坂本金八(武田鉄矢)が桜中学を去ってから､2年の月日が経とうとしていた｡桜中学2年B組の担任･花子先生(小西美帆)が出産し､和田教育長(長谷川哲夫)は金八に桜中学に勤務してほしいと頼む｡そうして2Bの担任として教壇に戻った金八は､引き続き3年B組を担任することとなる｡

ある日､3年B組の生徒が慌てて金八(武田鉄矢)を呼びにくる｡田中菜穂佳(石田未来)や麻田玲子(福田沙紀)が､弥生(岩田さゆり)の事情を学級委員しか知らされていなかったことについて不満を訴えたのがきっかけで､大騒ぎになっていたのだ｡金八は生徒たちに､弥生の発達障害について全員に言わなかった理由を話す｡

金八(武田鉄矢)は､校内で小さなつぶれた機械が落ちているのを見つける｡何かわからず3年B組で心当たりを聞いてみると､園上征幸(平慶翔)が教室から飛び出して行く｡金八が拾ったのは､征幸の弟で1年A組の幸夫(沼田和紘)の補聴器とわかる｡幸夫はクラスメートから陰湿ないじめを受けており､補聴器を無理矢理はずされることも度々で…｡そんなある晩､スーパーさくらから金八の元に電話が入る｡

文化祭の季節がやってきた｡歴代3年B組がやってきたソーラン節が候補にあがるが､意見がまとまらない｡そんな中､金八(武田鉄矢)は給食費を滞納している狩野伸太郎(濱田岳)の自宅を訪ねる｡だが父親の伸介(田口浩正)も母親の亜弥(阿知波悟美)も､時間がないからと金八の話に聞く耳を傾ける素振りもない｡

3年B組の生徒たちがとった行動にショックを受けた金八(武田鉄矢)｡しかし翌日の登校時には､なにくわぬ顔で生徒たちにあいさつする金八の姿があった｡生徒の中には素直に謝ろうとする者もいる一方､伸太郎(濱田岳)などは今まで以上に反抗心が強くなったかのようだった｡そして､これは私と生徒の勝負で今回の件は謝らなくてもいい､文化祭で成果を見せてくれさえすればいいと言う金八に､生徒たちは勝負を受けて立とうと奮い立つ｡

文化祭の興奮もようやくおさまった桜中学で､孝太郎(竹内友哉)だけは大麻での一件に懲りた様子もなく､和晃(村上雄太)に加え女子にまで金をせびり始めていた｡そんなある日､卒業生の高鳥よし江(水間ちづる)らが金八(武田鉄矢)と本田先生(高畑淳子)を訪ねてきた｡性教育の教材として作った男女1体ずつの人形を預かってほしいという｡

シンナーでハイになり､高笑いしながら夜の道を走っていた孝太郎(竹内友哉)は､普段から和晃(村上雄太)の家に入り浸っていた｡ある日､和晃の母･律子(柳岡香里)の怒りが頂点に達し､桜中学にやってきて､和晃と孝太郎を別のクラスにしない限り和晃を学校には来させないと言う｡

学校を欠席するようになった崇史(鮎川太陽)を心配した金八(武田鉄矢)は崇史を訪ねるが､家にはいなかった｡そんな中､スペシャルオリンピックスのトーチラン本番の日がやってくる｡練習を重ねてきた弥生(岩田さゆり)は､金八や乙女(星野真里)､母･昌恵(五十嵐めぐみ)や3年B組の仲間たちが見守る中､伴走する養護学校の圭吾(加藤隆之)と走り出す｡

和田教育長(長谷川哲夫)と金八(武田鉄矢)は､教育関連企業の部長･板橋香奈(木野花)に面会に行く｡板橋こそ桜中学に来年度から迎え入れる予定である民間校長の第1候補者なのだ｡一方､幼なじみのしゅう(八乙女光)を心配する稲葉舞子(黒川智花)が金八のところに相談に来る｡そこで金八は舞子からしゅうの家庭事情を聞く｡

クリスマスも近いある夜､遠藤先生(山崎銀之丞)ら夜回り隊は暗い路地で抱き合ってキスをする幼いカップルを見つける｡2人はなんと小学6年生だった｡翌日､国井教頭(茅島成美)が2人の通う小学校へ報告に行くと､偶然にもクラス担任は桜中学の卒業生･伊丸岡ルミ(松下恵)だった｡クラスに妊娠しているらしい女子がいて､その対応に困っていると言う｡

