샤아 아즈나블이 탄 모빌슈트 릭 디아스는 사이드7의 콜로니 그린 노아2로 향하고 있다. 그는 크와트로 바지나로 이름을 바꾸고 반연방정부조직 에우고에 참가하고 있었다. 지구연방군을 사물화하여 그린노아2를 군사 기지화하는 티탄즈의 정찰을 시도한 것이다.

콜로니에 접근하는 릭 디아스 안에서 크와트로 대위는 그곳에서 새로운 뉴타입의 존재를 느끼고 있었다. 같은 때 그린 노아1에 사는 카미유 비단은 티탄즈의 제리드 메사 중위에게 콤플렉스를 갖고있는 이름 때문에 성별을 틀리게 말한 것에 격분하여 그를 때린다.

그 일로 티탄즈에 체포된 카미유는 MP에 심문을 받지만 콜로니 내에서 테스트하던 건담Mk-II의 추락사고를 틈타 탈주했다. 한편 티탄즈가 개발하던 건담Mk-II의 존재를 안 크와트로 대위는 모함인 아가마와 연락해 기체의 탈취를 결의한다. 아가마의 포격으로 그린 노아1의 침입로를 열고 건담Mk-II 탈취작전이 시작되려 하고 있었다.

크와트로 대위는 부하인 아폴리 중위, 로베르토 중위와 함께 릭 디아스로 그린 노아1에 침입하여 MS 짐II 부대와 격렬한 전투를 펼친다. 한편 기지에서 도망친 카미유였지만 다시 기지 내로 돌아가 있었다. 권력을 휘두르며 난폭한 심문을 한 MP에게 복수를 하려 한 것이다.

격납고에 있던 무인의 건담Mk-II 3호기에 타고 크와트로 대위에게 가세하는 카미유. 1년전쟁에선 화이트 베이스의 함장을 맡고 지금은 지구와 사이드7의 왕복산 선장으로 좌천된 브라이트 노아 중령은 그 현장을 목격한다. 그리고 건담Mk-II를 탄 카미유의 모습에 1년전쟁에서 함께 싸운 뉴타입 전사 아무로 레이의 재래를 느낀다.

카미유의 협력을 얻은 크와트로 대위는 또 1기의 건담Mk-II를 포획한다. 카미유는 탈출하는 크와트로 대위를 따라 태어나서 자란 콜로니를 떠난다...

카미유를 태우고 사이드7을 벗어난 아가마는 사라미스급 보스니아소속의 MS 가르발디β부대에게 포착되어 교전한다. 파일럿 라이라 미라 라이라 대위의 뛰어난 테크닉에 크와트로 대위 일행은 고전하지만 어떻게든 물리치는데 성공한다. 얼마 후 티탄즈의 파일럿 에마 신 중위가 바스크 옴 대령의 친서를 들고 아가마와 접촉한다.

하지만 친서의 내용은 카미유의 어머니 힐다 비단을 인질로 잡고 건담Mk-II와 카미유의 신병을 넘기라는 협박이었다. 우주를 떠도는 캡슐에 어머니 힐다가 갇혀 있다는 걸 안 카미유는 건담Mk-II로 회수하기 위해 나선다. 하지만 얼마 안 남은 그때 제리드의 MS 하이잭의 총탄이 캡슐을 깨부순다.

눈앞에서 어머니의 목숨을 빼앗긴 카미유는 절규할 수밖에 없었다.

어머니를 살해당해 분노한 카미유는 제리드의 하이잭을 쫓는다. 하지만 크와트로와 에마에게 제지당한 카미유는 건담Mk-II와 함께 티탄즈에 양도되어 순양함 알렉산드리아에 수감된다. 거기서 카미유는 어머니 힐다와 마찬가지로 바스크의 인질이 된 아버지 프랭클린 비단과 재회한다.

한편 바스크는 전력이 저하된 아가마대에 MS를 보낸다. 그 부대장을 명받은 에마였지만 바스크의 방식에 염증을 느끼고 탈주를 결의. 카미유 부자를 대리고 건담Mk-II 3기를 강탈하여 알렉산드리아를 탈출한다. 카미유 일행과 무사히 아가마에 도착해 에우고에 투항한 에마였지만 크와트로 대위는 그런 그녀의 변심이 믿기지 않는다고 한다.

크와트로의 말에 에마는 자신의 마음에 정직해지고 싶었다고 대답하는 것이었다.

카미유의 아버지 프랭클린 비단 대위는 건담Mk-II 개발에 참여한 기술사관이다. 아가마에 온 프랭클린은 릭 디아스에 강한 관심을 갖고 이를 강탈하여 알렉산드리아로 돌아가려고 한다. 에우고의 신형 MS를 갖고 가 바스크에게 빚을 만들어 자신을 보호하려 한 것이다.

카미유는 어머니의 죽음에는 눈길도 주지 않고 이런 행동을 한 아버지를 용서할 수 없었다. 건담Mk-II로 출격한 카미유는 아버지가 탄 릭 디아스에게 총구를 겨누지만 방아쇠를 당길 수 없었다. 주춤한 그때 유탄이 아버지가 탄 릭 디아스를 꿰뚫는다.

눈앞에서 양친을 살해당한 카미유에게 크와트로 대위나 에마의 말은 아무런 위로도 되지 못했다.

자부로 기지는 지구연방군의 상징이었다. 동시에 대두하고 있는 티탄즈의 군사거점으로서의 의미도 갖고 있었다. 그 자부로를 정찰하기 위해 아가마는 레코아 론도 소위를 지구로 강하시키기 위한 준비를 하고 있었다.

위험한 임무에 나선 레코아를 걱정한 카미유였지만 그녀는 자신의 의사로 지원했다고 카미유에게 말한다. 레코아가 탑승한 대기권 강하용 셔틀 봉선화의 준비에 맞춰 크와트로 대위와 아폴리,로베르토가 레이저 방어위성파괴를 위해 출격한다. 거기에 제리드의 지휘하의 티탄즈 부대가 급습한다.

