일식이 있던 날, 한 실험실에서 미나미 코타로와 아키즈키 노부히코 두 소년의 몸에 신성한 돌이 이식된다. 그 후 수십 년이 흐르고 세상은 두 진영으로 나뉜다. 괴인을 사회 밖으로 내쫓으려는 사람들과 괴인과의 공존을 꿈꾸는 사람들로 나뉜 것이다. 그 혼돈 속에 홀로 은둔자로 살아가는 미나미 코타로라는 남자가 있다. 한편 아오이 이즈미라는 소녀는 차별 종식을 호소하고 분열된 세상을 변화하기 위해 UN 강단에서 연설한다.그리고 소녀와 코타로가 만나며 멈췄던 시간이 다시 흐르기 시작하는데…

도우나미 신이치 총리는 막대한 자본을 투자하는 등 자신의 권력을 남용해 가난한 사람들과 사회 소수자들을 괴인 사업에 강제로 끌어들인다.도우나미와 연관된 고르곰당은 킹스톤을 되찾기 위해 코타로에게 암살자를 보낸다. 노부히코는 크게 활약하지만, 그의 진짜 목적은 무엇일까?

도우나미 신이치 총리는 막대한 자본을 투자하는 등 자신의 권력을 남용해 가난한 사람들과 사회 소수자를 괴인 사업에 강제로 이용한다.도우나미와 연계된 고르곰당은 킹스톤을 되찾기 위해 코타로에게 암살자를 보낸다. 때마침 활약하는 노부히코, 하지만 그의 진짜 목적은 무엇일까?

노부히코는 괴인들을 모아 옛 고르곰을 부활시키려 한다.자신을 찾아온 오랜 친구가 킹스톤이 아오이에게 있다고 말하자, 노부히코는 곧장 코타로를 찾아 나선다. 한편, 아오이는 자신의 아버지 가와모리 히데오와 재회해 기쁨에 들뜨지만 그것도 잠시, 아버지는 갑자기 괴인으로 변해 아오이를 추격한다.그리고 아오이는 예상치 못했던 사람에게 구조되는데…

코타로는 창세왕을 물리치자는 유카리의 말을 기억한다. 노부히코가 코타로를 찾아와 아오이가 그들의 고향에 갔다고 말한다. 여전히 그곳에 남아 있는 괴인 실험실에서 그들은 빌게니아와 맞닥뜨린다.포로로 잡힌 아오이와 그녀의 엄마.코타로가 그들을 구하려 나서지만 사마귀 괴인이 앞을 가로막는다.그 괴인과의 전투 중 코타로는 진실을 깨닫게 되고, 빌게니아에게 증오를 쏟아내다 블랙썬의 새로운 힘을 발휘한다.

“차기 창세왕은 누가 될 것인가?”도우나미의 꾸지람에 삼신관이 창세왕 계승 의식을 거행하지만 “창세왕”에 의해 거절당한다.때마침 괴인들이 고르곰당을 습격한다. 혼란 속에 다롬은 코타로와 맞서지만, 괴인의 존망을 위해 싸움을 멈추고 코타로에게 “창세왕” 승계를 탄원한다. 한편, 아오이와 다시 만난 소꿉친구 고마쓰 슌스케는 감옥에 갇힌 사람들을 풀어주고 탈출을 시도한다.

죽음을 예건한 리노는 “노미”에게 “열쇠”를 맡긴다. 노미는 리노의 딸 아오이에게 그 열쇠를 건넨다.아오이는 의식을 되찾은 코타로와 재회하고, 활짝 웃으며 자신이 킹스톤을 지켰다고 말한다. 다롬의 방식을 부정하고 변화를 부르짖으며 고르곰의 새로운 수장으로 거듭난 노부히코는 아끼는 바이크를 타고 고향으로 질주한다.

괴인의 수장이 된 노부히코는 도우나미 총리에게 앞으로는 인간이 괴인을 섬길 것을 명령한다. 한편 “쿠지라”는 해저 동굴에서 코타로를 치료한다. 결국 다시 돌아온 아오이의 힘으로 기적이 일어난다. 기적적으로 정신을 되찾은 코타로는 “히트 헤븐”을 달라고 한다.

블랙썬은 시간을 초월해 하늘 높이 솟구친다. 자신의 정의 실현을 위해, 그리고 이 별의 운명을 위해 섀도우 문과 맞붙는다 운명을 건 최후의 결투를 벌이는 두 사람. 치열한 결투 끝에 결국 노부히코는 킹스톤을 코타로에게 넘기고, 유카리가 있는 곳으로 떠난다.하지만 그림자 뒤에 숨어 모든 상황을 지켜보던 수상한 자가 있었으니…