ち勝ってグランプリを取ることができるのか。そしてそんな最中、RGBのもとには再度アスミからの着信が……！

「グルメフェスティバル」を襲った竜巻による事故。そこでRGBに課せられた未来の選択により、カバをはじめ多くの人が犠牲となってしまった。そして24区のネットワークにハッキングし、謎の言葉を残した「カルネアデス」。3人はまだその正体が分からずにいた。そうした中、旧市街シャンティタウンで、強力な依存性のある謎のドラッグ「Ｄ」が流行し、犯罪率が急上昇していた。カバの娘、梢を危険な夜の街で見かけたと聞いたシュウタは、彼女の後を追いかける。

豪華クルーズ船に爆弾が仕掛けられた。新たなトロッコ問題で天秤にかけられたのは、船に乗っている要人たちとテロの犯人の命だった。コウキはテロ行為の被害者を守るため犯人を射殺すべきと主張するが、ランはヴィジョンの中で見た犯人がDoRedのメンバー、クナイであることに気付く。二人には真実を隠したまま、ランはクナイがテロを起こそうとしている動機を探ることに。果たして今回のトロッコ問題はどんな結末を迎えるのか――。

テロを阻止するため、クナイを射殺させたコウキ。一方、クナイが所属していたDoRedに疑惑が向いたことで、リーダーのランはガイケイから追われる立場となってしまった。テロを防いだコウキは、父豪理にヴィジョンの体験を語るが、未だ信頼を得ることはできず、信じてもらえない。そんな中、テレビでクナイが事前投稿してあった、ドラッグDやシャンティタウンの再開発に関する真実が流された。それを見た豪理はコウキをある場所へ案内するのであった。

KANAEシステムが稼働して2ヶ月。それにより、犯罪検挙率は確実に上がっていた。ランはクナイが起こしたテロ事件の重要参考人として指名手配され、コウキは新たにガイケイのKANAEシステムを運用する部署へ転属となった。一方、コウキ・ランと仲違いしたままのシュウタは、パリへ修行に行ってしまった父・留衣の代わりに蒼生ベーカリーの手伝いをしていた。看板メニューである「黄金サンライズ」をうまく作れず悩んでいる彼の元に、梢からのメールが届く。

「グラフィティ戦争」を仕掛けていたのはカルネアデスではなく、ランの師匠であるゼロスだった。彼からカルネアデスの居場所を聞いたシュウタは、急いでコルヌコピアの最上部へと向かおうとするが、そこにアスミからの着信が届く。届いたヴィジョンは、落雷により制御不能となったコルヌコピアのクレーンが落下し多くの人が犠牲になるか、それともクレーンのシステムを直す代わりにその修理者が犠牲になるか、という、ふたつの未来だった。さらにシステムを修理しているのはトロッコ問題を出しているはずのカルネアデスで……。

KANAEシステムは、かつてコウキとアスミの母・香苗が設計したAIがベースとなっていた。過去、そのAIを搭載した車がゼロスと黒葛川を巻き込んで事故を起こしてしまう。そして、AIの判断でゼロスが被害に遭い、その後遺症で失読症となってしまった。問題を解決するために頭を悩ませる香苗であったが、システムには原理的に解決できない問題があるかもしれないと諭される。加えて、ゼロスがグラフィティに目覚めたことを聞き、開発を諦めることに。時は流れ、順調に発展してゆくかに見えた24区だが、香苗の死をきっかけに大きく運命が動き出す。

カルネアデスの正体であった黒葛川は、シュウタのおかげで九死に一生を得たが、意識不明のまま入院していた。DoRedとガイケイの緊張関係が高まっていく中、ランは黒葛川がコルヌコピアで何をしていたのかを探っていたが、師匠のゼロスに呼び出され、彼が描こうとしている新たな計画を聞かされる。一方でシュウタはシャンティタウンの混乱の中で、自分がどうすれば良いのか思い悩んでいた。そんな中、目の前にガイケイから追われている梢が現れ、その後を追うことに。

KANAEシステムで多くのエラーが出始めた。それはKANAEシステムの中でアスミの意識が覚醒してしまい、判断を迷っていたことが原因だった。黒葛川より提示されたアスミを救うトロッコ問題に直面し、混乱しているシュウタ。そこにちくわが訪れ、テロの容疑で逮捕されてしまう。一方、ランとコウキはアスミを救うカギとなる「ＣＭＤ」を探していた。そんな中、アスミを死なせてしまった宝小学校火災事件について、シュウタが圧し殺していたある事実が明らかになる。

アスミに会いに行く、そう決めたRGBの下に、アスミから着信が。アスミは改めて自身を取り巻くトロッコ問題を提示する。システム内部にあるアスミの存在を明らかにし、KANAEシステムを解体させるか、アスミの中にあるバグを修正してKANAEシステムによる統制を受けるか、どちらを選んでもアスミを消すことになる選択だった。3人はそれを認めず、意地でもアスミに会いに行く決意を固めるのであった。果たしてRGBの3人はどんな未来を選ぶのか――。