Jaden Yuki est sur le point de se rendre aux examens d'entrée de la Duel Academy lorsqu'il tombe sur Yugi Muto , qui lui remet une carte spéciale, le Kuriboh ailé. Jaden se précipite aux examens, mais arrive en retard. Il a une dernière chance d'entrer dans l'académie, mais doit d'abord battre le professeur Crowler en duel. Crowler joue son meilleur monstre, le puissant Ancient Gear Golem, mais Jaden peut vaincre grâce à son nouveau partenaire, Winged Kuriboh, et à la puissance de son deck Elémental Hero.

Jaden arrive à Duel Academy et est placé dans le dortoir du Slifer Red, où sont envoyés les abandons, les fainéants et les duellistes pauvres. Il reste dans un dortoir avec ses nouveaux amis Syrus Truesdale et Chumley Huffington. Jaden ne tarde pas à s'attirer des ennuis - Chazz Princeton, un élève de l'Obélisque Bleu, le met au défi de lui proposer de se battre en duel. Il veut savoir si Jaden a battu Crowler par un talent ou une chance stupide.

Crowler est déterminé à se venger de Jaden et à l'expulser de l'école. Il laisse une fausse lettre d’amour prétendant provenir d’Alexis afin de pouvoir sortir Jaden de son dortoir après des heures et ainsi avoir une raison de se débarrasser de lui. Syrus trouve la lettre à la place et Jaden finit par devoir sauver son ami des filles bleues de l'obélisque en affrontant la reine du dortoir bleu, Alexis Rhodes.

Jaden a trop dormi et est en retard pour un examen. Chazz ne croit toujours pas qu'un tel fainéant a pu battre Crowler. Chazz et Jaden s'affrontent à nouveau en duel, mais cette fois, Chazz dispose d'un arsenal de nouvelles cartes rares et puissantes, grâce à Crowler. Mais Jaden a aussi une nouvelle carte - Transcendent Wings, qui a le pouvoir de transformer son Kuriboh ailé en un puissant Kuriboh ailé de niveau 10 et de gagner! Jaden est capable de promouvoir Ra Jaune, mais refuse et décide de rester dans Slifer Red, au grand bonheur de Syrus.

La nuit, Jaden et ses amis racontent à tour de rôle des histoires de fantômes. Le professeur Banner se joint à eux et raconte une histoire sur les jeux de l'ombre et un quatrième dortoir abandonné à l'Académie. Jaden, Syrus et Chumley vont voir si son histoire est vraie ou pas, et ils rencontrent Alexis. Elle cherche son frère qui a disparu dans cette région. Les quatre d'entre eux entrent dans le dortoir abandonné, et Alexis est capturé par un homme nommé Titan qui prétend être un duelliste de l'ombre et est embauché par Crowler pour se débarrasser de Jaden après avoir entendu Jaden se rendre au dortoir abandonné. Jaden se bat contre lui pour libérer Alexis, mais n'a pas beaucoup de chance.

Kuriboh ailé est capable de briser l'illusion de Titan et de dissiper son faux Shadow Game quand il semblerait que ce soit fini pour Jaden. Jaden et Titan sont ensuite entraînés dans un véritable jeu d'ombres et Titan devient possédé par les esprits du dortoir pour continuer le duel, mais Jaden est capable de gagner avec l'aide de Winged Kuriboh. Il est capable de sauver Alexis et ils s'échappent avec Syrus et Chumley mais Titan reste dans le royaume des ombres. Jaden a également promis d'aider Alexis à retrouver son frère disparu, qui a disparu dans le dortoir abandonné.

Jaden et Syrus sont à nouveau en difficulté pour avoir quitté leur chambre après des heures et pénétré dans le dortoir interdit. Ils seront expulsés de l'Académie à moins de pouvoir gagner un duel par équipe, comme prévu par le comité d'école. Syrus et Jaden vont s'entraîner l'un contre l'autre avant leur grand duel. Au dernier coup de leur duel d'entraînement, Syrus dessine Power Bond, mais refuse de le jouer parce que son frère lui avait dit qu'il n'était pas un duelliste assez puissant et qu'il ne méritait pas son pouvoir.

Syrus envisage de quitter l'école à cause des propos de son frère. Jaden a pitié de lui et va se battre en duel contre le frère de Syrus, Zane Truesdale, un Obélisque Bleu et le meilleur duelliste de l'école. Cependant, le puissant jeu de cartes Cyber ​​Dragon de Zane s'avère trop difficile à gérer pour Jaden, et il perd le duel. Malgré sa défaite, Jaden garde une attitude positive et dit s’être amusé en duel, ce qui rassure également Syrus.

Le père de Chumley croit qu'il est un duelliste pauvre à cause de ses notes et veut qu'il quitte Duel Academy pour l'aider à gérer l'entreprise familiale. Jaden et Syrus ne veulent pas que leur ami parte, alors le père de Chumley passe un marché avec lui - si Chumley peut le battre en duel, il peut rester à l'Académie. Chumley perd, mais son père a vu son grand esprit et lui permet de rester quand même fierté.

Le jour du duel tag entre Jaden et Syrus est arrivé. Ils doivent se battre en duel contre les duellistes professionnels, les frères Paradox. Le duel commence. Syrus est en train de perdre confiance en lui et craint de faire perdre le duel à Jaden. Il devient de plus en plus inquiet lorsque les frères Paradox invoquent leur plus puissant monstre, le gardien de la porte. Jaden, cependant, passe un bon moment comme d'habitude et dit à Syrus de se remonter le moral. Mais ça ne leur va pas.

Le duel entre Jaden, Syrus et les frères Paradox se poursuit. Alexis et Chumley craignent que leurs amis ne puissent pas gagner. Chazz, quant à lui, a hâte de voir Jaden se faire écraser. Jaden et Syrus se font battre, mais Jaden n’a pas encore perdu espoir. Voyant cela, Syrus est motivé et est capable de détruire Gate Guardian et éventuellement de gagner le duel avec Power Bond - prouvant à son frère qu'il est un duelliste fort. En gagnant le duel, les garçons peuvent rester à l'académie, à la grande consternation de Chazz et Crowler.

Crowler reproche à Chazz d'avoir perdu contre Jaden. Si Chazz veut conserver son poste dans Obelisk Blue, il doit vaincre le meilleur élève de Ra, Bastion Misawa, en duel. Malgré son attitude arrogante, Chazz est vaincu. Bastion laisse passer la chance de rejoindre le Dortoir Bleu, car il pense qu'il ne sera pas vraiment le meilleur avant d'avoir battu Jaden.

Syrus voit Chazz prendre ses bagages et quitter l'école après avoir été vaincu par Bastion. Jaden et Syrus sortent en classe pour tenter de l'arrêter, mais sont attrapés par Alexis et ses amis, Jasmine et Mindy. Au lieu de renvoyer Jaden et Syrus en classe, Alexis décide de se joindre à eux pour retrouver Chazz. Ils sont interrompus par un singe expérimental nommé Wheeler portant un disque de duel qui kidnappe Jasmine. Jaden se bat contre le singe pour la sauver, mais tant qu'ils sont distraits, Chazz quitte l'île. Wheeler est capable d'échapper à ses propriétaires et va vivre avec ses semblables.

Il ne reste que quelques étudiants sur l'île pendant les vacances d'hiver, y compris Jaden et ses amis. Ils apprécient leur temps libre à la cafétéria du dortoir Slifer, lorsqu'un étudiant en obélisque se précipite et explique que lui et certains de ses amis de l'obélisque bleu tentaient de raviver l'esprit de Jinzo, le Psycho Shocker, mais ne croyaient pas vraiment que cela fonctionnerait. . Cependant, cela a réussi et maintenant Jinzo a pris l'âme de ses amis. Le groupe se dirige dans la forêt et trouve Jinzo. Jaden le bat en duel et il rend les âmes qu'il a prises. Le lendemain matin, tout le monde pense que tout était un rêve. Mais Jaden sait que ce n'était pas le cas et que les duels de duel existent vraiment, car il peut voir l'esprit de Winged Kuriboh.

Jaden et Syrus jouent au tennis et Jaden se plaint que cela n’a rien à voir avec le duel. Alors qu'il est distrait, il frappe accidentellement la balle en direction d'Alexis. Un autre élève du nom de Herrington Rosewood dévie le ballon, mais il finit par frapper le professeur Crowler. Alexis remercie l'autre élève de l'avoir sauvée et il révèle qu'il a le béguin pour elle. Il décide de défier Jaden dans un duel dans lequel le gagnant deviendra le fiancé d'Alexis. Jaden, ne réalisant pas exactement ce qu'il veut dire, accepte le duel et gagne. Ensuite, il demande à Alexis ce que signifie fiancé et elle lui dit que pour le moment, cela signifie ami.

Plusieurs étudiants d'obélisque ont été attaqués et forcés de se battre en duel en utilisant la règle ante, ce qui leur a valu de prendre leurs rares cartes. Pendant ce temps, Jaden est occupé avec beaucoup de devoirs, mais le professeur Crowler promet de le doubler s’il découvre qui a vaincu les étudiants de l’obélisque (mais se rend compte que cela pourrait lui donner l’opportunité d’expulser Jaden une fois pour toutes). Jaden, Syrus et Chumley se rendent au milieu de la nuit pour affronter le soi-disant "Duel Giant", qui se révèle être en réalité deux personnes, deux étudiants de Ra Yellow qui se sont associés après s'être moqués de autres étudiants Obelisk Blue. Jaden leur pardonne et les libère, et finit par devoir encore faire ses devoirs pour le professeur Crowler.

Jaden, Syrus, Chumley et Alexis entendent parler d'un étudiant doté d'une incroyable capacité à toujours tirer la carte qu'il souhaite. Ils vont dans la forêt à la recherche de ce duelliste mystérieux et découvrent qu'il vit depuis longtemps dans la nature et a perfectionné sa technique de dessin. Il souhaite se battre en duel contre Jaden pour leur montrer ses talents de dessinateur. Jaden remporte le duel, affirmant qu'il devrait apprendre à aimer le duel davantage et à ne pas tout prendre au sérieux.

Le célèbre pont de Yugi Moto sera exposé au musée du duel de l'académie. Syrus se bat en duel contre un élève de Ra, nommé Dimitri (un élève qui copie les cartes des autres) pour gagner des billets pour Jaden. Dimitri est consterné qu'il ait été battu par un Slifer. Bastion le réconforte, mais il est toujours déterminé à devenir un meilleur duelliste. Cette nuit-là, il vole le pont de Yugi, pensant que cela l’aidera à gagner. Bastion, Jaden, Syrus et Chumley partent à sa recherche, et Jaden se retrouve en duel pour récupérer les cartes de Yugi. Dimitri, cependant, pense qu'il est le vrai Yugi et gagne le dessus avec les cartes puissantes de Yugi.

Jaden a du mal à vaincre les puissants monstres de Yugi, même lorsqu'ils sont brandis par un amateur, le Ra Yellow. Jaden est enfin capable de gagner avec E-Hero Flame Wingman. Dimitri est déprimé et croit maintenant qu'il n'a aucun talent, s'il ne pouvait pas gagner avec des cartes aussi puissantes. Zane et Alexis se présentent à la fin du duel. Jaden est surpris et se demande comment ils l'ont trouvé. Zane dit que ce n'était pas juste eux, beaucoup d'autres étudiants regardaient aussi. Jaden regarde autour de lui et remarque seulement maintenant tous les spectateurs. Jaden dit à Dimitri qu'il devrait créer son propre jeu et ne pas en copier d'autres, mais Dimitri le prend de manière erronée et commence à copier Jaden de manière médiocre.

