迎来新学期的前一天，万丈目把因为白色结社而涂白的校舍涂回了蓝色。另一方面，十代回忆了到斋王战为止的和NEOS一起战斗的日子。在爱德战中败北，卡片全部变成了雪白的现象的经历，遇到了新空间人，得到了新空间NEOS的卡，再次和爱德一决胜负、并和爱德结成组合和美寿知的决斗。

决斗学院的新学期开始了。决斗学院招待了学校的冠军(阿蒙)、(奥布赖恩)、(鳄鱼)、(教授·眼镜蛇)和「谜の男」(迷之男)为留学生，他们成为了新的同伴。另一方面，有少年能看到十代校舍屋上的精灵。那个少年就是「谜の男」约翰。眼镜蛇提议进行公开决斗。那个决斗就是十代VS约翰。约翰是使用很珍稀的怪兽宝玉兽的决斗者。

约翰接连召唤出宝玉兽(紫晶猫)、(黄玉虎)。十代使用新空间的弗雷亚·星拉贝和混沌接触融合出(火焰新生侠)对抗。约翰破坏了十代的场地魔法，使出新的地形魔法、发动了」(虹之古代都市・彩虹废墟)，新空间人回到了卡组。看到了这些精湛攻势的爱德，开始说起和约翰、宝玉兽不为人知的关系。

教授·眼镜蛇宣言举行使用能公开实力的系统的显示器(Disclosure Duel/注)。全校学生都装着能测定决斗者热情、集中力、决断力和决斗心的决斗腰带。眼镜蛇命令奥布赖恩和十代决斗。那个作战将会使十代使出全部的潜在能力。作战开始实行，奥布赖恩用翔作为人质和十代决斗。

奥布赖恩把翔作为人质彻底激发十代的潜能。十代如奥布赖恩所想的那样认真地接受了决斗，迎战炎卡组。奥布赖恩对十代的直接攻击发动了永续陷阱(火焰之壁)，使直接攻击无效化。另一方面，十代使用新生侠和火焰甲虫进行接触融合，融合出火焰新生侠进行了反击……

吉姆·鳄鱼发现决斗学校出现了强力的电磁波。吉姆和十代、约翰、翔、剑山一起到森林里面调查。突然发生了强烈的电磁波，鳄鱼的「卡伦」向剑山发出了袭击。同时剑山野因为受到电磁波影响失去自我地袭击吉姆。剑山和吉姆决斗了。面对剑山本能般地召唤强力恐龙，吉姆使出了魔法卡化石融合，召唤出了化石龙。

眼镜蛇发现了阿蒙调查自己身边的事情。于是眼镜蛇催促阿蒙进行死亡决斗。阿蒙也发现自己的行动可能已经被察觉并且目标是自己、有计划地进行着。另一方面，万丈目也注意到了阿蒙，调查了他的资料。结果查出阿蒙是加拉姆财团的长子，知道此事后万丈目对阿蒙提出了决斗。阿蒙使用云之卡组对万丈目作出了攻击。

万丈目召唤出了VWXYZ-神龙弹射炮，对阿蒙展开了怒涛般的攻势。不过，面对此攻势阿蒙露出了绰绰有余的笑容。并且展开了反击。翻开2张覆盖卡(暴风雨)和(自然灾害)使万丈目受到了伤害。迎战的万丈目被阿蒙的连续攻击逼入了劣势。但是，万丈目使出了(扰乱三角闪电)做出了反击……

死亡决斗中出现了大量的伤者，确信这样的事情和眼镜蛇教授绝对有关系的十代，秘密潜入了眼镜蛇的研究设置SAL。在里面发现了连接到地下的电梯，于是乎十代他们便到了SAL的地底、分头打探眼镜蛇的事情。在里面十代遇见了佐藤先生。佐藤说出“如果不在打倒我通向眼镜蛇的门是不会打开的”的话。十代便和佐藤决斗了。佐藤召唤了能把攻击的对象变为我方怪兽的(疮痂·骷髅骑士)。面对攻击十代的爆炎女郎，十代会……

