世界顶级药学研究者药谷完治醒来后，发现自己转世为宫廷药师名家德·梅迪西斯家的次子法尔玛·德·梅迪西斯。转生后的能力【神术】觉醒，从家庭教师艾伦那里学到了力量的使用方法，不过法尔玛的神术远远超越了常人。

“我想辞去家庭教师的工作”，法尔玛听到艾伦的提议后，对拥有非人类力量的自己感到恐惧，于是前往说服她。法尔玛希望艾伦再次担任家庭教师的愿望会实现吗？另一方面那个时候，布鲁诺从宫殿传来了召唤的消息……

法尔玛被布鲁诺带到了宫殿。那里是卧病在床的年轻女皇伊丽莎白二世的身影。在场的所有人都因为无法确定病情而放弃治疗，只有法尔玛没有放弃。布鲁诺让提出治疗的儿子进入静止状态……

因为拯救皇帝的功绩，法尔玛受到了奖赏。当被问到将来的目标时，他回答说：“开一家不分平民贵族，对任何病人都能开安全廉价的药的药店。”几天后，建筑商们突然造访法尔玛。瞬间完成了被命名为“异世界药局”的建筑物……

异世界药局的存在在市民之间广为流传并受到关注，但依然没有多少顾客光顾。在乐天进行的市民问卷调查中，了解到平民对贵族经营的商店感到畏惧。正在烦恼怎样才能增加客人的时候，手臂上有好几道伤疤的贵族小姐被送到了药店。

从港口城市的马赛尔领地视察回来，异世界药局的客人增加了3倍左右。但是其中也有两个穿着奇怪白衣的人。第二天，发生了无人马车闯入药店的事件。这时接到急诊的通知，法尔玛前往治疗。我在那里等待的是——

白衣集团的真实身份是铲除异端者和恶灵的异端审问官。法尔玛被他们视为恶灵，受到了神术的袭击，但为了不伤害到对方而对抗。战斗中异端审问官的领袖“罗生门”受了重伤。虽然是袭击自己的对手，但法尔玛决定当场为他动手术

隶属于由平民组成的药师公会的三级药师皮埃尔，在深夜背着高烧的女儿走投无路的时候，偶然遇到了法尔玛，并得到了他的治疗。皮埃尔对他细致的应对和高超的知识感到钦佩，将事情的经过告诉了公会，却受到了不承认异端的公会的骚扰……

德·梅迪西斯家族的长子帕莱向布鲁诺传来消息，帝都的邻国尼代尔的殖民地岛上发生了流行性怪病，居民全部死亡。对于即将在帝都举办的圣·弗鲁布大集市，他感到一丝不安，听到怪病患者身上出现的特征性症状，他想起了法尔玛的名字。

知道了怪病的真面目是黑死病，帝都的城门设置检疫所。并且，为了防止疫病的入侵，在港口也对船只进行检疫，但是不理解检阅意思的船只之间爆发了小规模的冲突。在这样的情况下，收到了艾斯塔克村因高烧而死亡人数众多的报告，法尔玛乘坐药神杖飞向动乱中的村庄。

法尔玛在艾斯塔克村设置简易诊所，与神官们分头进行治疗。另一方面，在帝都担任医药学校校长的布鲁诺，把即将退官的卡斯帕教授叫了出来。告诉长年研究霉菌的她，希望她能找出新的微生物。这是发明一种对抗黑死病的新药。

结束了在艾斯塔克村的诊疗回到帝都，由于邻国奈代尔国的进攻，人们陷入了混乱的旋涡中。突然进行侵略的尼戴尔骑士，以及帝都大量出现的神秘白松鼠。主谋是布鲁诺过去的同门加缪，他过去曾因犯罪而被驱逐出境。为了保护帝都的城镇和人民，法尔玛与加缪对抗。