카미유는 에코아를 지키기 위해 외팔의 건담Mk-II로 출격해 제리드 부대를 아가마에서 때어내는 데 성공한다. 그런 카미유의 마음에 감사하며 레코아는 지구로 내려갔다.

아가마는 티탄즈 함대의 추격을 뿌리치기 위해 사이드1으로 향했다. 그러던 중 크와트로 대위는 카미유와 에마를 대리고 사이드1의 어느 콜로니에 들른다. 반지구연방운동의 진압을 위해 티탄즈가 독가스를 살포한 30번치 콜로니. 카미유와 에마는 대량학살의 참극을 보고 할 말을 잃는다.

한편 아가마를 쫓아 30번치에 침입한 라이라는 카미유 일행과 대치한다. 연방정부를 신랄하게 규탄하는 크와트로 대위의 말에 라이라는 물러설 수밖에 없었다. 30번치를 탈출한 두 세력은 콜로니 우역에서 교전한다. 크와트로 대위의 말에 마음이 흐트러져 흥분하는 라일라와 뉴타입으로써의 일면을 보이고 있는 카미유.

궁지에 몰린 라이라가 뉴타입의 존재를 확신한 순간 카미유가 쏜 빔이 가르발디 베타의 콕핏을 꿰뚫고 그녀는 우주에 흩어졌다.

카미유는 자신을 정규 파일럿으로 하려는 블렉스 포라 준장들에게 반발한다. 에마는 그런 그에게 지구에서 만난 아무로 레이의 얘기를 들려준다. 그녀의 얘기를 들은 카미유는 자신도 이해하지 못하는 사이에 샤아 아즈나블이 가까이 있다고 느끼고 있었다.

한편 스승인 라이라를 잃은 분노에 불타는 제리드는 월면에 내린 아가마를 공격한다. 카미유는 첫 월면전투라는 상황과 제리드의 기백에 눌리지만 간발의 차로 크와트로 대위의 릭 디아스에게 구출된다. 제리드를 물리는 아가마는 달도시 안만에 무사히 입항한다.

안만에 상륙한 크와트로 대위는 지온 공국군 시대의 부하 키그난에게 기르프스 이동의 보고를 듣는다. 그리고 키그난의 보고로 지온공국군의 잔당이 도망친 소행성지대 액시즈가 지구권으로 접근한다는 걸 알게 된다.

옛 보급자리의 접근을 경계할 틈도 없이 크와트로 대위는 에우고의 출자자들과 회담을 가진다. 원 리 등 출자자들의 강한 의향으로 에우고는 자브로 기지 침공작전의 실행을 강요당한다.

자브로를 정찰중에 연방군 병사에게 발각당한 레코아는 한때 화이트 베이스의 승무원이었던 카이 시덴에게 도움을 받는다. 한편 그때 카미유는 에우고의 파일럿 취급을 받는 걸 자각하지 못하고 있었다. 미팅에 늦은 일로 카미유의 뺨을 때리는 원.

이해할 수 없는 행동에 화가 난 카미유였지만 주의의 어른들은 그걸 어리광이라고 단정한다. 그러던 중 에우고는 접근하는 달도시 그라나다에 입항 중인 티탄즈의 사라미스급 순양함을 탈취하는 작전을 감행한다. 군이라는 조직에 모순을 느끼면서도 카미유는 크와트로 대위의 선발대에 동행한다.

하지만 MS부대가 출격한 때를 노린 카크리콘 카크라 중위의 부대가 아가마를 덮친다. 단신 출격한 에마의 외침을 느낀 카미유는 그 소리에 대답하는 듯 구원하러 간다. 카크리콘을 격퇴하고 궁지를 구한 카미유의 능력에 에마는 뉴타입으로써의 자질을 느끼지 않을 수 없었다.

에우고는 티탄즈에 반감을 품은 브라이트를 아가마의 함장으로 맞이하고 자부로 침공작전을 진행한다. 아가마를 중심으로 한 에우고 함대는 대기권 강하지점에 집결하여 자부로 기지를 향해 강하작전을 개시한다. 재회도 잠시 싸움 앞에 신경질적인 카미유와 그의 입장을 이해할 수 없는 화는 충돌해린다.

그런 초조함 속에 카미유는 건담Mk-II로 출격하지만 템프테이션을 습격한 가변MA 멧사라를 조종하는 쥬피트리스 선단의 팝티머스 시로코 대위가 에우고 함대가 가는 길을 막는다.

자브로 기지에 강하한 에우고의 MS부대는 연방군의 요격을 피하면서 중심부로 침공해 나아간다. 기지 내부로의 공격에 참가하려는 카미유의 앞에 추격해온 제리드가 가로막는다. 한편 크와트로 대위는 자부로 기지의 약한 저항에 의심을 품고 있었다.

그 상황에서 에우고 부대는 포로의 정보로 연방군이 자브로 기지를 포기하고 지하의 핵폭탄을 폭발시키려 한다는 것을 안다. 가루다급 대형 수송기인 아우드무라와 스도리를 탈취해서 부대의 철퇴를 진행하는 도중 카미유는 기지안에 잡혀있던 레코아와 카이의 기척을 느끼고 있었다.

자브로 기지를 탈출한 카미유 일행은 지상의 지원조직 카라바의 멤버 하야토 코바야시의 선도로 케네디 스페이스 포트에 도착한다. 에우고의 파일럿을 우주로 올린 준비를 진행하는 하야토는 크와트로 대위가 샤아 아즈나블이라는 편지를 카이 시덴에게 받는다.

진상을 확인하려는 하야토지만 크와트로 대위는 이를 부정한다. 우주로 귀환하기 위한 샤틀을 브란 블다크 소령의 MS부대가 습격한다. 로베르토의 희생으로 셔틀 발사는 성공하지만 크와트로 대위와 카미유는 카라바의 아우드무라와 동행하게 되었다.

뉴타입이라는 존재를 연방정부에게 위기시되어 군의 감시하에 놓인 아무로. 그의 소꼽친구이며 전우이기도 한 프라우 코바야시가 방문한다. 프라우는 하야토와 결혼하여 옛날 화이트베이스에 같이 있던 카츠,레츠,키카를 양자로 삼고 있었다.

