在不远的近未来，人们生活的世界似乎没有什么变化。但事实上，世界各地都传出了源起于异生兽的诡异事件。为了暗中解决这些事件，人类成立了跨国联合性的组织TLT。而其中TLT日本分部的TLT-J中的实战部队“夜袭队”为了铲除异生兽而在不为人知的情况下持续着战斗。

孤门一辉是一名为了救人而选择就职救助队的青年。某日，突然有位谜一般的中年绅士现身在他的面前。这个人的出现大大改变了孤门的人生，孤门因此被选为“夜袭队”的队员。正当孤门对于自己的命运感到迷惑的同时，在他的面前突然出现了谜样的银色巨人。这位银色巨人正是奈克赛斯奥特曼。

被选为迎击从宇宙飞来的神秘生命体“异生兽”的“夜袭队”队员孤门一辉，为了能够进入状态而进行了严厉的训练。他握紧了大型枪，眼睛盯准了标靶。而他实际要面对的敌人是专门食人的“异生兽”，所以绝对不能有一点疏忽大意。但就当训练课程告一段落的同时，曾经袭击过孤门的那种“异生兽”再次出现在了人们的眼前。

有两名人类被“异生兽”威作人质。正当“夜袭队”的队员们苦思对策时，银色巨人再次出现并救出了人质。不知道这个谜般的巨人是不是同伴。就在这个时刻，奇特的事发生了，巨人的身体突然从银转红，接着巨人就和“异生兽”一起消失在队员们的视线中。

曾被巨人救过的孤门一直主张着巨人是同伴的说法。但是副队长却以“眼前所见的不一定就是真像”这点泼了孤门冷水。为了让孤门理解这句话真正的意义，副队长带着孤门前往了一个地方。

之前那只异生兽再次出现了，这次进化得更为强大。异生兽只要与强者对决过就能“吸收”对方的情况进而达到模仿并进化的目地。为了将潜伏在隧道内的异生兽歼灭，夜袭队进入了出击准备的状态。

被称为“预知者”的谜般美少年——吉良泽优作战参谋下达了作战配置的指示。身为最后一道防线的孤门在心中作下这新的决意。孤门、西条、吉良泽三人将各自心中对于巨人的想法收起来的同时，战斗的时刻立即到来。

在姬矢眼前出现了一位自由记者。这位知道姬矢过去的男人名为根来甚藏。拼命想隐瞒事实的姬矢，回想起灰暗的过去记忆。

另一方面在TLT基地里，关于奥特曼新的分析报告出炉了。奥特曼会在战斗的时候做出特殊的空间，并将敌人引入其中而战。孤门主张其举动是为了将战斗时对人类造成的灾害降低。但孤门提出的“奥特曼是人类盟友”这项意见却不被任何人接受。就在这个时候，新的异生兽出现了。

孤门开始找寻那位被他认定是奥特曼本体的男人。当孤门触碰到那已消失的石头般飞行物体时，“他”艰辛的记忆流入了孤门的心中。回响的枪声，四处逃窜的人们，在混乱中有一位少女发现自己并跑了过来。但是，这个少女的身影却和同时爆炸的声音同时消失在了这个世上。基于这段记忆，孤门开始找寻“他”到底是谁。

姬矢准，一位在战争中拼命拍下战争的真实的男人。从曾和姬矢在同一间新闻社工作的同事那儿，孤门得知了姬矢曾亲眼所见如梦般的故事。那是个伴随梦想而成长，不可思议的体验。

得到了新的异生兽潜伏在废工厂的地下的报告，夜袭队马上出动了。在那儿孤门发现了留在地基处的小女孩及一只小狗。同时姬矢也感知到异生兽的存在，就在准备变身为奥特曼战斗之时，突然有发光弹袭向姬矢，在散去的烟尘中有位姿态诡异的魔人出现了。

自称为“浮士德”的魔人，以自己所造出的“暗黑领域”打破奈克赛斯正在形成中的美塔领域并将奥特曼带入其中。并且因为这个空间所带来的电波障碍的影响，孤门等人无法探知异生兽的动向，也无法进行外界联络了。

