히어로를 동경하던 청년, 아오이 슈우타는 어떤 사건에서 소꿉친구인 스이도 아스미를 구하지 못했고 이로 인해 히어로를 그만둔다. 그 사건으로부터 1년이 지난 추도 미사가 열리는 장소에서 슈우타는 소꿉친구인 아카기 란과 스이도 코우키와 우연히 재회한다. 'RGB'라고 불리던 세 사람은 사건을 계기로 조금씩 사이가 소원해졌다. 그런 세 사람의 휴대전화가 갑자기 동시에 울리기 시작한다. 화면을 보니 전화는 죽은 아스미로부터 온 것이었는데.

타카라 상점가의 오코노미야키 가게를 운영하는 사쿠라기 마리. 그 상점가는 타카라 몰이라고 하는 새로운 쇼핑몰이 생긴 이후 경영이 어려워지고 있었다. 그러던 중 개최되는 '24구 구르메 페스티벌' 그랑프리 상품으로 대형 편의점과의 전면 컬래버가 약속되어 있어서 상점가 사람들은 마리가 고안한 스페셜 메뉴인 '마리스페'의 신작을 기대하고 있었다. 마리는 그것에 부담을 느끼고 신작을 RGB 3명과 상담하려고 했지만, 바빠 보이는 세 사람과 상담하기 쉽지 않았는데.

드디어 '24구 구르메 페스티벌' 당일. 마리와 RGB 3인은 그랑프리를 따내기 위해 기합이 들어가 있었지만 사용할 예정이었던 오코노미야키용 양배추가 '준 범죄 집단' 중 하나인 야부사메의 사재기로 사용할 수 없게 된다. 일행은 잠깐 망연자실했지만 은사 카바의 도움으로 상점가의 지인에게서 양배추를 넘겨받을 수 있게 된다. 과연 마리는 방해를 이겨내고 그랑프리를 따낼 수 있을 것인가. 그리고 그러던 중 RGB에게 다시 한번 아스미의 전화가 걸려오는데!

'구르메 페스티벌'을 덮친 회오리바람에 의한 사고. 그곳에서 RGB에게 부여된 미래의 선택에 의해 카바를 비롯해 많은 사람이 희생되고 말았다. 그리고 24구의 네트워크를 해킹하고 의문의 말을 남긴 '카르네 아데스'. 세 사람은 아직 그 정체를 알지 못했다. 그러던 중, 구 시가지인 샹티이 타운에서 강력한 의존성을 지닌 수수께끼의 마약 드러그 D가 유행하면서 범죄율이 급상승한다. 카바의 딸, 코즈에를 위험한 밤의 거리에서 목격한 슈우타는 그녀의 뒤를 쫓아가는데.

호화 크루즈에 폭탄이 설치되었다. 새로운 광차 문제로 저울에 올려진 건 배에 타고 있는 요인들과 테러리스트의 목숨이었다. 코우키는 테러 행위의 피해자를 지키기 위해 범인을 사살해야 한다고 주장하지만, 란은 비전 속에서 본 범인이 DoRed의 멤버 중 하나인 쿠나이라는 것을 눈치챈다. 두 사람에게는 진실을 말하지 않은 채로 란은 쿠나이가 테러를 일으키려는 동기를 찾기로 한다. 과연 이번 광차 문제는 어떤 결말을 맞이할 것인가.

테러를 저지하기 위해 쿠나이를 사살한 코우키. 한편, 쿠나이가 소속되어 있던 DoRed에게 의혹의 화살이 향하면서 리더인 란은 외경에게 쫓기는 입장이 된다. 테러를 막은 코우키는 아버지 코우리에게 자신이 겪은 비전 체험에 대해서 이야기하지만 아직 신뢰를 얻지 못했고 이야기를 믿어주지도 않았다. 그러던 중 TV에서 쿠나이가 예약 전송했던 드러그 D와 샹티이 타운 재개발에 관한 진실이 보도된다. 그것을 본 고우리는 코우키를 어떤 장소로 안내하는데.

