遊城十代は、デュエルアカデミア高校の入学試験に向かう途中で、伝説のデュエリスト・武藤遊戯に出会い、1枚のカードをもらう。十代は遅刻して会場に着き、試験を受けさせて欲しいと頼むが、クロノス教授は筆記試験の成績がよくない十代の試験を無駄だと言う。十代ＶＳクロノスの決闘が始まる。クロノスのレアカード「アンティーク・ギアゴーレム」は攻撃力3000と強力で、十代はダメージを受ける。追いつめられた十代は、モンスターの声を感じる。それは遊戯からもらったカード「ハネクリボー」だった…。

アカデミアでの生活が始まり、オシリスレッドという寮の配属される。そこは劣等生が集まるおんぼろの寮だった。　十代は優等生のオベリスクブルーの万丈目ともめ事を起こし、深夜、互いのベストカードを賭けてデュエルする。十代VS万丈目の決闘。抜け目ない万丈目による融合モンスターのコントロールを奪う戦略により、十代は自分の主力モンスター「フレイムウィングマン」の攻撃を受けてピンチになる。

クロノスは明日香の偽ラブレターで十代を罠にはめようとする。しかし、かかったのは翔だった。女子寮で取り囲まれた翔を助けるたけに、十代VS女王・明日香の決闘が始まる。明日香のサイバー・アスリート・デッキから「エトワールサイバー」「ブレードスケーター」「サイバーブレイダー」の華麗で強力なモンスターが登場し、十代を追いつめる。だが十代は、新たなるエレメンタルヒーロー「サンダージャイアント」を喚ぶ・・・。

月に一度のテストが行われる。十代は寝坊した上に、途中で荷物を運ぶおばさんを助けて、さらに遅刻する。筆記試験が終わり、生徒たちは購買部で新カードを手に入れるが、遅れた十代は手に入れそこねる。助けたおばさんは購買部員で、１枚のカード「進化する翼」をくれる。　デュエル実技試験は十代VS万丈目の決闘になる。万丈目のVWXYZの５体の強力コンボに太刀打ちできない。十代はおばさんからもらったカードを見てひらめく。

十代たちは、生徒が次々に消えたと言い伝えられる幽霊寮に行き、明日香の兄の手がかりを探そうとする。十代たちの前に怪しい風貌の男タイタンが現れ、デュエルを仕掛ける。クロノスが雇った「自称・闇のデュエリスト」だった。十代VSタイタンの決闘。タイタンのデッキは闇のゲームを髣髴させるダークで危険なものだ。十代のライフが減るとき、体の一部も消える。本当に闇のゲームなのか…!?。

十代VSタイタンの決闘（2）。タイタンのダイスは当たり続け、十代は追い込まれて、体がさらに消えていく。やがて十代は意識を失いかけるが、ハネクリボーの声に呼び覚まされる。タイタンのカラクリを見破り、偽・闇のゲームは終了したかに見えたが…。本当の闇のゲームが発動し、闇にとりつかれたタイタンとの決闘になる…。そしてもう一人、ハネクリボーの声を聞く者がいた。

幽霊寮への侵入がばれて、十代は翔とのタッグデュエルで、クロノスが用意する相手と戦って勝たないと、退学にされる。十代は翔を励ますが、翔は自信が持てない。翔を特訓するデュエルが始まる。翔のデッキは乗り物系だ。十代は、翔があるカードを引いたときに、表情が一変したのを見逃さなかった。それは「パワーボンド」という超強力カードだが、翔はかつての苦い経験から、それを使うことができない・・・。

十代は、翔の心の傷を知るために、兄であり、カイザー（帝王）の異名を持つ強豪デュエリストの亮に挑む。十代VS亮の決闘。亮の「サイバードラゴン」を基本にして、縦横に融合して強化されるデッキは、十代のEヒーローデッキにも通じるところがある。互いに認め合う。帝王・亮に対して善戦する十代を見て、落ち込んでいた翔の中で何かが吹っ切れる…。

引きこもりがちの隼人を、父・熊蔵が学園に乗り込んで実家に連れて帰ろうとする。隼人VS熊蔵の決闘。世界的にも高名なデュエリストである熊蔵の一撃必殺のデッキは、なんと「酔いどれデッキ」だった。唖然とする一同。隼人は「コアラ」系モンスターで対抗する。熊蔵の酔いどれモンスターは、見た目に反して手ごわい。そして一撃必殺の永続魔法「ちゃぶ台返し」が爆裂する…。

学園残留をかけた十代＆翔VS迷宮兄弟の決闘が始まる。迷宮兄弟は、クロノスが雇った伝説の強力タッグ屋だ。迷宮兄弟は数ターンのうちに「雷魔神」「風魔神」「水魔神」を召喚し、融合して「ゲート・ガーディアン」を召喚する。十代は迷宮兄弟とのデュエルを楽しむが、翔はヤル気と不安が入り交じって、攻撃が裏目に出る。

攻撃力3750のゲートガーディアンを前に、十代と翔は苦戦する。十代は翔に「お前ならできる」と励まされて、少しずつ自信を取り戻す。魔法カード「シールドクラッシュ」で、ゲートガーディアンを破壊する。だが迷宮兄弟は、自らのライフを半分支払う決死の覚悟で、さらに強力な攻撃力3800の「ダーク・ガーディアン」を喚ぶ。さらにピンチになる十代＆翔コンビに勝機はあるのか…？

ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではNo１クラスの優等生だ。十代は陽気で屈託のない三沢を好きになる。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場がそろそろ危うい。イエローNo.1新入生の三沢と学園残留を賭けてデュエルする。三沢VS万丈目の決闘。万丈目は炎属性デッキで挑む。対する三沢は、酸素・水素の小型ドラゴンをベースに、化合して水属性の強力な「ウォーター・ドラゴン」を召喚する…

行方不明の万丈目を探すうちに、人間の手によって改造されたデュエル猿（SAL）に出会う。SALは女子を人質にとり、脱走させろと主張する。十代はSALに、デュエルでハナシをつけようと持ちかける。十代VS SALの決闘。SALのデッキからは「怒れる類人猿」「アアクロバットモンキー」の猿系モンスターが召喚される。だが「DNA改造手術」「野生解放」によって自らのモンキーが破壊される・・・あたかもＳＡＬ自身の未来を暗示してるかのように。

冬休みでほとんどの生徒が帰省し、学園はひっそりとする。オカルトを研究している高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺の話では、その後、サイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生け贄にすべく狙っていると言う。十代は、消えた高寺を追って、まだ不完全な体のサイコショッカーの精霊とデュエルする。十代ＶＳサイコショッカーの決闘。サイコの永続魔法「エクトプラズマー」により、次々と十代のライフが削られる…そして、ついにサイコがデュエルでも召喚される。

テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、バツとして、テニス部の熱血部長の綾小路にしごかれる。明日香と話していると、綾小路が勘違いをして、フィアンセの座をかけてデュエルで決着をつけようと言い出す!?。十代ＶＳ綾小路の決闘。テニス一色の綾小路のデッキからは、伏せたカードの種類を当てさせ、外れたらライフを削る攻撃が炸裂する。テニスさながらの雰囲気でのデュエルに、十代は戸惑う。

深夜にオベリスクブルーの生徒が、謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が頻発する。クロノスは十代に犯人探しを命じる。ラーイエローの大原は、大きな男だが、おとなしくデュエルの腕もない。親友の小原は、デュエルの実力はありそうだが気が弱く、試合では負けてばかり。ブルーの生徒にバカにされても何も言えない。夜、犯人を追った十代が捕えたのは、大原だったが…。十代ＶＳ大原の決闘。

十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、ここ数日、何者かに盗まれて、もうないと知る。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗む、とても「引き」の強い者のようだ。半ば野生化した元ブルーの生徒の大山（たいざん）を捕らえる。「引き」を強化するため、一年間、大自然の中で荒行をしていた男だ。十代ＶＳ大山の決闘。大山のデッキは「引き」のみに賭けた無謀で大胆なデッキだ。

学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになった。だが前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれる。神楽坂はクロノス、翔を一瞬で破り、十代の前に現れる。十代ＶＳ神楽坂の決闘、それは十代ＶＳ遊戯デッキの決闘でもあった。神楽坂は、トップデュエリスト達のテクニックを研究し尽くしている。遊戯のデッキを卒なく使いこなし、遂にはブラックマジシャン等を召喚する。

十代は、遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に苦戦する。LPは既に1300VS4000。攻撃力2800の「混沌の黒魔術師」「ブラックマジシャン・ガール」「カオスソルジャー」などに圧倒される。精神面でも追い込まれた十代は、次第に平常心を失い、デュエルキングに勝つことはできない、とあきらめかける。だが、敵にはなく、自分のみが持つ強さにやがて気づく。

