지구인들의 이주지인 솔로성. 그곳에는 미지의 문명이 존재하고 있었다. 솔로성의 유적에서 발굴돼 복원된 3기의 메카. 하지만 버프클랜 행성 또한 전설의 무한 에너지 「이데」를 찾아, 솔로 성으로 접근하고 있었다. 조심성 없는 접촉 속에 전설의 거신이 그 모습을 드러내고...

바프 클랜 우주군의 총사령관인 도바의 막내딸인 카라라를 구출하기 위해 솔로성의 유일한 마을인 뉴로피아를 공격하는 바프 클랜의 기제. 시민들은 황급히 대피를 시도하... 그러던 중 울부짖는 아기를 태운 이데온이 깨어난다. 이데온은 전설 속의 거신인가? 그리고 땅속에 잠자는 거대 메카는 무엇인가..?

지하에 잠든 거대 메카는 우주선이 분명하다며, 그것으로 솔로성을 탈출하자고 주장하는 지구연합군 사관후보생인 베스 일행. 하지만 그때 카라라를 구출하려는 기제의 공격대가 이들을 덮쳤다. 동시에 미지의 에너지가 발동하고, 땅을 흔들며 모습을 드러내는 거대 우주선. 그 힘의 원천은 무엇인가.

또 다시 이데온을 덮쳐오는 버프 클랜의 공격기. 속수무책으로 공격 당하나, 이데온의 에너지는 올라가지 않고... 결국 무릎을 꿇는 이데온. 그때 우주선의 게이지가 격렬하게 빛을 발하며 반물질 엔진이 발동하는데...

아공간으로 도망쳤으나, 통제가 되지 않아 다시 솔로성으로 돌아와버린 우주선. 한 편 포로로 잡힌 카라라에게서 듣게 되는 '이데'의 전설은 무엇일까? 갑자기 버프 클랜의 공격이 시작됐다. 응전하는 이데온이지만, 파워가 올라가지 않아 곤경에 빠지고 마는데...

버프 클랜과의 휴전을 위해 우주선에 내걸린 백기. 하지만 그것은 버프 클랜에겐 더 할 나위 없는 도발의 메시지였다 .카라라의 조언에 따라 우주선에는 정전의 표시인 붉은 깃발이 내걸린다. 하지만 공격을 가하는 버프 클랜. 그리고 전자파 공격에 괴로워하는 이데온. 과연 이 곤경에서 벗어날 수 있을까?

마침내 버프 클랜과 통신이 연결되었다. 하지만 카라라를 넘기라는 버프 클랜의 일방적인 요구에 베스는 응답하지 않고 다시 전투에 돌입했다. 그리고 아공간으로 도망치는 이데온과 우주선을 기제가 타는 버프 클랜의 메카가 덮치고 이데온은 곤경에 빠지는데...

솔로성의 우주선, 즉 솔로십은 공룡 행성인 자우르스타에 착륙했다. 탐험을 떠난 코스모의 동생뻘인 남자아이 데크. 코스모는 데크를 찾아나서다 그곳에서 기제를 만난다. 코스모에게 결투를 신청하는 기제지만 상대가 어린이임을 눈치채고 장난감처럼 다룬다. 그때 나타난 베스. 그리고 다미드는 솔로십을 덮치고...

솔로십은 버프 클랜 계책에 감쪽같이 빠져 아공간으로 유인당한다. 집요한 공격에, 버림받은 것을 실감하는 카라라. 카라라에게 작별을 고하며 기제는 전함 그람잔을 충돌시키려 하고, 이데온은 온 힘을 쥐어짜 이를 막아서는데...

기제가 쏜 생체발신기에 의해 솔로십이 착륙한 행성이 간파당했다. 그 행성에 서식하는 바진이라는 거대한 벌이 보복성을 가진다는 것을 알고 있던 버프 클랜은 바진의 시체를 솔로십에 던져 바진 무리에게 공격을 시킨다. 그리고 그 혼란을 틈타 솔로십에 올라타 카라라를 데려가려 하는데...

카라라의 언니인 하루루가 기제를 찾아온다. 직접 거신을 보고 싶어 했던 하루루는 유적의 행성에 있는 솔로십을 쫓는다. 코스모 일행은 3대로 분리된 이대온으로 하루루의 모선을 공격한다. 그에 맞서 버프클랜의 중기동 메카인 지그 마크가 출동해 이데온을 공격해오는데...

언니 하루루를 설득하는 카라라는 베스와 함께 버프 클랜의 진영으로 향했다. 하지만 그곳에서 하루루가 카라라에게 준 것은 굴욕뿐이었다. 그것을 본 베스는 혼자서 적진으로 파고든다. 외계인 여성일뿐인 카라라를 위해서...

