流传在孩子间的传言，大黑市最近宠物失踪的事件频繁发生。优子和京子坐火车来到了大黑市的奶奶家。在去奶奶家的路上优子的宠物狗追着illegal跑进电脑空间内部出不来了。优子找到一名叫文惠的女孩帮忙。文惠告诉优子用自己的奴隶老头子就可以找到传助。正在搜寻的文惠和优子遇见了球球，正在逃跑的时候优子听见了传助的叫声。文惠再试了一次就出了传助，可是沙奇出现了。

文惠和优子一路被沙奇追赶，最后躲到神社避开了沙奇。文惠带优子去常去的道具店里。谁知道竟然是自己的奶奶家。回到家的传助无精打采，用服务器也无法修复，而且在自动下载。最后文惠发现传助感染illegal病毒。老奶奶用让优子成为侦探社员的代价制作杀毒软件医治传助。优子上学离开后，一些奇怪的生物出现在优子的家中捕获传助，被奶奶发现了。

今天学校来了一名叫勇子的转校生，这个转校生就是优子她们遇上的少女。可是少女否认见过面，并且冷眼相对。一名叫大智的少年上课对优子恶作剧，优子被文惠救下。大智又对勇子恶作剧，勇子却用3倍奉还。大智不服气放学后骗来勇子，用自己和朋友们设好的陷阱对勇子进行攻击，激烈战斗后大智完败。文惠趁机对勇子进行资料搜集，最后两人两败俱伤。

这一天文惠和优子去找自己同属的生物部部长原研，原研也是侦探会的一名成员。勇子故意暴露自己引诱大智等人去找标记水晶的事，文惠和优子原研跟踪其后。勇子带领众人来到堆积废弃巴士的空地，大智他们发现这里存在许多标记水晶。突然沙奇袭击了优子和文惠，沙奇看见大智等人也是追赶。文惠和优子在被追赶的穷途末路的时候，原研出现命令住了沙奇。同时勇子趁机以暗号者的身份做起了大智等人的首领。

生物部的合宿开始了。晚上，为了活跃气氛大智讲起了道子的鬼故事，原研说了不同版本的道子的故事。试胆大会进行中，两方拼死对战恐怖怪物的陷阱；学校的周围响起了女孩的声音，原研姑姑给沙奇下了指令让她进入学校，勇子也埋伏在附近，她们的目标就是道子。原研追着道子来到一个屋子，看见电话拨下号码，竟然与死去的观奈通了电话然后晕了过去。赶到的勇子竟然用指令和道子合二为一。

被逐出大黑黑客的大智找来电波两人商量怎么找illegal，遇到京子；京子说自己见过illegal；再找到古旧空间后，大智用鱼竿钓到了鱼形illegal；大智用自己找来的破坏空间碎片喂养鱼形illegal却出了意外。鱼形illegal变大在城市里肆虐，身为原研姑姑的玉子也无法阻止；玉子找眼镜婆婆帮忙，制作了疫苗。

文惠的弟弟叫亮，有着一只叫做咪z的电脑宠物。咪z可以对看见的画面声音进行录制；亮每天记录着姐姐文惠的生活，为了有一天能够用来威胁自己的姐姐。这一天咪z遇见了与自己一只同种类的电脑宠物但却画面丢失了。原研被一个神秘男子救下，神秘男子看到原研对illegal的研究赞叹不已，并且提醒他不要太深入否则会和观奈一样。

正在为自己作文发愁的文惠和优子接到医院电话说眼镜婆婆出事了，来到医院后才发现是婆婆在捣乱，文惠离开，优子陪婆婆。优子在帮婆婆取药时发现正在偷拍的小亮，在偷拍内容中找到了勇子。优子让小亮继续偷拍，发现勇子来到了4423号病房看望一个人，而这个人就是优子记忆中的那个叫4423的男孩。优子跟踪勇子却被勇子发现，这个时候优子给勇子说起了自己的记忆中的4423。

在最后的暑假里，优子和原研越发的接近illegal和古旧空间的真相，但是又扑朔迷离。优子和原研商量放弃研究调查illegal和古旧空间，原研也答应了优子。其实原研只是应付优子。次日原研去找正在捕捉道子的勇子和她的同伙，原研的姑姑玉子决心要阻止勇子，派遣五台沙奇追击勇子。来到勇子面前的原研告诉她，愿意用连接沙奇的代码和勇子交换能够进入古旧空间的机会。

玉子用沙奇追击勇子，勇子用技逃脱。原研身处路口，“通道”已经打开了，原研看见了黑色的观奈在召唤他。就在这个时候“通道”关闭了。玉子知道原研去过现场，所以劝说原研放弃。文惠来到优子家，优子告诉文惠自己不是第一次见到过这个黑色的东西。在夜里京子听见一些声音，优子和文惠赶来的时候发现京子已被黑色的illegal带走了。

文惠和优子救出京子后逃到屋子外面，赶来的眼镜婆婆和玉子赶走了illegal。玉子知道这一切都是原研用观奈眼镜所做的时候，改造了沙奇准备阻止这一切。玉子和优子发现已经进入“通道”的原研，优子扔下玉子自己进入“通道”找原研。玉子遇见勇子，在勇子的帮助下找到了优子的所在。原研和优子在古旧空间里见到了死掉的观奈，优子帮助原研一起逃出了古旧空间。可是勇子感觉这背后还有更深的阴谋。

第三小学和第一小学一起在一个校舍里上课，优子遇见了健，还有曾经想袭击勇子的两个男孩。当某天勇子来上学的时候发现自己被别人称为“被诅咒的人”。勇子去医院发现，自己哥哥的病房已经不存在了。神秘声音告诉勇子：“你的哥哥其实早死了，你只不过被利用了。”勇子逃走并不相信这一切是真实的。一路勇子都被黑色机械追赶，来到神社避难的勇子惊奇地发现，黑色机械竟然能够进入神社。

在记忆深处勇子和优子都回忆起来了4423其实不是勇子的哥哥，而是勇子本人。原来优子爷爷制作利用空间是为了治疗原来失去意识的勇子。所谓的道子其实是勇子的意识产生的。优子曾经通过传助进入过这个有着勇子哥哥的空间。现在空间发源地在勇子的身体内，优子为了把意识从空间中分离出来，又再一次进入了空间。勇子听见了优子的呼唤最终回来了。