프라우 모자의 배웅을 위해 공항에 나온 아무로는 카츠를 대리고 연방군의 수송기를 빼앗아 케네디 스페이스 포트로 향한다. 한편 카미유 일행을 태운 아우드무라는 오거스터의 뉴타입 연구소에서 출격한 로자비아 바탐 소위의 가변MA 갸프란에게 발견당해 공격을 받는다.

카미유와 크와트로 대위는 로자미아를 물리치지만 거기에 브란의 파상공격을 받게 된다. 아우드무라의 위기를 안 아무로는 수송기를 브란의 앗시마에게 충돌시켜 아우드무라의 위기를 구한다. 그리고 크와트로 대위로 싸우는 샤아와 7년만에 재회하게 된다.

아우드무라와 합류했지만 유폐 생활이 길었던 아무로는 싸움으로의 의지를 재기하지 못하고 카츠를 초조하게 한다. 크와트로 대위도 싸우고 있지 않은 아무로를 가시가 돋힌 말로 다그친다.

아무로는 정체를 숨기면서까지 싸우려는 크와트로 대위에게 라라아 슨과의 과거를 떠올리며 괴로워한다. 그러던 중 크와트로 대위와 카미유를 우주로 올려보내기 위해 아우드무라는 힛코리의 셔틀 기지로 향한다. 동시에 아우드무라를 유도하기 위해 힛코리에서 카라바의 멤버인 벨토치카 아르마가 찾아온다.

하지만 샌 프란시스코 상공을 지나는 아우드무라는 로자미아의 공격을 받고 카츠는 독단으로 건담Mk-II로 출격한다. 카츠를 쫓아 출격하는 카미유와 크와트로 대위 앞에 아무로는 싸울 수 없는 상태였다.

힛코리에 도착한 아우드무라는 카미유와 크와트로 대위를 셔틀로 우주로 올려보낼 준비를 시작한다. 카츠도 우주로 올라가게 되고 벨토치카의 격려로 MS에 탈 결심을 한 아무로와 함께 힛코리에 내렸다.

하지만 셔틀의 발사를 저지하기 위해 브란이 힛코리를 강습한다. 브란의 부대를 요격하는 아무로와 크와트로 대위를 돌려보내기 위해 요격에 가세하는 카미유. 크와트로 대위와 카츠를 태운 셔틀이 대기권을 이탈하던 중 카미유는 아무로와 협력해서 브란의 앗시마와 싸운다.

궁지에 몰려 카미유를 길동무로 삼으려는 브란이었지만 그를 아무로의 빔 사벨이 찌른다. 카미유는 다시 아우드무라에 타 다음 기회를 기다리게 되었다.

아우도무라은 태평양을 횡단하고 홍콩 시티에 도착했다. 홍콩 시티에 큰 힘을 가진 루오 상회을 의지하고 보급하기위한 것이었다. 한편, 지휘관의 브랜드를 잃고 부관 벤 웃다 대위가 이끄는 스도리는 일본의 무라사메 연구소에 협조를 요청. 강화 인간 포 무라사메와 거대한 가변 MA, 사이코 건담을 합류시킨다.

아무로들은 루오 상회에 협조를 요청, 거기서 우연히 브라이트 노아 부인이 된 미라이 노아와 그 두 아이들과 만났다. 포우가 조종하는 사이코 건담이 홍콩 시티의 거리를 강습한다. 요격에 달려 있었지만, 사이코 건담의 압도적 인 힘 앞에 고전 카미유.

아무로는 적에게 카미유의 싸움에 자극과 불안을 느낀다. 사이코 건담에 점차 추적 할 수있는 중, 파괴되어가는 도시를 목격 한 카미유의 분노가 폭발했다.

홍콩 시티에 머무르고 있는 아무로는 미라이 모자에게 아우드무라에 탈것을 권유한다. 하지만 미라이는 그 제안을 거절한다. 이 접촉으로 인해 미라이의 존재를 안 벤은 홍콩 특무경찰과 협력해서 모자를 납치한다.

같은 때 포우는 자신에게 프레셔를 준 파일럿을 찾아 거리를 떠돌아다니고 있었다. 그런 그녀를 발견한 카미유는 적이란 걸 모른 채 포우에게 강하게 끌린다.

한편 벤은 미라이 모자를 인질로 잡고 카라바에게 아우드무라를 넘길것을 요구한다. 책임을 느낀 아무로는 단신으로 벤에게 가 자신과 미라이의 인질교환을 시도하나 실패하여 아무로도 인질이 돼버리고 만다.

이런 상황에서 하야토는 항복을 가장하고 아우드무라를 전진시키는 한편 카미유의 건담Mk-II를 바닷속에서 접근시킨다. 카미유는 바닷속에 잠복한 MS부대를 격파하고 혼란을 틈탄 아무로와 미라이 모자는 탈출에 성공한다.

아우드무라는 홍콩 시티 자치제에게 퇴거명령을 받아 철수준비를 진행하고 있었다. 그러던 중 카미유와 포우의 접촉을 안 아무로는 그에게 포우와 만나는 것의 위험성을 경고한다. 하지만 카미유는 그런 아무로의 말에 반발해 그녀를 찾아 아우드무라를 뛰쳐나간다.

밤의 거리에서 포우와 재회한 카미유는 이별의 시간을 아쉬워한다. 야경을 내려다보는 빌딩의 옥상에서 입술을 겹치는 카미유와 포우. 포우도 카미유에게 강하게 끌리고 있었다. 하지만 사이코 건담에 탄 벤의 무차별 공격에 의해 두 사람의 시간은 찢겨져 나간다.

거리는 화염에 휩싸이고 포우는 사이코 건담의 콕핏으로 돌아가고 카미유는 건담Mk-II로 출격한다. 싸움 중에 사이코 건담의 파일럿이 포라고 알고 놀라는 카미유. 카미유가 부르는 소리도 사이코 건담에게 싸움을 강요당하는 포우의 마음에는 닿지 못했다.

