Le psy Will Zimmerman est appelé sur une scène de crime qui a fait 3 victimes, dont 2 officiers de police. Alors que le détective Kavanaugh est impatient d'arrêter le coupable, Zimmerman trouve que quelque chose cloche. Il est certain qu'un enfant est mêlé d'une façon ou d'une autre à cette histoire...

Le Dr. Helen Magnus tente de convaincre Will de rejoindre son Sanctuaire. Elle lui ouvre les portes d'un monde qu'il n'osait imaginer, certaine qu'il pourrait lui être utile pour venir en aide à toutes ces créatures incomprises. Pendant ce temps, Ashley fait la rencontre d'un homme plus que spécial.

Will, Magnus et Ashley découvrent trois femmes endormies dans une crypte en Écosse. De retour au sanctuaire, Magnus parvient à les réveiller. Toutes trois portent un anneau frappé du symbole de la Cabale, une société secrète fondée au VIIIème siècle.

Un hold-up chez un préteur sur gages, un voleur qui disparaît dans un trou de souris, de l'or volé... des faits qui rappellent étrangement une autre affaire similaire, à Will ; une affaire restée sans solution et qui le hante.

L'avion qui transportait l'équipe de Magnus s'est écrasé dans les montagnes du Hindu Kush Central, par un froid sibérien, avec à son bord une créature dangereuse.

Helen, Will et Ashley ramènent des petits choses étranges appelées les Nubbins. Elles ont l'air gentilles mais il ne faut jamais se fier aux apparences.

Ashley est capturée par son pére, John Druitt, qui est aussi Jack l'éventreur. Il lui révèle tout sur les cinq.

L'officier de police Cavanaugh fait appel à Will pour résoudre une affaire énigmatique ! Un homme semble s'être suicidé en se tirant une balle dans la poitrine ! son fils Edward , jeune autiste léger, a, pendant que son père le menaçait dessiné en quelques secondes et sans regarder sa page le portrait d'un homme à tête bestiale ! Magnus et Will tentent de résoudre le mystère en reconstituant l'évènement grâce aux dessins !

Will et Helen vont dans l'océan à l'aide d'un sous marin. Là-bas, toutes les sirènes se sont entretuées. Aucune n'a survécu.

Alors qu'ils enquêtent sur la disparition d'un vieil ami de Fac de Will, celui-ci, Magnus et Ashley découvrent qu'une organisation mystérieuse utilisent des sans-abri comme cobayes pour leur expérience génétique avant de les faire s'affronter au cours de combats clandestins ultra violents.

A la recherche du scoop qui lui permettra de lancer sa carrière de journaliste, Amy Saunders, présentatrice météo ambitieuse et sans scrupules, s'introduit, accompagnée de son cameraman, dans un entrepôt où une créature géante a été aperçue quelques heures auparavant.

Magnus et ses collègues constatent une vague de violence bien particulière : en effet, les créatures se mettent à agresser les humains. Il semble qu'un agent pathogène soit la cause de ces troubles comportementaux.

Magnus et ses collègues constatent une vague de violence bien particulière : en effet, les créatures se mettent à agresser les humains. Il semble qu'un agent pathogène soit la cause de ces troubles comportementaux. A la grande surprise de Magnus, Druitt arrive au Sanctuaire et décide de les aider à mener l'enquête. Un autre membre des Cinq fait son entrée : le docteur Watson.

Après que Wexford a tenté d'éliminer Big Bertha, deux navires font naufrage, provoquant un raz-de-marée qui innonde la côte de Bombay. Persuadée que la vie de Big Bertha est étroitement liée à celle des hommes, Magnus tente de la sauver...

Magnus essaye de comprendre quel phénomène a annulé les effets du tsunami qui allait frapper les côtes pakistanaises. De son côté, Will tente de se rappeler de ce qu'il a vu dans l'au-dela aux côté de Kali...

Magnus, Will et Kate sont à la recherche d'un oeuf sur le point d'éclore. Ils se rendent dans la banque d'une petite ville, où l'oeuf a été stocké par erreur. Arrivée sur place, l'équipe constate que le système de climatisation est tombé en panne, provoquant l'éclosion de l'oeuf plus vite que prévu...

Le message délivré par une machine de cryptographie conduit Magnus dans les souterrains colombiens. Réussira-t-elle à sauver Nikola Tesla ?...

L'alarme environnementale s'est déclenchée dans la section des phénomènes du Sanctuaire : une toxine anormale a été détectée dans l'air. La section est alors évacuée et les événements vont s'enchaîner. Kate et Will sont pris dans une embuscade lors du transport. Kate est dotée des super-pouvoirs du costume de Walter mais elle est piégée dans une machine qui, pour l'en détacher, influence son jugement. Comment libérer Kate du costume sans endommager définitivement son cerveau ? D'autant que son créateur, Virgil Saint Pierre, est prêt à tout pour le récupérer...