佐藤通过滑雪夜的效果把爆炎女郎和天空蜂鸟变为我方怪兽、并对十代攻击。另一方面十代融合召唤出水手侠对佐藤直接攻击。通过监视器看到这个决斗的眼镜蛇，告知十代这个决斗是一个圈套。圈套就是明日香作为人质，当作藤受到攻击，关闭明日香的密室的水位就会上涨。面对不能攻击的十代，佐藤毫不留情的展开了攻击。

眼镜蛇教授派出第2个刺客前往去找十代。那个刺客就是能看到精灵的(基斯)。他抓了宝玉兽蓝宝石比萨斯，强行要求决斗。代替体力消耗过多的十代，约翰和基斯决斗。约翰和基斯的决斗开始了。基斯发动了捕抓怪兽的反击陷阱(狩猎网)，捕获了紫晶猫。想要救助宝玉兽的约翰，面前是陷阱在等待着他。

基斯用各种各样的陷阱捕抓宝玉兽。并召唤了地狱之番犬，向约翰攻击。对基斯的卑鄙决斗感觉愤怒的约翰开始了反击。约翰预计基斯的陷阱战术，使用更高明的战术召唤出了黄玉虎、翡翠龟攻击。被追击入困境的基斯，抓住约翰的弱点，制止了约翰的攻击。面对不出手的约翰，基斯发动永续魔法(代替的伤疼)，给与了伤害。

击败了眼镜蛇教授的刺客的十代和约翰会合了明日香和基姆等伙伴一起去找眼镜蛇教授。另一方面，单独前往去找眼镜蛇教授的阿蒙，比十代先到达眼镜蛇教授的地方，被告知“他们没来”。而在赶往的十代等人，因为电子防御装置发生短路、墙壁不断逼近，在无路可走之时，奥布赖恩出现了并用双肩顶住墙壁。在奥布赖恩的帮助下十代到达了眼镜蛇教授的所在之处。和眼镜蛇教授的决斗开始了。

科布拉斯发动了场魔法“威诺姆·斯图普”，对十代召唤的怪物毒害，降低攻击力，破坏。对的十代，融合了苏格曼和边缘人，召唤新的英雄“等离子者”。破坏了“威诺姆·斯内克”。但是，科布拉使用拖拉卡的效果召唤了两个怪物。继续进行毒攻。而且，两个怪物的攻击被召唤到“毒蛇王Vonamon”，破坏了“等离子·维斯曼”。

十代无法如自己计划的那样攻击眼镜蛇教授的「毒蛇王ヴェノミノン」。但抽到了(奇迹融合)，十代召唤了荒野剑齿人，终于破坏了毒蛇王。被破坏了毒蛇王的眼镜蛇教授发动陷阱卡「毒蛇神降临」，召唤」(毒蛇神 维诺米纳加)。毒蛇神的攻击使十代受到了伤害，这个伤害也使毒蛇神发动了效果，3回合后毒将会偏布全身，决斗败北。十代仍不放弃、融合闪电侠和死灵黑侠，召唤（暗耀侠)，攻击眼镜蛇教授……

和眼镜蛇教授死斗后昏迷过去的十代醒来后发现的是……沙漠。在那片沙漠中只有决斗学院的校舍，情况很异常。熟悉地质学的吉姆告诉大家决斗学院进入了异世界了。在这个异常事态之下决斗学院的学生混乱起来了。还有更大的危机。在这世界会遭到实体化怪兽的袭击。约翰与袭来的神鹰女郎对峙。

早乙女礼因为某人受到重伤。为了得到治疗礼的药，十代去找三泽看到的潜水艇。潜水艇的在需要越过沙漠的地方。在那里泰坦在十代的面前实体化了，阻止了他们的前进。泰坦VS约翰的决斗开始。(沙漠狮蚁)实体化，面对攻击，约翰让宝玉兽对抗。在沙漠中召唤出了强大怪兽的泰坦，让约翰陷入了苦战。

在潜水艇得到药的十代赶回去决斗学院。另一方面，在为保护学院而警备的万丈目那边来了几个很怪的学生，并提出「来决斗吧～」的决斗请求。万丈目决斗了，然后一个接着一个地提出决斗请求……回到学院的十代发现本该在警备的学生不见了而感到奇怪，此时出现了奇怪的学生带着「来决斗吧～」的请求。察觉到学院奇怪状况的十代会……