홍콩 시티를 떠난 아우드무라는 다음 공격목표를 뉴기니아의 티탄즈 기지로 정했다. 아우드무라 격파에 집착하는 벤은 포우의 사이코 건담에게 출격을 명령하고 스스로는 스도리로 특공할 결단을 한다. 스도리의 공격을 받아 건담Mk-II로 포우를 요격하는 카미유는 사이코 건담의 콕핏으로 뛰어들어가 그녀에게 자신의 본심을 말한다.

카미유의 다정함을 이해한 포우는 카미유를 우주로 올려보내 중력의 사슬에서 해방시키려 결의한다. 포우는 아우드무라에 특공을 걸려는 스도리에 돌격하여 대기권 돌파용 부스터를 준비하지만 벤의 총탄에 쓰러진다.

포우의 모습에 순간 망설이는 카미유였으나 자신의 뒤를 밟게 하지 않겠다는 아무로의 말과 포우의 마음에 격려받아 그는 다시 우주로 올라갔다.

우주로 돌아온 카미유는 다시 아가마의 일원이 되었다. 하지만 지구에서의 일에 마음이 남은 카미유는 초조와 고독감만 강해진다. 에마나 브라이트는 그런 그를 신경 쓰지만 말을 걸지 못하고 있었다.

한편 시로코는 티탄즈에 접근해서 충성을 맹세한다. 목성의 헬륨채굴선단에 소속되고서도 기회를 엿보는 시로코에게 티탄즈의 총수 자미토프 하이먼 대장은 경계감을 높이면서도 그 힘을 이용하려고 한다.

제리드나 마우아 파라오 소위를 지휘하에 둔 시로코는 신조전함 도고스 기어를 이끌고 출격한다. 명성을 올리려 안달 난 제리드는 마우아와 함께 신형 가변MS 가브스레이를 몰고 아가마에게 맹공을 건다.

카미유는 스스로의 망설임과 가브스레이의 성능 앞에 궁지에 몰려 우주로 내던져진다. 죽음에 직면한 카미유가 본 적은 제리드의 가브스레이를 격퇴하는 신형가변MS Z건담과 파일럿 슈트를 입은 화 유이리 중사의 모습이었다.

화를 싸움에 말려들게 하기 싫은 카미유는 파일럿이 되려는 그녀와 충돌한다. 한편 시로코가 선택한 뉴타입 후보생 사라 자비아로프 상사와 시드레 상사의 훈련을 위해 출격한 제리드는 신형가변MS 메타르와 지원전투기 G디펜서를 수송 중이던 레코아를 발견한다.

제리드는 독단으로 공격을 걸고 아가마에선 카미유 일행이 레코아 구출로 향한다. 우주로 돌아와 감각이 날카로워져 가는 카미유는 시드레를 격추하고 제리드를 물리친다. 동시에 자신에게 덮쳐오는 적의에 공포에 휩싸인 사라는 견디지 못하고 전선을 이탈한다.

도고스 기어에 있으면서 이 싸움을 전부 감지하던 시로코에게 마우아는 말할 수 없는 불신감을 안고 있었다.

티탄즈가 달의 요충지 폰 브라운 시를 제압하는 아폴로 작전을 발동했다. 티탄즈의 대함대가 폰 브라운을 침공하는 도중 시로코는 제리드와 마우아가 지휘하는 부대를 출격시켜 에우고의 주의를 끈다.

한편 에우고는 아폴로 작전을 저지하기 위해 월면에서 티탄즈 함대를 요격한다. 아가마는 선전하지만 그라나다에서의 원군이 늦었고 전투의 빈틈을 찌른 시로코의 도고스 기어는 폰 브라운 시의 제공권에 들어갔다.

시로코는 폰 브라운 시에 강행 착륙하고 에우고 부대는 어쩔 수 없이 철퇴한다. 카미유와 크와트로 대위는 싸움을 조장하려는 강렬한 악의를 시로코에게서 느낀다.

티탄즈 함대의 정보를 얻기 위해 폰 브라운 시에 잠입한 카미유는 도고스 기어에서 하선한 제리드와 마우아에게 발견 당한다. 몰래 뒤를 쫓던 카츠에게 도움을 받은 카미유.

하지만 폰 브라운을 탈환하려는 아가마와 티탄즈의 전투가 시작되고 화의 메타스와 야잔 게이블 대위의 갸프란의 전투는 시내까지 이르게 된다. 시민이 피난한 셀터 안에서 카미유와 카츠,제리드와 마우아는 대치한다.

한편 발전시설을 제압한 에우고는 시를 티탄즈에게 되찾고 지휘를 닽은 자마이칸은 급히 폰 브라운 시에서 철퇴 한다. 그와 같은 때 연방의회총회에 출석하기 위해 지구로 내려간 블렉스는 티탄즈에게 암살당한다.

에우고를 이끌었으면 좋겠다는 말을 크와트로 대위에게 남기고 숨을 거두는 블렉스. 크와트로 대위는 의회의 승인으로 자미토프가 권력을 손에 쥐는 것을 보면서 반격의 기회를 엿본다.

시로코의 부하인 사라가 아가마에게 투항한다. 사이드4의 폐기 콜로니를 그라나다로 떨어뜨리려는 자마이칸의 작전을 밀고하기 위해서였다. 시로코는 자신의 예정에 없는 무의미한 살육을 저지함과 동시에 티탄즈 내에서의 입자를 강화하기 위해 상관인 자마이칸을 실각시키려는 것이었다.

사라의 정보를 믿은 아가마 측은 이를 저지하기 위해 MS대를 발진시킨다. 한편 연금된 사라는 자신에게 호의를 품은 카츠를 이용해서 아가마에서 탈출하고, 카츠에게 갸프란에게 사각이 있다는 것을 알려준다. 카미유는 그 정보로 야잔의 갸프란을 불리치고, 에마의 활약으로 콜로니는 그라나다로의 낙하 코스에서 멀어진다.

