전국 고등학교 축구 선수권 현 대회 결승. 고등학교 2학년이자 포워드인 이사기 요이치는 골 앞에서 동료에게 패스를 한 탓에 전국 대회 진출이 좌절되고 말았다. 그런 그에게 블루 록(푸른 감옥) 초대장이 도착했다. 그것은 일본의 월드컵 우승을 위해 300명의 고등학생 포워드들 중에서 단 한 명인 '세계 제일의 스트라이커'가 될 에고이스트를 만들어내기 위한 시설이었다. 아무것도 모른 채 좁은 부실에 모인 이사기와 그 외 학생들은 12명 중 한 명의 탈락자를 정하는 기숙사 입주 테스트를 받게 되었는데.

수수께끼의 인물 에고 진파치에 의한, 세계 제일의 스트라이커를 만들어내기 위한 '블루 록(푸른 감옥)' 프로젝트. 라이벌들을 차내고 살아남은 랭킹 상위 5명은 6개월 후 개최되는 U-20 월드컵 포워드 선수로 등록되지만, 탈락한 사람은 앞으로 평생 일본 대표가 될 권리를 잃는 상황. 에고가 원하는 에고이스트적인 스트라이커란 과연 무엇일까. 이사기 일행은 '블루 록(푸른 감옥)'에서의 싸움에서 살아남을 것을 결의하고 이후 축구 인생이 걸린 새로운 시련인 1차 전형에 도전했는데.

1차 전형은 '블루 록(푸른 감옥)' 5호동 안에서 V, W, X, Y, Z 팀들을 대상으로 종합 리그전을 진행해, 상위 두 팀만이 올라갈 수 있는 방식이었다. 랭크 최하위인 팀 Z인 이사기 일행은 첫 번째로 팀 X와 맞붙게 되었다. 하지만 '팀 안에서 최고로 높은 점수를 따낸 1명은 조건 없이 올라갈 수 있다'라는 특수 룰 때문에, 시합은 적과 아군이 뒤섞인 채 볼을 서로 뺏고 뺏기는 대혼란 상태가 되어버렸다. 그 흐름은 바꾼 것은 팀 X의 최강 스트라이커 바로 쇼에이의 존재였는데.

팀 Z는 압도적인 자아와 실력을 가진 바로를 중심으로 뭉친 팀 X에게 참패했다. 자신만의 무기를 가지라는 에고의 조언을 받아들여 다음 시합을 대비해 각자의 무기를 확인하는 시간을 가졌지만, 이사기는 자신의 무기가 무엇인지 아직 찾지 못하고 있었다. 그렇게 자신의 무기가 무엇일까 고민하면서도 팀 X와의 경기에서 느낀 것을 힌트 삼아, 다음 대전 상대인 팀 Y와의 경기에 임했는데.

골 냄새라는 직감을 믿고 움직인 이사기는 팀 Y 일원들 중 게임의 흐름을 만들어냈던 니코 잇키를 상대로 수를 읽는 싸움을 격하게 펼쳤다. 필드 전체를 조망하면서 서로의 자아를 맞부딪히는 이사기와 니코의 싸움은, 시합 종료 직전 마지막 1분까지 계속되었다. 이사기와 팀 Z는 과연 니코의 마지막 작전인 '원타임 킬 카운터'를 깨부술 수 있을 것인가.

팀 Y와의 시합을 계기로 이사기는 랭킹이 올랐고 팀 Z의 중심이 되었다. 그리고 다음 경기 상대는 쌍둥이인 와니마 형제가 이끄는 팀 W였다. 무서울 만큼 치밀한 콤비네이션을 무기로 그들을 막아선 와니마 형제는, 한때 같은 팀에서 뛰었었던 치기리 효마에 대해서 그의 과거 트라우마를 건드리며 도발했다. 치기리는 축구를 그만두기 위해서 '블루 록(푸른 감옥)'에 참가했다고 했는데. 그런 가운데, 경기는 쿠온 와타루의 활약으로 팀 Z가 리드하고 있는 상황. 좋은 분위기에 팀원들의 사기가 끓어올랐지만, 이사기는 경기장에 감도는 위화감을 어렴풋이 눈치챘는데.

