Tornati dalle vacanze Venturi, Levi, Rinaldi, Ghirelli e De Biase rincominciano a lavorare ma prima di iniziare arriva un nuovo tenente Flavia Ayroldi, scelta per la conoscenza degli insetti. Ma appena dopo la presentazione arriva una chiamata: una ragazza morta in un bosco incinta di poche settimane. Dopo varie prove si scopre che sono stati tre e che fanno parte di una setta, probabilmente satanica.

Un parroco viene ritrovato morto insieme ad una delle ragazze ospiti della comunità di recupero che dirigeva. La posa in cui vengono ritrovati fanno supporre gli inquirenti che il prete abusasse sessualmente della ragazza e questo fa indignare il generale al comando del R.I.S. che chiede a Venturi di far luce sul caso al più presto. Dopo severe indagini e vari depistaggi avvenuti anche a causa di coinquilini della comunità in cerca di notorietà, la squadra viene a capo delle indagini. Scopre che la responsabile dei delitti è una ginecologa,fresca di laurea che faceva servizio di volontariato. Al momento dell'arresto della donna, si fa sempre più evidente la presenza di una setta diabolica. Infatti mentre viene portata via si divincola e prima di suicidarsi dichiara che non fermeranno la setta.

I Ris si occupano della morte di un ex-campione regionale per quanto riguarda il tiro a segno con armi da fuoco. La sua morte si rivelerà legata ad un altro omicidio avvenuto anni prima. Nel frattempo arriva da Milano la dottoressa esperta di sette come richiesto dal procuratore Di Maio: prima di essere congedata da Venturi, esprime la sua convinzione che non si tratti di una setta satanica, bensì di persone a loro giudizio superiori alle altre. Nel frattempo muore la madre di Michele Siciliano per un infarto legato alle precedenti vicende del figlio. Al suo funerale sarà presente anche (sempre controllato dai carabinieri) lo stesso figlio Michele, il quale viene convinto dal padre avvocato a costituirsi e a confessare tutto al capitano Venturi, ma nel finale dell'episodio i Carabinieri trovano il giovane Michele morto (viene infatti mostrato precedentemente un altro membro della setta di Michele inseguirlo).

I RIS si occupano di un complicato omicidio avvenuto nell'ambiente dell'alta moda. Intanto Venturi, durante le indagini sui due delitti collegati fra loro, cerca di capire con che tipo di setta hanno a che fare: grazie ad un indizio lasciato dal defunto Michele, il capitano trova un misterioso libro dal titolo "Gli Eletti" che sembra ispirare le azioni della setta.

Venturi, studiando il "Libro degli eletti" riesce a capire intenti e motivazioni della sua setta; inoltre trova una traccia per risalire al possibile capo. Intanto i RIS indagano su un omicidio avvenuto nel carcere minorile, scoprono che il caso coinvolge la 'ndrangheta calabrese.

Venturi, indagando sull'omicidio di Valentina, una transessuale, scopre una melodrammatica vicenda di amore clandestino. Intanto vengono analizzati dei videotape della setta, che permettono di identificarne il covo. Ma quando i R.I.S arrivano sul posto, ormai abbandonato, fanno un'agghiacciante scoperta:nel terreno sono sepolti i cadaveri di due neonati. Mentre Giorgia viene sconvolta da una notizia: Andrea Gandin, il serial killer delle diciottenni, è stato ucciso mentre tenta la fuga dal carcere.

Mentre Giorgia decide di trasferirsi a Bari e lasciare definitivamente l'Arma, dopo l'uccisione di Gandin, Venturi scopre con orrore che la setta alleva bambini malformati nati tutti dallo stesso padre, in una sorta di piano eugenetico. Viene identificata una ragazza, figlia di un colonnello, discepola della setta: i R.I.S sperano di usarla per conoscere i piani del gruppo. Vincenzo De Biase si occupa di un delicato caso di omicidio, rimanendo colpito da Stella, una cantante nonché principale sospettata.

La setta degli Eletti minaccia di attentare alla vita di un medico impegnato in attività umanitarie. Nel frattempo i R.I.S cercano la password che è civiltà 24-31, che permette di accedere al sito virtuale della setta. Flavia Ayroldi deve risolvere un delicato caso di omicidio, nel quale la principale sospettata è una sua vecchia conoscenza, la sua ex fidanzata...