Blair Flannigan, un nouvel étudiant transféré, rejoint le dortoir de Slifer. Jaden note que le nouveau garçon ressemble un peu à une fille et semble très intéressé par Zane. Jaden confronte Blair directement à ce sujet et retire accidentellement son chapeau, révélant ses longs cheveux et le fait qu'il est en fait une femme. Jaden se bat avec elle, souhaitant mieux la comprendre. Blair commence à s'emparer des monstres de Jaden en utilisant ses cartes. Il est capable de gagner et Blair a peur de dire aux gens qu'elle est en fait une fille. Jaden promet qu'il ne le fera pas. À ce stade, Zane arrive et Blair admet qu'elle a le béguin pour lui. Elle admet également qu'elle est seulement en deuxième année. Le lendemain, elle quitte l'académie et promet de revenir et de s'inscrire à nouveau lorsqu'elle sera plus âgée, mais a maintenant un nouveau béguin pour Jaden.

Il a été annoncé qu'un duel interscolaire aurait lieu entre un étudiant de la Duel Academy centrale et un étudiant de la North Academy. Crowler, le chancelier Sheppard et les autres enseignants se disputent pour savoir qui devrait être le représentant de l'école: Jaden ou Bastion. Ils décident de faire un match entre les deux et le vainqueur affrontera le représentant de North Academy. Bastion se met immédiatement au travail pour créer un deck qui vaincra les héros élémentaires de Jaden. Le lendemain, le duel commence. La stratégie de Bastion semble parfaite: il bloque l'utilisation de la polymérisation de Jaden, rendant ses meilleurs monstres inutiles.

Jaden a du mal à vaincre le Dragon de l'eau de Bastion et Syrus craint de perdre. Bien qu’il soit incapable d’utiliser ses e-héros de fusion, Jaden s’arrache et convoque Wildheart pour remporter le duel. Zane et Bastion sont grandement impressionnés par ses capacités en duel. Bastion dit à Jaden qu'il fabriquera un nouveau deck et le combattra à nouveau, et qu'il attend ce jour avec impatience. Jaden est maintenant le représentant de l'Académie pour le duel interscolaire.

Crowler est toujours déterminé à se débarrasser de Jaden. Il recrute Belowski pour l'aider. Jaden, quant à lui, construit son deck pour son prochain match. Il s'irrite de voir que tout le monde l'interrompt et monte sur le toit de l'Académie pour se ressourcer. Sur le toit, il rencontre Belowski, qui est capable de voir l'esprit de Winged Kuriboh. Jaden est surpris par cela. Belowski demande à Jaden de se battre en duel contre lui, comme il ne l'avait jamais fait auparavant en duel contre des personnes capables de parler avec des esprits monstres. Les amis de Jaden sont également influencés par la personnalité calme et concentrée de Belowski. Jaden est capable de vaincre les monstres Moke Moke de Belowski pour remporter le duel. Les plans de Crowler sont encore une fois contrecarrés.

Chazz, toujours irrité par ses défaites face à Bastion et à Jaden, arrive à la North Academy. Dans les égouts de l'académie, le directeur (déguisé en étranger) donne à Chazz une carte jaune Ojama et lui révèle qu'elle peut lui parler, comme Jaden le peut avec Winged Kuriboh. Cette Académie a des règles différentes de celle qu'il connaît. Il doit battre en duel cinquante étudiants puis le champion de l'école s'il espère faire ses preuves et en faire une académie du Nord. Chazz n'a aucun mal à vaincre tous ses adversaires, et finalement le champion. Il devient le nouveau champion de l'école et, partant, le représentant de la North Academy dans le duel interscolaire avec la Central Academy.

Le jour du duel interscolaire arrive. Jaden dit à ses E-Heroes de faire de leur mieux dans la bataille à venir. Quand son adversaire arrive de North Academy, il est choqué de découvrir que ce n’est autre que Chazz, qui est revenu avec un nouveau deck, une nouvelle tenue et un nouveau surnom, "The Chazz" ("Manjoume Thunder" dans la version japonaise). Les frères de Chazz arrivent pour regarder le duel, mettant encore plus de pression sur lui. La bataille commence, avec Chazz appelant Armed Dragon LV3 et le transformant éventuellement en puissant Dragon Armé LV7.

Le jour du duel interscolaire arrive. Jaden dit à ses E-Heroes de faire de leur mieux dans la bataille à venir. Quand son adversaire arrive de North Academy, il est choqué de découvrir que ce n’est autre que Chazz, qui est revenu avec un nouveau deck, une nouvelle tenue et un nouveau surnom, "The Chazz" ("Manjoume Thunder" dans la version japonaise). Les frères de Chazz arrivent pour regarder le duel, mettant encore plus de pression sur lui. La bataille commence, avec Chazz appelant Armed Dragon LV3 et le transformant éventuellement en puissant Dragon Armé LV7.

Le professeur Banner, Jaden, Syrus, Chumley et Alexis participent à une excursion sur le volcan, à la recherche de ruines antiques. Le chat de Banner, Pharaon, regarde autour de lui et trouve un objet brillant sur le sol. Trois soleils apparaissent dans le ciel et la lumière brille sur le groupe. Jaden perd conscience et se réveille pour se retrouver avec Winged Kuriboh debout devant une pyramide géante. Une mystérieuse fille s’approche de lui et lui explique qu’il s’agit d’une tombe sacrée et qu’il ne devrait pas s’immiscer ici. Les gardes de la tombe arrivent et entourent Jaden. Leur chef le défie en duel, et seulement s'il gagne, il sera autorisé à s'échapper avec ses amis.

La carte magique de Tuteur des tombes, Necrovalley, pose d'énormes problèmes à Jaden, car il est incapable de rendre hommage aux monstres en raison de l'envoi de ses monstres au cimetière. Il utilise la capacité du héros élémentaire Necroshade pour convoquer Blade-Edge sans tribuer, et remporter ainsi le duel. Le cavalier, acceptant la défaite, donne à Jaden la moitié d'une amulette mystérieuse. Les esprits de Winged Kuriboh et de Des Koala guident Jaden et ses amis dans leur propre monde.

Jaden, Chazz, Bastion, Zane, Alexis, Banner et Crowler sont tous convoqués dans les bureaux du chancelier Sheppard. La chancelière leur explique trois cartes puissantes légendaires, les "Bêtes sacrées", qui ont été scellées sous Duel Academy. Il dit qu'un groupe pervers appelé les Seven Shadow Riders envisage de les desceller et d'utiliser leur pouvoir. Il donne à chacun l'une des sept "clés spirituelles", qui ont le pouvoir de déverrouiller le sceau, et leur dit de les protéger des cavaliers de l'ombre, car les clés n'ont de pouvoir que lorsqu'elles sont gagnées de leurs gardiens en duel. Nightshroud, le premier cavalier de l'ombre, ne tarde pas à comparaître et à défier Jaden en duel pour sa clé spirituelle en échange de la vie de Syrus et de Chumley. De plus, si Jaden perd, son âme sera scellée dans une carte.

Jaden est lentement battu par Nightshroud et son deck Yeux rouges. Mais avec ses amis et le monde entier en danger, Jaden ne peut pas se permettre d'abandonner. En combinant Wildheart, Blade-Edge et Skyscraper, il est capable de gagner le duel. L'âme maléfique de Nightshroud est scellée dans une carte et lorsque son masque est enlevé, sa véritable identité est révélée - le frère perdu d'Atticus, Rhodes, disparu dans le dortoir abandonné et possédé par l'esprit maléfique Nightshroud.

Alors que Jaden se remet de son duel avec Nightshroud, Crowler se bat contre le second Shadow Rider - un vampiress nommé Camula. Dans ce duel, l'âme du perdant sera scellée dans une poupée. Le loup-garou immortel de Camula réduit rapidement les Life Points de Crowler à zéro et devient une poupée. Jaden et Zane sont enragés par cela et décident de vaincre Camula et de sauver leur professeur. Le titre est un jeu de mots sur le nom du film Field of Dreams

Zane fait face à Camula, mais est obligée de faire un choix terrible lorsqu'elle joue la carte des sorts sombres "Illusion Gate". Le prix pour jouer à cette carte est élevé: si son propriétaire perd le duel, il prendra son âme, et Camula offre l'âme de Syrus à sa place. Zane ne laissera rien arriver à son frère et lance le duel pour le protéger. L'âme de Zane est scellée dans une poupée semblable à celle de Crowler, mais cette fois, Camula la conserve. Jaden jure de se venger de Camula et promet de sauver Zane et Crowler.

Atticus sort de son coma et donne à Jaden la seconde moitié de son pendentif, acquis lors de son passage chez les Shadow Riders. Pendant ce temps, tout le monde se dispute pour savoir qui se battra en duel avec Camula pour libérer Zane et Crowler. Jaden décide de prendre le risque - et l'emporte. L'âme de Camula est prise par la porte de l'illusion, tandis que Zane et Crowler sont revenus à la normale.

Confronté à l’anxiété au sujet des prochains duels Shadow Rider, Jaden tente de se détendre à l’académie Hot Springs avec Syrus, Chazz et Chumley. Les esprits de Winged Kuriboh, Ojama Yellow et Des Koala apparaissent et tout le monde est plongé sous l'eau et plongé dans le monde des esprits où vivent tous les esprits duel. Un de ces monstres est Kaibaman, qui a la voix, la forme et le jeu de duel de Seto Kaiba. Il défie Jaden en duel pour l'aider à retrouver son esprit de combat. Malgré les efforts vaillants de Jaden, il est vaincu, mais a repris confiance en lui et est prêt à affronter le reste des Shadow Riders. Jaden et ses amis sont ensuite ramenés dans leur monde.

Les frères de Chazz, Slade et Jagger, veulent reprendre Duel Academy. Le propriétaire actuel de l'académie, Seto Kaiba, a proposé un accord: l'un des étudiants se battrait en duel contre Slade et, si Slade l'emportait, Jagger et lui seraient autorisés à racheter l'académie. L'élève choisi est Chazz, mais il y a encore une règle: il doit utiliser des monstres avec moins de 500 points d'attaque. Chazz construit un nouveau jeu de monstres apparemment faibles en utilisant des cartes que d'autres ont jetées, y compris le trio Ojama (il trouve les frères Ojama Green, Ojama Green et Ojama Black, qui peuvent également parler à Chazz). Il fait face à son frère et gagne, non seulement en sauvant l'école, mais en prouvant que la force d'un duelliste ne provient pas uniquement de ses cartes, mais également de son cœur.

Bastion s'inquiète du moment où le troisième Shadow Rider se présentera. Il demande donc à Jaden, Syrus et Chumley de se lancer dans un duel d'entraînement. Plus tard, en classe, Banner est surpris de constater que la plupart de ses élèves ont disparu. Il emmène Jaden et les autres avec lui pour savoir ce qui se passe. Ils sont confrontés au troisième cavalier de l'ombre, Amazoness Tanya, qui choisit Bastion pour se battre en duel. Bastion a le béguin pour Tanya, ce qui le distrait et lui fait perdre le duel et la clé de son esprit.