逗留在有异生兽出没的废工场中的少女里奈，在孤门及西条的保护下奇迹般的生还了。但是为了救助里奈而违背命令单独行动的孤门，却被上级追究了责任。也因此孤门那“不能牺牲任何一人的生命”的使命感被驳斥为“毫无价值的理想”，孤门因而感到困惑。

在这样的事态中，孤门遇见了住院中的里奈小妹妹。但是里奈却一点都不记得有关孤门的事。在为此陷入混乱的孤门面前，“记忆警察”的领队“首藤沙耶”出现了。

比起救助少数的牺牲者，歼灭异生兽及消去被害人的相关记忆更为重要，了解了TLT的这个做法后，孤门开始苦恼并失去自信。对这时的孤门而言，心中唯一的支柱就只有身为恋人的莉子了。但邪恶的魔爪也正悄悄的接近莉子。孤门所无法想象的凄惨现实正在进行中。

孤门及副队长所搭乘的战斗机因故紧急迫降在山区。在那儿孤门发现了自己的恋人莉子。倒在孤门怀中的莉子手上握有刻有“沟吕木真也”的身份牌。副队长在看见这个名字后脸色大变，问莉子是否有见到名为“沟吕木”的男人。

为了歼灭异生兽“莱芙丽雅”，夜袭队再次进行称为“强击队形”的作战计划。“强击队形”是为了进入奈克赛斯所作出的美塔领域，三台铬金切斯特战斗机所进行的合体动作。孤门居然被指名为合体完成后的“强击切斯特”的射手。

副队长无法隐瞒对于行踪不定的“沟吕木”产生的心中阴影。另一方面孤门与其女友莉子的羁绊越来越深，逐渐产生了为其而战的决心。

可是就在这个时刻，孤门的“通讯器”传来了一段诡异的讯息——“你将失去你最重要的人”。为此孤门冲出了基地，直接朝向莉子所在之处而去。但在路上他却看到了意外的事情发生。

副队长终于与沟吕木再次碰面了。另一方面孤门的女友莉子从病院失踪了，从记忆警察那得知了关于她的惊人情报：早在半年前就因异生兽而身亡的四人家族，其中的女儿竟然就是莉子。而握有其事件关键的沟吕木真也的身份也将逐渐明朗。

因为女友莉子的身亡，队长认定孤门现在的状况不适合出任务，让他休假。孤门去了与莉子相识并常去的那个动物园散心，但失去莉子的伤痛却只是不断的加重，再怎么样也只能痛苦得不能自已。

孤门对于沟吕木所说的莉子是他所操纵的人偶一事感到绝望，他开始认真思考副队长所说的“将愤怒转化为力量”。就在这时异生兽出现。被害者是孤门之前在动物园遇到的幸福的四人家族，父母身亡两名孩子被当作人质带走了。

看着深感责任重大而心思混乱的孤门，沟吕木笑了，现身成为黑暗的巨人“暗黑梅菲斯特”。就在这时，沟吕木在孤门面前出现了。对于沟吕木所道出的“事实”，孤门感到气血翻腾。沟吕木以游刃有余的神情将这样的孤门给带进了暗黑领域去了。

孤门放着被异生兽“诺斯菲尔”劫持的少女不管，去攻击异生兽。少女的命虽然留了下来，但是他哥哥却说：“我一辈子都不会原谅你。”让孤门很是苦恼。

在这时，姬矢出现了。为了让孤门对过去和未来的生活有信心，姬矢开始向孤门谈起了自己的过去和自己和奥特曼的相遇。另一方面，姫矢原来的同事佐久田也来探察姫矢的底细。

孤门攻击异生兽失败后从现场消失，受到了夜袭队的追捕危机。根来出现在那里强行带孤门到自己的隐匿处，根来强迫孤门说出了自己的秘密，这时候沟木吕又出现了。

孤门解开了迷惑，选择了与异生兽作战的道路。那时候袭击孤门的就是由异生兽操纵的人类。无法战斗的孤门请求援助，西条就用麻醉枪射击。但是那个睡着的年轻人据说早就已经死了。