La squadra dei R.I.S. riesce ad entrare nella casa virtuale degli eletti e infiltrarsi tra gli adepti. Entra così in contatto col sommo sacerdote il quale definisce il suo progetto eugenetico. Si delinea così la possibilità di infiltrare nella realtà un membro della squadra: la scelta cade su Flavia. Ma Federico, l'assassino della setta, intuisce la trappola e riferisce al capo le sue intenzioni criminali.

Nonostante fallisca il piano per smascherare i piani degli "Eletti", i carabinieri riescono a catturare Federico Adorni. Nel frattempo la squadra è chiamata ad indagare sull'assassinio di un allenatore di cavalli. Adorni nel frattempo medita un colpo al cuore del R.I.S: assassinare il procuratore di Maio ed il capitano Venturi.

L'autopsia del corpo del procuratore Di Maio ha stabilito che la morte era stata causata dal taglio al volto, provocata dall'arma del delitto, un coltellino contenente una tossina letale in grado di paralizzare tutti gli organi vitali. Ghirelli intanto identifica il programmatore del sito della setta: anche se l'uomo si è ormai dato alla latitanza, in casa sua alcune prove permettono di arrivare ad identificare il possibile capo della setta; Giacomo Adler, biologo. Nel frattempo De Biase e la psicologa Gambetta si occupano di un omicidio avvenuto in un centro di ricovero psichiatrico: le abilità scientifiche e psicologiche dei due si intrecciano per risolvere il caso, attraverso l'uso di un mezzo tutt'altro che convenzionale: l'ipnosi.

I R.I.S cercano di provare che è Adler il padre biologico dei bambini della setta, ma il suo DNA non corrisponde. De Biase indaga sulla morte, avvenuta su una barca a vela, di un suo amico d'infanzia, mentre Ghirelli è alle prese con la misteriosa morte di un uomo, ucciso probabilmente dal figlio affetto da autismo.

Riccardo Venturi viene sequestrato da un boss della camorra, che chiede al capitano di scoprire chi sia l'assassino di suo figlio. Tutti sono impegnati nella sua ricerca, sperando di riuscirvi prima che il boss decida di eliminare una volta per tutte il capitano dei R.I.S. Intanto Flavia Ayroldi con l'aiuto della Morandi, indaga su un cadavere mummificato trovato in un museo.

La setta degli "Eletti" compie una strage all'interno dell'Università, dalle indagini iniziali viene appurato che le vittime prese di mira sono quattro, ma successive indagini dimostrano che una delle vittime era un membro della setta. Nel frattempo Adler, capo carismatico della setta viene scarcerato per insufficienza di prove.

Dopo la scarcerazione di Adler, Venturi cerca di far luce sul passato del filosofo ispiratore della setta, Morbegno, e scopre che il suo suicidio è stato in realtà un omicidio. Intanto i RIS indagano sull'assassinio della rumena Diana e sulla scomparsa di sua figlia.

Venturi indaga su un attentato terroristico di vent’anni prima, di cui era stata ingiustamente accusata un’amica di Claudia Morandi. Intanto Ghirelli e l’Ayroldi scoprono che l’apparente suicidio di un adolescente cela un caso di cyberbullismo.

Flavia Ayroldi indaga su uno stupratore seriale, che lascia un’unica traccia: un insetto con il suo DNA. Venturi si occupa di un sub trafitto sott’acqua da un aculeo di un pesce: fatalità o omicidio? Mentre proseguono le indagini per individuare il covo della setta, Veronica Gambetta inizia anche a temere di essere stata aggredita da Adler.

Flavia e Vincenzo si occupano dell’omicidio del soprano Petra, avvenuto sul palcoscenico del teatro Regio di Parma durante la rappresentazione del “Rigoletto”. La setta sfida ulteriormente i RIS inviando un filmato che mostra un’inseminazione artificiale, ma nel video c’è anche la traccia che permette a Venturi di identificare il covo degli eletti.

I RIS devono fermare il piano finale della setta: intendono usare il gas nervino in un luogo pubblico, per uccidere quante più persone possibili. Intanto Adler cerca di fuggire all’estero con uno yacht, ma i carabinieri sono ormai sulle sue tracce.