学院内的腐尸学生不断增殖。想到礼因为重伤而休息所处的保健室可能会被占领，十代担心了。大家协力的冲向了保健室。途中还好几次和腐尸学生相遇，十代和约翰终于到达了保健室。在那里等候的，是已经腐尸化的鮎川先生。鮎川阻止给礼喂药。十代决定与鮎川决斗。鮎川先生召唤出了(堕天使护士-丽菲库鲁)，给与十代恢复生命……

十代陷入了学院内有腐尸学生徘徊，外面有实体化的怪兽的危险境地。尽管如此还是要保护剩下的学生，并且制作路障强化保护。但是在此情况下因为耐不住肚饿的原田、寺冈、山中逃走了变得下落不明。马丁被十代叫去寻找失踪的学生。十代也想用已经占据的发电厂地区交换食品仓库。在那个区域的决斗对手是「笑」「无表情」「怒」的3个假面学生。和他们对决的奥布赖恩、约翰、吉姆……

约翰VS「无表情」假面、奥布赖恩VS「笑」假面、吉姆VS「怒」假面的决斗在食品仓库继续。约翰被「无表情」假面的「沈黙の虚构」慢慢逼进了困境，吉姆不断被、（怒之链锚骑士)削弱基本分。奥布赖恩冷静的进行决斗，把握了决斗中的诱导，一口气决出了胜负。约翰、吉姆听到了奥布赖恩关于「诱导」的事情，应战也开始逆转了。另一方面，拿破仑教头因为担心马丁而去礼那里叫十代跟上找回马丁。

十代追赶往着三幻魔封印之地走的马丁。但，挡在十代面前的是已经腐尸化的万丈目。面对不会让路的万丈目，十代决斗了。万丈目召唤出了(复活腐尸)和(血魔)袭向十代。另一方面，约翰等人的决斗是诱导，而学生们知道了有食品的地方就一拥而入，结果遭到腐尸学生的袭击，全部被腐尸化。在那样的情况下，奥布赖恩似乎在发电厂区域听到了什么人的通信。

鲛岛校长和帕伽索斯发现了(虹龙)的石板，并前去那个现场。得到了三幻魔的马丁，对阿蒙作出了挑衅、提出了决斗。阿蒙的信心有所动摇，在调整了心态后应战了。马丁使用(疯狂装载者)守备表示召唤，阿蒙召唤了攻击力3000的(云魔物 －台风之眼)，对马丁造成了3000的伤害。马丁面对这种攻击绰绰有余。另一方面，约翰为了领取(虹龙)的卡片而前去了其所在地的设施。

要得到虹龙)必须要有很强大的决斗能量。在那里地狱凯撒亮和约翰的决斗开始了。亮在最初的回合已经召唤了(嵌合超载龙)，并且再发动装备魔法(未来融合)，2回合后召唤(电子终结龙)。约翰使用紫晶猫直接攻击，亮并没有动摇，更召唤出了(暗黑电子龙)。

马丁以腐尸学生作为人质威胁十代决斗。十代和马丁决斗了。十代在警戒马丁的三幻魔的情况下开始了决斗。马丁召唤了攻击力0的(混沌之核)并放置了1张卡就结束了回合。十代一口气召唤了E·HERO。另一方面，约翰和奥布赖恩在收有虹龙的密封舱落下的沙漠探索……

十代和得到了虹龙回来的约翰交换，继续和马丁决斗。不介意不利条件的马丁召唤出了（幻魔皇 拉比艾尔)、(降雷皇 哈蒙)、(神炎皇 尤利亚)。约翰作为对抗，把自己场上·墓地的宝玉兽集齐，召唤出了虹龙。三幻魔VS虹龙，胜利将偏向哪一方……

借助虹龙的力量十代一群人平安地回到了现实世界。但是，却发现约翰没有回来。知道这次的事件的元凶是青年的卡的十代觉得自己有责任，于是乎回去找约翰。另一方面明日香从鲛岛校长的口中得知青年的卡和十代的关系。同时，三泽和博士感觉到决斗校园再次出现了异变。

