東京の高校生・神名綾人は、試験会場に向かう途中、突如上空に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破壊された街で、綾人は不思議なムードを持つ少女・美嶋玲香に出逢う。公安を名乗る青い血の男たちが綾人を拉致しようとしたとき、謎の女性・紫東遙がその危機を救った。だが、彼女までもが銃を突きつける。混乱した綾人は、玲香に導かれるよう にして、地下神殿にたどりつく。そこで彼は、巨大な卵を目撃するのだった。

如月樹は撃破したドーレムの残骸を調査する。時を同じくして南国のはずの根来島に雪が降り始め、やがて猛吹雪となっていった。七森は樹からプレゼントされたペンダントの結晶に取りつかれ、ドーレムと同化して全長500mの氷樹と化す。この異常寒波もドーレムの仕業だったのだ。出撃したラーゼフォンの中で寒さに身を震わせる綾人。そのとき、奏者の座にまたも玲香が現れ、そっと綾人の手を取るのだった…。

まばゆい光芒に包まれていくラーゼフォンの姿。太平洋上にはMUのドーレム群が出現、地球連合艦隊と交戦する。だが、綾人の意識は現実への壁を前にして、まだ完全に目覚めてはいなかった。動かないラーゼフォンに鋭いツメを突き立て、浩子を殺された恨みを込めて奏者の座を引きずり出す守のドーレム・オブリガード。そこに綾人の姿はなかった。その瞬間、太平洋に少年の唄声が響きわたる。ついに真聖ラーゼフォン(アヤト)、覚醒のときがきたのだ。