Goku despega en una nave construida por Bulma para encontrar las Bolas de Dragón negras. Pan se sube a la nave sin que nadie se dé cuenta, y despega dejando a su tío Goten en la Tierra.

Goku, Trunks y Pan, persiguen a los seres extraños que les quitaron la esfera de 6 estrellas, estos seres se llaman Donpara, Sonpara, y Bonpara. Ellos le tienden una trampa a Goku y sus amigos, y llegan a un planeta ocupado por Moomas, quedando atrapados ahí.

Pan y los hermanos Para-Para, no se conforman con quedarse sentados dentro del monstruo Lurd, así que fuerzan a Dolltaki a revelar el secreto para escapar de ese mecanismo de prisión. Mientras tanto Goku hace su mejor esfuerzo para combatir a ese monstruo.

Goku deberá lidiar con Vegeta, Gohan, Trunks, Goten y Bra, que se encuentran bajo el control de Baby, así que Goku se transforma en Super Saiyajin Fase 3, pero ni con eso puede con Baby-Vegeta (y eso que éste ni utilizó su máximo poder). Baby decide mostrarle todo su poder a Goku antes de que lo mate y con ayuda de sus esclavos, es transformado en un poderoso ser.

Goku sufre una nueva transformación ante los ojos de su nieta Pan. Transformación que el Supremo Kaiosama llama Súper Saiyajin 4. Goku va en búsqueda de Baby para derrotarlo de una vez por todas y le muestra sus increíbles nuevos poderes. Más cuando Goku está a punto de vencer, Bulma (quien aún está poseída) utiliza una de sus invenciones para darle los mismos poderes que recibió Goku a Baby-Vegeta, convirtiéndolo en un gran mono. Según el Supremo Kaiosama, este gran mono se sentirá satisfecho sólo después de destruir todo lo que este a su alcance y es poco probable que Goku pueda vencerlo.

Goku y sus amigos deciden trasladar a todos los habitantes de la tierra al planeta Tsufur, ante la inminente destrucción a tan sólo dos semanas. Por su parte, Piccolo llega a la conclusión de que mientras esas esferas existan el peligro puede seguir presentándose, por lo que es preferible que desaparezcan a permanecer encerradas. Así que ni bien las esferas aparecieron en la tierra para hacerla explotar, Piccolo aprovechó en hacer estallar todo, sacrificándose con el fin de destruir por fin las esferas más peligrosas. Desde luego, todos están a salvo, pero la pérdida de Piccolo es muy dolorosa, en especial para Gohan quien era como un hijo para Piccolo. Los habitantes del planeta tierra tenían mucho que recuperar, así que Dende utilizó las esferas del dragón del planeta Namek para lograrlo. Por fin podía respirarse paz en el nuevo planeta Tierra.

Por la cantidad de energía negativa que las esferas fueron acumulando a través de los años, a medida que se pedían deseos con demasiada frecuencia, llegaron a afectarlas. Lo peor, es que toda esa energía negativa se descargó dando origen a un nuevo dragón con energías malignas, que no tardó en robarle las esferas a Goku y los demás. Nacen los Dragones Oscuros y desastres de distinto tipo ocurren por todo el mundo. La única forma de recuperarlas es venciendo a diferentes dragones malignos, por lo que Goku y Pan empiezan la búsqueda con la ayuda de Giru. El primero en ser hallado parece ser un dragón débil y fácil de vencer, pero aún deberán averiguarlo al intentar arrebatarle la primera esfera.

Goku intenta rescatar a Pan, que ha sido poseída por el dragón de siete estrellas. Pan le pide que se olvide de ella y que derrote al dragón antes de que destruya toda la ciudad. Más en un ingenioso plan, convencen al dragón de que permita a Goku ver el rostro de su nieta por última vez. Cuando el dragón libera a Pan por un instante, Goku logra extraerla por completo del cuerpo del enemigo. Ahora nada le impide vencerlo sin remordimiento alguno

Como el dragón de una estrella muestra sus enormes poderes, dejando casi indefenso a Goku, el cual estuvo a punto de ser derrotado, a no ser por que sus amigos aparecieron en su ayuda. Mientras Uub se enfrentaba al poderoso dragón, Gohan, Goten y Trunks decidieron darle toda su energía Sayajin a Goku. Gracias a ésta energía Goku pudo superar los poderes del Super Sayajin 4 y enfrentar al dragón de una estrella con un Kame Hame Ha más fuerte. Pensaron que al fin habían derrotado a su enemigo, pero el dragón maligno absorbió las otras esferas de dragón recuperando así todos los poderes de la energía negativa en ellas. Ahora está dispuesto a mostrar de lo que es capaz e incluso acabar con la tierra.