운석군 속에서 솔로십은 버프 클랜으로부터 도망치기 위해 항해를 계속하고 있었다. 하지만 위기를 벗어난 솔로십을 기다리고 있던 것은 구하바가 타는 지그 마크였다. 싸움이 한창일 때 솔로십의 선내에서 총성이 울린다. 카라라를 겨냥한 총구의 주인은...

버프 클랜의 중기동 메카 소대가 솔로십을 공격한다. 집중포화를 맞은 코스모는 공포심에 떨고, 그 모습을 보고 베스는 군의 전선기지 브라질러를 향해 DS 드라이브를 걸기로 결심하는데...

식민행성 다보라 스타에서 솔로십을 받아들인다는 통신이 들어왔다. 반대하는 베스를 뒤로 한 채, 언어학 전문가인 여성 셰릴은 동료와 함께 솔로십을 이탈한다. 하지만 그것은 버프 클랜의 함정이었던 것이다. 이들을 인질로 잡아 이데온을 넘기라는 협박을 해오는데...

베스에게 이데온에게 너무 의존한다며 명령에 응답하지 않는 코스모와 카샤. 또 다시 버프클랜이 습격해 오고, 이어 하루루가 탄 대형 전함이 솔로십을 공격한다. 솔로십의 엄호를 명령하는 베스지만 코스모와 카샤는 응답하지 않는다. 하루루의 공격에 솔로십은 위기에 처하고...

솔로성을 조사한 결과를 갖고 기제가 하루루에게로 돌아왔다. 기제는 반드시 거신을 잡겠다고 하루루에게 약속하며 출격한다. 과연 기제가 생각한 비책은 무엇일까? 한 편 고열에 시달리는 개구쟁이 아기 루우를 안은 솔로십의 행선지는...

루우를 치료할 백신을 찾아 솔로십은 아지안에 착륙한다. 하지만 버프 클랜은 솔로십을 생체 발신기로 추적하고 있었다. 외계인의 존재와 이데의 존재를 알게 된 아지안별의 지도자는 버프 클랜을 물리치고 솔로십도 손에 넣을 계획을 세우는데...

새로운 버프 클랜의 장군, 걈스가 하루루를 찾아온다. 한편 수리를 위해 물의 행성에 내린 솔로십이지만 수리에는 시간이 필요했다. 그래서 평화협상을 위해 나서는 카라라. 그런 그녀에게 걈스가 취한 태도는…?

복귀 선물로 카라라의 목숨과 이데온의 조각을 빼앗으라고 걈스에게 명하는 하루루. 그것을 받은 걈스는, 쌍둥이의 악마라고 무서워하는 도바와 키야 남매를 이끌고 출격한다. 남매의 맹공에 솔로십은 방어막을 펼치고, 남매는 더욱 거세게 공격해온다. 그 때 공포에 질린 루우가 울음을 터뜨리는데...

DS 드라이브에 들어간 솔로십으로 다가오는 우주선이 있었다. 바로 이데의 힘에 이끌린 하루루의 전함이었다. 지금이라면 반격할 수 있다고 여긴 베스 일행은 이데온으로 공격을 시도한다. 그러나 하루루는 아공간 비행을 해제해 버리고, 코스모 일행은 이를 추격하는데...

버프 클랜에게 전해지는 '이데'의 전설. 전설의 힘을 찾아나선 탐색대가 만난 것은 지구의 이민 행성인 솔로 성이었다. 그리고 그곳에는 제6문명인들의 유적이 있었다....

캬라르에서 발신한 구조 신호를 캐치한 솔로십. 캬라르에 도착한 솔로십은 이미 폐허가 되어 있는 모습을 발견한다. 그것은 솔로십을 유인하기 위한 다람의 함정이었다. 다람이 타는 중기동 메카, 강가 루브가 이데온을 공격해오는데...

캬라르의 생존 부대로부터 탄약 보급을 거부당한 솔로십. 하지만 캬라르의 생존자 소녀로부터 탄약고의 위치를 듣게 되고, 베스 일행은 그쪽으로 향한다. 그 사이 기제의 게릴라 작전이 시작되고, 조종사가 없는 이데온에 올라탄 기제는 이대온을 조종하기 시작한다.

솔로십과 캬라르에 의한 공동작전이 시작되었다. 우주에 떠있는 다람의 함대에 쳐들어가는 솔로쉽과 이데온. 결사의 싸움은 솔로십의 우세로 가는 듯했지만 코스모가 총에 맞고 만다. 그런데 눈앞에서 기제가 이데온에게 핵폭탄을 장치하려 하고 있었고, 코스모는 부상을 무릅쓰고 기제와 싸우게 되는데...