Henry partage avec Will ses découvertes sur la possible existence de Lycans, aussi appelés loups-garous, en Angleterre du Nord. Will le convainc de pousser ses recherches mais ils décident de ne pas en informer Magnus qui est occupée, avec Tesla, à traduire le code holographique de son père, Grégory. Ils ont mis sur écoute les responsables d'une institution qui s'avère gérer le clan des Lycans par un régime strict, nécessaire au contrôle de leurs transformations. Henry tente de les persuader qu'ils ne sont pas des tueurs mais va être écarté par Lillian, la chef du clan.

Magnus reçoit un appel anonyme qui lui indique de se rendre dans un immeuble désaffecté. Sur place, elle perd son équipe de vue et est agressée par une ombre qui possède le don de téléportation et qui se révèle être Adam, le génie fou dont s'est inspiré le livre «Docteur Jekyll et mister Hyde». Ce dernier est au fait de la ville hologramme et veut soutirer les informations dont dispose Magnus. Face à sa résistance, Adam devient agressif et se blesse lors d'une téléportation mais, bloquée dans une faille spatio-temporelle, Magnus ne peut être secourue par son équipe...

Suite à son voyage spatio-temporel, Magnus est contaminée par les mêmes radiations qu'Adam. Sur le point de mourir, elle partage les secrets de l'origine du sanctuaire avec Will. Elle évoque ainsi le rôle d'Adam dans l'expérience avec le sang de vampire, le décès de sa fille suite à une maladie sanguine et la rancoeur d'Adam pour Helen, bien qu'elle ait tenté de la sauver. Ce sont les incidences de ce décès sur la personnalité d'Adam et la terreur qu'il a semé à Londres qui ont conduit le Premier ministre à contacter Helen et son équipe pour qu'ils traquent et tuent Adam avec l'aide des Cinq...

Will décide de révéler à Adam la carte de la Terre creuse, seule solution pour sauver la vie de Magnus. Ce dernier trouve le diagramme de la pierre angulaire et, après de multiples obstacles, l'entrée de la Terre creuse. Parallèlement, Tesla invente un bouclier qui ne peut malheureusement protéger qu'une seule personne de l'équipe. Lors d'une livraison au Sanctuaire, Bigfoot, Kate et Henry retrouvent le livreur mort et s'aperçoivent que la caisse de crypto-coccinelle a disparu. Il semblerait qu'elle ait été contaminée par des bactéries proches de la rage...

Après avoir trouvé la clé menant au centre de la Terre, Magnus, aidée de Henry, Kate et Will, se prépare à y trouver son père. Suite à un éboulement, Will et Magnus sont séparés du reste de l'équipe et recueillis par des personnes qui vivent à l'extérieur de la ville. Will et Magnus pénètrent dans la ville sans en avoir demandé l'autorisation et retrouvent Kate et Henry en prison. Sachant Magnus en danger, John et Adam se rendent au centre de la Terre pour la secourir mais le personnage de Hyde réapparaît et Adam piège John.

Dans la ville souterraine de Praxis, Helen est réanimée par Ranna mais trouve autour d'elle les corps inanimés de Will, Henry et Kate. Ranna a épargné Helen car elle est la seule à pouvoir sauver Praxis des tremblements de terre qui la menacent. Helen négocie alors la résurrection de son équipe et s'aperçoit que, pour sauver la cité mais également la Terre, elle devra soigner un phénomène dénommé Kannan...

Helen doit se rendre sur Praxis pour une réunion. Elle décide de laisser le Sanctuaire aux mains de Will, Kate et Henry, alors qu'ils attendent une inspection de l'ONU pour des raisons de sécurité. De retour à la fin de la journée, elle retrouve le Sanctuaire en désordre et déserté par son équipe. Seul Henry est sur place, battu et amnésique. Elle mène alors une enquête qui la conduit de surprises en surprises...

Sur le chemin du restaurant, Abby et Will se font kidnapper par une organisation qui se fait appeler «la Vendetta». Gibbs, lui, est dans le coma après avoir été empoisonné par un Jessoped. Lorsque Magnus apprend qui sont les ravisseurs, elle décide de stopper l'intervention prévue pour leur venir en aide. Elle avait secrètement passé un marché avec «la Vendetta» pour une affaire d'esclavage d'anomalies...

Will se réveille avec des écailles sur le visage. Magnus découvre qu'il a été contaminé par des spores provenant d'une plante hybride lors de leur expédition dans la terre creuse...

Henry et Erika s'aperçoivent que Will et Abby ont l'intention de dîner, comme eux, en tête à tête et dans le même restaurant. Mais Magnus leur confie une mission urgente...