배신으로 인해 이쪽의 무기와 작전이 모조리 밝혀졌을 뿐만 아니라, 12대 10으로 경기를 한다는 절망적인 상황에 빠진 팀 Z. 그렇게 궁지에 몰린 가운데도 필사적으로 발버둥 치는 팀 Z의 뜨거운 싸움과, 자기 자신을 믿는 이사기의 순수한 자아가 연기만 뿜고 있었던 치기리의 마음에 불을 붙였다. 3-4로 열세인 가운데 치기리가 감춰두고 있었던 무기와, 가슴속 깊은 곳에 잠들어있던 자아가 필드를 내달리면서 경기 양상은 크게 변했는데.

어떻게든 1차 전형을 돌파할 가능성을 남길 수 있게 된 팀 Z. 하지만 배신자가 나온 탓에 1명이 빠진 10명으로 그룹 최강인 팀 V와 최종 결전을 벌이게 되어 위기는 아직 끝나지 않았다. 설령 비기더라도 탈락이 확정되는 탓에, 1차 전형 돌파를 위해선 오로지 이기는 것밖에 길이 남지 않은 상황. 이사기는 팀의 승리를 위해, 그리고 자신이 골을 따내기 위해 '골의 방정식'을 손에 넣고자 어떤 인물을 만나러 갔는데.

팀 Z의 명운을 건 팀 V와의 경기가 시작되었다. 전반전에는 팀 V 최상위 랭커인 나기 세이시로, 미카게 레오, 츠루기 잔테츠 3명의 능력에 압도당했다. 특히 축구를 시작한 지 6개월밖에 안 됐는데 무패를 자랑하는 나기&레오 페어의 압도적인 공격력은 이사기를 비롯한 팀 Z의 마음을 꺾기에 충분했다. 승리를 포기하려던 그때, 바치라 메구루의 플레이가 팀 Z 전원의 '자아'에 불을 붙였다. 1차 전형 최종전, 극한 상태인 가운데 에고가 원했던 '재능의 원석들의 각성'이 시작되었는데.

경기 중 각자의 무기와 자아를 개화해나가며 마침내 동점까지 이루어낸 팀 Z. 팀 Z는 경기의 흐름을 완전히 가져오게 되었으나, 그 쾌속 진격은 팀 V의 괴물인 나기까지 '각성'시켜버리고 말았다. 각성의 연쇄 속에서 이사기도 자신의 무기를 활용할 방법을 찾아냈고, 그렇게 경기는 계속되었다. 그리고 자아와 자아가 맞부딪치면서 나오는 열기는 경기를 방관하고 있던 쿠온의 가슴속에도 울림을 자아냈는데.

쿠온의 희생으로 인한 파울 덕분에 팀 Z에게 마지막 찬스가 주어졌다. 운명을 건 라스트 플레이 중에 이사기는 자신의 진화에 필요한 마지막 조각을 찾아냈다. '각성'과 '진화'. 자아와 자아가 맞부딪치는 블루 록(푸른 감옥) 1차 전형이 드디어 마무리되려 하고 있었는데.

많은 탈락자를 내면서 '블루 록(푸른 감옥)' 프로젝트는 2차 전형에 돌입했다. 지금까지의 동료들이 라이벌이 되고, 과거의 강적이 아군이 되는 등 눈이 핑핑 돌아갈 정도로 이것저것 바뀌는 가혹한 2차 전형. 거기서 이사기는 지금껏 봤던 사람들 중 가장 강력한 에고이스트이자, 천재인 이토시 사에의 동생이며 새로운 블루 록 랭킹 톱 랭커인 이토시 린과 만나게 되었다. 한층 더 진화하기를 바라는 이사기의 싸움은 새로운 스테이지로 나아갔는데.