为了找回约翰，十代从决斗校园出现的回荡再次回到了异次元的世界。但是，回到的世界和以前的不一样了。为了救出约翰而单独行动的十代，在地下迷宫迷路了。察觉了十代不见了的奥布赖恩和三泽也出现在地下迷宫中。タニヤ出现在地下迷宫合流了的十代他们面前，一起走出迷宫。在离开时遭遇了守护地下迷宫的鸟人，十代和之决斗。这个世界的决斗是真正的赌上生死的决斗。

从地下迷宫脱出，十代他们从出口的门到了下一个世界。那个世界是由像欧洲中世纪风格的石道和石建筑组成的。但是，镇上面没有人，像是被什么人袭击过一样荒废着。那个时候，一个叫做カイル的少年被暗黑界的斥候滑车袭击。为了保护少年十代决斗了。十代VS滑车的决斗。滑车召唤出了(恶魔士兵)，而十代则召唤闪电巨人进行连续攻击。明日香对十代充满气魄的决斗感到惊讶。

得到据说有人看到约翰的情报，十代一个人去了那个地方。留下来的明日香等人不知所措结果也跟着十代一起去。另一方面保护着卡尔的戦士(费雷德)觉得十代前往暗黑界的地方是一个好时机于是乎把居民移到避难所。认为约翰也在避难所的十代，面前等待他的是黑暗界的骑士苏尔。知道这是陷阱的十代接受了挑战。十代把新生侠与光辉青苔人接触融合召唤光辉新生侠攻击卡尔同时魔爪也伸向了跟随十代的明日香他们……

得到了地图和(音速鸭)的十代一个人先去了下个目的地的城堡。另一方面，明日香等人一边不理解十代的先行行动而继续跟随着十代。明日香、万丈目、吹雪、剑山等人遭到黑暗界的狂王罗恩手下武神和军神礼帽的袭击。先行到达的十代进入了城堡。在那里等待的是布隆。十代和布隆的决斗开始了。布隆召唤了黑暗界的猎人兄弟，并发动了永続魔法「邪心経典」。

（续）狂王发动了永续魔法「邪心経典」，并且发动了速攻魔法「邪心教义・怒」让人质中的万丈目变成了光之粒子消失了。如果十代继续攻击的话，作为人质的明日香、剑山、吹雪将会牺牲，十代不能攻击了。被逼进了绝境并且不能攻击。只好把羽翼侠守备表示召唤。狂王发动了永续陷阱（暗黑分裂)，在十代场上召唤了2只(黑暗衍生物)。另一方面，翔得到吉姆和奥布赖恩的帮助逃离了武神、军神的威胁，前往十代那里。

剑山、吹雪、明日香相继变成了光之粒子消失，翔看到十代面对此情况仍然抱着求胜的心态而不顾朋友去决斗的做法开始产生了疑问。之后，打算忘记十代而一个人离开的翔发现了溺水的扰乱黄，并提供了帮助。那个正是万丈目的扰乱黄。从扰乱黄的口中得知万丈目最后情况的翔对十代的疑惑更大了，并且把决斗盘投入了山谷中。就在此时恶魔铲土虫出现在翔和扰乱黄的面前并袭击过了。

吉姆和奥布赖恩寻找失踪的十代。途中他们帮助了被橄榄战斗员袭击的老人和少年。从老人处得知有霸王军狩猎决斗者的事情。吉姆他们暂时前往老人和少年的村子。那个村子也被霸王军袭击了，绝対防御将军巴基迪正守护着村子。从巴基迪处知道了霸王军的情报，吉姆他们前往十代可能所在的霸王城。

霸王的真正身份是……十代。吉姆和奥布赖恩都大吃一惊。吉姆对霸王十代大喊“为什么！”，霸王十代也不给出任何回复。吉姆和奥布赖恩暂时逃离了那个地方。吉姆对奥布赖恩说出了自己右眼失明的秘密。小时候为了救鳄鱼卡莲而失去了右眼。之后右眼装上了当拯救无可替代的朋友时会出现奇迹的(奥利哈钢之眼)。当代表着不吉的红色彗星飞来的时候就是用这只（奥利哈钢之眼）拯救十代的时刻。下定了决心的吉姆向霸王十代提出决斗。

