자브로 기지를 탈출한 카미유 일행은 지상의 지원조직 카라바의 멤버 하야토 코바야시의 선도로 케네디 스페이스 포트에 도착한다. 에우고의 파일럿을 우주로 올린 준비를 진행하는 하야토는 크와트로 대위가 샤아 아즈나블이라는 편지를 카이 시덴에게 받는다.

진상을 확인하려는 하야토지만 크와트로 대위는 이를 부정한다. 우주로 귀환하기 위한 샤틀을 브란 블다크 소령의 MS부대가 습격한다. 로베르토의 희생으로 셔틀 발사는 성공하지만 크와트로 대위와 카미유는 카라바의 아우드무라와 동행하게 되었다.

뉴타입이라는 존재를 연방정부에게 위기시되어 군의 감시하에 놓인 아무로. 그의 소꼽친구이며 전우이기도 한 프라우 코바야시가 방문한다. 프라우는 하야토와 결혼하여 옛날 화이트베이스에 같이 있던 카츠,레츠,키카를 양자로 삼고 있었다.

프라우 모자의 배웅을 위해 공항에 나온 아무로는 카츠를 대리고 연방군의 수송기를 빼앗아 케네디 스페이스 포트로 향한다. 한편 카미유 일행을 태운 아우드무라는 오거스터의 뉴타입 연구소에서 출격한 로자비아 바탐 소위의 가변MA 갸프란에게 발견당해 공격을 받는다.

카미유와 크와트로 대위는 로자미아를 물리치지만 거기에 브란의 파상공격을 받게 된다. 아우드무라의 위기를 안 아무로는 수송기를 브란의 앗시마에게 충돌시켜 아우드무라의 위기를 구한다. 그리고 크와트로 대위로 싸우는 샤아와 7년만에 재회하게 된다.

아우드무라와 합류했지만 유폐 생활이 길었던 아무로는 싸움으로의 의지를 재기하지 못하고 카츠를 초조하게 한다. 크와트로 대위도 싸우고 있지 않은 아무로를 가시가 돋힌 말로 다그친다.

아무로는 정체를 숨기면서까지 싸우려는 크와트로 대위에게 라라아 슨과의 과거를 떠올리며 괴로워한다. 그러던 중 크와트로 대위와 카미유를 우주로 올려보내기 위해 아우드무라는 힛코리의 셔틀 기지로 향한다. 동시에 아우드무라를 유도하기 위해 힛코리에서 카라바의 멤버인 벨토치카 아르마가 찾아온다.

하지만 샌 프란시스코 상공을 지나는 아우드무라는 로자미아의 공격을 받고 카츠는 독단으로 건담Mk-II로 출격한다. 카츠를 쫓아 출격하는 카미유와 크와트로 대위 앞에 아무로는 싸울 수 없는 상태였다.

힛코리에 도착한 아우드무라는 카미유와 크와트로 대위를 셔틀로 우주로 올려보낼 준비를 시작한다. 카츠도 우주로 올라가게 되고 벨토치카의 격려로 MS에 탈 결심을 한 아무로와 함께 힛코리에 내렸다.

하지만 셔틀의 발사를 저지하기 위해 브란이 힛코리를 강습한다. 브란의 부대를 요격하는 아무로와 크와트로 대위를 돌려보내기 위해 요격에 가세하는 카미유. 크와트로 대위와 카츠를 태운 셔틀이 대기권을 이탈하던 중 카미유는 아무로와 협력해서 브란의 앗시마와 싸운다.

궁지에 몰려 카미유를 길동무로 삼으려는 브란이었지만 그를 아무로의 빔 사벨이 찌른다. 카미유는 다시 아우드무라에 타 다음 기회를 기다리게 되었다.

티탄즈가 달의 요충지 폰 브라운 시를 제압하는 아폴로 작전을 발동했다. 티탄즈의 대함대가 폰 브라운을 침공하는 도중 시로코는 제리드와 마우아가 지휘하는 부대를 출격시켜 에우고의 주의를 끈다.

한편 에우고는 아폴로 작전을 저지하기 위해 월면에서 티탄즈 함대를 요격한다. 아가마는 선전하지만 그라나다에서의 원군이 늦었고 전투의 빈틈을 찌른 시로코의 도고스 기어는 폰 브라운 시의 제공권에 들어갔다.

시로코는 폰 브라운 시에 강행 착륙하고 에우고 부대는 어쩔 수 없이 철퇴한다. 카미유와 크와트로 대위는 싸움을 조장하려는 강렬한 악의를 시로코에게서 느낀다.

티탄즈 함대의 정보를 얻기 위해 폰 브라운 시에 잠입한 카미유는 도고스 기어에서 하선한 제리드와 마우아에게 발견 당한다. 몰래 뒤를 쫓던 카츠에게 도움을 받은 카미유.

하지만 폰 브라운을 탈환하려는 아가마와 티탄즈의 전투가 시작되고 화의 메타스와 야잔 게이블 대위의 갸프란의 전투는 시내까지 이르게 된다. 시민이 피난한 셀터 안에서 카미유와 카츠,제리드와 마우아는 대치한다.

한편 발전시설을 제압한 에우고는 시를 티탄즈에게 되찾고 지휘를 닽은 자마이칸은 급히 폰 브라운 시에서 철퇴 한다. 그와 같은 때 연방의회총회에 출석하기 위해 지구로 내려간 블렉스는 티탄즈에게 암살당한다.

에우고를 이끌었으면 좋겠다는 말을 크와트로 대위에게 남기고 숨을 거두는 블렉스. 크와트로 대위는 의회의 승인으로 자미토프가 권력을 손에 쥐는 것을 보면서 반격의 기회를 엿본다.

시로코의 부하인 사라가 아가마에게 투항한다. 사이드4의 폐기 콜로니를 그라나다로 떨어뜨리려는 자마이칸의 작전을 밀고하기 위해서였다. 시로코는 자신의 예정에 없는 무의미한 살육을 저지함과 동시에 티탄즈 내에서의 입자를 강화하기 위해 상관인 자마이칸을 실각시키려는 것이었다.

사라의 정보를 믿은 아가마 측은 이를 저지하기 위해 MS대를 발진시킨다. 한편 연금된 사라는 자신에게 호의를 품은 카츠를 이용해서 아가마에서 탈출하고, 카츠에게 갸프란에게 사각이 있다는 것을 알려준다. 카미유는 그 정보로 야잔의 갸프란을 불리치고, 에마의 활약으로 콜로니는 그라나다로의 낙하 코스에서 멀어진다.

자마이칸의 안일한 콜로니 낙하에 반감을 품은 야잔은 독단으로 아가마로의 공격준비를 진행한다. 야잔의 MS부대에 응전하는 에마와 카츠는 지온공국군의 전함 그와진의 잔해가 표류하는 우역에 우연히 들어간다. 구원을 위해 온 카미유가 야잔과 일기토를 펼치던 중 그와진 내에서 야잔의 부하를 물리친 에마와 카츠.

야잔의 기백에 눌려 그와진 내부로 도망친 카미유를 구한 것은 겔구그의 잔해를 움직인 카츠의 재치였다. 카츠의 공격으로 한 팔이 날아간 야잔은 알렉산드리아로 철퇴한다.

하지만 그 행동은 자마이칸을 모살하기 위한 야잔의 책략이었다. 야잔을 노린 에마의 빔은 알렉산드리아의 함교에 직격하고 자마이칸은 전사한다. 지온의 망령이 떠도는 우주에는 야잔의 웃음소리만이 울리는 것이었다.