Bastion est très inquiet et affligé d'avoir été vaincu par Tanya. Jaden décide d'être la seule à la défier cette fois. Après un duel très difficile, Jaden est le vainqueur. Tanya, acceptant Jaden comme une grande duelliste, est libérée de son corps humain et retrouvée dans sa vraie forme: un tigre blanc. Jaden la remercie pour son excellent duel et Bastion est choqué de découvrir qu'il a perdu face à un tigre.

Jaden et Syrus se disputent lorsqu'un soudain arrive à Academy Island. Le capitaine du sous-marin affirme qu'il est ici pour un duel. Jaden pense qu'il fait partie des Shadow Riders et se bat en duel à bord du sous-marin. Il s'avère que le capitaine n'est en fait pas un cavalier fantôme; c'était juste un malentendu. Son rêve est de construire une académie de duel sous-marine et il souhaite que Jaden devienne un enseignant pour l'école, car il est un duelliste si puissant. Le sous-marin quitte l'île alors que Jaden est toujours à bord. Il gagne le duel mais ses amis se sont fait dire qu'il est resté et ils sont partis sur le bateau pour l'île. Syrus est triste de constater que la dernière chose qu'il a faite avec son ami a été de se battre avec lui. Cependant, une semaine plus tard, Jaden retourne sur l'île, explique ce qui s'est passé et Syrus se réjouit.

Les quatre clés restantes sont volées et Chazz et les Ojamas décident de déterminer qui est derrière. Après une série de fausses déductions, ils sont confrontés à Don Zaloog, le quatrième cavalier de l'ombre et chef du groupe "Dark Scorpion Grave Robbers", un groupe d'esprits monstres en duel. Don Zaloog se rend compte qu'il doit vaincre Chazz s'il veut utiliser le pouvoir des touches d'esprit, un duel entre eux commence. Chazz triomphe en fusionnant son trio Ojama dans Ojama King. Les Dark Scorpions décident de rejoindre Chazz et traînent dans sa chambre avec les Ojamas et les autres esprits monstres, au grand dam de Chazz.

Atticus a perdu la mémoire et Alexis se rend dans le dortoir interdit où il a disparu à l'origine. Elle est aspirée dans un royaume mystérieux et sombre, où elle se bat en duel avec Titan, qui a disparu après son duel avec Jaden et est maintenant devenu le sixième Shadow Rider. Ses ténèbres monstres la surmontaient, mais Alexis a réussi à le vaincre et a été renvoyé dans le royaume des ombres. Ensuite, Atticus se souvint de qui lui avait demandé de venir au dortoir, Professeur Banner.

La bannière a disparu, mais les étudiants prennent le temps de profiter du festival Spirit Day, où les élèves se déguisent en monstres duel préférés et se battent en duel. Jaden se bat contre l'esprit de la Dark Magician Girl, mais après l'avoir battue, il se rend compte qu'elle était un véritable esprit après tout.

L'un des anciens camarades de classe d'Alexis depuis son enfance est de retour pour la affronter. Le joueur (Pierre) a volé l'étoffe rouge de la mère d'Alexis et elle l'a combattu pour le récupérer. Elle a battu Pierre et elle a récupéré son vêtement.

Les détenteurs de clés commencent à chercher Banner et découvrent qu'il a laissé un morceau de papier portant la marque d'Amnael, un célèbre alchimiste en duel. Alexis cherche également Atticus, qui a mystérieusement disparu. Quand Chazz et Alexis voient tous les deux la marque autour de la forêt, ils sont interpellés par un mystérieux inconnu du duel et perdent tous les deux en un instant et disparaissent dans le livre d'Amnael.

Jaden et ses amis trouvent la marque d'Amnael et la suivent jusqu'à l'endroit où ils découvrent le corps momifié du professeur Banner. Amneal, l'étranger masqué et le septième Shadow Rider, semble défier Jaden, qui s'avère être un adversaire de taille avec son deck alchimique. Amnael ôte alors son masque et se révèle être le professeur Banner.

Banner a expliqué qu'il y a longtemps, il a découvert les cartes de la bête sacrée. En les examinant, il respira un poison qui paralysait son corps. Banner a créé un Homunculus, un corps artificiel, pour transférer son âme, mais il a besoin des cartes de la Bête sacrée pour vivre à cause de son corps en ruine. Il continue de battre Jaden en utilisant ses monstres Cosmo et raconte à Jaden que tous ses duels ont été corrigés. Jaden ne le croit pas et fusionne quatre de ses monstres héros dans Electrum pour gagner. Après cela, Banner a commencé à se désagréger et a dit à Jaden qu'il avait déjà menti et que les duels de Jaden constituaient un test pour s'assurer qu'il soit prêt pour la bataille finale. Banner a rejoint les coureurs de l’Ombre parce qu’il voulait vaincre leur chef et avant de s’effondrer, il a donné à Jaden un tome antique pour l’aider. L'esprit de Banner a ensuite été mangé par son chat, Pharaon. Chazz,

Chazz réalise qu'il est amoureux d'Alexis. Avec un peu d'aide de son frère, Aticus, Chazz vole les clés de l'esprit pour l'attirer dans un duel avec lui. Il utilise ces différentes cartes pour montrer qu'il était amoureux d'elle, mais Alexis l'a effacée. Elle l'a vaincu et lui a dit que la seule chose dont elle était amoureuse était le duel. Ensuite, les 7 touches ont été activées et l’île entière a commencé à trembler.

Les sept clés avaient finalement déverrouillé les cartes de la Bête Sacrée dans l'underground. Kagemaru, chef des Shadow Riders et surintendant de Duel Academy, semblait voler les cartes. Comme les cartes de la bête se nourrissent de l'énergie duel, il a construit l'école et caché les cartes en dessous afin qu'elles deviennent plus fortes. Il affronte Jaden en utilisant deux des bêtes, Uria et Hamon, puis utilise son pouvoir pour se rajeunir.

Alors que Kagemaru et Jaden se battent, les cartes Sacred Beast continuent de drainer l’énergie de toutes les cartes monstre du monde. Si Jaden ne parvient pas à vaincre les bêtes, toutes les cartes seront définitivement perdues. Kagemaru révèle la troisième bête, Raviel, et continue de prendre le dessus, mais Jaden reçoit ensuite l'esprit du professeur Banner, dont l'âme est désormais emprisonnée dans son corps de chat, celui de Pharaon. Banner cachait une carte spéciale dans le tome qu'il avait donné à Jaden. Jaden utilise donc son pouvoir pour invoquer Electrum et remporter le duel. Par la suite, Sheppard décide de garder les cartes lui-même pour le moment.

Chumley remporte un concours de dessin avec Industrial Illusions et Pegasus souhaite l’engager comme concepteur de cartes. Crowler ne croit pas que Chumley mérite ce poste en raison de ses compétences insuffisantes en duel, mais il est prêt à donner sa recommandation si Chumley pouvait le battre en duel. Avec l'aide de Jaden, Chumley se bat et apprend à utiliser ses cartes plus efficacement. Crowler le bat toujours, mais il fait quand même la recommandation et Chumley dit au revoir à ses amis alors qu'il se dirigeait vers son nouvel emploi.

Le Duel de remise des diplômes de Zane est imminent et il a choisi Jaden comme adversaire en raison de ses compétences. Jaden est nerveux à l'idée de se battre en duel avec le meilleur élève de l'école, mais il garde la tête froide et accepte de se battre en duel. Pendant le duel, Jaden semble se battre beaucoup plus différemment et il s’avère qu’il essayait de se battre en duel avec sa tête, plus que son cœur. Zane sentit que c'était une perte de temps et prépara son Power Bonded Cyber ​​End Dragon pour mettre fin au duel.

Jaden commence à se battre comme il l'a toujours fait et rend les choses intéressantes. Cela se résume à un affrontement entre Shining Flare Wingman et Cyber ​​End Dragon. Après un va-et-vient de pièges et de cartes magiques pour garder leurs monstres respectifs sur le terrain, le match s'est finalement terminé sur une égalité. Zane était heureux d'avoir un bon match avant d'obtenir son diplôme et de quitter la Duel Academy.

C'est la deuxième année de Jaden à la Duel Academy et beaucoup de choses ont changé. Le chancelier Sheppard est parti, laissant au Dr Crowler et à son adjoint, le vice-chancelier Bonaparte, la responsabilité de l’école. Jaden était dans son dortoir, quand il a été mis au défi de se battre en duel par un nouvel étudiant, appelé "AP". Jaden a affronté l'étudiant, qui a été envoyé par une mystérieuse diseuse de bonne aventure qui voulait que AP perde afin de tester ses compétences en duel. . Jaden a gagné et a appris par ses amis qu'AP était un raccourci pour Aster Phoenix, un duelliste de la Pro-League meilleur que Zane. Jaden pensait avoir vraiment battu un professionnel, jusqu'à ce qu'il découvre par Dorothy qu'Aster utilisait un jeu de cartes qu'il avait construit à partir de plusieurs paquets de cartes aléatoires, ce qui rendait Jaden encore plus excité de le battre à nouveau en duel.

Le vice-chancelier Bonaparte veut démolir le dortoir du Slifer, estimant qu'un dortoir d'étudiants faibles nuit à l'image de l'école. Crowler a rejeté cette idée et a décidé de faire de la publicité à l'école en faisant régaler Chagie Princeton sur Reggie, un bleu d'Obélisque haïssant les duellistes faibles. A condition que s'il gagne, il soit promu au dortoir de l'Obélisque. Il a accepté et a affronté Reggie, qui a utilisé un deck de type Warrior. Chazz s'est rendu compte qu'il ressemblait à Reggie et a méprisé les duellistes les plus faibles. Il a vaincu Reggie avec l'aide de Mecha-Ojama King. Crowler a décidé de laisser Chazz rester à Slifer, après avoir constaté à quel point les étudiants l'aimaient là-bas. Par la suite, Chazz demanda à une équipe de construction de travailler sur le dortoir pour le réparer à sa guise.

Jaden découvre auprès de Syrus que quelqu'un a défié des étudiants en duel et volé leurs disques de duel. Après que Syrus ait perdu le sien, Jaden a décidé d'affronter cette brute sur un pont dans la forêt. Il s'appelait Tyranno Hassleberry, un nouvel étudiant de Ra Yellow. Il avait réussi tous ses examens, mais était coincé dans Ra au lieu de Obelisk Blue. Il forma donc une armée de ses partisans et vola des disques de duel pour montrer son pouvoir. Jaden a affronté son jeu de dinosaures et a fait comprendre à Hassleberry que l'utilisation de la même stratégie pour vaincre ses adversaires ne ferait qu'ennuyer ses amis. Jaden l'a battu avec son nouveau monstre de fusion, Wildwingman, et Hassleberry a rendu les disques de duel à leurs propriétaires. Il a décidé de vivre dans le dortoir de Slifer parce qu'il sentait qu'il pourrait en apprendre beaucoup sur le duel de Jaden.

Après que Chazz ait terminé les rénovations du dortoir Slifer, Alexis s'installe à cause du Dr. Crowler qui voulait la transformer en chanteuse pop en duel. Le groupe s'est rendu compte que Crowler utilisait les étudiants pour devenir célèbre et a conclu un pacte pour l'arrêter. Bastion a annoncé que Crowler voulait que Syrus se batte contre Missy, un bleu d'Obélisque doté d'un puissant pont à insectes. S'il gagne, Syrus sera promu au grade de Ra Yellow. Crowler a pensé qu'il serait un candidat idéal car il était le frère cadet de Zane Truesdale. Syrus réalisa que sa peur l'obligeait à rester derrière, alors que tous ses amis allaient de l'avant. Il a affronté Missy, a réussi à dissiper sa peur et l'a vaincue avec Super Vehicroid Jumbo-Drill. Bien que Syrus ait été promu à Ra, il est resté dans le dortoir de Slifer avec ses amis.

