평화 구축군 주둔지로 향하는 엠프러스 일행 앞에 나타난 컬트 집단 '교육기관'의 무장 차량들. 사실 그들은 엠프러스가 아닌 교육기관에서 도망친 모미지라는 소녀를 추적 중이었고, 엠프러스 일행은 그녀를 구하게 된다. 그 후 모미지는 교육기관의 장갑 열차에서 친구들을 구해달라고 부탁하는데.

엠프러스 일행과 합류한 증원 부대의 대장 볼트는 궤도 엘리베이터 완성까지 한 달밖에 남지 않았다고 이야기한다. 그런 가운데, 데드 마스터가 다시 나타나고 엠프러스를 공격하려 하는데. 그 순간, 교육기관이 내보낸 개조 인간 샬럿이 나타나 공격을 개시한다. 그러나 엠프러스의 반격을 저지하는 대령. 도대체 왜?