西条消失了，也许会以逃亡罪论处被消除记忆 。和仓确信沟木吕还在，因此违反命令带着孤门继续寻找。同行的孤门，从和仓那里听说了沟木吕的过去。沟木吕曾经是夜袭队的一员，是最优秀的“异生兽狙击手”。他和西条有着共同的资质，也因此产生了矛盾。在一年前的某时，他就变成了一个可怕的恶魔。

新的异生兽格鲁格来姆出现了，以半透明体出现的格鲁格来姆为了让自己具有受到奥特曼攻击以后就可以逃到别的空间的力量，必须制造一种新的空间，这样的话所在地居民就要成为人质。 一共180秒，在这期间夜袭队不知可否捕到异生兽格鲁格来姆。

根来终于拿到了因为格鲁格来姆牺牲的摄相师拍的照片，向社会公布了“格鲁格来姆出现”这一决定性证据。

另一方面，针对格鲁格来姆的异空间移动的特点开发了新战斗机“铬金切斯特德耳塔号”，能算出格鲁格来姆的位置，同时可以随着异空间移动进行追击。孤门坐进了这个新型机。奥特曼又出现了，正觉得终于可以抓到格鲁格来姆时，意外的事情发生了。

从危险的检查中保住一命的姬矢的身体已经不能再变身了。吉良泽警告说姬矢再变身会丧命的。就在那时侯，在郊外的地下沟里出现了异生兽。夜袭队出动了，不一会儿西条凪的通讯器里就收到了一条信息，这个是还是沟木吕发来的。

另一方面，发布爆炸性消息失败的根来和三个UFO专家接触起来，好象这三人掌握了异生兽事件研究的情报。

姬矢不管已经超出身体极限，继续变成奥特曼作战。这个行为意味着找死。担心着姬矢的佐久田，从沟吕木那里得到了事实的真相。

另一方面，吉良泽优解释了这次异生兽事件的原则，这次的事件接二连三的发生，仿佛隐藏着一个重要的暗号。

奥特曼战败了，被抓了起来，黑色的爬山虎张开盖满了奥特曼全身。奥特曼被黑色的爬山虎覆盖，当被这个东西覆满全身时，姬矢的生命就结束了。这是沟吕木为了夺得奥特曼之光的一个仪式。

夜袭队拼命的攻击对变身为黑暗梅菲斯特的沟吕木毫发未损。这个时候，在姬矢朦胧的意识中，引导姬矢走向光的少女萨拉出现了，萨拉开始和姬矢讲述光的意义。

孤门、西条凪和队长和仓被TLT的干部询问他们和姬矢的关系。虽然有要报告上级的义务，但是还是把和他接触的事隐瞒了。而且，孤门也了解了西条凪不为人知的过去。干部之间的讨论很热烈，他们听说原来在姬矢之前，还有一个能变身成为奥特曼的男子。

17岁的千树怜在游乐场工作，他天真无邪，是一个希望别人幸福的心地善良的少年。但是谁都不知道怜背负着许多奇异的命运。

一天，在怜的梦中，他在一个不可思议的遗迹中前行，一直走看到了一个巨人——奥特曼。另一方面，不和谐的传言又蔓延开了：怪物邦尼普吃人了。看到这一场景的人都成为出头鸟被消去了记忆。

新的奥特曼出现了。这个用敏捷的身姿和异生兽战斗的就是蓝色的奥特曼。

孤门在奥特曼消失后就开始在附近的山林搜索。附近的适能者就是变成奥特曼的人。但是孤门在那里见到的只是孤身一人的少年。跟在他后面的孤门在游乐园和少年接触过。孤门认为不可思议，但是少年怜和蓝色的奥特曼在同样的地方受了伤。

另一方面，记忆警察下达了监视怜的特别指令。负责人是野野宫瑞生，但是她不知不觉的被怜发现了。

怜知晓了记忆警察可以消除人们的记忆，同时记忆警察命令瑞生继续以朋友的身份监视怜。可是慢慢地，瑞生被纯粹向自己显示出好意的怜吸引了。另一方面，孤门继续搜查怜的身份，却发现了“普罗米修斯计划”。吉良说怜这个适能者超乎想象。