Jaden and Bastion are still Duel Academy students, so they have to practice a lot. Bastion uses his WaterDragon again, but Water Dragon can not defeat Jaden's ShiningFlareWingman. Before dueling against Zane, Aster talks to his manager about the future and his victory. Jaden is extremely surprised, when he sees Avian's appearance on Aster's field. During next turn, Aster fuses Avian with Burstnatrix, but instead of FlameWingman, Aster creates PhoenixEnforcer which impresses Jaden and Syrus. But the best thing in PhoenixGuy is that he can not be destroyed in battle. And thanks to that special ability, Aster defeats Zane, by fusing PhoenixEnforcer with Sparkman to summon ShiningPhoenixEnforcer and using DestructionOfDestiny to send 4 more ElementalHeroes to the graveyard and raise ShiningPhoenixGuy's attack to 4900.

Après son duel avec Zane, Aster a déclaré à un groupe de journalistes qu'il cherchait un duelliste pour avoir copié son jeu Hero. Ensuite, il rencontre Sartorius, qui lui dit que la rivalité entre Aster et Jaden était prédéterminée par les cartes de tarot (ou le destin). Aster se rend à la Duel Academy pour lancer un défi à Jaden dans le duel. Sartorius commente qu'une fois que Jaden aura perdu, il "verra la lumière". Jaden et Aster ont utilisé leurs héros élémentaires jusqu'à ce que Jaden ait finalement vaincu Shining Phoenix Enforcer avec Shining Flare Wingman, mais Aster a ensuite révélé ses nouveaux monstres, les Destiny Heroes, une série de cartes qui n'ont pas encore été rendues publiques. Aster explique qu'il utilise les cartes pour se battre pour la justice.

Après son duel avec Zane, Aster a déclaré à un groupe de journalistes qu'il cherchait un duelliste pour avoir copié son jeu Hero. Ensuite, il rencontre Sartorius, qui lui dit que la rivalité entre Aster et Jaden était prédéterminée par les cartes de tarot (ou le destin). Aster se rend à la Duel Academy pour lancer un défi à Jaden dans le duel. Sartorius commente qu'une fois que Jaden aura perdu, il "verra la lumière". Jaden et Aster ont utilisé leurs héros élémentaires jusqu'à ce que Jaden ait finalement vaincu Shining Phoenix Enforcer avec Shining Flare Wingman, mais Aster a ensuite révélé ses nouveaux monstres, les Destiny Heroes, une série de cartes qui n'ont pas encore été rendues publiques. Aster explique qu'il utilise les cartes pour se battre pour la justice.

Jaden se sent déprimé parce qu'il a perdu son duel contre Aster et ne peut plus voir ses cartes (ne sachant toujours pas que c'est à cause des sorts de Sartorius). Ses amis ont décidé de rester unis, sachant que Crowler voudrait utiliser l'absence de Jaden pour excuser le dortoir de Slifer. Atticus s'est présenté au dortoir pour dire à Alexis que Crowler voulait transformer les frères et sœurs en un duo chantant pop, mais quand elle refuse, ils se règlent par un duel. Alexis bat le jeu Warrior de son frère et Jaden décide de quitter Duel Academy.

A mysterious guy, Sartorious, appears in front of Chazz and duels with him. Sartorious places his cards on the table face down, shuffles Chazz's deck, and says that the destiny of Chazz will be forseen through a card pulled out. That's how he duels like a Tarot. The Hangman's effect is shown according to its normal or reversed position. This becomes the confrontation between Saiou who can absolutely make the destiny and Chazz who opens his own destiny personally.

Alors que Jaden est en mer, son bateau est frappé par une étoile filante. Il s'est réveillé dans un endroit étrange, où des planètes flottaient dans le ciel et où les dauphins discutaient. Un des dauphins, Aquos, dit à Jaden qu'il doit sauver l'univers. Un groupe connu sous le nom de Society of Light détruit l'équilibre des dimensions en détruisant les ténèbres. Jaden est confronté à un étrange robot ressemblant à un extraterrestre qui le met au défi de se battre en duel, même s'il n'a pas son deck. Aquos montre à Jaden un satellite envoyé par KaibaCorp dans l'espace. Jaden avait créé un jeu de cartes dans le cadre d'un concours de dessin parrainé par Kaiba. Jaden a vaincu l'étranger et a appris à se relever de sa défaite face à Aster. Il a été renvoyé à Duel Academy, mais dans une partie de l'île loin de l'école.

Avec le professeur Banner parti, la qualité de la nourriture dans le dortoir de Slifer avait baissé. Un chef mystérieux vient au dortoir et propose de cuisiner si Hassleberry pouvait le battre en duel. Le chef utilise ses différentes cartes de nourriture-monstre puis se révèle être le professeur Sartyr, directeur du dortoir de Ra. Il était venu ramener Syrus, Hassleberry et Bastion au dortoir, car celui-ci était très vide ces derniers temps. Les étudiants fréquentaient soit Obelisk Blue, soit restaient au dortoir de Slifer. Hassleberry l'a vaincu et a enseigné au professeur qu'il ne devait pas forcer les gens à retourner chez eux. Il leur a préparé un bon repas. Pendant ce temps, Jaden essayait toujours de retrouver son chemin vers l'école.

Après s'être longtemps disputés, Syrus et Hassleberry décidèrent de régler finalement le problème de savoir qui était le meilleur ami de Jaden en duel. Le gagnant serait son meilleur ami et le perdant ne le verrait plus. C'était une bataille des véhicules de Syrus contre les dinos de Hassleberry, jusqu'à ce que Syrus utilise sa carte piège, Cyber Summon Blaster, pour piéger Hassleberry dans une boucle de perte de ses points de vie. Syrus avait gagné, mais Hassleberry l'aurait gagné s'il jouait une carte qu'il avait, mais il a décidé de laisser Syrus gagner parce qu'il méritait plus que le titre de meilleur ami de Jaden. Pendant ce temps, Jaden était toujours à la recherche de l'école.

Depuis que Zane a perdu son duel contre Aster, sa carrière professionnelle s'est dégradée. Après avoir perdu un autre simple duel et abandonné par son parrainage, il a été confronté à un homme d'affaires louche nommé M. Shroud. Il introduisit le concept de duel souterrain et renvoya sa carrière à Zane. Zane est conduit dans une cage dans un restaurant étrange et contraint de se battre en duel avec Mad Dog, un duelliste étrange considéré comme le meilleur du duel souterrain. Zane l'a battu en duel avec un collier de choc autour du cou, de sorte que lorsqu'il perdrait des points de vie, il se heurterait à des volts d'électricité. Zane est en train de perdre jusqu'à ce qu'il réalise qu'il a toujours trop respecté ses adversaires. Sur cette réalisation, il laisse finalement son côté malicieux lâcher et bat Mad Dog sans pitié en utilisant un nouveau monstre, Chimeratech Overdragon. Après le duel,

Alors qu'il cherchait toujours l'école, Jaden se heurte à Wheeler, le singe duel qu'il a sauvé dans l'épisode 13. Après s'être évanoui de faim, il commence à avoir des hallucinations que ses amis étaient là pour l'aider. Jaden a des flashbacks de ses duels passés avec Chazz, Bastion, Crowler et Zane. Après que Wheeler lui ait donné à manger des bananes, Jaden se releva et commença à continuer à chercher l'école, ne sachant pas qu'il avait juste manqué le panneau indiquant l'endroit où il se trouvait.

Alors qu'il cherchait toujours Duel Academy, Jaden vit un météore atterrir près de la forêt. Quand il en fut proche, il fut confronté à des néo-monstres comme Aquos, qui voulaient donner leur pouvoir à son deck. Pendant ce temps, Bonaparte a décidé de se battre en duel entre Aster et Alexis. Si elle perd, le dortoir de Slifer sera démoli. Aster ne voulait pas le faire au début, mais Sartorius a dit qu'il devrait le faire parce que ses cartes de tarot prédisaient un danger. Après s'être retrouvé à l'arène de duel, Jaden est finalement revenu et a voulu prendre la place d'Alexis dans le duel. Il voulait montrer le nouveau pouvoir de ses Néo-Spaciens. Aster put appeler son maître d'effroi, mais Jaden utilisa deux nouveaux Néo-Spaciens, Aquos et Neos. Les deux hommes fusionnèrent pour former Aqua Neos, qui détruisit Dread Master mais revint ensuite dans la main de Jaden à la fin du tour, le laissant ainsi grand ouvert.

Alors que le duel se poursuivait, Jaden enseigna à Aster qu'il devait utiliser ses héros de la destinée pour de bon et non pour se venger. Aster invoqua un héros du Destin plus puissant que le maître des effroi, Dogma. Jaden s'est défendu avec son nouveau néo-spacien, Flare Scarab. En utilisant Contact Fusion, Neos fusionné avec Flare Scarab sans polymérisation pour fusionner Flare Neos. Flare Neos a vaincu Dogma et Jaden a remporté le duel. C’est alors que Aster a cru que Jaden était plus fort que son destin, car Sartorius avait prédit qu’Aster gagnerait. Il a décidé de s’inscrire à Duel Academy parce qu’il aimait l’environnement et, quand il a essayé d’appeler Sartorius, il a commencé à croire que son directeur lui cachait des choses, comme par exemple pourquoi il voulait que Jaden parte pour la Society of Light.

Le chancelier Crowler et le vice-chancelier Bonaparte se disputent au sujet de la démolition du dortoir rouge de Slifer. Ils acceptent de se battre en duel pour l'issue du dortoir. Si Crowler gagne, le dortoir reste en place, mais si Bonaparte gagne, le dortoir est démoli. Après avoir presque perdu à cause de la carte Traité de traité déloyal de Bonaparte, Crowler retire Ancient Engineering Engineer pour gagner, sauvant ainsi le dortoir et lui montrant au fond de lui, il se préoccupe un peu de la machine à laver.

Chazz affronte les étudiants du dortoir Obelisk et, en les frappant, en fait des membres de la Société de la Lumière et peint même le dortoir en blanc pour représenter la Société. Alexis a décidé de mettre fin à cette folie en combattant Chazz, qui a utilisé une carte magique lui permettant de voir toutes ses cartes. Alexis pensait qu'elle avait l'avantage, mais Chazz prétendait voir l'avenir et connaître tous ses mouvements. Chazz l'a battue et Alexis est devenue membre de la Société.

Sartorius voulait que Jaden voie le jour, aussi Chazz et Alexis ont-ils engagé Lorenzo, membre de la Société, avec un pont rempli de monstres de cuirassé. Jaden a affronté Lorenzo dans le planétarium de l'école et a commencé à perdre face à son armée de navires. Jaden a été en mesure d'invoquer un nouveau néo-spacien, Ground Mole, et l'a utilisé pour détruire les monstres ultimes de Lorenzo. Il l'a achevé avec Neos. Sartorius prédit qu'il n'a plus besoin d'Aster pour conquérir le monde et que Jaden pourrait être celui qui l'aidera dans ses projets.