자마이칸의 안일한 콜로니 낙하에 반감을 품은 야잔은 독단으로 아가마로의 공격준비를 진행한다. 야잔의 MS부대에 응전하는 에마와 카츠는 지온공국군의 전함 그와진의 잔해가 표류하는 우역에 우연히 들어간다. 구원을 위해 온 카미유가 야잔과 일기토를 펼치던 중 그와진 내에서 야잔의 부하를 물리친 에마와 카츠.

야잔의 기백에 눌려 그와진 내부로 도망친 카미유를 구한 것은 겔구그의 잔해를 움직인 카츠의 재치였다. 카츠의 공격으로 한 팔이 날아간 야잔은 알렉산드리아로 철퇴한다.

하지만 그 행동은 자마이칸을 모살하기 위한 야잔의 책략이었다. 야잔을 노린 에마의 빔은 알렉산드리아의 함교에 직격하고 자마이칸은 전사한다. 지온의 망령이 떠도는 우주에는 야잔의 웃음소리만이 울리는 것이었다.

블렉스 준장을 잃은 에우고에게 크와트로 대위는 차세대의 지도자가 될 인물이었다. 아우드무라에서 크와트로 대위가 타는 셔틀을 발사하려는 하야토는 그 기대를 그에게 맡긴다. 한편 아가마와 전함 라디쉬는 셔틀을 회수할 작전을 전개한다.

하지만 아가마를 추격하는 알렉산드리아에서 야잔대가 공격을 건다. 제리드도 사라,마우아와 함께 후방에서 메가 런처로 Z건담을 저격하려 한다. 양자가 교전을 계속하던 중 크와트로 대위는 지구에서 데려온 고아인 신타와 쿰을 데리고 셔틀에서 포트로 이탈하여 아가마와의 합류지점으로 향한다.

아폴로 작전에서 공훈을 쌓았지만 자신이 함장을 맡은 헬륨수송선 쥬피트리스로 돌아간 시로코. 그를 위험시하는 아가마의 멤버는 레코아를 잠입조사를 위해 보낸다. 스스로 위험한 임무에 지원하는 그녀를 말리려는 카미유에게 레코아는 쓸데 없는 간섭은 필요 없다고 쏘아붙인다.

겔구그에 타고 쥬피트리스에 잠입한 레코아. 카미유는 후방지원을 위해 Z건담으로 출격하지만 더미 운석에 숨은 걸 사라에게 발견 당해 전투하게 된다. 한편 쥬피트리스 내부를 정찰하던 레코아는 시로코와 대면한다.

그녀는 시로코에게 끌려들어 가는 듯한 감각을 느낀다. 탈출해서 돌아온 레코아는 시로코를 브라이트에게 보고하지 않는 자신에게 당황한다.

크와트로 대위가 에우고의 출자자와 만나기 위해 폰 브라운 시로 갈 때에 티탄즈는 사이드2에 독가스를 산포하는 작전을 준비하고 있었다. 에우고의 거점이라 여겨지는 그라나다를 공격하는 작전을 은폐하기 위해서였다. 티탄즈의 독가스 공격을 감지하고 사이드2 우역으로 급행하는 아가마.

한편 사이드2의 시장은 저항파를 억누르고 티탄즈에게 항복하려 하지만 알렉산드리아의 함장 가디 킨제 소령은 이를 무시한다. 혼란에 빠진 사이드2에 접촉한 카미유 일행은 독가스 부대를 포착했지만 제리드의 가브슬레이에게 방해받는다. 카미유와 제리드의 격전이 이어지는 중 카츠가 탄 MS 네모가 가스봄베의 파괴에 성공한다.

알렉산드리아는 야잔 대를 미끼로 아가마를 콜로니의 잔해로 유도해 복병인 제리드와 마우아로 공격하는 작전을 전개한다. 작전준비가 진행되는 중 카미유에게 계속되는 패배에 초조함을 느끼는 제리드에게 마우아는 다정한 말을 건넨다. 알렉산드리아의 공격이 시작되고 아가마의 MS부대는 야잔대의 양동에 낚이게 된다.

고립된 아가마를 습격하는 제리드 일행의 가브슬레이. 하지만 카미유는 서서히 제리드를 몰아넣어 제리드를 쏘려고 한다. 다음 순간 마우아는 제리드이 방패가 되어 섬광 속으로 사라진다 중상을 입은 제리드는 조타를 잃지만 마우아의 마음이 그에게 다시 조종간을 쥐게 한다.

범상치 않은 기백으로 카미유를 공격하는 제리드. 하지만 가브슬레이의 양 다리를 파괴당해 어쩔 수 없이 철수한다. 차례차례 소중한 사람을 잃고 제리드는 비탄에 젖는다.

에우고와 티탄즈가 일진일퇴의 공방을 펼치던 때 엑시즈는 지구권에 거의 도달하고 있었다. 지구권의 혼란을 틈타 복권을 노리는 지온공국의 잔당에게 경계심을 강화하는 에우고와 티탄즈. 하지만 양자는 똑같이 전황을 유리하게 만들기 위해 엑시즈의 전력을 이용하려고 하고 있었다.

엑시즈의 선두부대와 접촉하기 위해 아가마는 폰 브라운 시에 입항해서 보급을 받는다. 작업을 진행하는 아가마에서 신타와 쿰이 사라지고 카미유와 화는 거리로 나온다. 거기서 카미유는 시로코의 밀명을 받은 사라와 재회한다.

티탄즈도 액시즈의 접근을 탐지하고 시로코를 대표로서 선두부대에 접촉한다는 정보가 아가마에 들어온다. 아가마에 동승한 원은 티탄즈보다 빨리 액시즈에게 접촉해야 한다고 완고하게 주장한다. 아가마는 액시즈로 향하는 시로코의 도고스 기어에 선제공격을 건다.

크와트로 대위는 도고스 기어를 향해 메가 바주카 런처를 발사하지만 시로코의 프래셔에 눌려 공격을 빗맞힌다. 카미유도 공격부대로 출격하지만 시로코가 회유한 야잔의 신형가변MS 함브라비에 고전한다. 점점 열세로 몰리는 아가마였지만 갑자기 나타난 엑시즈의 대부대 덕분에 궁지에서 벗어나게 된다.

