突如地球を襲ったゲルマ軍団の前に、なす術のない地球防衛軍。頼れるのは新鋭戦闘母艦「Xボンバー」しかない。銀河シローをはじめとする若者たちを乗せ、急ぎ発進するXボンバーだったが…。

ゲルマ艦隊の猛攻を受け、月面に不時着したXボンバー。乗組員を気遣うラミアは、敵の攻撃の中、Xボンバーへ駆けつける。危機に瀕したXボンバーは必殺のブレスト速射砲での応戦に出る…！

ゲルマ軍団を指揮するブラディ・マリーは、地球防衛本部にF-O1の引き渡しを要求してきた。F-O1についての情報がない本部は困惑する。その頃、ラミアは、ある疑問をドクトルにぶつけていた…。

冥王星再建に旅立った船団が行方不明になる事件が発生。護衛任務に出動したXボンバーにゲルマが襲い掛かる。木星表面からの砲撃に苦戦するXボンバーに、ドクトルはビッグ・ダイエックスの出動を命じた！

無事に船団護衛の任務を果たしたXボンバー。そんな折り、謎の通信が飛び込む。その内容から自分の出生の謎を解き明かせるかも、と宇宙に飛び出すラミア。そこに待ち受ける巨大帆船の正体は…？

Xボンバーに新たな命令が下った。冥王星に現れた謎の帆船ドクロ号の追跡だ。出発準備が進むさなか、ゲルマ母艦が地球に接近。帆船と接触しようとしたラミアの引き渡しを要求してきた…！

異常な重力に支配された空間サルガッソに引き込まれ、立ち往生してしまったXボンバー。脱出策を練るシローたちだったが、それを嘲笑うかのようにコズロの監隊が奇襲を仕掛けてきた…！

ひと時の休息を求めて惑星Mに着陸するXボンバー。この星には未知の生物が棲んでいた。ラミアは生物と仲良くなろうとするが、シローは生物に銃を向けた。シローの行動をラミアは激しく問い詰めるのだが…。

ゲルマ本星に帰還したブラディ・マリーに対し、ゲルマ魔王はこれまでの失態を激しく叱責、マリーを断頭台にかけようとする。しかし、汚名返上を期すマリーは秘策があることを魔王に進言する。

ドクロ号の呼び掛けに応じ、惑星Sに降り立つXボンバー。しかし、そこにはマリーの配下となった冥王星基地の司令官、カスターが張った恐るべき罠が待っていた！ 危うし、Xボンバー！

SOSを受信して、調査に向かったシローたち。辿り着いた星は戦争で荒れ果てていた。宮殿跡の地下からこの星の王女を救い出したシローは、ゲルマの魔手がこの星にも伸びていたことを知るが…。

仲間から追われる一人のゲルマ兵士を助けたシローたち。ゲルマの貴重な情報を得ようと考えるドクトルだが、シローは悪い予感が拭えない。兵士は隙を見てラミアを襲った。全てはカスターの計略だったのだ！

カスターを撃ってしまったことを悔やみ、落ち込むシロー。そんなシローを、リーたちは雑煮を作って慰めようとする。仲間の心遣いに感謝しながら、シローはこれまでの苦しい戦いを回想するのだった…。

ドクロ号からラミアを船に寄越すように通信が入った。ドクトルはそれを断るのだが、自分の秘密を知りたいラミアはシローと共に小型宇宙艇で飛び出した。ブラディ・マリーはそれを察知し、動き出す！

ドクロ号艦長のハレーと会話したというラミアの言葉を受けて、球状星団へ進路を取るXボンバー。不思議な能力を見せ始めたラミアに対して、不審と疑念が乗組員たちの間に広がっていくのだが…。

惑星Mに不時着したXボンバーとゲルマ軍団の死闘！ しかし、シローたちの奮戦虚しく、ラミアが攫われた。焦るシローたちの前に、ドクロ号が飛来。艦長のハレーはついにラミアの秘密を語る…！

“西暦3000年を迎えた時、大いなる力を宿す…” マリーから自分の秘密を聞かされ驚くラミア。氷の監獄へ連行されたラミアは必死でテレパシーを送った。その頃、ラミアの行方を追うXボンバーは…。

囚われたラミアの行方が掴めず、焦りの色が隠せないドクトルたち。僅かな希望を頼りに宇宙を行くXボンバー。その頃、ラミアを捕えた功績を買われ、マリーとコズロは念願の昇進を果たしていた…。

シローたちのいら立ちが頂点に達した時、ようやくラミアの居場所が分かった。ハレーからの連絡を受け、七色星団の氷の星に勇躍駆けつけるXボンバー。その前にブラディ・マリーが立ちふさがった！

ハレーの待つ惑星へと急ぐXボンバー。その航路上に一隻の難破船が現れる。生存者なしと判断して先を急ぐシローたちだが、そこにはラミアの抹殺を決意したマリーの恐るべき罠が待っていた！

ラミアを庇って息絶えたドクトルを思い、悲しむシローたち。M13に到着し、ドクトルを埋葬したシローたちは改めてゲルマ打倒を期す。その頃、M13を壊滅させるべく、マリーは総攻撃を命じていた！

ゲルマの総攻撃が始まった。不安に揺れるラミアの心をよそに、戦いは熾烈を極めていく。ラミアを守ろうと立ち向かったビッグ・ダイエックスだが、ゲドラ博士の新兵器がビッグ・ダイエックスを苦しめる！

地球へ向かったゲルマ本星を追って、最大速度で飛行するXボンバー。その行く手に立ちはだかったのはコズロだった。自らの命の限界を悟ったコズロは、そのすべてを懸けてXボンバーを葬むろうとする…！

新世紀が近づき、ラミアの体に変化が起こった。その力を恐れるゲルマ魔王はXボンバー撃破を命じる。手動操縦で旅を急ぐXボンバーは魚雷攻撃に大苦戦。このままではゲルマ本星に追いつけなくなる…！

ゲルマ本星の猛攻撃が地球とXボンバーを襲う。決死の覚悟で戦うシローたちだったが、魔王の力は計り知れないほど強大だった。その時、ついに新世紀の夜明けが訪れ、ラミアが神として目覚めた！