Chazz a engagé un autre duelliste pour se débarrasser de Jaden, X, l'avocat de Sartorius. X entraîna Jaden dans une caverne pour le duel et Aster expliqua que X n'avait jamais perdu un duel. Il est connu pour battre ses adversaires en détruisant leurs decks plutôt que leurs points de vie. X a continué à utiliser des cartes magiques et des pièges qui ont fait perdre une bonne partie de son deck à Jaden, mais avec l'aide de Neo-Spacian Glow Moss, Jaden a fait un retour et a fait perdre son deck avant lui.

Sartorius a prédit que Jaden et Aster ont uni leurs forces, mais il en est un autre qui ne peut pas être influencé et qui pourrait ruiner les plans de Sartorius. Il s'est rendu à Duel Academy pour faire face à cette menace, Hassleberry. Hassleberry et Sartorius se sont affrontés, même si la plupart des autres, mais Jaden, croyaient que Hassleberry pourrait gagner. Sartorius se battait en duel comme Chazz, avec des cartes dont les capacités sont déterminées par les décisions de Hassleberry. Sartorius a gagné, mais Hassleberry n'a pas été affecté par son pouvoir de devenir membre de la Société. Il a été révélé que Hassleberry s'était cassé la jambe quand il était enfant mais avait été sauvé lorsque l'os avait été remplacé par un os de dinosaure. Le lendemain, Crowler annonça l'arrivée d'un nouvel étudiant, Sartorius.

Sartorius s'est inscrit à l'Académie afin de pouvoir poursuivre ses projets dans un lieu plus "commode". Lorsque le temps est venu pour les chanceliers de choisir leur destination pour la sortie scolaire, Sartorius et la Society of Light ont voulu le choisir, mais Jaden a décidé d'intervenir. Ils ont décidé de régler la question par un duel, Jaden contre le membre de la Society. , Rose. Rose était un bleu d'Obélisque qui prétendait voir des esprits duels, tout comme Chazz et Jaden. Elle a utilisé un pont rempli de monstres de crapaud, dont Rose a prétendu être la princesse. Jaden a réussi à gagner et a décidé que son voyage sur le terrain serait Domino City, la ville natale de Yugi. Sartorius a déclaré que le duel avec Rose était un test pour voir si Jaden pouvait vraiment voir les esprits du duel et que le voyage dans la ville de Domino l'aiderait dans son prochain plan.

Pendant la visite de terrain à Domino City, la Society of Light est allée chercher ses propres objectifs, tandis que Jaden et ses amis ont exploré la ville. Pendant ce temps, Aster pensait que Sartorius avait ciblé certains des plus puissants duellistes pour rejoindre la Society of Light. Jaden et ses amis rencontrent Salomon Motou, le grand-père de Yugi, qui montre au groupe un peu plus de la ville. Dans une grotte à l'extérieur de la ville, une mystérieuse sorcière envoie deux ninjas masqués pour prendre soin de Jaden. Ils kidnappent M. Motou et la sorcière utilise un sort pour entourer la ville d'un champ de force composé d'esprits de duel géants. Syrus et Hassleberry sont confrontés aux deux ninjas qui ont déclaré qu'ils devront les battre pour revoir M. Motou. Ils se battent en duel au sommet d'un bâtiment (le bâtiment où Kaiba et Yugi ont affronté Lumis et Umbra pour la deuxième fois). Les ninjas, Frost et Thunder,

Chazz se rend dans une grotte en dehors de la ville pour rencontrer la mystérieuse sorcière, Sarina, la soeur de Sartorius. Il a été envoyé la chercher alors que Sartorius a rencontré Seto Kaiba à Kaiba Corp. Il a demandé la permission d'utiliser son parc d'attractions, Kaibaland, pour une journée seulement. Kaiba le lui permit mais dit à ses gardes de surveiller Sartorius pour des raisons de sécurité. Pendant ce temps, Jaden a trouvé M. Motou dans une ruelle et Aster, qui est venu aider, a dit qu'il pouvait voir les fantômes du duel géant autour de la ville. Quant à Hasslebery et Syrus, ils ont profité du travail d'équipe malsain de Frost et Thunder et ont combiné leurs monstres les plus puissants pour prendre le dessus, mais Frost a utilisé une carte piège qui contrecarrait leur attaque et retirait leurs points de vie ainsi que ceux de Thunder. Ensuite,

Sarina a puni Frost and Thunder pour ne pas prendre Jaden en scellant leurs âmes avec des cartes à l'aide d'un miroir. Elle a ensuite convoqué deux autres membres de sa brigade légère, Blaze et T-Bone, et les a envoyés prendre soin de Jaden. Alors que Jaden et le reste des Slifer Reds campaient à l'extérieur, M. Motou est revenu pour servir des sandwichs. Blaze et T-Bone ont rejoint le groupe pour chercher de la nourriture, puis ont défié Jaden après avoir découvert qui il était. Sarina a scellé l’âme de Blaze dans une carte que T-Bone pouvait utiliser et les deux se sont mis au carré. T-Bone utilisa son deck Terre, mais combina ensuite les pouvoirs des autres decks Light Brigade afin de prendre l'avantage. Jaden a gagné en utilisant Neos et Sarina a scellé T-Bone, puis a déclaré que Jaden devra sauver ses amis, Syrus et Hassleberry, au dôme virtuel de Kaibaland.

Jaden et Aster se sont rendus dans le monde virtuel de Kaibaland. Le bâtiment a été construit comme une terre virtuelle et Hassleberry et Syrus ont été vus sous la forme d'un dinosaure virtuel et d'une voiture jouet. Sarina est apparue et a défié Jaden et Aster en duel. C'était parce que Sartorius voulait savoir lequel des deux était assez digne d'être à ses côtés. Sarina a créé un clone de miroir d'elle-même pour en faire un duel tag et comme ils ont commencé, il était évident que Jaden et Aster étaient égaux en force. Aster refusa de l'aider parce qu'il voulait être digne, mais Sarina joua ensuite une carte magique, Full Moon Mirror, et après la destruction de 10 monstres, son véritable pouvoir était sur le point d'être révélé.

Sarina a utilisé Full Moon Mirror pour invoquer son plus puissant monstre, Dark Creator. Elle a créé plusieurs clones du même monstre et a commencé à déchirer Jaden et Aster. Les deux hommes décidèrent de mettre de côté leurs différences et Jaden utilisa les capacités des héros du destin pour invoquer un nouveau néo-spacien, Dark Panther. En utilisant Contact Fusion, Jaden l'a fusionné avec Neos pour invoquer Dark Neos. Son pouvoir de copier un monstre et leurs capacités leur ont permis de détruire l'armée de clones et de gagner le duel. Par la suite, Sarina a expliqué que Sartorius n’était pas entièrement pervers. Elle a raconté que Sartorius était un fortunier qui avait reçu une carte d'un inconnu mystérieux. Depuis qu'il a la carte, il est possédé par une autre force. Lorsque le monde virtuel s'est effondré, Sarina est restée sur place pour pouvoir regarder son frère du pays de la réalité virtuelle.

Après être retournés à la Duel Academy, Jaden et ses amis sont accueillis par une nouvelle fille, Alice, qui vit dans le Dormeur Slifer. Elle cuisine et nettoie pour les garçons et Hassleberry commence à en tomber amoureux. Cette nuit-là, Hassleberry a disparu et Jaden le trouva près de la rivière avec Alice à ses côtés. Alice était vraiment l'esprit d'une poupée qui voyait les duelistes maltraiter leurs cartes et ne montrer aucun respect pour les esprits duel. Jaden a affronté Alice et son pont rempli de monstres de poupées. Bien qu'Alice ait l'avantage, Jaden a gagné en utilisant Kuriboh Winged de niveau 10. Après cela, l'âme d'Alice retrouva sa forme originale de poupée et fut replacée dans son étui de rangement.

Lorsque Jaden donne des conseils de rencontres à un élève d'Obélisque sur Internet, cet élève, Bob Banter, prend ses conseils au sérieux et tente de faire tomber Alexis en amour avec lui. Lorsque Jaden surprend Bob en train d'espionner Alexis, elle l'accuse d'être l'espion et menace de le faire expulser, à moins qu'il ne puisse vaincre Bob en duel. Jaden accepte de savoir qu'il pourrait devenir membre de la Society of Light s'il perdait. Bob utilise un jeu spécial qui transforme le thème du duel en jeu télévisé. Jaden perd beaucoup de ses monstres en répondant mal aux questions, mais il renverse la situation et gagne le duel avec son Flame Wingman. Par la suite, Bob a continué à harceler Jaden dans l’espoir d’obtenir plus de conseils de sa part sur les fréquentations.

Bastion se rend compte que tous les étudiants de Ra Yellow ont été repris par la Society of Light. Après avoir longtemps inventé le jeu de cartes parfait, Bastion défie Sartorius en duel. Il estime qu'il n'a pas été contesté par la Société car ils ne le trouvent pas digne. Chazz accepte de le battre en duel à la place et Bastion se bat en duel avec sa nouvelle armée de Plasma Warriors. Chazz se bat avec son nouveau deck de monstres Union et les frères Ojama. Bien que Bastion aurait gagné, il se laisse finalement faire pour devenir membre de la Société et se sentir digne. Par la suite, Alexis a convaincu Chazz de jeter ses cartes Ojama car il aurait perdu le duel qui les utilisait.

Après avoir limogé M. Shroud en tant que directeur, Zane a été invité à rencontrer un vieil ami "au sommet du monde". Zane s'est rendu dans un dojo haut dans les montagnes enneigées et a rencontré le chancelier Sheppard. Il a été révélé que Sheppard avait appris à Zane comment se battre en duel dans ce dojo particulier et lui avait appris à respecter ses adversaires. C’est là que Zane a reçu le Cyber End Dragon, symbole de l’achèvement de sa formation, et Sheppard voulait maintenant le combattre en duel afin d’apprendre à Zane de revenir à ses habitudes. Zane s'est battu en duel contre son ancien professeur et l'a vaincu en ne prêtant aucune attention à son Cyber End Dragon et en se concentrant uniquement sur la défaite de son adversaire. Après avoir gagné, il a volé le deck secret du dojo, le deck Underworld. Avant de partir, Sheppard lui a parlé d'un tournoi de duel qu'il organisait à la Duel Academy. Il croyait que Zane '

Sheppard revient à la Duel Academy pour annoncer le début du tournoi GX, dans lequel les étudiants et les pro-duellistes s'affronteront pour être le numéro un. Chaque élève reçoit une médaille et le gagnant aura le plus grand nombre de médailles. Alors que tous les étudiants commençaient à se battre pour être les meilleurs, Sartorius prit des dispositions pour affronter le dueliste Pro-League, Prince Ojin. Il a attiré Ojin au tournoi en disant qu'il avait les cartes Destiny Hero et que, lorsque le prince est arrivé, les deux se sont affrontés. Ojin a utilisé une plate-forme satellite, mais Sartorius l'a facilement vaincu en 0 tour et a pris le contrôle d'un satellite dont Ojin était propriétaire.

Chumley revient à Duel Academy avec son patron, Maximillion Pegasus. Le concepteur en chef de Pegasus avait volé la carte Winged Dragon of Ra et l’utilisait dans le tournoi Gx. Chumley a donné une nouvelle carte à Jaden pour l’aider à se battre en duel et il a défié le créateur, Frantz, en duel. Frantz le faisait parce qu'il en avait marre que Chumley obtienne tout le respect de ses cartes et contrôlait Ra en utilisant une carte magique pour lier le dragon. Jaden l'a vaincu en utilisant le sortilège, Skysraper 2- Hero City et Pegasus ont accepté de ramener Frantz.