액시즈의 가자C부대에게 구출된 형태가 된 아가마. 브라이트 일행은 액시즈의 초대에 응해 선발부대 기함 그와단에서 미네바 자비와 회견한다. 지온공국을 장악했던 자비가의 삼남 도즐 자비의 자식. 그 미네바의 모습과 한때 자비가의 모습 그대로인 액시즈군의 양상에 브라이트는 전율을 느낀다.

하지만 어린 미네바를 꼭두각시 인형처럼 부리는 액시즈의 섭정, 자신이 인연을 끊었던 하만 칸에 의해 변해버린 액시즈의 모습을 본 샤아는 분노한다. 교섭은 결렬되고 아가마의 승무원들은 감금당하지만 연극을 꾸며 그와단을 탈출한다. 그것을 알고 있었단 듯이 시로코의 도고스 기어가 그와단과 접촉하여 미네바에게 충성을 맹세했다.

그와단에서 크와트로 대위를 감싸고 부상당한 레코아는 몸도 마음도 둘 곳을 잃은 상태였다. 한편 엑시즈와 손을 잡은 시로코는 야잔에게 아가마 추격을 명령한다. 야잔의 공격을 받아 방어에 급급한 아가마.

그 혼란 속에서 레코아는 누군가가 자신을 부르고 있다고 느끼고 크와트로 대위의 제지도 듣지 않고 메타스로 출격한다. 방황하는 듯한 레코아의 행동에 당황해 야잔은 아가마를 잡지 못하고 놓친다. 하지만 야잔에게 메타스는 격파당해 레코아는 생사불명이 된다.

도크함 라비앙 로즈와 합류해 수리를 받은 아가마는 킬리만자로의 티탄즈 기지를 공격하는 카라바를 지원하기 위해 위성궤도 상에서 양동작전을 개시한다. 이 작전행동을 저지하기 위해 야잔 지휘하의 부대는 아가마에게 강습을 건다.

그 전투 중 야잔의 공격을 받은 샤아의 백식이 제어를 잃고 대기권 낙하코스에 들어가게 된다. 카미유는 웨이브 라이더로 백식을 구조하고 어쩔 수 없이 킬리만자로로 강하한다. 그 전장에서 사이코 건담을 목격하고 경악하는 카미유.

혼란을 틈타 샤아와 함께 기지 내부로 잠입한 카미유는 실험체 취급당하는 포우와 실험에 입회한 자미토프와 만나게 된다.

카라바가 킬리만자로 공격을 계속하던 중 카미유는 단독으로 킬리만자로 기지에 잠입하여 포우를 구출하려 한다. 그 한편 기지에서 요양 중이던 제리드는 잠입한 카미유를 발견한다. 재회한 포우는 카미유가 알던 그녀였다.

하지만 포우에게 가해지던 처리를 보고 그녀가 강화인간이란 사실을 알게 된다. 집요한 제리드의 추격을 피하면서 카미유는 포우를 대리고 기지를 탈출했다.

하지만 카라바의 공격이 시작하자 그녀의 표정은 순식간에 변한다. 전투인형으로서의 포우가 각성해 그녀는 사이코 건담을 부른다. Z건담에 타고 포우에게 싸움을 그만두라는 카미유였지만 제리드가 조종하는 시작MS 바이아란이 카미유를 습격한다.

킬리만자로를 공략한 카라바의 아우드무라와 샤아,카미유는 곧바로 다칼로 향한다. 이 땅에서 이루어지는 연방의회총회의 석상에서 티탄즈의 실태를 고발하기 위해서였다. 제리드가 지휘하는 가루다급 메로우드의 추격을 피하면서 크와트로 대위는 아무로와 카미유의 엄호를 받고 다카르로 강하한다.

시가지 상공에서 발생한 카라바와 티탄즈의 전투로 혼란에 빠진 의회의 단상에 올라간 크와트로 대위는 자신이 지온 공화국의 창시자 지온 줌 다이쿤의 아들이란 사실을 밝히고 티탄즈의 비도를 세계에 호소한다. 제리드는 통시시설을 파괴해서 샤아의 연설을 방해하려 한다.

하지만 자신이 소속된 조직의 행위에 의문을 품은 티탄즈의 병사들이 제리드의 행동을 저지한다.

지구를 카라바에게 맡기고 카미유와 크와트로는 셔틀로 다시 우주로 올라갔다. 그때 위성궤도 상에서 셔틀과 합류예정이던 아가마를 알렉산드리아의 야잔의 부대가 습격한다. 함브라비의 연계공격에 고전하는 아가마의 MS대였지만 구원으로 온 카미유와 샤아가 이를 격퇴한다.

크와트로 대위는 메가 바주카 런처로 알렉산드리아를 조준하나, 빔은 빗겨 나간다. 과거 전투에서 야잔에게 격파당했지만 회수되어 티탄즈에 들어간 레코아. 그녀가 알렉산드리아의 함교에서 샤아의 의식을 느끼고 철퇴를 진언했기 때문이다. 유일하게 카미유만이 알렉산드리아에서 레코아의 기척을 느꼈다.

아가마는 보수를 위해 사이드2의 관광콜로니인 모르가르텐에 정박하고 있었다. 카미유 일행은 한때의 휴식을 즐기지만 거기에 로자미라고 자칭하는 여성이 나타난다. 카미유를 오빠라고 부르며 그와 함께 찍은 사진을 갖고있는 그녀에게 모두 당황한다.

로자미와 함께 호숫가에 도착한 카미유 일행은 거기서 미네바와 하만의 모습을 목격한다. 한편 모르가르텐 구역에서 에우고의 MS가 수기 격추되는 피해 보고를 들은 샤아는 초계중에 농업 플랜트에 잠입해서 게릴라 전술을 전개하던 숨어있던 티탄즈MS 하이잭의 공격을 받는다.

그 전투는 콜로니 안까지 넓어져 하만의 호위를 담당하던 가자C도 전투에 참가한다. 싸움 도중 카미유 일행과 하만 일행은 각각 모르가르텐을 탈출한다.