十代の部屋に転入生の少年レイが加わる。だが風呂に入らなかったり、カイザーに執着を持ったりと不可解なことがある。レイがカイザーの部屋を物色した時、後を追った十代はレイの秘密を知る。十代だけがブルーの生徒に捕まるが、レイのことは言わなかった。秘密を賭けて、十代ＶＳレイの決闘が始まる。レイは「恋する乙女」など恋愛テイストのデッキだ。それはレイの気持ちを象徴していた。

学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代ＶＳ三沢の決闘。三沢は十代を打ち破るために、綿密な計算のもとで７番目のデッキを準備する。三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Ｅヒーローで対抗する十代だが、それは三沢の戦略にはまっていた…。　一方、学園の謎をスクープして一攫千金を狙う男が潜伏し、十代に接触する。

「融合」を三沢に封じられた十代は、Ｅヒーローを進化させることができず苦戦する。三沢のウォータードラゴン（攻撃力2600）に、フィールド魔法「摩天楼」でＥヒーローをパワーアップさせて拮抗する。しかし、三沢の抜け目ない戦略により、ダイヤモンドドラゴンを前に、十代の場はガラ空きにされてしまう。だが十代は新しいＥヒーロー「ワイルドマン」を召喚する…。

十代を排除したいクロノスは、最終兵器（？）として、茂木を動員する。茂木とデュエルした者は、2度とデュエルを出来なくなっているという。十代ＶＳ茂木の決闘。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力300で、とても頼りない感じだ。だが、しだいに「怒れるもけもけ」「キングもけもけ」と形をかえて、攻撃力3000の強力モンスターとなって十代を脅かす。一方、観戦していた明日香たちは、戦闘意欲がなくなりはじめる。

格下寮の十代、三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息絶え絶えに大海原を彷徨っていた。謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。しかしそこでは、カードをゼロから集める苦行と、ノース校の生徒たちとのデュエルが待っていた。そしてついに万丈目ＶＳノース校のキングの決闘。あらゆる苦難を乗り越え、一回り大きくなった万丈目の実力は…!?

アカデミアとノース校との対抗戦。意気揚々とする十代の前に現われたのは、たくましくなった万丈目だった。ノース校では「万丈目サンダー」と呼ばれている。十代VS万丈目サンダーの決闘。万丈目一族の力で、デュエルはテレビ中継される。万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップモンスターで、ターン毎に強力になっていく。さらに強力なモンスター効果で、十代のEヒーローはなすすべもない…。

万丈目のアームド・ドラゴンはレベル７（攻撃力2800）になり、十代は防戦一方になる。十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃する。十代は、万丈目の気持ちが自分にではなく、客席の兄に向けられていると気づく。万丈目は再びアームド・ドラゴンLV７を召喚する。しかし、精神的に優位に立った十代は鮮やかな反撃を企てる。

大徳寺先生の誘いで、十代たちは課外授業で古代遺跡に行く。そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑をかけられる。大徳寺たちの身柄をかけて、十代VS墓守の長の決闘が始まる。それは闇のゲームで、十代はリアルな痛みを感じる。墓守デッキからは「墓守のアサシン」「墓守の呪術師」などが召喚され、さらにフィールド魔法『王家の眠る谷－ネクロバレー』により、墓地への干渉ができなくなる。

十代はハネクリボーの進化コンボを封じられ、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚する。墓守一族の連携プレーに十代のライフは500に下がる。墓守のアサシンは、攻撃を一瞬躊躇する。その瞬間に十代は体制を建て直し、エッジマンをドローする。しかし、いけにえがないため召喚できない・・・。

十代たちは、７人の刺客「セブンスターズ」の手から、アカデミアの奥にある３枚のカードを守るために、校長より７つの鍵を渡される。１人目の刺客「ダークネス」が十代の前に現れる。十代VSダークネスの決闘。敗者はカードに魂を封印される闇のゲームだ。さらに翔と隼人が人質に取られる。ダークネスはレッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚して十代を圧倒する。

LPは早くも 700VS3000 で十代が不利。ダメージの度に自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険になり、心身ともに辛い状況になる。ダークネスは、ついにレッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚する。墓地の７体のドラゴンの力で、攻撃力は4500になる。十代はワイルドマンと魔法「ワイルドハーフ」を巧みに使ってレッドアイズのパワーを下げ、ワイルドジャギーマンを融合召喚するが・・・。

クロノスを破ったカミューラは、次の対戦相手に、ルックスが好みのカイザー亮を選ぶ。カイザー亮VSカミューラの決闘。カイザーは序盤から容赦なく、パワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）で攻撃するが、亮のデッキを知り尽くしたカミューラにかわされる。カイザーは「サイバーバリアドラゴン」「サイバーレーザードラゴン」と多彩な攻撃で、カミューラを追い込む。だがカミューラは魔法カード「幻魔の扉」を使うとき、闇の力によって卑怯な戦法に出る・・・。

十代は吹雪から闇のアイテムを受け取り、カミューラに決闘を挑む。復活した十代VSカミューラの決闘。十代はテンペスター（攻撃力2800）を召喚する。カミューラは「幻魔の扉」で、明日香たちを生け贄にしようとするが、十代の闇のアイテムに妨げられる。自らを生け贄にして、テンペスターを奪い、十代のライフを一気に1200まで下げる。十代のデッキを盗み見ていたカミューラに、十代の戦略は通じない・・・。

重いデュエルが続いて十代は落ち込んでいる。ハネクリボーの導きで、温泉の向こうの精霊界へ足を踏み入れる。そこに精霊カイバーマンが現れる。「ブルーアイズ」のカードが十代と戦いたがっている、と言う。十代ＶＳカイバーマンの決闘。海馬瀬人のデッキそのものだ。ブルーアイズ、白龍の聖騎士の前に、いつしか十代は本気のデュエルをする。ついにアルティメットが召喚される…。

万丈目の兄がアカデミアを買収しようとする。買収の条件として、万丈目サンダーＶＳ万丈目の兄・長作の決闘が始まる。万丈目は攻撃力500以上のモンスターを使えないハンデを背負わされるが、なんとか弱小モンスターをかき集めて、デッキを構築する。召喚するモンスターは守備表示でしのぐしかできない。長作は攻撃力2500級のドラゴンで攻勢をかける。だが、お邪魔トリオ３体を場にそろえた時、万丈目サンダーの反撃が始まる…。

３人目の刺客はアマゾネスの「タニヤ」。三沢を指名して、負けたら婿になれという。三沢ＶＳアマゾネス・タニヤの決闘。徹底して計算された三沢の化学デッキは、プラスとマイナスの磁気モンスターを使いこなして、バトルの主導権を握る。しかし、タニヤのアマゾネスデッキは大雑把なイメージとは違い、実はよく計算されたデッキだった。積極的に好意を伝えるタニヤに、冷静な三沢は精神的にも揺さぶられる。

三沢はタニヤの婿として連れ去られたが、一夜で解放される。タニヤの体力、精神力、デュエルのレベル、どれも三沢が及ばないパワーだと言う。十代は興味を持ち、タニヤに勝負を申し入れる。十代ＶＳタニヤの決闘。「アマゾネスの剣士」とバトルして勝ってもダメージは十代に降りかかる。またフィールド魔法「アマゾネスの死闘場」は、互いの体力の限りを尽くしてバトルする肉弾戦のようだ。２人は戦ううちに互いを認め合う。

島に大金持ちのアナシスという男が上陸し、三幻魔のカードを賭けて「闇のデュエル」をしようという。海底でいざデュエルというときに、アナシスが「海のデュエル」と「闇のデュエル」勘違いしていたことに気づく。海のデュエルをしたい十代は、決闘を申し込む。十代ＶＳアナシスの決闘。フィールド魔法「伝説の都アトランティス」で、アナシスの水属性モンスターが有利になる。「暗黒大要塞鯱」「海竜ダイダロス」等の強力水モンスターに十代は苦しむ。

十代たちの「七精門の鍵」が盗まれる。学園に潜伏していた黒サソリ盗掘団５人衆の仕業だった。事件を解決した万丈目VS黒サソリ団（リーダー＝ザルーグ）の決闘が始まる。万丈目はアームドドラゴンのレベルアップで攻めるが、黒サソリ５人衆に封じされてしまう。5人のコンビネーション攻撃をくらい１ターンで2000LPを失い、もう一度攻撃を受ければ万丈目は負ける。万丈目はおジャマトリオに賭ける。

セブンスターズの次なる刺客は「アビドス３世」。古代エジプトで無敗を誇った「デュエルの神」と呼ばれた少年王だ。十代VSアビドス３世の決闘。十代は互角の勝負をし、アビドスに「お前は本当は弱いだろう」と言う。アビドスは初めて決闘の手ごたえを感じ、嬉しくなる。アビドスは場に３つの棺をそろえて「スピリッツ・オブ・ファラオ」を召喚し、同時に４体のシモベで脇を固める。だが十代も反撃にそなえ大きな布石を打っていた…。