新しい年を迎え､3年B組の生徒たちが来月に控えた高校受験の準備態勢に入っている中､金八(武田鉄矢)のところに3年B組の鈴木康二郎(薮宏太)がやってきた｡名前も知らない女性に恋してしまったという｡そんな中､桜中学に卒業生･鶴本直(上戸彩)が現れた｡性同一性障害の悩みを抱えている直は､自らの決断を金八に報告する｡

飛び降り自殺を図り､一命はとりとめた崇史(鮎川太陽)だが､意識は戻らず予断を許さない容態だ｡金八(武田鉄矢)は､病院から学校へ戻る前にしゅう(八乙女光)の家に立ち寄るが…｡その頃､桜中学には崇史の件でPTAからの問い合わせが殺到し､職員はその対応に追われていた｡3年B組の生徒たちの動揺も激しい｡

崇史(鮎川太陽)の自殺未遂を発端に､ショックのあまり学校を休む生徒､しゅう(八乙女光)の家庭事情をウワサする生徒､騒ぎを起こされると受験に迷惑だと言う生徒など､まとまりかけた3年B組が､またバラバラになってしまった｡翌日､金八(武田鉄矢)は空席が目立つ教室で､崇史の容態には変化が見られないことを伝え､いつものように出席をとり始める｡

私立高校の推薦入試の時期となった｡3年B組は坪井典子(上脇結友)､大胡あすか(清浦夏実)､金丸博明【通称･車掌】(府金重哉)の3人が2日後に推薦入試の試験を控えている｡しかし博明は試験の前に､クラスのある女子への恋の告白をどうしても済ませておきたかった｡博明は親友の富山量太(千代将太)に協力してもらい告白を実行に移すが…｡

受験シーズンは本番に突入した｡幸作(佐野泰臣)は教育学部を受験すると金八(武田鉄矢)に報告する｡3年B組でも早くも数人の生徒は推薦入試で合格｡学級委員の島健一郎(筒井万央)も推薦で合格を決めた1人なのだが､表情はなぜか暗い｡給食の時間になっても食事に手をつけない健一郎を周囲は心配した｡

私立高校の一般入試の結果が出て､3年B組の生徒たちは悲喜こもごも｡ふとした進路の話題から弥生(岩田さゆり)が軽いパニックを起こしてしまう｡一方､しゅう(八乙女光)は高校に進学せず､中学卒業後は働くと言い張っていた｡金八(武田鉄矢)はしゅうの母･光代(萩尾みどり)としゅうの進路について話し合う｡そんな中､舞子(黒川智花)は､しゅうの腕にある注射跡について､どうすればいいのかと1人苦悩していた｡そしてついに…｡

しゅう(八乙女光)は覚せい剤の罠にはまりつつあった｡保釈され自宅に戻ってきた母･光代(萩尾みどり)は､どうにかしてしゅうを止めなければならないと心に誓う｡そして都立高校一次試験の本番の日がやってきた｡前日に受験心得と激励の言葉を生徒たちに伝えてから送り出した金八(武田鉄矢)だが､どうも当日は落ち着くことができない｡

長い療養生活を終えて久しぶりに崇史(鮎川太陽)が登校する｡卒業を待たずに就職かと思われた弥生(岩田さゆり)もきちんと学校に通うことになり､久しぶりに3年B組に全員がそろう｡しかし､しゅう(八乙女光)は母･光代(萩尾みどり)の必死の努力もむなしく､いまだに覚せい剤の禁断症状から脱せなかった｡

桜中学に覚せい剤を買った生徒がいるという警察の情報に､職員たちは衝撃を受ける｡さまざまな意見が交わされる中､教室から戻ってきた金八(武田鉄矢)は､それは3年B組のしゅう(八乙女光)であると告げる｡早速､警察へ通報しようとする国井教頭(茅島成美)らに対し､通報するのは待ってほしいと金八は頼み､3Bの生徒たちを教室に集める｡

しゅう(八乙女光)の覚せい剤使用発覚を受けて､桜中学では保護者や地域住民への説明会が開催された｡学校側からは板橋新校長(木野花)､国井教頭(茅島成美)､金八(武田鉄矢)ら教師たちが出席｡国井教頭は事実関係を説明するが､保護者たちからは受験に影響するから子どもを転校させたいという声や､警察に通報せずに授業を行った金八の対応を非難する声が次々とあがる｡

退職願を提出した金八(武田鉄矢)｡職員室の教師たちは金八の決意までは知らないものの､その様子から､彼が受けた精神的打撃の大きさを感じ取り心配する｡そんな時､フリースクールの服部先生(上條恒彦)から乾先生(森田順平)に電話が入る｡一方､3年B組では舞子(黒川智花)が欠席｡