日蝕の日、ある実験室で二人の少年、南光太郎と秋月信彦の身体に聖なる石が埋め込まれた。その出来事から数十年後、世界は二つに分断されていた。社会から「怪人」と呼ばれる者達を排除しようとする勢力と「怪人」との共存を望む勢力。そんな喧騒の中、まるで世捨て人のようになってしまった男、南光太郎がいた。そんな分断された世界を変えるべく国連の壇上で差別をなくそうと訴える一人の少女、和泉葵。彼女と光太郎が出会う時、止まった時が動き始める・・・

総理大臣、堂波真一は権力を振りかざし、生活困窮者やマイノリティらを利用した怪人ビジネスで私腹を肥やしていた。彼と裏でつながる政党「ゴルゴム党」はキングストーン回収の命を帯びた刺客を光太郎に差し向ける。そして再び動き出した信彦の真の目的とは・・・

襲撃事件をきっかけに奇妙な関係となった葵と光太郎。一方、指名手配中の川本から政府を転覆できる程の証拠映像を入手したビルゲニアは、堂波にそれを伝えようとはしなかった。そんな中、葵が参加したデモは激しい衝突へと発展し、混乱を極めていた。そこへ突如現れた秋月信彦は、怪人達の権利を主張し、彼らを奮い立たせるのだった。

集う怪人達と共に、かつての五流護六（ゴルゴム）を取り戻さんとする信彦。そこに訪れた旧友から葵の下にキングストーンがあると知らされ、光太郎の元へと向かう・・・そんな中、父、川本英夫との再会を喜ぶ葵。だが突如、怪人となった父に執拗に追われてしまう。その窮地を救ったのは意外な人物だった。

「創世王」を倒すという、ゆかりの言葉を思い出す光太郎。現れた信彦から葵が二人の故郷にいると知らされる。そこには怪人の実験施設が残されており、ビルゲニアが待ち受けていた。母と共に囚われの身となってしまった葵。それを救い出そうとする光太郎の前に、〝カマキリ〟が立ちはだかる。戦いの中で真実を知り、ビルゲニアへの憎しみが高まった事でブラックサンは新たな力を発現させるのだった。

再び「創世王」と対峙した光太郎。それは忌まわしき過去の清算を意味しており、全てに決着がつくはずだった・・・そして王の亡骸を前に信彦は、ゆかりの真実を知らされる。一方、葵と俊介は様々なものを失いながらも脱出に成功。だがその帰り道、葵と別れた俊介は反怪人団体に囲まれてしまうのだった・・・

自らの最後を覚悟した莉乃から託された「鍵」を、彼女の娘である葵に手渡す〝ノミ〟。そして目覚めた光太郎と再会した葵は、キングストーンを守り切ったことを伝え、微笑む。ダロムのやり方を否定し、ゴルゴムの変革を叫ぶ事で新たに頂点に立った信彦は、愛機ロードセクターを故郷へと向けた。

怪人達の頂点にたった信彦は、堂波総理に対し人間が彼らの下につくよう通告した。一方、〝クジラ〟の懸命なる処置が続く海の洞窟では、合流した葵の力により奇跡が起きた。それにより再生を果たした光太郎は、強い意思でヒートヘブンを口にする。

時を超え、空を駆けるブラックサン。己の正義を信じ、この星のためシャドームーン打倒に向かう。二人は運命を賭けた最後の戦いに身を投じる。・・・激闘の末、キングストーンを光太郎に託し、信彦はゆかりの元へ。だが、その裏で一部始終を見届けていた影が怪しくうごめいていた・・・