엘리시온 계획 실패 후 20년이 흘러 황폐해진 지구. 어느 기지의 지하 연구 시설에서 엠프러스라는 이름의 소녀가 눈을 뜬다. 그러나 소녀에겐 과거의 기억이 없고. 우연히 만난 노리토, 미야 남매와 지상으로 향하지만 곧 적들에 둘러싸인다.

남매가 사는 산속 마을까지 그들을 데려다주기로 한 엠프러스. 전 동료인 스트렝스에게 의문의 습격을 당하지만 무사히 마을에 도착한다. 노리토는 인근 폐병원에서 물자를 가져오기 위해 엠프러스에게 간곡하게 도움을 요청하지만, 그곳에는 위험한 '벌집'이 있다.

평화 구축군 주둔지로 향하는 엠프러스 일행 앞에 나타난 컬트 집단 '교육기관'의 무장 차량들. 사실 그들은 엠프러스가 아닌 교육기관에서 도망친 모미지라는 소녀를 추적 중이었고, 엠프러스 일행은 그녀를 구하게 된다. 그 후 모미지는 교육기관의 장갑 열차에서 친구들을 구해달라고 부탁하는데.

엠프러스 일행과 합류한 증원 부대의 대장 볼트는 궤도 엘리베이터 완성까지 한 달밖에 남지 않았다고 이야기한다. 그런 가운데, 데드 마스터가 다시 나타나고 엠프러스를 공격하려 하는데. 그 순간, 교육기관이 내보낸 개조 인간 샬럿이 나타나 공격을 개시한다. 그러나 엠프러스의 반격을 저지하는 대령. 도대체 왜?

스트렝스는 우연히 만난 노리토에게 도와달라는 요청을 받는다. 여동생 미야가 교육기관에 납치되었다며 엠프러스를 불러 달라는 것. 그러나 교육기관의 병사들로부터 갑자기 공격을 받게 되고, 스트렝스는 어쩔 수 없이 기간틱 암을 분리해 낸 후 전혀 딴사람이 되어 버린다.

스트렝스와 노리토는 적의 육상 전함 내부로 돌진해 미야를 구해내려 하고, 엠프러스 일행도 호위 무장 차량 부대와 전투를 개시한다. 육상 전함에는 적합 실험 실패 후 쓰레기처럼 버려진 소녀들의 시체가 굴러다니고. 아르테미스의 화신, 루나틱이 스트렝스와 노리토를 가로막는데.

블랙 트라이크의 자가 복구가 힘들자 필요한 부품을 얻기 위해 평화 구축군 기념 도서관으로 향하는 엠프러스 일행. 그곳에서 만난 사서 안드로이드인 앤디를 통해 모니카는 대령의 아내 제시카의 이력에 특이한 점을 발견한다. 그러나 조사를 계속하려던 순간 미끄러진 그녀는 지하로 추락하고 만다.

달 표면에서 이어진 케이블이 지구 쪽의 궤도 엘리베이터와 연결될 때까지 남은 시간은 단 2주. 그전에 엠프러스가 궤도 엘리베이터를 파괴할 수 있다면, 인류의 패배는 피할 수 있다. 그곳에 가기 위해 철의 바다를 건너던 중 일행은 강력한 생체 부품의 반응을 감지하는데.

고열에 시달리는 엠프러스가 회복하려면 육체 재조정이 필요한 상황. 엠프러스는 그토록 가고자 했던 라이트 하우스 넘버 8에서 눈을 뜨고, 결국 연구 시설에 관한 단서를 찾아내는데. 그곳에서 발견한 대용량의 기억 매체 속에 누군가 중요한 메시지를 남겨 놓았다.

라이트 하우스 넘버 8의 폐 연구시설에서 계속되는 싸움. 이를 지켜보던 루나틱은 지상을 향해 강력한 빔을 발사한 후 데드 마스터와 스트렝스 앞에 나타난다. 한편, 조정실에서는 샬럿이 대령을 무차별 공격하고 엠프러스가 그런 그녀를 막으려 한다.

철의 바다가 확장되고 있다고? 심지어 궤도 엘리베이터는 이미 접속되었다는데. 대령은 엠프러스를 궤도 엘리베이터 앞까지 보내는 작전을 전군에 전달하고 마침내 평화 구축군 자주포 부대가 포격을 개시한다. 드디어 마지막 결전이 시작된 것이다.

황야에서는 격렬한 전투가 계속되고, 먼저 내민 루나틱의 손을 내친 엠프러스는 끝까지 싸우겠다고 외친다. 대령에게는 드론 군의 탄막이 쏟아지고 스트렝스와 데드 마스터도 크게 다친 상황 가운데, 군대는 거의 괴멸 상태에 이른다. 과연 인류에겐 아직 희망이 남은 것일까?