明日香は記憶が戻らない兄の看病を続ける。兄の記憶をかけて、明日香はタイタンと決闘する。タイタンは以前のインチキ決闘者ではなく、真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは「デーモン・マタドール」系モンスターと、「闇の闘牛場～ダーク・アリーナ」で明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。明日香の「サイバー・ブレイダー」は、暗闇で攻撃対象を選べず、マタドールに破壊される。

学園祭でコスプレデュエル大会が開催される。明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンに扮装する。十代とのデュエルに、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補する。十代VSブラマジガールの決闘。ブラマジガールのかわいくて、意外（？）に強力なデッキから、マジシャンズ・ヴァルキリア、ブラマジガールなどが召喚され十代は押される。これ程の実力を持つ少女は、アカデミアにはいないはずだが…。

ギャンブル界で成功した青年「ボーイ」が、アカデミアに乗り込んで、自分をセブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイの戦術は、コインの表裏を当ててデュエルをリードするギャンブルデッキだ。「セカンドチャンス」で２回のコイントスをし、確実に表裏を当てていく。しかし明日香は、幼少期からボーイの弱点を見抜いていた…。

大徳寺先生が消え、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入る。一方、明日香は消えた吹雪を追って、最後のセブンスターズである謎のデュエリストと決闘するが、圧倒的な力の差で負ける。万丈目も大徳寺の手がかりを追って、謎のデュエリストにたどり着き決闘するが負ける。大徳寺は無事なのか・・・？、そしてこの謎のデュエリストの正体は・・・？

七精門の６つの鍵が開く。十代は廃寮に行き、大徳寺のミイラ死体を見つける。最後のセブンスターズ「アムナエル」が現れる。十代ＶＳアムナエルの決闘。敵は錬金術の考え方をベースにしたデッキだ。十代は多彩な属性のＥヒーローで攻撃する度に、永続罠「エレメンタル・アブソーバー」に無効化される。さらに錬金釜カオス・ディスティルから次々とモンスターが現れ、ダイレクトアタックを仕掛けてくる。

アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体もまた大徳寺であった。この姿は錬金術の力で人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオス、双子の太陽等を使い、舞台を太陽系宇宙に変える。構成する惑星には、明日香、万丈目、吹雪が閉じ込められていた。十代は惑星直列の攻撃を受ける。ついに三つ子の太陽（攻撃力3900）が現れる・・・。

万丈目は明日香への恋心が抑えられなくなる。吹雪にそそのかされて、七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要する。万丈目ＶＳ明日香の恋を賭けた決闘。万丈目は「恋文」「秘めた思い」のカードを使いつつ、勝手に恋の誇大妄想をする。おジャマトークンとおジャマキングで明日香のモンスター召喚を封じて勝利をつかみかけるが、「恋に勝つこと」を優先して、好機を逃す。明日香は「サイバーエンジェル」で逆転を狙う。

理事長の影丸老人が七精門の鍵を奪い、「三幻魔」のカードを手中にする。十代ＶＳ影丸老人の決闘。影丸は、第１の幻魔「神炎皇ウリア」を召喚する。攻撃力は墓地の罠カードの数×1000で、相手の罠を跳ね返す。十代はウリアを破るが、その度に簡単に復活される。さらに第２の幻魔「降雷皇ハモン」（攻撃力4000）が召喚され、十代は２体の幻魔を前に、苦しい状況になる。影丸は幻魔を通じて、デュエルモンスターの精気を得て、若い肉体になる。

十代に立ちはだかる２体の幻魔の攻撃力は5000と4000。さらに第３の幻魔「幻魔皇ラビエル」（攻撃力4000）も召喚される。影丸の狙いは十代をも取り込んで、デュエルモンスターから永遠の生命を得ること。十代はLPが600に下がる。だが大徳寺が残した謎のカードに願いをかけ、シャイニングフレアウィングマンの融合と解除を巧みに使って、ピンチをしのぐ。エリクシーラーにそのカードを装着して、一気に逆転を狙う。

隼人は、絵がうまく、Ｉ2社のカードデザインコンテストで優勝する。だがクロノス教諭との試験デュエルに勝たなければ、希望するカードデザイナーになれない。隼人ＶＳクロノスの決闘。隼人にプレイミスはなく、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負をするが、次第にアンティークギアゴーレムに圧倒されて、くじけそうになる。一年前のオーストラリア旅行での決心を思い出し、魔法「エアーズロック・サンライズ」で逆転を狙う・・・

学園トップのカイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名する。十代ＶＳカイザー亮のデュエル。気負った十代は普段よりも周到になり、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。だがカイザーは１ターン目からサイバーエンドドラゴンを融合召喚する。致命ダメージは避けるが、カイザーの巧みな融合と解除により、十代は主導権を奪われる。ついにパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）を召喚される。

十代は、強化したサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP＝100で食い止める。空腹の十代はオニギリを食べて、本来の自分らしさを取り戻す。そして地水炎風の４属性のEヒーローを揃えて、罠カードでカイザーのフィールドを一掃する。だがカイザーは再び強化サイバーエンドを召喚し、さらに「リミッター解除」で攻撃力を16,000に引き上げる。「融合」を得意とする２人の戦いのスケールが極限に達する・・・。

十代たちは2年生に進級する。おとなしそうな新入生が十代とデュエルする。新入生のデッキは強力ではなかったが、それもそのはず、直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだった。それでも「大天使ゼラート」で、十代のＬＰを1200までに下げる。デュエル中に携帯電話で謎の男と話して、このデュエルが男の予言通りで面白みのないものだと実感する。翔たちは、新入生が著名なスターデュエリストのエド・フェニックスであると気づく・・・。

万丈目は、中等部でトップの成績だったエリート新入生の五階堂とデュエルする。かつては中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使う万丈目を、新入生は落ちぶれたと言う。万丈目は、XYZコンボで格好よく先制攻撃をするが、「ギルフォード・ザ・レジェンド」などの戦士族デッキに反撃される。しかし万丈目は動じず、この１年間の集大成を見よ！とばかりに、「メカおジャマキング」を使う…

イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がる。クロノスが用意した、ブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことが条件だ。翔は怯えるが、十代たちの言葉にヤル気を出し始める。翔はビークロイドデッキで、蘭は昆虫デッキで戦う。蘭は翔のフィールドにアリを増殖させ、それを攻撃することで、「インセクト・プリンセス」の攻撃力を2900まで上げる。翔は「パワーボンド」をあえて使わずに戦い、3体のビークロイドを合体させて「ジャンボドリル」を召喚する。

プロのデュエルリーグで、カイザー亮とエド・フェニックスがデュエルする。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは違うカードや戦術を持ち、「フェニックスガイ」を融合召喚する。カイザーはサイバードラゴン系で迎え撃つ。十代たちは、かつての戦いぶりから、エドを強くないと思う。ついにカイザーはパワーボンドで強化したサイバーツインドラゴンで王手をかけるが…。

どちらが真のヒーロー使いか決着をつけよう ～十代VSエドのデュエルが始まる。十代はフレイム・ウィングマンで先制攻撃をする。すぐにエドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちをしかける。さらに戦いは、シャイニング・フレア・ウィングマンＶＳシャイニング・フェニックスガイの上級融合Ｅヒーローの戦いになる。エドは、能天気にヒーローに憧れる十代を認めない。

エドはフィールド魔法「幽獄の時計塔」を発動させ、不気味に運命の時を刻む。さらに「Ｄヒーロー」シリーズのモンスターを次々と召喚する。それはディスティニー（運命）に導かれた、Ｅヒーローよりも上級のモンスター群で、時間を自由に操るという。十代は自軍のヒーローを消されて数ターン先に飛ばされ、復活した時には敵に操られて攻撃を受けるコンボに苦しむ。ついに時計塔に幽閉されいていたＤヒーローが現れる。

十代はエドに負けて、カードが白紙にしか見えなくなる。　一方、クロノスたちの命を受け、吹雪が、妹の明日香とデュエルする。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビを組んで芸能界デビューしたい。吹雪はフィールド魔法「究極のステージ衣装」を発動し、モンスターを3000ポイント上昇させる。しかし、衣装が大きすぎて身動きがとれず、攻撃時は元の攻撃力のままという効果で役に立たない。明日香は儀式モンスター「サイバーエンジェル」シリーズで対抗する。

万丈目の前に、神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードをテーブルに伏せたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦い方だ。「ザ・ハングドマン（吊るされた男）」は正位置か逆位置かによって、まったく逆の効果を発揮する。…運命を絶対とする斎王と、運命を自ら切り開く万丈目の対決になる。