Jaden n'a toujours pas trouvé d'adversaire à contester pour le tournoi Gx. Alors qu’il marche avec Syrus et Hassleberry, il est mis au défi par le dueliste Pro-League, Orlando. Orlando est un acteur qui utilise un jeu de monstres dont le thème est le théâtre. Jaden le bat et gagne sa médaille.

Après avoir trouvé Chazz en train de vaincre un duelliste de la Pro-League avec un nouveau deck que lui avait offert Sartorius, Jaden cherche les cartes Ojama pour aider à ramener le vieux Chazz. Avec l'aide du professeur Banner, Jaden trouva les cartes à temps et se battit contre Chazz. Chazz a utilisé son armée de monstres White Knight, mais Jaden a réussi à se défendre avec les frères Ojama. L'utilisation des cartes a commencé à faire comprendre à Chazz ce que Sartorius lui avait fait et il se débarrasse de Jaden.

En continuant à utiliser les frères Ojama, Jaden est enfin en mesure de faire en sorte que Chazz revienne à la raison. Le seul problème est qu'il ne peut se souvenir de rien entre le présent et le moment où il a été soumis au lavage de cerveau par Sartorius. Les deux sont d'accord pour finir le duel et Chazz abandonne le duel pour détruire White Knight Lord. Par la suite, Chazz jure d'aider à libérer Alexis de la Société de la même manière que Jaden l'a sauvé.

Le chancelier Sheppard demande à Atticus d'aider Zane à se libérer des ténèbres. Après y avoir consenti, Atticus défie Zane en duel, mais cette fois-ci, Atticus fait appel aux pouvoirs obscurs qu’il avait auparavant et utilise le pouvoir de Nightshroud. Zane lance son nouveau deck Cyber Dark et bat Attcius sans sourciller. Zane a révélé qu'il n'avait pas été envahi par les ténèbres, mais son attitude a changé à cause de sa nouvelle philosophie, celle de ne montrer aucune pitié. Après son départ, Syrus a promis de vaincre son frère et de le faire revenir à lui.

Après que Sheppard ait vu la liste des étudiants restants dans le tournoi, principalement Jaden, Syrus, Hassleberry, Chazz, Alexis et Bastion, il envoie Crowler et Bonaparte pour trouver plus de duellistes pour l'académie. Ils renvoient Damon, à sa manière "primitive", et Belowski pour vaincre les duelistes pro, et ils réussissent. Pendant ce temps, Jasmine et Mindy ont des problèmes avec Maitre-D, une pro-duelliste, jusqu'à ce qu'Alexis intervienne. À la fin, Chazz fait remarquer qu'Alexis n'a pas utilisé White Veil, laissant entendre qu'elle reprend le contrôle.

Jaden trouve un autre duel contre un gars qui n'a jamais perdu. Il a dit qu'il avait l'habitude de faire confiance à son deck, mais ce n'est plus le cas, et maintenant, il compte sur le Reaper pour le laisser gagner tous ses duels. Jaden tente de le convaincre de faire confiance à son deck en le battant avec le Reaper.

Alors que le chancelier Sheppard se fait engueuler du docteur Crowler et du directeur adjoint Bonaparte, ils le prennent mal et croient qu'ils ont été virés. Cela se produit au moment même où Pegasus se présente à une réunion avec le chancelier Sheppard. Le Dr Crowler et le directeur adjoint Bonaparte supplient Pegasus de les embaucher et un duel s'ensuit pour déterminer s'ils obtiendront ou non le poste. Ils perdent le duel et le chancelier Sheppard se présente pour dire aux deux hommes qu'ils n'ont pas été licenciés. C'était juste un malentendu.

À la demande de Chazz et d'Atticus, Jaden fait face à Alexis, tentant de se ressaisir.

Quand il semble que le White Night Dragon d’Alexis soit clairement le vainqueur, Jaden se défend avec Flare Neos.

Syrus trouve son frère et Aster sur le point de se battre en duel, mais il intervient et décide de se battre en duel contre Zane afin de l'aider à reprendre conscience. Zane le veut comme il veut, alors il utilise les colliers de choc. En fin de compte, Syrus perd.

Jaden fait face à la plate-forme de relativité du Dr Eisenstein. Il a utilisé son Neo Glow pour battre le Dr Eisenstein. À la fin, Bastion décide de devenir l’apprenti d’Eisenstein, libre de toute influence de la Société de la Lumière.

Le chancelier Shepard rend visite à Maximillion Pegasus et mentionne le héros ultime du destin. Lorsque le champion du monde de la Ligue de duelliste, The D, qui est aussi le beau-père d'Aster, fait son apparition dans un duel télévisé contre The Collector et gagne (mais met également le stade en flammes), Aster trouve finalement la personne qui a pris son père.

Aster fait face au D, qui invoque Plasma, le héros ultime du destin. Aster utilise The Dark Angel comme faiblesse de Plasma et, en l'utilisant, il remporte le duel. Il apprend ensuite que son père a été pris par le pouvoir secret de Plasma, capable d'absorber les âmes humaines, et apprend également à propos de la Lumière de la destruction, qui a à voir avec les ténèbres de Sartorius.

Jaden découvre le projet de Sartorius d'utiliser le satellite d'Ojin pour libérer la Lumière de la destruction sur la planète. Il décide de se battre en duel avec Ojin pour tenter de le ramener à la normale.

Aster affronte Sartorius dans le dortoir de l'obélisque.

Aster fait face à Sartorius avec Destiny Hero-Plasma, mais tombe dans la Lumière de la Destruction.

Jaden finit par se battre en duel avec Sartorius, en utilisant les Néo-Spaciens contre les Monstres Arcana Force.

Pris au piège de la barrière de lumière de Sartorius, Jaden se trouve dans une situation difficile. Pendant ce temps, Blair retourne à Duel Academy et se bat en duel Chazz.

Lorsque Sartorius invoque Arcana Force EX - The Light Ruler, la victoire de Jaden et le destin du monde reviennent à Elemental Hero Neos.

Jaden réfléchit à ce qui lui est arrivé l’année dernière et à la façon dont sa vie a changé à cause de cette expérience.

Quatre étudiants en transfert et le professeur Thelonius Viper arrivent à la Duel Academy. Jaden se lie d'amitié avec un nouvel étudiant qui peut également voir les esprits duel. Puis, lorsque les nouveaux étudiants sont révélés, l'un d'entre eux, Jesse Anderson, est porté disparu. Ensuite, le nouvel ami de Jaden se présente en dernier, affirmant qu'il s'est perdu sur le chemin de la cérémonie et révèle qu'il est Jesse, en possession d'un rare jeu de "Crystal Beasts". Le professeur Viper associe Jaden et Jesse dans un match d’exposition.

Jaden et Jesse se battent en duel, Jesse utilisant ses monstres de cristal bête et Jaden utilisant Neospacians. Là, il découvre le dragon arc-en-ciel. Cependant, après avoir persuadé tout le monde de croire qu'il l'a, Jesse admet que Pegasus est toujours à la recherche de la tablette pouvant être utilisée pour la fabriquer. Après le match, les deux hommes se dirigent vers le toit où ils discutent de leurs ponts, tandis que Chazz, Aster, Syrus et Hassleberry conviennent que les deux sont comme des jumeaux.

Sous les ordres de Viper, Axel Brodie kidnappe Syrus afin de défier Jaden. De retour au dortoir, Jesse demande à un Hassleberry frustré de voir son deck lorsque Jaden tombe dans le piège d'Axel et s'enfuit pour sauver Syrus. S'il perd, Syrus tombera de la falaise.

Jaden continue de se battre en duel avec Axel tandis que Jesse, avec l'aide de Hassleberry, tente de sauver Syrus. Pendant le duel, Axel commence à repenser sa loyauté envers Viper. Axel décide de jouer loyalement et libère Syrus afin qu'il puisse se concentrer sur le match. À la fin, Jaden gagne, mais à un prix élevé. Il finit par perdre connaissance et Axel est à court d'énergie, mais il peut encore se tenir debout et va comprendre ce que Viper est en train de préparer.

Avec leur nouvel ami Jim Cook à leurs côtés, Jaden et le gang enquêtent sur un étrange signal de vague. Hassleberry va dino à cause de son sang de dinosaure et se bat en duel avec Jim. Mais à la fin, ils se retrouvent tous deux à court d'énergie et à l'hôpital.

Chazz est jaloux d'Adrian et il décide de le défier. Afin de ne pas être expulsé et de ne pas perdre de l'énergie, Adrian organise une fête de duel afin qu'il puisse se battre sans risque. Duel de Chazz contre Adrian Gecko, l'héritier du groupe financier Gecko. Il (Chazz) les emmène dans un hélicoptère pour se battre en duel dans le ciel, ce qui s'avère être une mauvaise idée, puisque Adrian se bat en duel avec un deck de monstre de Cloudian.

Les monstres de Cloudian d'Adrian s'avèrent être trop difficiles à gérer pour Chazz. Il perd le match et tous deux s'évanouissent, de même que l'essentiel de Duel Academy. Pendant ce temps, Axel essaie de savoir ce que Viper est en train de faire.

Avec la majeure partie de l'école, y compris Blair, à l'infirmerie, Jaden et ses amis vont chercher Viper. En enquêtant sur le complexe de Viper, le gang finit par se séparer. Jaden se bat contre le professeur Stein et son Scab Scar-Knight, qui retourne ses monstres contre lui.

Jaden se bat contre un ennemi improbable: ses propres monstres! Il se trouve également dans une situation difficile, alors qu'Alexis se noie quand Stein perd des points de vie. Cependant, Jim sauve Alexis, permettant à Jaden de se concentrer sur la réduction du nombre de points de vie de Stein sans se soucier d'Alexis. Jaden finit par gagner, par une petite marge, mais Stein tombe dans le trou et Jaden redevient inconscient.

En enquêtant sur le complexe, Jesse et Syrus trouvent Jaden inconscient. Tandis que Syrus cherche de l'aide, Jesse reste avec Jaden qui se réveille enfin. Ils rencontrent Trapper, un homme cruel qui chasse les cartes avec des esprits, qui cherche à voler les Bêtes de Cristal. Jesse révèle à Jaden qu'il traque Trapper depuis plusieurs années après avoir rencontré un enfant dont la carte a été volée par Trapper et lui a promis de la rendre. Le trappeur prend Sapphire Pegasus et l'utilise comme appât pour attraper le reste des Crystal Beasts. Trapper et Jesse commencent à se battre avec les enjeux: Si Jesse gagne, Trapper renverra l'esprit de Sapphire Pegasus. Si Trapper gagne, il obtient toutes les cartes Crystal Beast. Jesse accepte. Cependant, presque immédiatement, Trapper attrape Amethyst Cat et Amber Mammoth.

Le trappeur continue d'emprisonner les Crystal Beasts de Jesse, jusqu'à ce que Jaden vienne à la rescousse. Trapper a menacé de déchirer l'enfant dont la carte avait été promise par Jesse si Jesse l'attaquait (Trapper). Cependant, si Jesse ne l'attaquait pas, Trapper viderait Sapphire Pegasus de tout son pouvoir et l'utiliserait pour alimenter son deck à nouveau. Le trappeur décide finalement de déchirer la carte en deux, mais juste avant de lancer la première déchirure, Jaden bascule et frappe la carte des mains de Trappers dans les siennes, la sauvant. Jesse pioche ensuite la carte Saphir Pégase, ce qui libère l'esprit de la carte. il effectue ensuite un combo compliqué qui vainc Trapper. Trapper portait également une biobande et disparaît, soi-disant attaqué par les cartes volées, et son pouvoir est envoyé à Viper. Jesse devient aussi plus faible; Cependant, contrairement à Jaden,

Avec l'aide d'Axel, Jaden et le gang atteignent le cœur du complexe de Viper.

