日蚀的那天的一个实验室里，神圣的石头被植入两个男孩，南光太郎和秋月信彦的体内。几十年后，世界被一分为二。有一派人想把“怪人”从社会上消灭，另一派人则想与怪人共存。在喧闹当中，有一个正在隐居的男人南光太郎，以及一个名叫和泉葵的年轻女孩，正在利用联合国作为平台，来呼吁大家停止歧视，以及改变这个分裂的世界。当她和光太郎相遇时，曾经停止的时间又再次转动起来…

首相堂波真一运用他的权力，利用了穷人和社会少数派，透过怪人的非法业务来赚钱。戈尔哥姆党，一个与堂波有联系的政党，向光太郎派出了一名刺客，命令他收回帝王石。信彦也采取了行动，但他真正的目的是什么？

小葵和光太郎在袭击事件后，发现他们处于一种奇怪的关系。与此同时，比鲁基尼亚从被通缉的川本那里获得了足够的影像证据，足以推翻政府。他并没有告诉堂波。在这一切中，小葵所参与的那场示威发展成一连串的暴力冲突与混乱。突然，秋月信彦出现了，他拥护怪人的权利，并劝说他们采取行动。

信彦和他所召集的怪人们试着重组前戈尔哥姆党。一位老朋友拜访了信彦，并告知他帝王石在小葵的手中，于是他便去找光太郎…与此同时，小葵很高兴能再次见到他的父亲，川本英夫。然而，小葵却突然被变成怪人的父亲不断追杀，但她竟被一个意想不到的人所救。

光太郎回想起可里所说，关于打败“创世王”的事。信彦出现，并告诉他小葵在他们的家乡。 那里还有一台用于怪人实验的设施，比鲁基尼亚在等着他们。小葵和她的母亲被抓了， 光太郎试着拯救她们，但一只“螳螂”却阻碍了他的去路。在战斗中，光太郎知道了真相，并加深了对比鲁基尼亚的仇恨和敌意，使黑日展现出新的力量。

“谁会成为下一位创世王？”三神官为了堂波，举行了一个仪式，但却被“创世王”拒绝了。与此同时，对戈尔哥姆党的攻击也在进行中。在混乱当中，达罗姆与光太郎发生冲突，但为了“怪人”的存在，他提出了继承“创世王”的请求。另一方面，小葵与她重逢的青梅竹马，小松俊介，解救了被抓的人，并试图逃走。

光太郎再次面对“创世王”，意味着他得面对厌恶的过去，以及一切本应早就解决的事。在创世王的尸体前，信彦得知了可里的真相。与此同时，小葵和俊介虽然失去了各种事物，但仍成功逃走了。但在他们回家的路上，俊介与小葵分别之后，被一个反怪人组织所包围…

莉乃为自己的死亡做好了准备，并将“钥匙”交托给了“诺米”，然后他把它交给了她的女儿小葵。在光太郎恢复意识后，小葵与他再次重逢，她笑着告诉他自己保护了帝王石。信彦成功登上了组织的最高位，他否定达罗姆的做事方式，并要求改革戈尔哥姆党。信彦坐着他心爱的摩托车回到了家乡。

黑日超越了时间，并在天空中翱翔。他相信自己的正义，为了保护地球，他出发前往推翻影月。两人为了他们的命运，投入了最终的战斗。在一场激烈的战斗后，信彦将帝王石交托给光太郎，并回到了可里的身边。但在他们身后，一个一直关注整件事件的影子正可疑地潜伏着…