失意の十代は亜空間をさまよう。不思議だがフレンドリーなイルカ型宇宙人の導きで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コ社が宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。だがそれは宇宙意思の力により、完全なるカードに進化していた。十代は敵性宇宙生物とデュエルする。宇宙の果てにあるエネルギー体「ネオスペース」の力を得て、モンスターをパワーアップさせるという新デッキのコンセプトを、十代は理解し始める。

イエロー寮長の樺山教授は、カレーをえさに、レッド寮に入り浸りっぱなしのティラノ剣山たちをイエロー寮に連れ戻そうとする。剣山ＶＳ樺山のデュエル。樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、ニンジン、ポテト、玉ねぎを順にゲームから除外させて、ついに「カレー魔人　ルー」を召喚する。ルーは、スパイスカードにより、攻撃力４１００にまで上がる。それはまるで、用意周到に準備して、じっくり煮込んだカレーのようであった。

十代の留守中に、翔とティラノ剣山が、「十代の弟分」の地位をめぐってケンカする。翔ＶＳ剣山の、アニキへの熱き想いを賭けたデュエルが始まる。まず剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が、翔にダイレクトアタックを決める。翔は永続罠「サイバー・サモン・ブラスター」で、剣山のライフを少し（300）ずつ奪う。さらに「レスキューキューロイド」「デコイロイド」で防御コンボを完成させる…

プロリーグでエドに負けて以来、カイザー亮に精彩がない。怪しいプロモーターに誘われ、地下デュエルに出場する。野蛮な観客の前で、体を張った見世物的要素の強いデュエルだ。カイザー亮ＶＳ犬飼のデュエル。サイバードラゴンなどの機械族を錆びつかせる「酸のラストマシンウィルス」により、カイザーはモンスター召喚を封じられた上に、ダメージを受ける。ＬＰが減る度に体に電流が流され、観客は興奮する…。

森で迷子の十代は、空腹で薄れ行く意識の中で、今までのデュエルを思い出す。入学試験ではクロノス教諭の「アンティーク・ギア・ゴーレム」を「フレイムウィングマン」で打ち破ったこと。入学直後、ブルー寮のエリートだった万丈目の「XYVWZドラゴンキャノン」と戦ったこと。アカデミアの代表権を賭けて三沢の７番目のデッキと戦ったこと。カイザー亮の「サイバーエンドドラゴン」の前に始めて負けたこと…。

久しぶりに十代が帰ってくる。レッド寮の廃止を賭けて、エドと戦う。エドのＤヒーローは依然強力だ。十代は前回の敗北から完全に立ち直り、宇宙の波動をキャッチして進化するという「ネオス」デッキで戦うと意気揚々だ。アクア・ドルフィン、Ｅヒーロー・ネオス、アクア・ネオスと進化させ、ドレッドガイを打ち破るが、その瞬間デッキに戻ってしまった!? 十代は「ネオス」デッキを使いこなせるのか？

ネオスデッキを使いこなせていない十代は、Ｄヒーローの直接攻撃にさらされてＬＰ＝200のピンチになる。だがネオスデッキから「エア・ハミングバード」でライフを大きく回復させ、「フレア・スカラベ」を攻撃力を上げて召喚する。さらにフィールド魔法の新たなる空間「ネオスペース」内で、「Ｅヒーロー・ネオス」（攻撃力2500）とコンタクトさせて、「フレア・ネオス」を召ぶ・・・

レッド寮廃止をめぐり、クロノス臨時校長とナポレオン教頭が衝突する。教諭同士のデュエル。ナポレオンの軍隊デッキから、３体の「トイ・ソルジャー」が現れ、魔法カード「強行軍」「鼓笛隊」によって、クロノスに大ダメージを与える。その瞬間、レッド寮には鉄球が打ち込まれて壊され始める。クロノスが「アンティークギア」モンスターで反撃をすると、大工がレッド寮を修復し始める。

万丈目はブルーの生徒を次々と倒し、ブルー寮を白く染める不可解な行動をとる。斎王が率いる「光の結社」こそが学園を納めるべきだと言う。明日香がそれを阻止しようとデュエルする。万丈目の永続魔法「ヘルズ・ホワイト」は、自分の手札をすべて見せてプレーするかわりに、相手に600のダメージを与える。その戦術に、明日香はペースを乱される。万丈目はすかさずアームドドラゴンで、明日香を追いつめる。

白の結社から、シューティングゲームの覇者・銀流星が刺客として送られる。宇宙戦艦さながらのデュエルシステムで、十代と銀が戦う。銀の「巨大戦艦テトラン」は、３重のシールドが張り巡らされ、なかなか破壊できない。さらに永続魔法「ボスラッシュ」で、クリスタル・コア、ビッグ・コアといった巨大戦艦を絶え間なく召喚する。十代はもぐらの様な「グラン・モール」で空間にワームホールを作るが・・・。

白の結社から強豪プロデュエリスト「エックス」が送り込まれ、十代とデュエルする。エックスの戦法は「デッキ破壊」で、その独特の戦術は初対戦で勝つことは難しい。エックスの戦術にはまり、十代は大量のカードを墓地に送られてピンチになる。一時はグローモスで突破口が開けるかに見えたが、エックスにかわされる。次第に、心理的にも、デッキのモンスターとの信頼感をも揺るがされる・・・。

斎王は、タロットで見通した「なびかぬ力」を確かめるために、アカデミアに乗り込んでティラノ剣山にデュエルをしかける。斎王のタロットデッキは、カードの「正位置」「逆位置」で運命が反転する。剣山は恐竜デッキで対抗し、一時はリードしてるかに見えたが、斎王はそれすらも見通していたようだ。斎王は「なびかぬ力」の象徴である「ストレングス」の正・逆位置の効果を巧みに使い、剣山を追いつめる。

十代は修学旅行の行き先を決めるため、斎王たちの代表の少女ローズとデュエルする。彼女のデッキは、カエルデッキだ。序盤から、「悪魂邪苦止（おたまじゃくし）」を墓地にためて、３体の「デスガエル」（攻撃力1900）を召喚し、魔法カード「死の合唱」で十代のモンスターを全滅させてダイレクトアタックを決め、十代に致命的なダメージを与える。さらに３体を融合して「ガエル・サンデス」を召喚する。十代はカエルにこだわるローズを不思議に思う・・・。

アカデミアの生徒一行は修学旅行で童実野町に行く。武藤遊戯や海馬瀬人を輩出したデュエルの聖地だ。十代たちは、武藤遊戯の生家を訪ねて双六爺さんに出会う。町を散策中に双六がさらわれ、追っていた翔と剣山は背中合わせのまま、光の結社の２人の刺客～雷丸と氷丸のコンビにタッグデェエルを仕掛けられる。剣山の恐竜モンスターは、「氷帝の城」にパワーダウンし、先制攻撃を受ける。

雷丸と氷丸は互いに仲が悪いが強力で、翔と剣山のＬＰは早くも1000を切る。剣山の恐竜モンスターは、氷丸の氷デッキと相性が悪く、また翔の乗り物モンスターは、雷丸の魔法「システムダウン」「暴走コンデンサー」に動きを封じられる。だが口ゲンカをしていた翔たちは、十代に迷惑がかかると知った時、団結し始める。

斎王の妹・美寿知（みずち）に戦力外通告をされた岩丸は十代を倒そうと躍起になる。十代の顔がわからずに途方に暮れている時、レッド寮のキャンプに合流する。十代と岩丸はお互いに正体を知らないが、仲良くなる。いざ友好的にデュエルをしようとした時、互いが憎むべき存在であることが分る。「地帝グランマーグ」（攻撃力2400）をベースに、４帝の力を合わせた「デミウルゴスＥＭＡ」を召喚し、攻撃力4900に達する…

十代とエドは、美寿知の導きで、バーチャル空間に入る。十代＆エドＶＳ美寿知の変則タッグデュエルが始まる。美寿知は「鏡」を使い、自分をもう一人出現させる。翔たちを救いたい十代、ナンバー１であることを証明したいエド、と２人の思惑は異なり、連携プレーもうまくいかない。「聖なる結界－ミラーバインド」は合わせ鏡のようにモンスターを無限に映し出し、十代たちのモンスターを破壊する。そして場の「月輪鏡」に映る満月はモンスターが破壊される度に、すこしずつ不気味に欠けていく…。

美寿知は２体の「魔鏡の式神」を生け贄に、戦闘では破壊されない無敵の「闇の神－ダークゴッド」（攻撃力3000）を召喚する。さらにフィールド魔法「無限の降魔鏡」で合わせ鏡に映して、１０体のダークゴッドを場にそろえる。負け試合を覚悟したエドに対して、十代はいまだ熱い闘志を持つ。新たなネオスペーシアン「ブラック・パンサー」を召喚する。