一个月以来，在野营的地方发生了数起失踪事件。不可思议的是，存活的人们都失去了被袭击的记忆。在这附近的山里面，出现了沟吕木。

另一方面，瑞生对过去不能挽回的错误感到后悔。她本来应该消去一个少女被异生兽袭击的记忆，可是她把所有的记忆全部消去了。那少女的名字是理子，她是一个父母被异生兽杀害，具有悲惨过去的少女。她连自己的名字也记不起来。一天，理子在出现异生兽的山麓里，和沟吕木见了面。

因“普罗米修斯计划”，被操纵遗传因子而诞生的新生儿怜不知道普通家族的幸福，一个人战斗着。孤门很担心怜，就去他工作的游乐园探望他。怜、孤门、瑞生和游乐园的伙伴们一起度过了快乐的时光，但是有人在暗中监视着他们，监视者丢下了储存芯片，隐藏了自己的行踪。孤门和瑞生调查了这个芯片，然后输入了怜的数据。在最后，出现了“拉斐尔”这个词。

无论怎么问怜，他都不肯说关于拉斐尔的问题。瑞生感受到了怜所背负的问题的沉重，对怎么保护怜感到苦恼。对怜的现状感到担心的孤门从吉良泽优那里听到了怜不为人知的过去。

另一方面，西条凪开始注意到了蓝色奥特曼的作战方法。在反复看了几遍作战的影象之后，她总觉得有些不对劲，不大协调。她发现了奥特曼的一个致命问题。

被TLT逮捕的沟吕木逃跑了。瑞生被沟吕木作为人质藏在森林里。虽然是运用黑暗的力量操控人类直到夺走人性命的沟吕木。而瑞生却不可思议地对他萌生了信任感。

孤门和西条凪紧追他们，但是把他杀了也解决不了问题。孤门这样想，抑制住了自己的愤怒的情绪，丢下了枪。这时突然在背后有子弹向沟吕木射来。向他射击的是看不见的敌人，是操纵未知的手的意外人物。

因为看不见的敌人——未知的手，TLT北美本部来了个检查官水原沙罗。听说她和普罗米修斯计划有着很大的关系，是开发特效药的人，因普罗米修斯之子存在的致命的弱点而终止开发。这个特效药的名字叫拉斐尔。孤门强烈的感受到了怜生命的短暂。在TLT的会议室，沙罗开始讲述了关于异生兽的情况。

夜袭队队员们刚开始知道从TLT北美本部来的检查官水原沙罗，知道了连自己的也要被处理了这个真相。5年前在新宿发生的大灾难，实际上是奥特曼和异生兽的首次战斗。事件发生后，TLT在全世界的人中开始搜查消除奥特曼和异生兽的情报，消除这段记忆。

当队员们对为什么要这么做提出疑问的时候，沙罗显出异生兽才有的恐怖的神态。在那个时候，怜在的地方又出现了异生兽，它的目的是抹杀奥特曼的存在。可是，怜的身体已经不可以在变身了。

怜的救命药“拉斐尔”终于完成了，不久就要送到日本。怜可以继续生存了，但是知道这个不久怜就被TLT抓了起来。孤门感到他们又要为了揭开奥特曼力量的秘密进行实验的危险性，就向大家说了救怜的方法。为了解放怜，夜袭队开始反对TLT。这个时候，异生兽梅加巴拉西又开始活动了，而且在人口集中的地区观测到了未知之手。

在未知之手的黑暗中，有什么在开始成长。由于这个力量，毁灭的异生兽复活合体，最强的异生兽出现了，它不久后可能会袭击市区。但是，怜已经没有力量战斗了。瑞生向怜表明了自己的想法，但已经快死的怜想到了瑞生的事，又有了点希望。

最强的异生兽伊兹马埃鲁在市区街道出现了。同时怜也收到了拉斐尔完成的消息。如果变身的话就会在给予拉斐尔之前死去，最终做出了选择。

未知的手终于现身了。所有的真相终于被揭开了。忘川、来访者，所有的谜现在都揭晓了。代替怜的光之继承者是西条凪。意外的悲剧导致了最后的决战，她变身为奈克赛斯奥特曼，与左右地球命运的未知之手的展开了直接的对决。光在最后做出了选择。

NEXUS，那是被继承着的光的纽带。