3인 1조로 팀을 이루어 경기를 치르고, 이긴 쪽은 상대 팀으로부터 선수를 빼앗아 올라가는 2차 전형 '라이벌 쟁탈전' 세 번째 스테이지. 새로운 스테이지로 나아가기 위해 이사기, 바치라, 나기는 팀을 짜서 린이 이끄는 신 블루 록 랭킹 TOP 3와의 경기에 임하게 되었다. 초반에는 경기가 잘 풀려 이사기는 지금까지의 성장을 실감하게 되었으나, 그 직후 린이 쏜 슛은 필드의 공기를 단번에 바꾸었다. 그렇게 이사기 일행은 TOP 3와의 실력 차이를 느끼게 되었는데.

압도적인 실력과 강렬한 자아를 가진 린 팀에게 패배한 이사기 일행. 경기 후 바치라를 빼앗긴 이사기와 나기는 2 대 2로 싸우는 세컨드 스테이지로 강등되어 정신을 다잡게 되었다. 그런 그들 앞에 나타난 사람은 바로와 전에 팀 Z 소속이었던 나루하야였다. 여기서 패배하면 탈락이라 뒤가 없는 싸움을 앞두고, 1대1 상황에서도 이기는 '개인의 힘'이라는 과제를 마주한 이사기와 나기. 하지만 그에 대한 답을 찾지 못한 채 생존자를 가리는 새로운 싸움이 시작되었는데.

시합 개시 직후, 압도적인 '개인의 힘'으로 골을 따낸 바로. 거기에 더해 자신의 무기를 갈고 닦은 나루하야에게도 농락당해, 이사기와 나기는 고전을 강요받고 있었다. 바로와 나기 같은 천재를 따라잡기 위해, 그리고 '블루 록(푸른 감옥)'에서 살아남기 위해 필사적으로 골을 넣으려 하는 나루하야. 그와 마찬가지로 계속 발버둥 치는 이사기도, 나루하야의 움직임에서 자신의 '새로운 무기'의 편린을 찾아냈다. 적과 아군, 각자의 자아와 의지가 맞부딪치는 극한의 상태 속에서, 드디어 이사기에게 '진화'의 때가 찾아왔는데.

격전 끝에 승리를 거머쥐며 '적응 능력'이라는 자신의 새로운 재능에 눈을 뜬 이사기. 팀에 바로가 새로 합류하면서 세 사람은 다음 시합에 대비해 연습을 시작했다. 이사기는 서로가 서로에 대해 이해하기를 바랐으나, 강렬한 자아를 가지고 있는 바로와 나기는 서로 페이스가 맞지 않았고, 결국 각자의 무기를 살려 화학 반응을 일으킬 방법을 찾지 못했다. 팀으로서 불안감이 남은 가운데 인연 깊은 라이벌들로 이루어진 팀과 다음 3 대 3 경기를 치루게 됐는데.

스피드, 피지컬, 전술안이라는 각자의 무기를 살려 빈틈없는 플레이를 보여주는 치기리, 쿠니가미, 레오. 한편 나기와 바로의 개인플레이로 어떻게든 따라가려 해도 합이 맞는 플레이가 불가능해 고전하는 이사기 일행. 상대 팀의 콤비네이션과 우리 팀의 개인플레이를 분석하는 가운데 이사기는, 자신의 무기에 대한 새로운 사용법을 찾아내 진화를 이루었다. 그렇게 자아가 소용돌이치는 경기는 한층 더 강렬한 진화의 파도를 불러일으켰는데.

서로의 무기를 이해하고 이를 살림으로써 골로 향하는 길을 무수히 그려내는 이사기와 나기. 이에 대해 한층 더 진화를 이룬 치기리를 중심으로 쿠니가미, 레오도 분투하면서 필드 위에서는 일전일퇴의 공방이 이어졌다. 그런 가운데 필드의 킹이어야 할 터인 바로는 그들의 너무나도 강한 자아와 이에 따른 진화의 연쇄로부터 멀어져 있었다. 거기에 더해 전에는 압도했던 이사기에게 필드의 주인공 자리를 빼앗기고 패배를 겪게 되면서 바로는 드디어 무릎을 꿇게 되었는데.