Magnus et Tesla examinent un ancien bastion Praxian et découvrent la véritable fuite des Praxian sous terre. Pendant ce temps, Nikolas active, avec son bracelet, un système de protection mis au point par les vampires et enferme Magnus et Tesla, condamnant cette dernière à mort...

Magnus, Watson et Griffin sont envoyés en France à la veille du débarquement allié. Ils veulent désactiver la machine météorologique car ils pensent que les SS ont l'intention de s'en servir pour provoquer un violent orage et ainsi empêcher le débarquement...

Magnus, Will et Kate se rendent à Carentan pour tenter de retrouver Ravi, qui a disparu a proximité de la ville. Ils s'adressent aux militaires dépêchés sur place, mais ceux-ci refusent de les aider...

Will et Magnus sont propulsés dans une autre vie que la leur. Will est cardiologue et marié avec Abby, et Magnus passe ses journées à peindre...

Le docteur Lee demande à Magnus de venir travailler avec le général Villanova pour accueillir les hordes de phénomènes qui arrivent de la terre creuse...

Adam Worth crée une machine à remonter le temps. Il l'utilise pour retourner dans le Londres de 1898 et tenter de sauver sa fille mourante. Helen Magnus se lance à sa poursuite car l'intervention d'Adam pourrait endommager la chronologie. Lorsqu'elle le retrouve dans une sombre ruelle londonienne, une bagarre s'ensuit. Blessée, Helen perd connaissance. Elle se réveille dans une cellule...

Revenu dans le présent, le Sanctuaire découvre que Magnus a disparu après la destruction de Praxis. Will Zimmerman est nommé chef du réseau des Sanctuaires...

Greg Addison, un émissaire de l'ONU, arrive au Sanctuaire pour interroger Will et Magnus sur une mission qui a mal tourné. Erika, la petite amie de Henry, lui révèle qu'il va bientôt être père...

Après que les Nations unies ont décidé de ne plus financer le Sanctuaire, Helen Magnus doit rapidement trouver des fonds. Elle se rend sur une île, située à plusieurs centaines de kilomètres des côtes africaines, pour y rencontrer un riche homme d'affaires susceptible d'apporter une contribution financière. Une fois sur place, la situation dérape...

Le Sanctuaire tente d'infiltrer une forteresse du SCIU, une agence de recherche gouvernementale qui n'a aucune existence légale. Malheureusement, l'opération échoue...

Will, qui se trouve au Libéria pour tenter d'aider le Sanctuaire local, se retrouve en pleine guerre civile. Agressé par des inconnus, il se réfugie chez l'un de ses contacts pour reprendre des forces. Pendant ce temps, Helen Magnus et les autres membres du Sanctuaire s'occupent de deux anormaux chauve-souris...

Henry et Declan tentent de sauver l'équipage et les passagers d'un navire pris dans la glace. Alors qu'ils montent sur le bateau, ils découvrent que celui-ci transporte en fait des anormaux qui ont le pouvoir de manipuler leur perception des choses...

Alors qu'Abby est possédée par une entité qui la fait chanter et risque de la tuer, Will est désespéré de ne pas pouvoir communiquer avec elle. Pour y remédier, il doit faire quelque chose qu'il n'a plus fait depuis la mort de sa mère. Pendant ce temps, Henry et Gavin tentent d'en apprendre plus sur ce qui s'est passé...

Un pare-feu provoque des dysfonctionnements au Sanctuaire, ce qui ammène Nikola et Magnus à entrer dans l'ordinateur pour résoudre le problème. Mais une drôle de surprise les y attend : ils pénètrent dans un monde qui semblent être réel mais qui est en réalité totalement virtuel...

Kate informe Magnus que des terroristes anormaux de la Terre Creuse ont planifié un attentat contre le SCIU. Après avoir, sans succès, tenté de prévenir Biggie qui s'y trouve, Magnus contacte finalement Addison. Celui-ci lui livre en retour une information étrange qu'elle hésite à prendre au sérieux...

Henry parvient à déjouer le système de sécurité du SCIU et permet ainsi à l'équipe du Sanctuaire de découvrir que ces derniers mènent une opération en Bolivie. Ils y étudient et tentent de capturer l'anormal Quetzalcoat, un serpent ailé légendaire que Magnus a longtemps cherché...

Alors qu'elle est en pleine négociation d'un accord de paix entre les insurgés de la Terre creuse et les gouvernements, Magnus commence à agir de manière étrange. Elle se lie avec un dangereux phénomène et en fait libérer d'autres. Cette décision est incompréhensible pour tous, surtout pour Will...

Engagé par le SCIU, Will a désormais pour mission d'arrêter Helen. Caleb, lui, essaie de profiter de la situation pour réveiller les gênes latents dans l'ADN des humains. Il attaque le Sanctuaire...