카미유를 따라 아가마에 탄 로자미에게 샤아나 에마는 위화감을 느끼고 있었다. 샤아는 로자미가 강화인간이 아닌가 생각해서 그녀의 정밀검사를 선의인 하산에게 의뢰한다. 한편 에우고는 티탄즈가 루나2 근방에 전략병기를 건조하고 있다는 정보를 얻는다.

원래 그리프스는 밀폐형 콜로니 2개를 이은 것이었지만 티탄즈는 이를 다시 나눠 콜로니 레이저라 불리는 거대한 레이저 포로 개조한 것이다. 그 정보를 확인하기 위해 정찰을 나선 카미유는 MS 멧사라를 탄 레코아와 조우한다. 그녀가 적이 된 것에 심한 쇼크를 받는 카미유.

레코아는 콜로니 레이저의 완성을 카미유에게 말하고 그의 앞에서 사라진다. 에우고가 콜로니 레이저를 알아챈 걸 깨달은 바스크는 콜로니 레이저를 사이드2의 18번치 콜로니로 발사한다.

바스크는 그리프스2의 콜로니 레이저를 달방면으로 이동시키기 위해 양동으로 사이드2의 21번치 콜로니에 독가스를 살포하는 작전을 개시했다. 작전을 실행하던 도중 레코아는 아가마대의 늦은 대응에 조바심을 느낀다.

한편 사이드2에서의 긴급통신을 수신한 아가마는 21번치에 MS부대를 급행시킨다. 하지만 아가마의 MS대가 도착했을 때는 이미 독가스는 살포된 뒤였다. 잔혹한 작전을 지휘하는 레코아에게 분노를 향하는 카미유였지만 그녀는 그에게 차가운 말로 자신의 사는 방법을 내던지고 결별의 의사를 나타낸다.

그러던 중 로자미의 정밀검사 결과가 밝혀져 로자미가 강화인간이란 것을 알게 된다. 그것을 자각하지 못하는 로자미는 하산의 제지를 뿌리치고 네모로 카미유의 곁으로 향한다. 전장에서 카미유를 돕는 그녀였지만 죽어가는 사람의 원념과 싸움의 광기에 닿아 티탄즈의 강화인간 로자미아 바담으로 돌아가 버린다.

아가마는 라디쉬와 함께 사이드2로 진로를 향한다. 티탄즈가 다시 사이드2에 독가스 공격을 건다는 정보를 입수했기 때문이다. 한편 도고스 기어로 돌아온 로자미아는 같은 강화인간인 게이츠 캐파와 함께 가변 MA 바운드 독의 파일럿 훈련과 의식조정을 받는다.

사이드2 우역에 도착한 아가마는 티탄즈의 MS대와 교전한다. 아가마 대의 요격으로 나온 로자미아는 13번치 콜로니에서 카미유와 만난다. 하지만 사이코뮤에 지배당한 그녀는 이미 카미유가 아는 로자미가 아니었다.

카미유의 외침에도 아랑곳없이 그의 앞에서 사라지는 로자미아. 아가마는 사이드2로의 독가스 공격 저지에 성공하지만 이 공격은 바스크의 양동이었다. 그리프스2의 콜로니 레이저는 착실하게 그라나다로 조준을 겨누기 위해 접근하고 있었다.

티탄즈의 콜로니 레이저는 그라나다를 사정거리에 넣기 직전까지 접근하고 있었다. 지구에 본거지를 두고 군수기업으로써 큰 힘을 지닌 에너하임의 멜라니 휴 카바인회장은 사이드3의 양도를 조건으로 엑시즈와 손을 잡고 이 사태를 수습하려고 한다.

에우고의 최대의 출자자인 에너하임이 그런 교섭역으로 선택한것이 샤아가 있는 아가마였다. 아가마는 다시 엑시즈 산발함대와 접촉했다. 친서를 들고 그와단을 방문한 카미유에게 하만은 스스로 아가마로 가 교섭을 전행한다.

멜라니가 제시한 조건을 승인한 하만은 에우고의 양동작전에 맞춰 그리프스2를 공격할 것을 약속했다. 하만과의 회견을 끝낸 아가마는 곧바로 그리프스2의 티탄즈 함대를 공격한다.

한편 하만은 티탄즈 함대의 후방지원을 한다고 속이고 그와단의 주포를 그리프스2의 핵펄스 엔진을 향해 발사했다. 이 그와단의 공격으로 그리프스2의 이동은 저지당하고 그라나다로의 공격을 막을 수 있었다.

에우고와 손을 잡은 듯 보였던 하만이었지만 한편으론 지온공국의 우주요새 아 바오아 쿠를 접수하여 개칭한 티탄즈의 군사거점 제단의 문에서 자미토프와 회견을 하고 있었다. 자비가 재흥의 후원을 약속받기 위해서였다.

하지만 교섭은 결렬되고 하만은 자미토프의 암살을 시도함과 동시에 아가마에게 원호를 요청했다. 자미토프 암살은 실패했지만 제단의 문에서 탈출하는 하만. 그때 시로코의 명령으로 아가마로 향한 사라는 카미유와 대치하고 있었다. 거기에 하만을 쫓는 제리드도 모습을 나타낸다.

혼돈의 전장 속에서 사라의 기척을 느끼고 출격한 카츠에게 그녀는 하만을 돕지 말아달라고 얘기한다. 가속도를 더하며 악화해가는 전황 속에서 카미유는 사람들를 싸움으로 몰고 가는 악의의 존재를 느낄 수 밖에 없었다.

사라는 이전의 전투에서 카미유에게 붙잡혀 아가마에 수용당한다. 그녀를 심문할 새도 없이 에우고 함대는 제단의 문에 총공격을 개시했다. 에우고가 티탄즈의 전력을 끌어당기는 동안 하만이 소행성기지 액시즈를 제단의 문에 직접 충돌시켜 파괴한다는 작전 때문이었다. 전투 중 사라는 아가마에서 도망치고 카츠는 그녀를 쫓는다.