レッド寮に転校生の美少女アリスが現れる。剣山はアリスに夢中になるが、不審に思った三沢は同名の謎めいたレアカードがあることを知る。その夜、十代はアリスがデュエリストを呪い、剣山を取り込もうとしていることを知る。十代ＶＳアリスのデュエル。アリスは攻撃力０の人形パーツを次々と召喚し、ちぐはぐに合体させた人形「ドールキメラ」を召喚する。ドールキメラは攻撃を受けるごとに、そのパーツを増やして、どんどん攻撃力を上げていく…

明日香に密かに想いを寄せるクイズ王の神田は、明日香と口論している十代に出くわし、デュエルを挑む。神田はクイズデッキを使い、永続魔法「クイズアワー！」を発動させる。すると人格が変わったように明るくなり、十代が攻撃するたびにクイズ司会者のごとく、問題を出す。十代は体力勝負の問題はクリアするが、デュエルの知識問題はことごとく外し、LPが下がる…

三沢は、光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、弱いと思われているのかと焦る。自ら斎王に会い、デュエルで勝ったら島から出て行けと言う。斎王のかわりに万丈目が三沢とデュエルする。万丈目は新ユニオンモンスター３体を合体させ「アサルト・キャノン・ビートル」（攻2800）を召喚し、おジャマ達を弾丸のように使い、三沢のＬＰを1600にまで下げる。三沢の先を見据えた頭脳プレーはこの上を行っているのだが…

ヘルカイザー亮は、封印された強力デッキを求めて、「サイバー流デュエル」の昔の師範である鮫島元校長を訪ねる。亮VS鮫島の師弟デュエル。亮は序盤からサイバーエンドドラゴンを召喚するが、鮫島はコピーモンスターで防ぐ。鮫島のサイバーオーガは「柔よく剛を制す」のごとく、亮のモンスターの攻撃力を吸収して攻撃力4000に達するが、亮はサイバー・レーザー・ドラゴンでかわす。鮫島が罠カードで、亮のサイバーエンドドラゴンを奪ったとき、ついに最終決戦となる…。

鮫島校長が「デュエル・ワールドカップ」の開会を宣言する。アカデミア島を舞台に、生徒と世界のプロデュエリストが参加する一大デュエル大会だ。斎王は、ヨーロッパの強国のセレブ・オージーン王子とデュエルする。王子はワンターンキルで勝つと豪語し、斎王も自分のターンが来る前にデュエルは終わると予言する。「サテライトキャノン」は攻撃力4000となり、斎王に向かって攻撃を開始する・・・。

十代の前に研究者風のフランツが現れる。Ｉ２社より急遽来たペガサスと前田隼人から、彼はＩ２社の社員で、最強カード「ラーの翼神竜」のコピーカードを使う危険な男だと聞く。十代ＶＳフランツのデュエル。序盤から「ラーの翼神竜」を召喚する。本来なら神の懲罰を受けるはずも、自身が作った魔法カード「神縛りの鎖」で神を操る。隼人が十代のためにデザインした新フィールド魔法カード「摩天楼２－ヒーローシティ」に想いを託す。

対戦相手がいないと嘆いていた十代の前に、突如太鼓が鳴り響き、桜吹雪が舞う。そしてその中から歌舞伎の衣装を身に付けたプロデュエリスト「カブキッド」が登場し、十代にデュエルを挑む。カブキッドは観客を楽しませるデュエルこそがプロのデュエルだと主張し、派手な舞台を演出するフィールド魔法「歌舞伎舞台～大橋」を発動する。そんな派手なデュエルに関心するも疑問をいだく十代は・・・・。

プロデュエリストと対峙する万丈目。光の結社の一員となった彼はホワイトナイツ・ソードマンのカードを操り、圧倒的強さで勝利する。そのデュエルを観戦した十代に対して万丈目は対戦を要望する。が十代は万丈目のデッキに「おジャマトリオ」がないことに気づく。万丈目にとって大切なカードである「おジャマトリオ」のカードを探しだし、そのカードを使うことで万丈目を元に戻そうと考える十代。そしておジャマトリオを手に入れた十代と万丈目がついにデュエルで勝負することに。

光の結社の一員である万丈目は、斎王から託されたカード「ホワイトナイツ・ロード」を使って十代に攻め立てる。一方、十代は万丈目にとって大切なカード「おジャマトリオ」のカードを使って防戦する。どんなに攻撃を受けても、おジャマトリオで対抗する十代。またおジャマトリオも万丈目に「仲間」だったことを訴える。そして・・・・ついに、やられて惨めな状態のおジャマトリオを見た万丈目は目覚めるのであった。

ヘルカイザーとなった亮がジェネックスに参加するためアカデミアに帰ってきた。その様子を見ていた親友「吹雪」はある決意をしてヘルカイザーの前に立つ。以前、ダークサイドに落ちた時に救ってくれた恩を返そうと。ついに吹雪VSヘルカイザーのデュエルが始まった。吹雪はあえてダークネスを力を使いレッドアイズブラックドラゴンを召還する。一方、ヘルカイザーは・・・・・。

生徒たちが、プロデュエリストに負けることでアカデミアの評判が悪くなることを危惧したクロノスとナポレオン教頭は秘密兵器としてある人物たちをジェネックスに参加させる。一方、プロデュエリスト「ソムリエ・パーカー」とデュエルをしていたジュンコとモモエ。苦戦を強いられ、あきらめかけたその時に、光の結社に入ったはずの明日香が姿を現す。そして明日香はジュンコとモモエからデュエルを引き継ぎ、ソムリエと対峙することに。

ジェネックスにワンターンで相手を倒すデュエリストが参加しているという噂が流れる。その正体は死神のカードと契約し、ドローパワーを得た橘だった。死神に魂を売った橘とデュエルをすることになる十代。デュエル開始とともに、橘はマジックカード「一撃必殺居合いドロー」のカードを引き、十代めがけてワンターンキルをしかける。果たして十代は・・・・・。

クロノス平教員とナポレン教頭は「クビ」になるという噂が広まっている中、鮫島校長から「出て行け～」と怒鳴られる。意気消沈している二人だったが、鮫島校長を訪問しようとしていたII社のペガサス会長を見かけ、I２社の就職を志願する。しかたくデュエルに勝てば就職を許可するというペガサス。そしてペガサスVSクロノスVSナポレンというトライアングル・デュエルがスタートする。果たしてクロノスとナポレオンは・・・・

斎王の中で２つの人格が葛藤をしてた。光の波動を受け、世界を破滅しようとする人格と、それを防ごうとする善良なる心をもつ人格が。善良なる心の人格は世界の破滅を防ぐべく、重要なカギを十代とエドに手渡す。それを知った光の波動を受けた斎王はカギを取りかえすべく、十代の前に明日香を送り込む。斎王によって強力なデッキなった明日香は白夜女王（ホワイトナイトクイーン）で十代に攻撃を開始する。

斎王によって強化された明日香のデッキは十代を徐々に追い込む。苦戦する十代はなんとかもとの明日香にもどるよう「心」に訴えかけるのだが。まったく十代の言葉に耳を傾けない明日香はついに最強のカード白夜龍（ホワイトナイツドラゴン）を召喚する。窮地にたった十代は、万丈目と吹雪から託された「明日香への思い」が詰まったカードを切り札につかうのだが・・・・。

やさしくまた尊敬できる兄さんに戻って欲しいと願う翔は、ヘルカイザー亮にデュエルを挑戦する。だが、亮は非情にも翔に、ライフポイントの減少と同時に電流を浴びるデュエルを条件にする。ここに亮VS翔の兄弟デュエルが開始される。翔はいつもどおり相手をリスペクトしたデュエルを展開するのだが、亮はサイバー流裏デッキを駆使し、翔に襲い掛かる。

光の波動を受けた斎王は重要なカギを奪還すべく、またしも十代に刺客を送り込む。その刺客は十代がもっとも不得意としてる理論的なデッキを組む天才物理博士ツバイン・シュタインだった。ツバインは相対性フィールドを発動し、十代を迎え撃つ。そして、十代の得意とする融合を無効にするモンスターを召喚し、優位にデュエルを展開する。

鮫島校長が開催したジェネックスの真の目的は「究極のＤのカード」を持つものを探すことだった。またエド・フェニックスも同様に父を殺し、カードを持ち出した犯人を捜すべくデュエルを行っていた。時を同じくして、デュエルのプロリーグの世界タイトルマッチが開催されようとしていた。プロリーグに十年君臨する王者「ＤＤ」。エドの後見人でもある「ＤＤ」とＩＱ２００のコレクターのデュエルが始まる。が、しかしその勝負は一瞬にして終わるのであった。究極のＤのカードを使ったＤＤによって。

世界チャンピオンＤＤが自分父親を殺し、カードを奪ったという真実を聞かされたエド。そして斎王から託された鍵をかけたデュエルを挑まれることに。Ｄヒーローのカードを駆使し、戦うエド。が、世界チャンピオンと互角以上に戦っていたが、ついにＤＤは究極のＤのカード「ブルーＤ」を発動するのであった。窮地にたったエドは・・・・・。

