世界頂尖的藥學學者藥谷完治再次睜開雙眼時，發現自己轉生成宮廷藥師的名門，梅德西斯家的次子，法馬･梅德西斯。他在轉生後的能力「神術」也隨之覺醒，並在家庭教師艾倫底下學習力量的使用方式，卻發現法馬的神術遠遠超乎常人。"

得知艾倫表示「想辭去家庭教師一職」，法馬便親自前去說服對於擁有超越人識能力的自己感到恐懼的她。究竟法馬希望艾倫繼續擔任家庭教師的願望，能否傳達給她呢？另一方面，布魯諾在這時受到宮廷的召喚……"

布魯諾帶著法馬造訪宮廷。兩人目睹的是臥病在床的年輕女皇，伊莉莎白二世的身影。然而在場沒有任何人確定女皇罹患哪一種疾病，並紛紛決定放棄治療的狀況下，唯獨法馬一個人堅持不願意放棄。布魯諾盡力制止兒子進行治療，然而……"

立下拯救皇帝性命的功績，讓法馬能夠獲得相對應的獎勵。在向法馬打聽將來的目標時，他做出「希望能開設一間不分平民、貴族，無論是怎樣的病人都能開出安全又平價的藥物處方的藥局」這樣的回答。幾天後，建設公司的人突然前來拜訪法馬。他將很快就完成的建築物命名為「異世界藥局」……"

儘管異世界藥局在民眾之間廣為流傳，卻依然是門可羅雀。在珞緹給民眾填寫問卷之後，才發現平民對於由貴族經營的店會不禁感到卻步。正當眾人苦惱著該怎麼增加客人的時候，一位手上有好幾道傷痕的貴族千金小姐被送到藥局來……"

結束到港口城鎮馬賽爾領地的視察並回來之後，發現異世界藥局的客人增加了三倍左右。然而在那當中，也能看見身穿奇怪白衣的二人組。就在那隔天，便發生了無人駕駛的馬車衝進藥局的攻擊事件。就在急診患者接二連三地送過來時，法馬也前往進行治療。然而，在那裡等著他的是……"

身穿白色服裝的集團的真面目，是旨在排除異端人士及惡靈的異端審問官。法馬被他們斷定為「惡靈」，雖以神術接下他們的襲擊，還是以盡量不傷害到對方的方式抵抗。然而就在這場戰鬥之中，法馬察覺異端審問官的指揮官「所羅門」身受重傷。即使是前來襲擊自己的對手，法馬還是決定當場替他動手術。"

隸屬於由平民組成的藥師公會，三級藥師皮耶爾在深夜揹著發高燒，並像在作惡夢一般發出痛苦聲音的女兒，正感到不知所措的時候，偶然在路上遇見了法馬，並讓他進行診療。皮耶爾對於他親切的應對以及高超的知識感到欽佩不已，決定將整件事情的原委向公會說明，然而之後卻被不接受異端的公會處處找碴……"

布魯諾接獲梅德西斯家的長男帕雷的通知，表示帝都鄰國尼德蘭的殖民地島上發生一種流行性的怪病，造成島上的居民全數死亡。由於近期帝都即將舉辦聖佛爾波大型市集，這讓法馬心中產生了一抹不安。這時，當法馬聽說了罹患那種怪病的患者所產生較具特徵的症狀之後，內心浮現出一個病名……"

得知那種怪病正是黑死病之後，帝都決定在城門設置檢疫所。為了防堵這個惡疾入侵，更針對港口船隻上的人員進行檢疫。然而無法理解這項檢查意義的船員們，因而爆發了許多小衝突。這時，法馬接獲艾斯塔克村有許多人因為高燒而死亡的報告，便乘著藥神之杖，立刻趕往深陷危機的村子。"

在艾斯塔克村設置了簡易診療所之後，法馬與神官們分頭替村民進行治療。另一方面，在帝都擔任藥學院總長的布魯諾將即將退休的佳絲帕教授找來。布魯諾希望長年研究黴菌的她，能找出新種的微生物。而那正是製作出足以對抗黑死病的新藥的王牌。"

結束在艾斯塔克村的診療之後，當法馬一行人返回帝都時，只見遭受鄰國尼德蘭侵襲的人們陷入一片混亂之中。不只是突然展開侵略的尼德蘭騎士，帝都還出現大量神祕白色松鼠。帶來這一連穿災禍的主謀，正是過去曾經犯下罪刑，並遭受國家流放的卡謬，他同時也是布魯諾的同門。為了守護帝都的城鎮及民眾，法馬挺身對抗卡謬。