한편 화는 레코아가 조종하는 신형MS 파라스 아테네와 조우하고 그녀가 살아있다는 것을 알고 쇼크를 받는다. 멍하니 서 있는 화를 노리는 제리드. 아폴리는 그녀를 구하기 위해 몸을 던져 목숨을 잃는다. 아폴리의 죽음에 화가 통곡하던 중 액시즈는 드디어 제단의 문과 충돌한다.

그 여파로 티탄즈 함대는 큰 피해를 입고 액시즈는 그라나다로의 낙하 코스를 취한다. 동시에 하만은 티탄즈의 혼란을 틈타 그리프스2를 제압한다.

제단의 문을 잃은 자미토프는 시로코를 대신해 하만과 회견을 갖는다. 한편 사라를 시로코에게 찾아오려는 카츠가 시로코의 목숨을 노리고 회의장소인 그와단으로 잠입한다. 각각의 생각이 뒤엉킨 회견은 그와단에 잠입한 크와트로 대위의 난입으로 중단되고 사라는 시로코의 위기를 느끼고 그와단 안으로 빔을 쏜다.

그 혼란을 틈타 야심을 가진 시로코는 자미토프를 암살하고 그 죄를 하만에게 뒤집어씌운 후 티탄즈의 실권을 잡는다. 그와단에서 탈출한 시로코는 MS 디 오로 하만의 MS 큐베레이와 교전하지만 그 틈을 타 카츠가 시로코의 목숨을 노린다. 사라는 시로코를 지키고 카츠의 공격을 받아 섬광 속으로 사라진다.

에우고는 액시즈의 손에 떨어진 콜로니 레이저를 탈취하기 위해 그리프스2를 소용돌이같이 둘러싸는 멜슈트름 작전을 시동한다. 카미유는 함대를 그리프스2로 향하게 하기 위해 엑시즈의 양동으로 출격해 하만과 대치했다. 격렬한 전투 중 두 사람은 의식의 바다에 떠내려가 여러 사람들의 상념을 보게 된다.

이 광경을 보고 사람의 가능성을 직감하는 카미유였으나 하만은 공감을 거절하고 분노에 가득 차 적의를 확산시켰다. 카미유는 사람의 공감을 받아들이려 하지 않는 하만을 시대에 필요없는 인간이라고 단정하고 싸운다.

한편 숙련도가 낮은 액시즈 함대는 전선을 유지하지 못하고 하만은 전 함대를 철수시킨다. 멜슈트름 작전을 성공하고 에우고는 그리프스2를 수중에 넣는다.

제단의 문과 격돌한 소행성기지 액시즈는 월면도시 그라나다로 낙하하는 궤도로 진행하고 있었다. 아가마는 그 진로를 바꾸기 위해 액시즈에 접현해 추진용 엔진을 기동시키기 위해 화 일행을 진입시킨다. 그 아가마에 로자미아의 거대가변MA 사이코건담Mk-II가 습격한다.

싸움을 멈추려고 로자미아에게 말을 거는 카미유였지만 그녀는 마음을 닫고 격렬한 공격을 계속한다. 한편 로자미아를 아가마에게 보낸 바스크의 도고스 기어는 레코아가 지휘하는 시로코의 MS부대의 습격을 받는다. 이 공격으로 도고스 기어는 격침당하고 바스크는 전사한다,

그와 같은 때 액시즈 안으로 진입한 로자미아는 화와 만나고 있었다. 쫓아온 카미유와 화의 말에 혼란스러워져 도망치듯 사이코건담Mk-II를 기동하는 로자미아. 착란상태에 빠져 빔을 난사하는 로자미아를 앞에 둔 카미유는 포우의 목소리에 등 떠밀리듯 아가마를 지키기 위해 사이코건담Mk-II의 콕핏을 쏜다.

그리프스2를 제압한 에우고에게 액시즈와 티탄즈는 총력전을 건다. 소행성기지 엑시즈를 벗어난 아가마는 삼파전의 전투구역으로 급행한다. 액시즈의 공격으로 전선의 유지가 어려워진 라디쉬의 원호를 위해서였다. 에마는 야잔의 맹공에 빠져있었다.

그녀를 구하려고 한 카츠는 야잔의 공격으로 피탄하여 사라가 부르는 목소리를 들으면서 목숨을 잃는다. 카츠의 죽음을 가까이서 보면서도 야잔에게 몰리는 에마. 라디쉬의 함장 헨켄은 그녀의 위기를 알고 배를 에마의 방패로 삼아 야잔의 공격을 막아낸다.

헨켄 일행의 생명과 함께 침몰하는 라디쉬를 보며 에마는 말을 잃을 수밖에 없었다. 그런 그녀의 모습과 많은 사람들의 죽음에 분노하여 슬픔에 빠진 카미유는 자신의 손으로 싸움에 종국을 이끌 결의를 굳힌다.

에마를 떠나보낸 카미유는 진정 쓰러뜨려야 할 적을 시로코와 하만 두 사람으로 정하고 전장으로 돌아온다. 한편 브라이트는 그리프스2의 콜로니 레이저의 조준을 티탄즈 함대에 맞추도록 타전하고 카미유에게 그 방어를 맡긴다.

하지만 콜로니 레이저의 발사를 저지하기 위해 시로코는 디 오를 조종하여 그리프스2 내부로 침입한다. 크와트로 대위의 백식을 시로코를 추격하고 하만은 큐베레이로 샤아를 몰아붙인다. 그리프스2의 극장안에서 대치하는 샤아와 시로코,하만.

각자를 처치하려는 3명이었으나 거기서 카미유가 끼어들어 샤아와 함께 그리프스2를 탈출한다. 두 사람의 탈출을 확인한 브라이트는 티탄즈 함대에서 콜로니 레이저를 발사하고 괴멸적인 타격을 입힌다.

한편 카미유는 함대를 재편하려는 시로코를 몰아붙인다. 에마나 카츠, 레코아, 그리고 포우와 로자미아의 의지를 받아들이고 카미유는 시로코에게 최후의 공격을 감행한다.