바로가 필드의 '악역'으로서 각성하며 간신히 승리하게 된 이사기 일행. 그렇게 그들은 한층 더 화학 반응을 일으키기 위해, 자신들을 잡아먹는 자아를 보여준 단 한 명의 선수를 쟁탈해 네 번째 스테이지로 향했다. 한편 TOP 3와 함께 다음 경기 상대를 찾던 바치라는 린과 트레이닝 중 자신 안에 있는 '괴물'의 존재를 간파당하고 자신의 자아와 마주하게 되었는데.

이사기 일행은 전에 패배해 바치라를 빼앗겼던 팀인, 린이 이끄는 TOP 3에게 설욕전을 신청했다. 강적들과 싸우는 사이에 자아와 화학 반응을 반복해 일으키며 이기고, 그렇게 지금까지 성장한 모든 걸 부딪치기 위한 4 대 4 최종 결전의 막이 올랐다. 각자가 진화시켜온 무기를 살리면서 TOP 3의 초절정 개인기를 필사적으로 먹어 치우는 이사기, 나기, 바로 그리고 치기리. 하지만 바치라가 건넨 한 번의 패스가 게임을 한층 더 진화시켰는데.

필드 위의 모든 것을 파악하고 미래를 붙잡은 이사기와, 공간을 지배하는 나기의 콤비네이션이 작렬하며 드디어 2 대 2까지 따라잡은 이사기 일행. 그리고 그러한 일련의 플레이가 린의 투쟁심에도 불을 붙였다. 적과 아군의 능력을 파악하여 볼 포지셔닝 및 사고를 거듭해, 필드 위의 모든 것을 조종하는 린의 플레이에 이사기 일행은 다시 궁지에 몰리기 시작했다. 혼돈과 자아가 맞부딪치는 가운데, 린이 지배하는 게임을 먹어 치우기 위해 한 남자가 남몰래 송곳니를 드러냈는데.

이제서야 찾아낸, 압도적인 재능을 가진 '괴물'들. 그들과의 만남을 기뻐하기도 잠시, 어느 순간부턴가 이사기와 린의 싸움에서 자신만이 뒤떨어져 있다는 걸 깨달은 바치라. 한편 경기는 최종 국면을 향해 나아가면서 바로라는 조커를 중심으로 일진일퇴의 격전이 펼쳐지고 있었다. 극한 상황에서 각성해 나가는 이사기와, 자신의 '자아'와 마주하게 된 바치라가 나아가게 되는 곳은 과연.

자신의 이상으로서 존재했던 '괴물'을 떨쳐내고 드디어 자아를 각성시킨 바치라. 지금까지 다른 누군가를 필요로 했던 바치라가 자신의 자아를 위해 달려서 나아간 곳에는, 그런 바치라의 자아를 믿고 움직였던 이사기였다. 이사기는 간신히 바치라의 공을 막는 데 성공했으나, 공중에 떠오른 공이 무작위하게, 그리고 무자비하게 승자의 곁으로 떨어졌고. 8명의 에고이스트들이 불똥을 튀기며 맞붙었던 시합에 드디어 결말이 찾아왔다. 2차 전형 '라이벌 쟁탈전'을 돌파한 팀은 과연.

린의 지명을 받아 바치라와 함께 2차 전형을 돌파한 이사기. 5명이 된 이사기 팀을 기다리고 있었던 건 세계적인 슈퍼스타들로 이루어진 팀과의 5 대 5 매치였다. 이사기와 바치라, 린의 연합으로 선취점을 따내는 데에는 성공했지만, 얼마 안 있어 차원이 다른 실력을 가진 세계선발팀에게 압도당하고 말았다. 그럼에도 불구하고 필사적으로 달라붙으며 자신들의 자아를 부딪치는 이사기 일행은 최후의 1초까지 저항했다. 그리고 세계 제일의 스트라이커를 만들어내기 위한 푸른 감옥(블루 록) 프로젝트는 새로운 국면으로 나아가기 시작했는데.