중상을 입었다가 깨어난 코스모는 키친의 죽음을 전해 듣는다. 코스모는 분을 이기지 못하고 주변에 화풀이를 한다. 한편 지구로 향하고 있었는데, 하루루에게서 전함을 얻은 다람과 기제가 솔로십을 습격한다. 바프 클랜의 새로운 병기, 뇌세포를 파괴하는 겔의 결계를 코스모 일행은 견뎌낼 수 있을 것인가...

솔로십은 지구로 귀환을 시도했으나, 거절당하고 만다. 한 편 다람은 달기지인 문랜드에 공격을 가했다. 이에 맞서 반격하는 코스모. 싸움 중 셰릴은 대형 컴퓨터인 글로리아의 단말기를 이용하려고 달 기지에 내린다. 과연 '이데'의 비밀은 해석될 수 있을지...

달 기지에 지구연합군 총감이 찾아오고, 베스와 일행에게 솔로십을 인도해줄 것을 요청한다. 그때 다람 부대가 공격해오고... 응전하는 지구연합군이었지만 버프 클랜의 전력을 모르는 지구연합군은 무참히 격파당하고 만다. 보다 못한 코스모는 새로 발견된 파도건을 조준하는데...

지구에서도 버림받은 솔로십은 우주를 방랑할 처지에 놓였다. 그 때 룩쿠길의 전함에서 발진한 신형 기동메카가 습격해온다. 게다가 신형 전함과 겔의 결계에 의해 행동 불능에 빠져 버리는 이데온. 그때 루우가 울부짖자 새로운 이데의 파워가 눈 뜨는데...

제 아무리 이데온이라도 지구 상에선 강력한 무기는 사용할 수 없다고 생각한 룩쿠는 이데온을 지구상으로 유인한다. 룩쿠의 공격으로 얼어붙은 이데온이 갑작스레 스스로의 의지로 파도건을 발사하며 위기를 벗어난다. 한 편 다람도 코스모에게 싸움을 걸어오는데...

지구 연합군에서 갑작스레 이데온에게 착륙 허가가 나왔다. 하지만 베스와 코스모에게 지구 연합군이 요구한 것은, 솔로십과 이데온을 넘기는 것이었다. 그리고 이를 거절한 2명을 구속하는 연합군. 그 때, 룩쿠가 타는 신형 중기동 메카의 압조노르가 습격해오는데...

룩쿠와 코스모의 격전 끝에 지구연합군의 함대가 섬멸당하고 말았다. 또 한 번 이데온을 몰아붙인 룩쿠였지만, 하루루가 보낸 자객에 쓰러지고 만다. 한 편 모에라는 첫 사랑에 가슴 설레하는데...

버프클랜의 중기동 메카 기드맥이 이데온을 막아 선다. 그리고 이데온은 무수한 광물 생명체인 반테가 있는 와프트 공역으로 유인된다. 한 편 새롭게 이데온의 파일럿이 된 기제가 이해할 수 없는 행동을 하는데...

솔로십이 이끌려온 행성은 도우모우라 불리는 거대 생물이 사는 별이었다. 지상에선 도우모우, 상공에선 버프클랜의 공격에 시달리는 코스모 일행. 가까스로 동굴로 도망쳐온 일행이었으나, 그 동굴은 도우모우의 둥지였다. 마침내 알이 부화하려 하는데...

이데온을 공격하는 버프클랜의 중기동 메카. 심지어 지구연합군의 전투기도 솔로십을 공격해온다. 지구연합군과 버프클랜이 손을 잡았을지도 모르는 현실에 충격받는 코스모 일행. 그리고 목표지점에서 코스모 일행을 향해 준광속 미사일이 발사되고...

깨어난 이데의 힘은 제어할 수 없다고 느낀 코스모 일행은 마침내 솔로십을 버리기로 결심한다. 자폭장치를 설치하고 이동하는 코스모 일행. 그러나 지구연합군도 버프클랜도 그냥 내버려 두지 않았다. 이들에게 응전하기 위해 솔로십으로 돌아온 일행은 자폭장치의 제거를 서두르지만...

보급을 위해 아지안으로 향한 솔로십. 하지만 그곳은 이미 버프클랜의 손아귀에 들어가 있었다. 아지안이 버프클랜과 밀약을 주고받고 있었던 것이다. 셰릴과 카라라가 인질로 잡혀 솔로십과 이데온을 넘겨줄 것을 강요당하는데...

이데의 힘을 이용한 레이더는 정확하게 적의 위치를 포착하고 있었다. 그 힘을 빌려 거대 식물의 서식지에 몸을 숨기는 솔로십. 하지만 하루루의 부하들이 습격해오고, 집요한 공격 속에 카샤를 구하려던 기제가 총에 맞아버린다. 그때 또 이데의 힘이 발동하고...