里士满战役，1865年3月20日：被南部邦联军队俘虏，该组织逃离俘虏，乘坐氦气球逃跑。这些旅行者和他们的气球升上天空，被强风吹走，很快就发现自己在开阔的水面上。

气球试图着陆时，无法控制地下降（在尼莫从下面的一个岛上观察的帮助下），迫使这群人爬上索具，放下靠背保持在高空，希望在坠入大海之前到达岛上。哈丁船长挣扎着待在空中，将自己抛向大海，让气球放慢下降速度，到达岛上。

赫伯特和内布一起在岛上探索文明的迹象，随着潮水的到来，他被困在一个岩石池中，威胁要淹死他。内布设法营救了赫伯特（在尼莫的无形帮助下）。赫伯里和内布进入一个洞穴，在那里他们遇到了居住的迹象。

赫伯特和内布发现哈丁船长还活着，但他不记得自己是如何到达那里的，只记得从气球上跳下来后滑到海浪下的。重新团聚后，哈丁、斯佩利特和内布决定爬到山顶去寻找方向。一路上，他们在一个游泳池前停了下来，斯佩利特在那里游泳，结果被一个看不见的生物攻击，最终逃到了安全的岸边（在尼莫的帮助下）。与此同时，杰克和赫伯特外出打猎，但赫伯特无法自杀。他们遇到一个洞穴，在里面他们发现了一个圣坛和一个金盘子。当入口关闭时，他们被困住了。由于无法挖掘出他们的出路，希望似乎正在消失，一道绿灯（尼莫）将他们的注意力吸引到一个水下出口，将他们带回大海和同伴的怀抱。

地震发生后，该组织决定在内陆寻找避难所。当山体滑坡发生时，吉迪恩被困在一些大石头下面。哈丁和内布开始寻找材料来进行爆炸性的改变，但内布被硫磺烟雾所克服，必须通过哈丁将其安全拉到。赛勒斯名单上的最后一项是凭空出现的（尼莫），这使他能够制造出一种炸药来释放吉迪恩。继续前行，内布跌入一个洞穴综合体，成为了该组织的新家，吉迪恩将其命名为“花岗岩屋”。在钓鱼的时候，内布和赫伯特从海里拿出一个旧的箱子。纳布回到营地，吃了野生浆果，在危险的悬崖上失去了视力，失去了立足点…

纳布在一棵藤蔓落下时获救，但当哈丁船长和赫伯特到达时，他们都否认对此负有责任。对哈丁来说，这是另一个迹象，表明岛上并非只有他们。当海柜被带回花岗岩屋时，人们发现里面有大量的造船工具和其他用品。由于急于在一艘新船上工作，这群人开始寻找材料，并找到了气球的残骸。他们的木筏在急流中倾覆，把潘克洛夫、吉迪恩和内布冲到一个汹涌的瀑布边。当所有人都安全获救后，漂流者回到家中，发现他们的家在他们不在的时候被人拜访了。赫伯特和他的父亲乘坐他们的新船进行处女航，但在海上遇到了一股未知的力量，将赫伯特拉下船…

杰克跳入水中，把儿子从看不见的威胁中救了出来，他们游到了吉迪恩发现一个瓶子的安全岸边。回到Granite House，有人从瓶子里拿出一条信息，是岛上一个漂流者写的！杰克、赫伯特和吉迪恩乘坐他们的船开始了一次试航，以寻找遇难者。他们找到了他储备充足的营地，在看不到任何人的情况下收集了补给。艾尔顿先生很快出现了，赫伯特说服他的父亲带他回去。与此同时，乔安妮虽然独自外出采集植物，却被尼莫的天然气设计所征服，并没有受到影响。当纳布去寻找她时，他也被征服了，但在他崩溃之前，他看到尼莫靠近了。回到尼莫的巢穴，尼莫·波西恩斯·内布（Nemo posions Neb），看起来像是被蛇咬了一口。哈丁后来找到了内布的尸体，并举行了追悼会，哈丁含泪告别了他亲爱的朋友。

当漂流者为纳布悲伤时，尼莫将他救活，并将他放入暂停的动画存储库。潘克洛夫的嫉妒心促使他追捕艾尔顿。哈丁很快意识到岛上幽灵的存在导致了漂流者之间的对抗。

海盗船长卡特勒和他的三名船员来到岛上收集他们埋藏的宝藏，并寻求对艾尔顿的报复，艾尔顿黑暗的过去被揭露了。

乔安娜跌入尼莫设置的水下陷阱，其他人竞相解救她。不久之后，卡特勒船长，他的船被毁的唯一幸存者，在岛上公开了他的存在，并在他寻求对遇难者复仇的过程中留下了暴力的痕迹。

哈丁潜入湖底的尼莫巢穴，被困在一个房间里。吉迪恩被入侵者惊醒。

一个土著岛民部落来到岛上寻找努伊，一个他们认为具有特殊意义的年轻土著女孩。

尼莫观察了哈丁对乔安娜的感情，这些感情在浪漫的梦中表现出来，这是他对人类思维活动研究的一部分。与此同时，乔安娜被地震困住了，而赫伯特发现了来自艾尔顿的一张神秘纸条。

尼摩拦截了一艘独木舟，带着一位聪明的老土著妇女来到岛上，作为一次文化冲突的体验，但他发现自己面对着一种更强大的力量。乔安娜对妇女权利的主张产生了意想不到的后果。

尼摩履行了对卡蒂拉的承诺，将其余的人带到岛上，然后高兴地看着当地人接管了花岗岩房子，并将这些漂流者流放。

一个纹身的土著男子来到岛上，告诉漂流者他正在进行精神探索。尼莫很高兴他的出现对团队产生了破坏性的影响。

赫伯特意识到今天是他的生日，但决定保守秘密。他很生气，因为他认为乔安娜已经忘记了，当她为他准备一份惊喜礼物时，他决定想办法离开这个岛。

当海盗把两个女人带到岛上时，尼莫利用这种情况来研究人类的交配习惯。与此同时，女人们把目光投向了吉迪恩和赫伯特，这促使男人们表现出近乎致命的男性虚张声势。

乔安娜在做了一个关于婴儿的梦后与赫伯特争吵，离开了花岗岩房子，前往艾尔顿的小屋。她在去那里的路上出了事故，被尼莫救了出来，尼莫给她下药并询问她，得知她怀了杰克的孩子，但害怕生孩子。

尼莫藏在花岗岩房子里的相机坏了，所以他把自己伪装成一个失事的英国人，以便进入房子修理设备。

一系列的意外导致哈丁与神秘的幽灵面对面，他挣扎着如何分享令人震惊的真相。

漂流者与幽灵分享他们的经历，并意识到他可能是他们逃离该岛的唯一希望。

尼莫向哈丁透露，他完成实验的需求大于帮助岛上的漂流者的愿望，哈丁被迫达成协议。

Harding carries out his part of the deal with Nemo, and the other castaways are enraged, moving from the Granite House into a makeshift hut on the beach, and prompting Nemo to announce his experiment is complete.