オージーン王子の秘書であるリンドから「鍵」の秘密を聞かされる十代。その「鍵」とはレーザー衛星のコントロールキーであった。オージーン王子は斎王の命により十代から「鍵」を奪うべく、彼にデュエルを挑む。サテライトキャノン３体を召喚し、攻撃する王子。ピンチとなりフレイムウイングマンで対抗する十代であったが・・・・。

光の波動が斎王に取り付いたという父の言葉を確かめるべく、斎王のもとに向かうエド。そして光の結社専用デュエル場にたどり着いたエドは、斎王に問いただすのであった。が、斎王は光の波動に取り込まれ別人格となり、エドにレーザー衛星の鍵を返すよう強要してきた。エドは意を決し、斎王とデュエルすることに。斎王はすべての運命を見透かしたようにアルカナのカードを繰り出す。

エドと斎王のデュエルは続く。斎王は２１番目のアルカナフォース「ザ・ワールド」を炸裂させる。大ダメージを受けたエドではあったが、光の波動に取り込まれた斎王の中に、「本当の斎王」がいると信じ戦い続ける。が、斎王の容赦ない攻撃に追い込まれるエド。あきらめかけたその時、エドに異変が起こり、反撃に転じる。そのエドの姿には「心優しかった斎王」が重なって見えるのであった。

光の波動に取り込まれた斎王との戦いに敗れたエド。斎王はエドと引き換えに「レーザー衛星」の鍵を十代に要求する。窮地に追い込まれる十代。その時「ネオス」があらわれ【鍵】が斎王に渡る前に阻止する。怒り狂った斎王は十代とデュエルし、決着をつけることに。斎王はエド戦同様に未来を予言し、優勢にデュエルを展開する。一方、十代は得意の「融合」を使いモンスターを召喚するのだが。

光の波動に取り込まれた斎王はフィールド魔法「光の結界」を発動する。この結界は「カードの精霊たち」の力も弱めるという効果があり、十代のモンスターたちを追い込む。さらに斎王はアルカナフォース「ザ・ワールド」を召喚し、十代に襲い掛かる。一方、邪悪な斎王に操られたオージーン王子は「レーザー衛星」の鍵を２つ手に入れ、衛星を機動する。止めに入った剣山であったが、もうすでに遅く、レーザー衛星は地球めがけてビームを発射したのである。果たして・・・・・

十代はグローネオスを召喚し、光の結界を破壊する。形勢を逆転した十代は、邪悪な斎王にダイレクトアタックを仕掛ける。窮地に追い込まれた邪悪な斎王は、『ザ・マテリアル・ロード』『ザ・スピリチアル・ロード』『ザ・ヘブンズ・ロード』を生贄とし、究極のカード「アルカナフォース・エクストラ・ザ・ライト・ルーラー」を召喚し、強烈な一撃を与える。一方十代も「グランモール」と「ネオス」をコンタクト融合させ「グラン・ネオス」を召喚させ、反撃に転じるのだが・・・・

新学期を迎える前日、白の結社によって白くなった校舎をブルーに塗る万丈目。一方、十代は斎王戦でともに戦ったネオスと今まで戦いを振りかえるのであった。それはエド戦で敗北し、カードがすべて真っ白にあるという現象を経験し、ネオスペーシアンと出会い、ネオスペーシアンのカードを手に入れ、再度エドとガチンコ勝負したことや、エドとタッグを組み美知寿と戦ったことを。

デュエルアカデミアは新学期がスターとした。アカデミアには学校のチャンピオンである「アモン」「オブライエン」「クロコダイル」と「プロフェッサー・コブラ」と「謎の男」が留学生として招待され、新たな仲間となった。一方、十代は校舎の屋上で精霊が見える少年とであう。その少年こそが「謎の男」ヨハンであった。コブラはエキシビジョンマッチを提案する。その対戦内容は十代ＶＳヨハンであった。ヨハンは宝王獣という珍しいモンスターを操るデュエリストであった。

ヨハンは「アメジスト・キャット」、「トパーズ・タイガー」と次から次へと宝王獣を召喚させる。十代もネオスペーシアン「フレア・スカラベ」と「ネオス」をコンタクト融合させ「フレア・ネオス」で対抗する。そしてヨハンは十代のフィールド魔法を破壊し、新しいフィールドマジック、「虹の古代都市・レインボー・ルイン発動」しネオスペーシアンをデッキ戻させた。この鮮やかな攻撃を見ていたエドはヨハンと宝王獣との知られざる関係について語り始めた。

プロフェッサー・コブラは実力公開システムであり、オープンにデュエルを行う「ディスクロージャーデュエル」を宣言する。そしてそのデュエルの熱さ、集中力、決断力といった闘う心を測定するデスベルトを全校生徒に装着させるのであった。またコブラはオブライエンに十代とデュエルをすることを命令する。その作戦とは十代の潜在能力をすべてださせるものであった。作戦の実行を開始したオブライエンは翔を人質にとり十代とデュエルすることに。

翔を人質にすることで十代の潜在能力をすべて発揮させようとするオブライエン。思惑どおり本気のバトルを繰り広げる十代に対して、炎デッキで応戦する。十代のダイレクトアタックに対して永続トラップ「ファイアー・ウォール」を発動し、直接攻撃を無効化するオブラエイン。一方、十代もネオスとフレア・スカラベとコンタクト融合させフレアネオスを召喚し反撃するのだが・・・・

ジム・クロコダイルはデュエルアカデミアで強い電磁波が発生していることに気付く。ジムは十代、ヨハン、翔、剣山とともにジャングルで調査することに。その時である強い電磁波が発生し、ワニの「カレン」が剣山に襲いかかった。と同時に剣山も電磁波の影響で我をわすれ、ジムに襲いかかったのである。そこでジムは剣山とデュエルをすることに。剣山は本能的に強力な恐竜モンスターを召喚したのに対してジムはマジックカード「化石融合－フォッシル・フュージョン」を発動し、化石竜を召喚するのであった。

コブラは自分の近辺を調査しているアモンのことに気付く。そしてアモンに対してデスデュエルを行うように催促するのであった。アモンもコブラが自分の動きに気付き命を狙ってくると察し、ある作戦にでる。一方、万丈目はアモンのことが気になり、彼のプロフィールを調べる。その結果ガラム財閥の長男であることを知った万丈目はアモンにデュエルすることを申しでる。アモンは雲デッキを使い万丈目に攻撃をしかける。

万丈目はＶＷＸＹＺドラゴン・カタパルトキャノンを召喚し、怒涛の攻撃をアモンに浴びせる。が、余裕の笑みを浮かべたままその攻撃をうけていたアモン。ついに反撃を開始する。リバースカードを2枚オープンし、レインストームとナチュラル・ディザスターの効果で万丈目にダメージを与える。応戦する万丈目だったが、アモンのコンボ攻撃によりさらに窮地に追い込まれる。が、万丈目は負けずに「おジャマ・デルタサンダー」で反撃にでるのだが・・・・。

デス・デュエルにより大量の怪我人がでたことで、プロフェッサー・コブラがその事件に関与していると確信した十代たちは、コブラが潜む研究施設ＳＡＬに向かう。地下に続くエレベーターを見つけた十代たちはＳＡＬの地下へと進み、そこで二手に分かれてコブラを探すことに。その道中で十代は佐藤先生に出会う。そして佐藤はいう「オレを倒さなければコブラのいるこの扉は開かない」と。佐藤とデュエルすることになる十代。佐藤が召喚したスカブ・スカーナイトは攻撃したモンスターを味方にするモンスターであった。十代に攻撃しているバースとレディーに対して十代は・・・・・

佐藤はスカブ・スカーナイトの効果によりバースト・レディとエア・ハミングバードを味方にし、十代に攻撃をしかける。一方十代もセイラーマンを融合召喚させ、佐藤にダイレクトアタックをしかける。そのバトルをモニターで見ていたコブラは、十代にこのデュエルに仕掛けられた罠を告げる。罠とは明日香が人質となっていることと、佐藤が攻撃をうけると明日香が閉じ込められている部屋の水が増すことであった。攻撃できなくなった十代に対して佐藤は容赦ない攻撃をしかけるのであった。

コブラの第2の刺客を十代たちに送り込んだ。その刺客とはカードの精霊が見えるギース。彼は宝玉獣のサファイア・ペガサスを生け捕りにし、デュエルを強要する。体力の消耗した十代に変わり、ギースに立ち向かうヨハン。ヨハンとギースのデュエルが始まる。ギースはヨハンの宝玉獣を狩るがごとくカウンタートラップ「ハンティングネット」を発動し、アメジスト・キャットを捕獲する。宝玉獣を助けようとするヨハンであったが、さらなる罠が待ち構えていた。