Au cours de son duel avec Viper, Jaden tente d'empêcher ses monstres de s'empoisonner avec le soutien de Jesse, Syrus, Hassleberry, Alexis et Jim / Shirley.

Jaden parvient à remporter une victoire contre Viper, avec l'aide du héros élémentaire Magma Neos, mais l'ensemble de Duel Academy se retrouve dans un autre monde.

Après que Jaden ait vaincu Viper, nos héros (Jaden, Syrus, Hassleberry, Alexis, Jesse, Jim [plus Shirley] et un Axel inconscient) sont arrivés dans un monde étrange. Chazz, Crowler, Bonaparte, Blair et Marcel, ainsi que le sous-marin Gecko Financial Group ont également été amenés dans cet étrange lieu. Ils cherchent des étudiants et constatent qu'environ 100 étudiants de tous les dortoirs (Obelisk Blues, Ra Yellows et Slifer Reds) ont également été transportés, y compris Adrian (qui, à leur avis, est de leur côté)

Quand Blair tombe malade, Jaden, Jesse, Axel, Jim / Shirley et Adrian (sous l’ordre de Marcel de surveiller Jaden, même si les autres pensent qu’il les aide), à la recherche de médicaments dans un sous-marin repéré par Bastion. bloqué par The Rock Spirit. Même s'ils s'échappent et atteignent le sous-marin, ils sont scellés à l'intérieur.

À l'Académie, une révélation sur les groupes bio est révélée. Au fur et à mesure que les étudiants perdent leur énergie, ils deviennent des goules Duel, comme Chazz et Syrus.

Jaden et Jesse reviennent avec le médicament pour Blair, mais Jaden doit se frayer un chemin à travers une armée de Duel Ghouls pendant que Jesse s'échappe avec Blair.

Alors que les étudiants restants commencent à manquer de nourriture, le possédé Marcel offre un défi. Si Jaden pouvait gagner en duel, ils pourraient avoir accès à la nourriture.

Jesse, Axel et Jim s'affrontent avec trois Duel Ghouls, qui ont été fusionnés avec des esprits monstres.

Alors que Jaden s'emploie à empêcher Marcel de libérer les Sacred Beasts, il se bat à contrecœur contre Chazz.

Adrian défie Marcel en duel et découvre le pouvoir d'Exodia.

Le dragon arc-en-ciel a été trouvé, mais un duel doit garder le portail ouvert suffisamment longtemps pour pouvoir être envoyé dans l'autre monde. Jesse se bat contre Zane pour atteindre cet objectif. Le duel est interrompu par l'arrivée de nombreux Duel Ghouls, mais la carte est toujours envoyée via le portail.

Alors que Jesse et Axel récupèrent le dragon arc-en-ciel, Jaden se bat contre Marcel afin de mettre fin à la folie qu'il a provoquée.

Jesse se joint au duel et convoque Rainbow Dragon pour aider Jaden à affronter les Sacred Beasts. À la fin, Jaden apprend que Marcel n'est qu'un fantôme du passé de Jaden: un esprit monstre nommé Yubel. Jaden révèle très peu de choses sur Yubel à Jesse,

Lorsque Rainbow Dragon renvoie l'Académie, Jaden découvre que Jesse n'est pas revenu. Il dit que c'est de sa faute et décide de le sauver. Shepard parle aux amis de Jaden de Yubel dont Axel a brièvement entendu parler pendant le duel. Quand un portail s'ouvre à une autre dimension, Jaden va le parcourir seul pour le retrouver, mais ses amis le soutiennent et finissent par lui envoyer, Syrus, Bastion, Jim, Axel, Alexis, Atticus, Chazz, Zane, Aster, Crowler et Echo y sont inclus.

Réunis avec Tania dans l'autre monde, Jaden et Bastion l'aident à sauver des monstres esclaves. Là, ils apprennent qu'en se battant dans ce monde, si vous perdez, vous allez vers les étoiles. Personne ne sait exactement où cela se trouve.

À son arrivée dans un village désolé, le gang découvre ce monde et ses maîtres brutaux: The fends of Dark World.

Jaden se rend dans un camp d'esclaves où des rumeurs courent selon lesquelles Jesse a été aperçu, et finit par affronter le démon du Monde Sombre nommé Zure.

Jaden met au défi Brron, le roi fou de Dark World, afin de mettre fin à son règne de terreur, mais il apprend que ses amis sont utilisés comme des sacrifices en direct pour réveiller une carte ancienne. En raison des dommages causés par Brad à Jaden, Chazz se rend dans les étoiles dès le premier sacrifice.

Alors que Chazz, Hassleberry, Alexis et Atticus disparaissent sous ses yeux, Jaden décide de se venger de Brron. Syrus doute de son ami et s'en va, accompagné de Jim et Axel. Jaden est tout seul et se sent responsable de tout ce qui leur est arrivé.

Rempli de doute sur Jaden, Syrus erre seul dans l'autre monde. Syrus rencontre également son frère Zane et ils ont à cœur de parler de son amitié avec Jaden. Zane s'en va mais refuse de dire pourquoi à Aster.

Jim et Axel traversent un village assiégé par l'armée du roi suprême. Après avoir vu la destruction causée par l'armée noire, Jim défie le roi, mais devient choqué lorsqu'il apprend qui il est vraiment. Jaden est le roi suprême.

Après avoir appris que Jaden est le roi suprême, Jim décide d'utiliser son œil d'Oricalcum pour tenter de le libérer. Il affronte Jaden en tant que roi suprême et utilise l’Œil pour voir l’intérieur de Jaden. Il voit qu'il y a toujours une bataille à l'intérieur de Jaden entre la bonne et la mauvaise partie de lui. Il essaie de le rejoindre, mais il ne peut pas franchir la barrière du roi suprême.

Jim fait de son mieux pour vaincre le roi suprême Jaden, mais une super polymérisation entraîne sa défaite. Axel finit par être effrayé par lui et s'enfuit, effrayé de lui faire face.

Le courage d'Axel commence à faiblir après avoir vu Jim disparaître, mais avec l'aide de Zane et d'Aster, il décide de finir ce que Jim a commencé et va vaincre le Roi Suprême.

Après avoir vaincu Skull Knight, Axel mène la rébellion contre le roi suprême. Il va avec Zane et Aster pour vaincre le roi suprême et récupérer Jaden.

Utilisant l'Oeil d'Oricalcum, Axel se sacrifie pour détruire le Roi Suprême et libérer Jaden. Ojama se souvient d’avoir vu Jesse comme une ombre le suivre, lui et Syrus, mais estime qu’il n’avait rien de juste.

Alors que Jaden reprend ses esprits, il réalise ce qu'il a fait, se blâme et attrape la fièvre. Le groupe est ensuite téléporté et confronté à Adrian, qui est venu dans l'autre monde pour trouver Exodia et devenir le dirigeant de cette dimension. Mais pour invoquer Exodia, il doit sacrifier son énergie en duel et utilise Echo pour le faire.

Adrian révèle que pour réclamer Exodia, il doit sacrifier son plus proche ami, Echo. Aster tente de l'arrêter, mais échoue. Il dit au reste d'entre eux de sortir et de se sauver. Il finit par aller dans les étoiles et Adrian s'en va chevauchant sur l'épaule d'Exodia pour devenir le souverain de ce pays.

Jaden commence à craindre sa carte de polymérisation à cause de tous les torts que cela a causés lorsqu'il était le Roi Suprême. Zane le duel pour faire voir à Jaden qu'il n'est pas prêt à aller nulle part pour essayer de trouver Jesse. Mais le cœur de Zane commence à échouer et ils doivent arrêter le duel.

Jaden apprend que le roi suprême fait toujours partie de lui. Pendant ce temps, Jesse est enfin retrouvé, mais il est sous le contrôle de Yubel. Lui et Zane se battent en duel, Zane déclarant qu'il préférait être envoyé en duel aux étoiles plutôt que d'attendre que son cœur lui fasse défaut en se couchant sans rien faire.

Dans ce qui semble être son dernier duel, Zane se bat contre Jesse et Rainbow Dark Dragon et ne perdra pas sans combat. Même si Zane fait de son mieux, il est vaincu par Jesse et est renvoyé dans les étoiles, mais le duel a également des conséquences sur Jesse.

Après avoir assisté à la défaite de Zane, Jaden, Syrus et Crowler entrent dans le portail afin d'affronter Yubel et de libérer Jesse de son contrôle. Pendant ce temps, Yubel, se remettant de son duel avec Zane, récupère dans sa forteresse, pour retrouver Adrian sur son trône et est furieux. Les deux se battent alors pour la domination sur la dimension alternative.

Le duel d'Adrian contre Yubel continue. Après que Yubel ait annulé complètement sa stratégie Exodius, Adrian commence sa stratégie de sauvegarde de Fog Castle et Fog King, prévoyant de rassembler à nouveau les cinq pièces d'Exodia dans sa main, mais Yubel le défait à la fin et Adrian est envoyé aux étoiles.

Après la défaite d'Adrian, Jaden se bat contre Jesse, toujours contrôlé par Yubel. Jaden essaie de sauver Jesse en allant dans sa tête pour le retrouver sous les instructions de Neos, mais réalise que Yubel a scellé l'esprit de Jesse dans quelque chose en plus de son propre corps. Il réalise alors qu'il est enfermé à l'intérieur du Rainbow Dark Dragon. Jaden est presque vaincu mais il entend la voix de Jesse l'appeler.

Le duel entre Jaden et Jesse continue. Yubel a finalement appelé Rainbow Dark Dragon et détruit Neos, mais Jaden réussit à éviter un coup final. Il utilise Super Poymerization mais Yubel utilise Last Trick pour voler la carte de Jaden. Malgré toutes les difficultés, Jaden réussit à sauver Jesse des griffes de Yubel, sacrifiant le duel pour le sauver. Bien que Jesse et Jaden aient été blessés, Yubel défie Jaden pour un autre duel.

Maintenant que Jesse est libéré de l'influence de Yubel et ne présente aucun danger immédiat, Jaden décide d'arrêter Yubel une fois pour toutes. Il monte là où Yubel attend et le duel reprend. Syrus le suit rapidement, mais Crowler et Jesse restent derrière, Jesse confiant à Jaden son jeu de Crystal Beasts.

Le duel entre Jaden et Yubel se poursuit. Jaden, qui a déjà pris sa décision, ressuscite la moitié sombre de son âme, le roi suprême. Mais cette fois, il a le contrôle. Il ne le laissera pas prendre le contrôle de lui cette fois mais l'utilisera pour de bon afin de pouvoir sauver tous ses amis, y compris Jesse, qu'il a entraîné dans cette affaire et continue de se sentir coupable.

Jaden utilise les cartes "Crystal Beast" qui lui ont été confiées par Invocation de "Rainbow Neos", l'équipant de "Rainbow Veil" et lançant une attaque sur Yubel. À son tour, Yubel se transforme en une seconde forme, active Demon's Rose et combat les dommages.

Chazz, Alexis, Hassleberry, Syrus, Atticus, Aster, Crowler, Axel, Jim et Jesse sont retournés à Duel Academy. Cependant, Jaden n'a pas été vu. La salle à manger de Red Dorm, après une semaine, a été décorée avec les photos de trois étudiants: Jaden, Bastion et Zane, dont aucun n'est revenu.

