悪の組織「アガスティア」に所属する怪人開発部の黒井津は上司の無茶振りにより、会議に提出する企画書が未完成のまま新怪人のプレゼンを行うことなる。黒井津は一筋縄ではいかない幹部たちに対して無事プレゼンを成功させ予算を勝ち取ることができるのか？　戦う相手はいまだ勝てたことの無いヒーロー「剣神ブレイダー」。果たして黒井津たちは徹夜の日々を乗り越えブレイダーを倒す怪人を作り出すことができるのだろうか。

突如、九州への出張をすることになった黒井津は幹部のメギストスと共に新幹線に乗り現地へと向かう事になる。旅行気分の黒井津に対して上司のメギストスはその先々でも仕事に余念がない。黒井津は堅苦しい思いをしつつも新たな新怪人のプランに着手するが、組織の各部署からは次々とダメ出しされてしまう。それでもめげない黒井津と助手のウルフは協力し、ついに新怪人カノン・サンダーバードを完成させる！

黒井津は次こそブレイダーに勝つ為、再生怪人ヒュドラを開発するもこの怪人は、予算の都合で本来の機能を実装できていないのだった。ブレイダーは再生能力だけを頼りに何度も勝負を挑まれるヒュドラのしつこさに内心焦っていた。なんと、弁当店のバイトまでもう時間が無い!?　なんとかバイトに間に合ったブレイダーの前に現れたのはなんと黒井津の姿だった！

カミュラはアガスティア随一、規律の厳しさで知られる幹部。そのカミュラが持つ万能細胞に目をつけた黒井津はこの細胞を研究材料として狙っていた。ある日、黒井津がアイドルのコンサートに行くと見覚えのある人物の姿を見かける。一方、ヒーローに敗れた怪人たちが働くアガスティア系列の遊園地にて、視察に来たアカシック首領とウルフ。なんと、園内にライバル組織「ブラックロア」の怪人が紛れ込んでいるという事実を知る！

新機材の申請が通ったことに喜ぶ黒井津たち。だが喜ぶのも束の間、最後に稟議書へ幹部全員の決裁印を貰う必要があった。黒井津とウルフは手分けして幹部たちの基地へ向かったのだが、全員の決裁印を貰うことがどれだけ大変な事か身をもって知ることとなる。一方、前回の逆襲をするべくブラックロアのドクター峰円が恐るべき宇宙猫怪人エルバッキ―を従えアガスティア本部に強襲を仕掛けようと画策していた。どうなる、アガスティア！？

バレンタインデーのイベントに合わせ新怪人のプランに取りかかる黒井津だったが、女子力が低いことをアカシックに指摘されてしまう。強いチョコレート怪人を作るには女子力を高めるしかない！？　アカシック自らの指導のもと特訓する黒井津たち、果たして新怪人を生み出すことができるのか？　だが屈辱を晴らしにドクター峰円が、アガスティアに対して怪人の共同テストを持ちかけてくるのだった。

ある日、開発部主催の飲み会が開かれることになった。だが、幹部のカミュラが押し掛けたことで事態はややこしいことに。幹部のいる場で気の休まらない雰囲気の中、幹事の黒井津は何とか仕切ろうとするもののやがて上司の佐田巻博士と怪人の設計思想で口論になってしまう。怪人たちはそれぞれの立場の主張を巡らせ飲み会は益々、収拾のつかない状態になっていく。翌朝酔い潰れたウルフが目覚めるとそこは黒井津の部屋だった！？

アガスティアの新規戦闘員の募集に紛れ、魔法少女の二人組ピリアマギアが潜入していた。彼女たちの目的はアガスティアへの潜入調査。しかしそこに面接官として現れたのは幹部であるメギストスであった。一方黒井津は、ブレイダーに対して新怪人バンダースナッチを率いて戦いを仕掛け、あと一歩のところまでブレイダーを追いつめることに成功する。だが、その戦いのさなか突如ブレイダーに異変が起こる！

黒井津はブレイダーに対して水中戦を仕掛けるべく新たな作戦を模索していた。その作戦に対してアカシック首領は怪人たちによる海での水中実験を許可する。浜辺での適応テストを行う事となった黒井津たちだが、なぜかその場に幹部たちまでついて来る始末。遠泳、ビーチバレー、スイカ割りと様々なデータが揃い順調に進んでいた中、突如カノンが漏電してしまい海中に沈んでしまうトラブルが起きてしまう。

新たに開発された怪人マミーはその力でブレイダーを圧倒する。だがブレイダーにトドメを刺す寸前、町のモニターから流れるアイドルの歌声を聞いた途端に攻撃を止めてしまい突然姿を消してしまう。再び黒井津たちの前に姿を現したマミーは突然、黒井津にアイドルになりたいと申し出る。あまりのことに驚く黒井津たち。だがマミーはブレイダーとの戦闘用に特化した為、しゃべることができない怪人だったのだ。

アガスティア幹部たちの社員旅行に同行することとなった黒井津。普段は見ることの出来ない各幹部たちの性能調査になると興味津々の黒井津に対して一方的に翻弄される様子のウルフ。それぞれのスタイルで温泉を満喫する一同だがその様子を伺う者が侵入していた。その名も暗殺戦隊と名乗るヒーロー獣勇士の面々。アガスティアを一網打尽として自分たちの名を上げようと暗躍し、幹部たちに様々な戦いを仕掛けてくるのだが……。

新たなブレイダー打倒の開発に勤しむ黒井津の耳に突如アガスティアが外資系秘密結社ゼットアークの傘下に吸収される話が持ち上がる。そんなことを知る由もない怪人たちは変わらぬ日常を送っていた。だが突如現れた謎の敵に、アガスティアの面々も翻弄されていく。更に謎の敵はアガスティアだけでなくブラックロア含む日本各地の悪の組織とも戦闘を開始する。事態に戦慄する黒井津の前に、突如現れたブレイダー。その目的とは！？