ギースは様々なトラップカードで、宝玉獣を捕らえていき、またヘル・ガンドックを召喚し、ヨハンに攻撃を浴びせる。ギースの卑劣なデュエルに怒りを覚えたヨハンは反撃を開始する。ギースの罠を予測し、それを上回る戦術でトパーズ・タイガー、エメラルド・タートルを召喚し、攻撃するヨハン。追い詰めらわたギースは、ヨハンの弱点をつき、攻撃の手を止めさせる。手出しできないヨハンに対し、ギースは永続魔法「身代わりの痛み」を発動し、ダメージを与えるのだった。

コブラの刺客を倒した十代とヨハンのもとに明日香やジムなどの仲間たちが集まり、プロフェッサー・コブラのもとに急ぐ。一方、単独でコブラの元に向かっていたアモンは、十代たちよりも先にコブラのもとに到着し、「彼らは来ない」と告げる。先を急ぐ十代たちだったが、電子制御装置がショートし、次々と隔壁がしまりはじめ、行く手を阻まれたと思った時、オブライエンが走りこんできて、隔壁を両肩で止めるであった、オブライエンの助けのもと、ついにコブラの前に到着した十代。そしてコブラとのデュエルがはじまるのであった。

コブラはフィールド魔法「ヴェノム・スワンプ」を発動し、十代が召喚したモンスターに毒を浴びせ、攻撃力を下げ、破壊するのであった。対する十代はスパークマンとエッジマンを融合し、新しいヒーロー「プラズマ・ヴァイスマンを召喚し、ヴェノム・スネークを破壊する。が、コブラはトラップカードの効果を使い、２体のモンスターを召喚し、毒攻撃を行う。さらに、2体のモンスターを生贄に毒蛇王ヴェノミノンを召喚し、プラズマ・ヴァイスマンを破壊する。コブラの毒デッキになす術のない十代は新たなヒーローを召喚するのだが。

コブラのモンスター「毒蛇王ヴェノミノン」の攻撃に思うように攻めることができない十代。が、マジックカード「ミラクル・フォージョン」を引き当てたことで、十代はワイルド・ジャギーマンを召喚し、ヴェノミノンを破壊する。ヴェノミノンを破壊されたコブラはトラップカード「毒蛇神降臨」を発動し、「毒蛇神ヴェノミナーガ」を召喚する。ヴェノミナーガの攻撃でダメージを受けた十代だったが、このダメージにはヴェノミナーガの効果が発動しており、３ターン後には全身に毒がまわり、デュエルに敗北するというのものだった。それでも立ち向かう十代はスパークマンとネクロダークマンを融合し、ダークブライトマンを召喚し、コブラに攻撃するのだが・・・・。

コブラとの死闘で気絶した十代が目を覚ますとそこは・・・・砂漠だった、その砂漠にデュエルアカデミアの校舎だけが建っているという異常な状況であった。地質学に詳しいジムはデュエルアカデミアが異世界に飛ばされたのではと告げる。異常事態に混乱するデュエルアカデミアの生徒たち。そこに更なる危機が。この世界では実体化したモンスターが襲ってくるのであった。ハーピィレディの襲来に対峙するヨハンだったが。

何者かによって重傷を負ったレイ。レイを治療するための薬を手に入れるために、三沢が見た潜水艦に向かう十代たち。潜水艦がある場所には砂漠を歩いて渡らなければならなった。そんな十代たちの前に実体化したタイタンが現れ、行く手を阻む。タイタンＶＳヨハンの戦いが始まる。サンド・ドゥードゥルバグを実体化させ、攻撃してくるタイタンに対して、宝玉獣で対抗する。が、砂漠に強いモンスターを召喚するタイタンに徐々に追い込まれるヨハン。

潜水艦で薬を見つけた十代たちは急ぎデュエルアカデミア向かう。一方、学園を守るために警備していた万丈目ところに怪しい生徒たちが来て、「デュエルしよう～」とデュエルを申し込む。デュエルをする万丈目だったが、次から次にデュエルを申し込まれ・・・・。学園に到着した十代たちは警備をしているはずの生徒がいないことに不審に思っていると、どこからともなく生徒が現れ「デュエルしよう～」と声をかけてくる。学園の異常に気付いた十代たちは・・・・

学園内に増殖するゾンビ生徒。このままでは重傷で寝ているレイがいる保健室も占領されてしまうと動揺する十代。皆で協力しあい保健室に向かうことに。途中幾度となくゾンビ生徒に教われれるも、なんとかと保健室に到着した十代とヨハン。そこにまっていたのは、すでにゾンビとなった鮎川先生だった。レイに薬を飲ませることを阻止する鮎川。意を決し鮎川とデュエルする十代。鮎川先生は堕天使ナース・レフィキュルを召喚し、あえて十代のライフを回復するのだが・・・・。

学園内にはゾンビ生徒が徘徊し、外は実体化したモンスターがいるという危機的状態に追い込まれた十代たち。それでも残った生徒たちを守るべく、バリケードなどをつくり体制を強化していた。が、そんな中、空腹に耐えかねた原田、寺岡、山中たちが逃走し行方不明になる。行方不明の生徒を探す十代たちに呼びかけるマルタン。食料倉庫と十代たちが占拠している発電所エリアを交換しようと。そのエリアをかけたデュエルをする相手は「笑い」「無表情」「怒り」の仮面をつけた３生徒だった。対峙するオブライエン・ヨハン・ジムだったが・・・

ヨハンＶＳ「無表情」仮面、オブラエンＶＳ「笑い」仮面、ジムＶＳ「怒り」仮面の食料倉庫をかけたデュエルが続いている。ヨハンは「無表情」仮面の「沈黙の虚構」により徐々に追い込まれ、またジムも「怒りのアンカーナイト」でライフを削られる。オブライエンは冷静にデュエルを行いつつ、このデュエルが囮であることを把握し、一気に勝負にでる。オブライエンの「囮」であるという事実を聞いたヨハン、ジムも応戦に転じるのであった。一方、マルタンのことが心配になっているナポレオン教頭がどこかに行くのを見たレイは十代を誘いその後を追うことに。

三幻魔が収められている場所に向かったマルタンを追いかける十代。が、その十代の前に立ちふさがったのはゾンビになっている万丈目であった。どうしても道を譲らない万丈目に対して十代はデュエルをすることに。リターン・ゾンビやブラッド・ヴォルスを召喚し、十代に襲いかかる万丈目。一方、ヨハンたちのデュエルが囮だったことを知った生徒たちは食料がある場所になだれ込むも、ゾンビ生徒たちにやられ、ほとんどの生徒がゾンビと化するのであった。そんな中、オブライエンは発電エリアで何者かの通信を聞くのであった。

鮫島校長とペガサスはレインボードラゴンを収める石版を発見し、その現場に向かった。三幻魔のカードを手にしたマルタンは、アモンに対して三幻魔をかけてデュエルをしようと挑発する。心揺れ動くアモンであったが、自分の気持ちを確かめるべぐ、マルタンとデュエルすることに。マルタンはマッドリローダーを守備表示で召喚し、アモンは攻撃力３０００の「クラウディアン・アイ・オブ・ザ・タイフーン」を召喚し、マルタンのライフを３０００削る。その攻撃に対して余裕のマルタン。一方、ヨハンたちはレインボードラゴンのカードを受け取ることのできる施設を見つけ、そこに向かうのだった。

レインボードラゴンのカードを受け取るためには壮絶なるデュエルエナジーが必要だった。そこでヘルカイザー亮とヨハンがデュエルをすることに。亮は最初のターンからキメラテック・オーバー・ドラゴンを召喚し、さらに装備魔法フィーチャー・フュージョンを発動し、次の自分のターン目にサイバー・エンドを召喚するてはずを整える。ヨハンはアメジスト・キャットでダイレクトアタックを行うが、亮はまったく動じず、更なる攻撃をすべくサイバー・ダーク・ドラゴンを召喚するのであった。

マルタンはデュエルゾンビになった生徒たちを人質に十代を誘う。対峙する十代とマルタン。十代は、マルタンの三幻魔のカードを警戒しつつも、デュエルを始めることに。マルタンは攻撃力０のカオス・コアを召喚しカード１枚伏せてターンを終了する。十代は一気に決着をつけるべくＥ・ヒーローを召喚する。一方、ヨハンはレインボードラゴンのカードが入ったカプセルが落ちた場所を探しにオブライエンとともに砂漠の探索するのだが。。。。

十代のもとに、レインボードラゴンのカードを手に入れたヨハンが戻り、十代とともマルタンとデュエルをすることに。不利な条件などまったく意に介さないマルタンは三幻魔である幻魔皇ラビエル！　降雷皇ハモン！　そして神炎皇ウリアの召喚に成功する。ヨハンも対抗するように、自分のフィールド・墓地に７つの宝玉をそろえ、ついにレインボドラゴンを召喚するのであった。三幻魔ＶＳレインボードラゴン。その勝利の行方は・・・・