카나에 시스템이 가동되고 2개월. 이로 인해 범죄 검거율은 확실히 올라가 있었다. 란은 쿠나이가 일으킨 테러 사건의 중요 참고인으로서 지명 수배되었고 코우키는 외경에 새로 생긴 카나에 시스템을 운용하는 부서로 이동했다. 한편, 슈우타는 코우키, 란과 사이가 틀어진 채로 빵 수행 여행을 떠난 아버지 루이는 대신해서 아오이 베이커리를 돕고 있었다. 간판 메뉴인 '황금 선라이즈'를 맛있게 만들지 못해 고민하던 슈우타에게 코즈에가 보낸 메시지가 도착하는데.

'그라피티 전쟁'을 걸어 온 카르네 아데스는 없었고, 란의 스승인 제로스만 있었다. 그에게 카르네 아데스가 있는 곳을 물은 슈우타는 서둘러 코르누코피아의 최상부로 가려고 하지만 그때 아스미의 전화가 걸려온다. 이번 비전의 내용은 낙뢰로 인해 제어 불능이 된 코르누코피아의 타워 크레인이 낙하해서 다수의 사람이 희생되거나 아니면 크레인의 시스템을 복구하는 대신 그 수리를 맡은 사람 한 명이 희생되는 그런 두 가지 미래였다. 게다가 시스템을 수리하는 사람은 슈우타 일행에게 광차 문제를 내는 사람이라고 생각했던 카르네 아데스였는데.

KANAE 시스템은 예전에 코우키와 아스미의 어머니인 카나에가 설계한 AI를 베이스로 만들어졌다. 과거, 그 AI를 탑재한 자동차가 사고를 일으켰고 거기에 제로스와 츠즈라가와가 휘말렸다. 그리고 AI의 판단으로 제로스가 피해를 입고 그 후유증으로 실독증 상태가 되었다. 문제를 해결하기 위해 머리를 감싸 쥐고 고민하는 카나에였지만, 시스템에는 근본적으로 해결이 불가능한 문제가 있을지도 모른다는 것을 깨닫는다. 그리고 제로스가 그라피티를 시작했다는 소식을 듣고 개발을 그만두기로 한다. 시간은 흘러, 순조롭게 발전해가는 것처럼 보였던 24구였지만, 카나에의 죽음을 계기로 운명이 크게 움직이기 시작하는데.

카르네 아데스로 밝혀진 츠즈라가와는 슈우타 덕분에 구사일생했지만. 의식이 돌아오지 않은 채 병원에 입원해 있었다. DoRed와 외경 사이의 긴장감이 높아지던 중, 란은 츠즈라가와가 코르누코피아에서 뭘 하고 있었는지를 조사하고 있었지만, 스승 제로스에게 호출을 받고 그가 계획하고 있는 새로운 계획의 내용을 듣게 된다. 한편, 슈우타는 샹티이 타운의 혼란 속에서 자신이 어떻게 행동하면 좋을지를 고민한다. 그러던 중, 눈앞에 외경에게 쫓기는 코즈에를 목격하고 그 뒤를 쫓아가게 되는데.

KANAE 시스템에서 많은 에러가 발생하기 시작했다. 그것은 KANAE 시스템 안에서 아스미의 의식이 각성해서 판단을 고민하기 시작한 것이 원인이었다. 츠즈라가와에게서 들은 아스미를 구하는 광차 문제에 직면하고 혼란스러워하는 슈우타. 그곳에 치쿠와가 찾아와 테러 혐의로 슈우타를 체포한다. 한편, 란과 코우키는 아스미를 구하는 열쇠가 될 'CMD'를 찾고 있었다. 그러던 중, 아스미를 죽게 만든 타카라 초등학교 화재 사건과 관련해서 슈우타가 억지로 눌러 감추고 있었던 어떤 사실이 밝혀지게 되는데.

아스미를 만나러 간다. 그렇게 결심한 RGB에게 아스미의 전화가 걸려온다. 아스미는 다시 한번 자신을 둘러싼 광차 문제를 제시한다. 시스템 내부에 있는 아스미의 존재를 밝히고, KANAE 시스템을 해체시킬 것인가 아스미 안의 버그를 수정해서 KANAE 시스템에 의한 통제를 받아들일 것인가 어느 쪽을 골라도 아스미를 지워야만 하는 선택이었다. 세 사람은 그것을 인정하고 고집을 부려서라도 아스미를 만나러 갈 결심을 굳힌다. 과연 RGB 세 사람은 어떤 미래를 선택할 것인가.