霸王十代召唤了(Evil Hero Malicious Edge/邪心英雄 恶意之刃)，对吉姆展开了强烈的攻击。另一方面吉姆召唤了(乌露露之守护者)展开防守。进一步攻击的霸王十代召唤「E－HERO(邪心英雄 地狱胜利者)展开追击。接近濒死的吉姆继续站立着坚持决斗。为了在霸王十代中找出以前的十代，吉姆使用了(奥利哈钢之眼)。

地狱凯撒亮和爱德搜索十代的下落。从葛布林士兵口中打听到霸王十代的事情，前往了霸王城。另一方面，因为霸王十代的强大而感到恐惧的奥布赖恩逃跑了躲入了废墟。奥布赖恩手中仍然拿着吉姆的奥利哈钢之眼。无法战胜恐惧心的奥布赖恩丢下了决斗盘离开了。翔看到了这个样子的奥布赖恩。在森林中出现在彷徨的奥布赖恩面前的是(海神之巫女)与「(舞蹈妖精)。她们问奥布赖恩「你就是挑战霸王的勇者么」。

识破（骷髅主教)的叛变阴谋的奥布赖恩提出了决斗分胜负。奥布赖恩召唤了火山利刃慢慢削弱对方的LP。斯科比发动了仪式魔法·合成魔术，召唤了(人狼)。被人狼的攻击和效果追击至剩下100LP的奥布赖恩召唤了王牌卡「(火山恶魔)，战胜了斯科比。看到了这场决斗的村民都请求奥布赖恩以领导者的身份守护城市。同时，霸王军以城市为目的地进军了。

进入了霸王城的奥布赖恩和霸王十代的决斗开始了。霸王十代发动暗黑融合，召唤(荒野旋风)进行攻击。另一方面奥布赖恩发动永续魔法火炎加农炮-三叉戟式进行对抗，十代召唤(地狱狙击者)继续进行追击。在决斗中，吉姆托付的奥利哈钢之眼发出光辉，映射出了霸王真正的姿态。奥布赖恩开始进行反击。召唤了火山恶魔，追击十代。

经过和奥布赖恩的决斗，霸王十代变回了以前的十代。十代因为霸王身份时的决斗而发起了高烧倒下了。看护中的爱德和亮发现了同样来到了这个次元世界而被怪兽袭击的克罗诺斯教员和艾珂。爱德发现了艾珂掉落的饰品，发现了饰品里面的阿蒙的照片。亮·爱德·克罗诺斯·艾珂他们对话的地方突然起了雾。雾散去后发现到了另一个地方，而「阿蒙」正站在那里。

爱德VS阿蒙。阿蒙的决斗战略是以解放被封印的练习进行手卡补充的战术。爱德注意到了此事发动了限制只能最多4张手卡的(力量之四)。始踪想得到艾克佐迪亚的阿蒙发动了「究极封印解放仪式术」，作为祭品。并且召唤出了究极封印神(究级封印神艾克佐迪奥斯)。艾克佐迪奥斯每次攻击都要把名字带有「封印されし」的卡送去墓地。另一方面爱德也把圆盘人·钻石人·阴湿人作为祭品召唤出了教义人。

十代失去了战败给阿蒙的爱德。失去了继续战斗的气力，只求见到约翰，稍微前进已经竭尽全力。见到这样的十代，亮说“就在这里和我决斗吧”强行要求决斗。十代被逼决斗。但是和平时的样子不一样。面对亮的怒涛的攻击十代也只是敷衍了事的应对。然后亮发现十代已经不能够再使用融合之卡。在不能使用融合的十代面前，(守护者巴奥)出现并提出决斗。

巴奥知道十代不能够再使用「融合」的卡而提出决斗。发动(等级包围网-重力增幅-)，让等级4以下的怪兽不能进行攻击，把十代逼入绝境。这场决斗的进行中三泽和タニヤ(塔尼娅)跟大家会合了，并鼓励十代。十代想尽办法，但是以往的「融合」卡现在无法使用了。另一方面，亮因为地下决斗的影响患了心脏病。在他面前「约翰」出现了。打算给以前超越次元的决斗画上句号的亮向约翰提出了决斗。