Un mois s'est écoulé depuis l'incident de Yubel. La vie à l'Académie a recommencé, mais Jaden est resté isolé dans les dortoirs rouges, sans faire un pas en avant. Au milieu des choses, le système de duel va soudainement mal tourner. Les cartes qui ne répondent pas à Solid Vision commencent à apparaître. Alexis, Chazz et Fujiwara ont examiné les salles informatiques afin d'aller au fond des choses. Pendant ce temps, Jaden a reçu un téléphone cellulaire d'un expéditeur inconnu et est informé de certaines informations énigmatiques.

Jaden a traversé Fujiwara et prend également une décision grave en soumettant sa notification de retrait au chancelier Sheppard. Jaden rencontre certaines personnes qui, selon Sheppard, n'acceptent pas sa notification de retrait: Sartorius et Kagemaru sont venus annoncer à Jaden qu'ils avaient pressenti une crise susceptible de se produire dans l'avenir. Puis, un homme mystérieux apparaît devant eux.

Axel a sauvé Atticus de Fujiwara; Jaden décide alors de se battre en duel avec Atticus afin de résoudre le mystère derrière Nightshroud. Atticus, empruntant le pouvoir de Nightshroud, invoque le dragon noir aux yeux rouges, puis sacrifie le dragon noir aux yeux rouges pour invoquer spécialement le dragon des ténèbres aux yeux rouges afin de lancer un assaut sur Jaden. Alors que le duel se poursuit, nous en apprendrons davantage sur le passé sombre d'Atticus et nous en découvrirons beaucoup sur Fujiwara et Nightshroud.

Honest est démasqué par Jaden et lance une attaque massive contrée par le pouvoir de Yubel dans l'âme de Jaden. Honest accepte de révéler le désastre mondial qui se produit actuellement, mais est rapidement détruit par le sinistre Trueman, qui a également l'intention de tuer tous les autres. Jaden ajoute Honest à son Deck et se prépare à affronter Trueman.

Hassleberry et d'autres étudiants prévoient d'organiser une soirée de duel en tant que fabricant de mémoire. Pendant ce temps, le cheminement de carrière d’Alexis est en tête, qu’il s’agisse de rester à l’Académie et de devenir professeur d’école pour enfants ou d’étudier à l’étranger. Au milieu de cela, lors de la tenue de la soirée du duel, des personnes ont formé des paires de garçons et de filles afin de se battre en duel avec les diplômés contre les étudiants. Alexis est accidentellement jumelé à Jaden de Hassleberry, mais ils ne coopèrent pas bien.

Blair a confirmé que les deux duels Jaden et Alexis ne sont pas sur la même page et posent sournoisement une carte face cachée. Ensuite, Jaden dit à Alexis de vérifier sa carte face cachée, mais met en scène son propre duel, peu importe ce à quoi elle peut s’attendre. Blair a ouvert sa carte face cachée à Alexis, qui se fâche devant la situation. Mais après un moment de compréhension, Alexis surmonte les difficultés avec les cartes face cachée de Jaden, remportant le duel et prenant sa décision quant à son avenir. Plus tard, elle remercie Jaden et avoue presque ses sentiments pour lui.

Sorti de nulle part, la personne qui a agressé le chancelier Sheppard apparaît. Il s’agit de Makoto Inotsume, un détenteur du Psycho-Style, créé à peu près à la même époque que son rival Cyber-Style. Son objectif était de vaincre le Cyber-Style pour faire de Psycho-Style l’école principale. Pour atteindre son objectif, il défie l'affaiblissement de Zane Truesdale, qui se fait face.

Syrus décide de prendre la place de son frère et du duel Inotsume. Cependant, sa pratique avec le deck de Zane ne va pas bien. Il se rend compte qu'il ne réussira pas s'il essaye seulement d'imiter son frère, et décide "d'écouter" à la fois le son et celui de Zane. Finalement, Syrus et Inotsume se battent, et une bataille entre Cyber Dark Dragon et Jinzo s'ensuit.

Chazz veut être un duelliste professionnel sans l'aide de ses frères, mais il n'a reçu que des avis de rejet. Crowler, qui ne peut supporter de voir Chazz en tant que tel, l'amène chez le croiseur d'Aster et demande à Phoenix de faire de Chazz son disciple. Cependant, la vie quotidienne d'un pro-duelliste dépasse l'imagination la plus folle de Chazz. Appel à la recherche d'articles à sept heures du matin, aux énormes files d'attente pour les événements de poignée de main et à ce qui le choque le plus, Aster, admiré comme un génie, passe par un entraînement au duel difficile et sanglant avec un entraîneur.

L'erreur de Chazz fait quitter Aster à la Pro League et disparaît complètement. Entre temps, le garçon a été découvert par Mike, un directeur de télévision, et s’est essayé au siège d’un duelliste star. Le prochain gadget de Mike est "Clash enseignant-élève! Aster vs Chazz !!" . Cependant, il y a un certain secret derrière la retraite de la Ligue Aster d'Aster.

Quand Crowler regarde l'album de graduation, il commence à se comporter de manière anormale. Il dirige des classes rigides sans raison, oblige ses étudiants à dicter des tables de multiplication et leur demande de faire des pompes ... à la fin, ils finissent par boycotter les leçons et fuient. Jaden défie ensuite Crowler en duel, le premier depuis les examens d'entrée.

Le Duel de remise des diplômes de la Duel Academy commence et Jaden a été inondé de défis pour le Duel. Et ainsi, Sorano, un étudiant talentueux de deuxième année du Blue Dorms, le défie. Pendant ce temps, Axel a eu vent d'une catastrophe à Domino City, car Trueman est sorti de l'ombre et est prêt à mettre son projet à exécution.

Axel s'est battu contre Trueman, qui l'a raillé avec des souvenirs et des pensées douloureuses. Trueman bat Axel et tous les souvenirs du garçon sont effacés, comme s'il n'avait jamais existé. Jaden arrive dans la ville de Domino pour enquêter et se retrouve face à face avec une armée de méchants Axels.

Sartorius sauve Jaden de Trueman et lui annonce une nouvelle importante: l'émissaire sombre va attaquer la Duel Academy. Cependant, Sartorius arrête soudainement le garçon et le défie en duel, le rendant incapable d'invoquer des monstres avec son combo Arcana Force 0 - The Fool and Tour of Doom .

Jaden est coincé dans une situation difficile alors que son pont diminue progressivement grâce à Semer du Fou . Il y écoute Winged Kuriboh et parvient à se venger de The Dark Ruler. Jaden entend Sarina, alors qu'il est coincé dans le coin avec 13 cartes restantes, et elle le presse de sauver son frère. Jaden se rend compte qu'il doit vaincre Sartorius pour le comprendre et le sauver.

Jaden a terminé son match avec Sartorius et s'est dirigé vers l'Académie, mais cette fois, Trueman bloque son chemin, ce qui mène à un duel. Trueman a commencé la bataille en utilisant un deck Crystal Beast, que seul Jesse devrait posséder. Jaden est choqué, réalisant que Jesse est tombé dans les griffes de Trueman.

Trueman a possédé le corps de Sorano et a assailli un à un les étudiants de l'académie. Les étudiants qu'il a vaincus sont entraînés dans le néant et leurs souvenirs sont effacés de la population. Chazz et les autres tombent également face à Trueman, et Atticus, après les avoir oubliés, serpente tout seul autour de la stérile académie. Jaden et Jesse parviennent à le rejoindre, puis le véritable cerveau derrière Trueman se présente enfin ...

Fujiwara parle des merveilles du monde des ténèbres, mais Atticus ne partage pas les mêmes sentiments. Fujiwara a activé le Field Magic, Clear World et infligé l’effet négatif sur Atticus, qui est plongé dans une situation difficile. Fujiwara lui montre les ténèbres dans les cœurs de Chazz, Alexis, Syrus et les autres, afin de porter le coup de grâce contre lui.

Jaden et Jesse forment une équipe et entament leur duel contre Fujiwara, qui déploie Clear World et active Negative Effect, en lançant une puissante attaque contre Jaden en utilisant un combo de ses monstres. Cependant, Jaden évite le désastre avec Jesse le secondant. Fujiwara furieux, comprenant qu'il ne peut gagner, à moins de rompre les liens de Jaden et Jesse, a jailli dans l'esprit de Jesse à la recherche de l'obscurité dans son cœur.

Fujiwara tente d'utiliser les ténèbres dans le cœur de Jesse pour détruire les liens étroits qui unissent Jaden et Jesse, mais en vain. Fujiwara, leur lien l'exaspérant, a activé Attribute Gravity et Attribute Chameleon . Les deux effets mis en mouvement par Fujiwara ont provoqué l’attaque réciproque des monstres de Jesse et de Jaden, et Jesse ne résiste pas à la frappe. Cependant, Honest apparaît devant Fujiwara et lui rappelle de tristes souvenirs.

Jaden réussit à séparer Nightshroud de Fujiwara, mais le monde est toujours plongé dans les ténèbres d’une éclipse solaire totale. Au milieu de cette obscurité, finit par arriver le véritable Nightshroud, qui informe Jaden que le monde des ténèbres a été créé dans les ténèbres du cœur de tous les duellistes. Jaden défie Nightshroud afin de sauver tout le monde de son monde. Nightshroud active le combo de terreur, Zero et Infinity, et ironiquement, la seule aide dont Jaden a bénéficié vient de Yubel.

Jaden fusionne Neos et Yubel, convoquant Neos Wiseman et attaque Nightshroud. Cependant, Nightshroud a un sourire détendu sur son visage. Il ravive son œil de ténèbres et active ses combos Zéro et Infini. Au milieu de son offensive et de sa défense en dents de scie, Nightshroud révèle la vérité choquante: Nightshroud lui-même est l'incarnation de l'avenir de l'humanité. Jaden se bat contre le destin de toute sa vie en encourageant tout le monde à ne pas craindre l'avenir et en se concentrant sur la lumière dans leurs âmes et leurs cartes et en invoquant E-Hero Divine Neos pour un affrontement final.

Jaden et ses amis ont réussi à se rendre à la cérémonie de remise des diplômes. Ce soir-là, une fête de remerciement est organisée, mais Jaden n’est nulle part ailleurs. Dans son dortoir, il compte faire ses bagages et s'aventurer dans l'aventure qui lui est destinée. Quand Kuriboh ailé apparaît devant lui et le conduit à la galerie d'exposition. Là-bas, Yugi Muto l'attendait et lui dit qu'il est temps d'entamer le véritable duel de remise des diplômes. Yugi informe un Jaden douteux que Jaden a gagné beaucoup de pouvoir au cours des trois dernières années, mais qu’il a perdu quelque chose de spécial et qu’il doit le récupérer. Une fois qu’il tient sa carte par-dessus le pont, un glissement de temps dans le monde du passé vient de nulle part. Yugi du passé attend, qui, en le combattant, permettra de récupérer cette chose spéciale. Le duel commence et quand le duel commence à chauffer,

Yami Yugi parvient à invoquer l'un des dieux égyptiens, mais la fin du Duel n'est jamais montrée. Après le duel, Jaden découvre que la chose qu'il a perdue était une passion pour le duel. Le spectacle se termine avec Jaden, l'esprit de Banner, et Pharaon courant au loin, dans l'attente de leur prochaine aventure.