In un lontano futuro, la guerra fra la razza umana e gli alieni conosciuti come Gamilons ha completamente distrutto la Terra. Asteroidi radioattivi hanno devastato il pianeta rendendo la sua atmosfera inabitabile. In un tentativo di salvare la Terra, la regina Starsha del pianeta Iscandar offre alle forze terrestri una tecnologia in grado di neutralizzare totalmente le radiazioni.

Per poter recuperare questa tecnologia, la corazzata spaziale Yamato, costruita sulla base dei resti di un relitto della seconda guerra mondiale, viene fatta partire per lo spazio in un viaggio verso un luogo distante 148.000 anni luce. L'equipaggio della Yamato ha un solo anno terrestre per giungere a Iscandar e tornare sulla Terra, o la razza umana si estinguerà.

La Yamato ed il suo equipaggio devono affrontare l'assalto dell'Impero Comet, una civiltà proveniente dalla galassia Andromeda che sta tentando di conquistare la Terra, guidata da Zwordar il Grande. la flotta terrestre è invece aiutata da una donna fatta di antimateria, Teresa di Telezart, mentre l'impero Comet ha fatto rinascere il più grande nemico della razza umana, il leader dei Gamilas, Desslar, in cerca di vendetta. Dopo una sanguinosa battaglia che vede ingenti perdite sia sul fronte terrestre che sul fronte Comet, sarà l'estremo sacrificio di Susumu Kodai a sconfiggere definitivamente Zwordar ed a salvare la razza umana.

Dopo aver combattuto contro l'Impero della Cometa bianca, la Yamato ritorna sulla Terra per le riparazioni e per imbarcare nuovi membri dell'equipaggio. Desler ritorna sul suo pianeta natale per rendere un ultimo omaggio, ma si imbatte nella flotta del Black Nebula Empire, il cui obiettivo successivo è Iscandar. Desler, con l'aiuto di Kodai e dell'equipaggio della Yamato, decide di partire in soccorso della regina Starscha.

L'impero della Nebulosa Nera (Black Nebula) attacca la Terra e minaccia di far saltare in aria il pianeta con una potentissima bomba se l'esercito terrestre dovesse contrattaccare. L'unica ed ultima speranza per la Terra è rappresentata dall'equipaggio della corazzata spaziale Yamato, che tenterà di disinnescare la bomba prima che sia troppo tardi.

L'avvicinarsi del pianeta acquatico Aquarius minaccia la Terra, che rischia di essere inondato e distrutto. Non si tratta però di una casualità: Aquarius è entrato in rotta di collisione con la Terra per via delle macchinazioni dei Dinguil, una malvagia razza aliena che ha perso la propria madre patria nello stesso modo. Per l'ennesima volta, l'unica speranza per la Terra è rappresentata dalla corazzata spaziale Yamato che dovrà deviare la rotta di Aquarius e scongiurare la collisione con la Terra.

La versione integrale del film termina con il matrimonio di Kodai con la sua innamorata storica Yuki, e la conseguente "consumazione" del matrimonio.

Un buco nero in espansione minaccia la Terra, e trecento milioni di persone partono per lo spazio nell'ambito di un progetto di migrazione cosmica. Le prime due flotte vengono annientate da un feroce e misterioso nemico, così la terza flotta viene scortata dalla rinata nave spaziale Yamato.

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Many a concert was held during the Yamato production years with fans turning out in droves to watch Hiroshi Miyagawa wave the wand and bring the spirit to life before their very eyes. Each event was a huge success, but throughout that time Yoshinobu Nishizaki (whose had produced live music performances long before he ever got into anime) was nurturing something else: a classic orchestral concert in the grand tradition. That dream came true on May 4, 1984, when The Yamato Grand Symphony was performed at Tokyo's Postal Life Insurance Hall by the NHK Symphony Orchestra.

1,800 fans from 12 to 24 years old were chosen by lottery to attend. Since it was recorded on video, formal dress was required. A non-Yamato overture was performed prior to Producer Nishizaki's opening remarks, but it was not recorded. The concert became one of three Yamato albums released on CD along with the first two symphonic suites in 1985. Numerous video releases also appeared in multiple formats. A 'trackdown' recording of the symphony was included in the 2004 Eternal Edition Premium box set which was remastered from a combination of video and tape sources. The most recent release was a DVD from Columbia in 2005.