亮VS约翰。亮使用电子龙对约翰进行2连打，但约翰也发动陷阱卡彩虹的去向进行攻击封锁。并且，约翰特殊召唤出了究极宝玉神(究级宝玉神 虹黑龙)，向亮进行攻击。被逼入绝境的亮召唤电子镭射龙进行反击，也被虹黑龙的效果破坏和无效。但是亮并没有放弃，展开只顾以破坏虹黑龙为目标的决斗。

和亮的决斗消耗过多体力的约翰暂时在十代面前消失，回到(休伯特)城。但是，在最上层的宝座等待着他的是得到了艾克佐迪亚的阿蒙。为了证明自己才是王，阿蒙对约翰做出了决斗挑战。阿蒙VS约翰的决斗开始了。约翰第一回合就召唤了降雷皇哈蒙，并且发动针对艾克佐迪亚战术的手札団杀。阿蒙召唤了艾克佐迪奥斯对抗。另一方面，十代在看过亮的决斗、并且在三泽的鼓励下，重新下定了决心，前往约翰所在的地方。

继续阿蒙VS约翰的决斗。约翰把三幻魔融合成究极的幻魔(亚米泰勒)，并封住了阿蒙艾克佐迪亚的召唤。但是阿蒙没有被动摇，发动场地魔法(雾之王城)，召唤(雾之王)，反击消灭了亚米泰勒。另一方面，寻找约翰的十代终于到达了休伯特城。在那里他看到的是……

十代终于到达战胜了阿蒙并恢复了体力的约翰面前。为了从附身约翰的休伯特手中救出约翰，相信「决斗之力」并展开了决斗盘。十代VS约翰（休伯特）的决斗。约翰召唤出了(高等宝玉兽 蓝钴鹰)。另一方面，十代抽到了融合的卡。下定决心发动「融合」召唤出了火炎翼人并攻击，但约翰使用（高等黑暗)的效果让攻击无效。

继续十代VS约翰的决斗。约翰召唤了究级宝玉神虹黑龙，破坏了新生侠。十代虽然被逼入绝境，但是不断想着一切办法反击。在决斗中，十代从宝玉兽们口中得知，约翰之魂在虹黑龙中，变回原来的虹龙就能救出约翰。于是，召唤了水之海豚、天空蜂鸟、新生侠，用究极的三重接触融合召唤出(风暴新生侠)。

为了救出约翰，十代用「超融合的卡」把虹龙与新生侠融合，召唤出（彩虹新生侠)。虽然安全地救出约翰，但是「超融合的卡」却落入休伯特手中。然后，最后的胜负，十代和休伯特的决斗。约翰把宝玉兽托付给了十代。另一方面，翔也因为跟着十代来到休伯特这里成为这场决斗的唯一目击者。跟休伯特的决斗终于开始了，休伯特召唤了(纳祭之莲)。

十代VS休伯特决斗继续。休伯特把自己召唤上场。对休伯特的攻击会全部变成对对方玩家的伤害，十代陷入苦战。心意已决的十代让已经在自己心内死去的「霸王十代」苏醒了过来，与休伯特对峙。十代用新空间侠们的力量攻击休伯特，休伯特也用陷阱卡(零洞)、(憎恨破坏光)的效果来对抗。在那决斗中，休伯特念起了咒文。然后……

十代使用约翰托付的宝玉兽卡，召唤了彩虹新生侠，并装备(虹之衣)，向休伯特攻击。另一方面休伯特变为第二形态，发动(魔物玫瑰)防御伤害。再发动(魔法旋风)破坏了虹之衣，对十代进行反击。只剩下很少LP的十代用墓地的(死灵卫士)的效果总算勉强撑了过去。在那一进一退的持续攻防战之中，休伯特终于进化成为了究极形态(休伯特/极度悲哀之龙)。

万丈目、明日香、剑山、翔、吹雪、克罗诺斯、奥布赖恩、吉姆、约翰回到了决斗学园。但是在他们之中没有十代的身影。之后，一周过去了，红宿舍的食堂被挂上了包括与十代一样没回来的三泽、亮和十代3人的照片，看着十代的照片万丈目想起初次和十代决斗时候的事。看着如此深深感概的万丈目，翔坚信十代一定会回来。