レインボードラゴンの力で無事に現実世界に戻ってくることができた十代たち。が、しかしヨハンは戻ってきていなかった。今回の事件に「ユベル」のカードが元凶であることを知った十代は責任を感じ、自分を追い込む。一方明日香たちはユベルのカードと十代の関係について鮫島校長から話をきくことに。そんな中、三沢とツバインシュタイン博士はデュエルアカデミアにまたもや異変が起こることに気付く。

ヨハンを探すために、デュエルアカデミアで起こった「揺り戻し」により再度異次元の世界に戻った十代たち。が、戻った世界は以前とは違うところであった。ヨハン救出にあせる十代は単独で行動し、地下の迷宮に迷い込む。十代がいないことに気付いたオブライエンと三沢も迷宮の中へ。地下で合流した十代たちの前にタニヤが現れ、一緒にこの迷宮を脱出することに。この地下迷宮を守るバードマンと遭遇し、デュエルすることになる十代。が、この世界のデュエルは本当に生死をかけた決闘であった。

地下迷宮を脱出し、出口の扉を開いた十代たちは次なる世界へ。そこは中世ヨーロッパのような石畳の道と石で作られた建物の世界だった。が、町は人の気配がなく、また何者かに荒らされたように荒廃していた。。その時、一人の少年カイルが暗黒界の斥候スカーに襲われそうになった。少年を守るためデュエルをする十代。十代ＶＳスカーのデュエル。スカーはデーモン・ソリュジャーを召喚するが、十代はサンダージャイアントを召喚したたみかえるように攻撃を行う、。気迫のこもった十代のデュエルに驚く明日香たち。

ヨハンらしき人物を見たという情報をもとにその場所に一人向かう十代。残された明日香たちは戸惑いつつも十代のあとを追うことに。一方カイルたちを守っていた戦士フリードは十代が暗黒界たちのところにいったことを好機と考え住民たちの避難を行う。ヨハンがいると思われた収容所についた十代を待ち受けていたのは暗黒界の騎士ズールであった。罠とわかった十代はズールにデュエルを挑む。十代はネオスとグロー・モスをコンタクト融合させグロー・ネオスを召喚し、ズールに攻撃をしかける。そのころ十代を追っていた明日香たちにも魔の手が・・・・。

地図とソニックダックを手に入れた十代は次なる目的地である砦を目指しまたも一人で先に行くのであった。一方、明日香たちは十代の先走った行動に困惑しつつも後を追いかけることに。そんな明日香、万丈目、吹雪、剣山たちのもとに暗黒界の狂王ブロンの手下である武神ゴルドと軍神シルバが襲いかかる。砦に到着した十代は一人中に入る。そこで待っていたのはブロン。十代とブロンはデュエルをはじめる。ブロンは暗黒界の狩人ブラウを召喚し、永続魔法「邪心経典」を発動する。

狂王ブロンは永続魔法「邪心経典」を発動させ、また速攻魔法「邪心教義・怒」をも発動させることにより人質の一人であった万丈目が光の粒子となって消えた。十代が攻撃すれば残りの人質である明日香、剣山、吹雪が犠牲になるため攻撃できない十代。窮地に追い込まれ、攻撃することをやめ。フェザーマンを守備表示で召喚するだけであった。ブロンは永続トラップダークネス・ハーフを発動し、ダークトークン2体を十代の場に召喚させる。一方、翔はジムとオブライエンの助けによりゴルド、シルバの脅威から逃れ、十代のもとに向かう。

剣山、吹雪、明日香らが光の粒子となって消えても、なお勝利を求めて戦う十代のデュエルを見た翔は十代に対して疑心を抱き始めていた。そして、一人十代を忘れようとして歩いているとオジャマ・イエローが溺れているのを発見し、助ける。なんとあの万丈目のオジャマ・イエローであった。オジャマ・イエローから万丈目の最後の様子を聞いた翔はさらに十代に対する疑念が増しデュエルディスクを谷に投げるのであった。そんな翔とオジャマ・イエローの前にデビル・ドーザーが現れ襲いかかる・・・・。

行方不明になった十代を探すジムとオブラエイン。その道中バトルフットボーラーに襲われている老人と少年を助ける。そして老人からデュエリスト狩りを行っている覇王軍のことを知る。ひとまず老人と少年の集落に向かうジムたち。向かったその集落にも覇王軍が攻めてきており、絶対防御将軍バーガンディが集落を守っていた。バーガンディからは覇王軍の情報を聞いたジムは十代がいるであろう覇王城に向かうのであった。

覇王の正体は・・・・十代であった。驚愕するジムとオブラエン。ジムは覇王十代に対して「何故なんだ！」と問うも何も言わない覇王十代。ジムとオブラエインは一旦その場から逃げる。ジムはそこでオブラエンに包帯を巻いている右目の秘密について語るであった。幼い頃カレンを救うために失った右目。その右目にはかけがえのない友を救うときに奇跡を起こす「オリハルコンの眼」がはめられたと。そして不吉な赤い彗星が向かっているこの時がこの「オリハルコンの眼」で十代を救う時だと。決意を新たにしたジムは覇王十代のもとに向かいデュエルを申し込むのだった。

覇王十代ＶＳジム。覇王十代は「Ｅ－ＨＥＲＯ（イービルヒーロー）マリシャス・エッジ」を召喚し、ジムへ強烈な攻撃をしかける。一方、ジムも「ウルルの守護者」を召喚させ、防戦する。さらに攻撃をしかける覇王十代は「Ｅ－ＨＥＲＯ（イービルヒーロー）ヘル・ゲイナーを召喚し、追い討ちをかける。瀕死の状態になり、なおも立ち上がりデュエルを続けるジム。覇王十代の中に以前の十代を見出したジムはここで「オリハルコンの眼」を発動させるのであった。

十代の行方を捜すヘルカイザー亮とエド。ゴブリン兵から情報を聞きだし、覇王が十代であることを知り、覇王城へと向かう。一方、覇王十代の強さに恐怖したオブラエインはその場から逃げは廃墟の中に潜んでいた。そんなオブライエンの手の中にはジムの「オリハルコンの眼」があった。恐怖心に打ち勝つことができないオブライエンはデュエルデスクを置き、歩きだす。その様子を見ている翔。森の中を彷徨うオブライエンの前に現れる「海神の巫女」とダンシングフェアリー。彼女らはオブライエンに対して「覇王と戦う勇者ですか」と問うのであった。

スカルビジョップの裏切りを見破ったオブラエインはデュエルで勝負することに。オブライエンはヴォルカニック・エッジなどを召喚し、徐々にライフを奪うのに対し、スカルビジョップは儀式魔法・合成魔術を発動し、「ライカン・スロープ」を召喚する。「ライカン・スロープ」の攻撃と効果によりライフを１００まで追い詰められるオブライエンはエースカードの「ヴォルカニック・デビル」を召喚させ、スカルビショップに勝利する。その戦いを見た村人たちはぜひともオブライエンにリーダーとして町を守って欲しいと依頼する。そんな中、覇王軍が町を目指して進軍してくるのであった。

覇王城に乗り込んだオブライエンはついに覇王十代とデュエルすることに。覇王はターク・フィージョン発動し、ワイルドサイクロンを召喚し、攻撃する。一方オブライエンは永続魔法ブレイズ・キャノン・トライデントを発動し対抗するが、覇王はヘル・スナイパーを召喚させ、さらに追い討ちをかける。そんな戦いの中、ジムから託された「オリハルコンの眼」が輝きだし、覇王の本当の姿を映し出す。反撃に転じるオブライエン。ヴォルカニック・デビルを召喚し、覇王を追い詰めるのだが。

オブライエンとの戦いでついに覇王十代からもとにもどった十代。が、覇王として戦った影響などから高熱をだし、倒れてしまう。看病するエドと亮は、同じくこの次元に飛ばされてきたクロノス教諭とエコーがモンスターに襲われているのを発見する。エドはエコーが落としたペンダントを見つけ、そのペンダントの中にアモンの写真が入っていることに気付く。亮・エド・クロノス・エコーたちが話をしているところに急に霧が発生する。その霧が晴れるとそこはまったく違う場所であった。そしてそこには「アモン」が立っていた。

エドＶＳアモン。アモンは「封印されしエクゾディア」解放するために手札補充の戦略でデュエルをしていた。エドはそのことに気付き手札が4枚しか持つことができない「フォースオブフォー」を発動する。あくまでもエクゾディアを手に入れたいアモンは「究極封印解放儀式術」を発動し、「エコー」を生贄にささげる。そして究極封印神エクゾディオスを召喚させるのであった。エクゾデォオスは攻撃するたびに「封印されし」と名のつくカードを墓地に送るのであった。一方エドもディスクガイ・ダイヤモンドガイ・ダンクガイを生贄にドグマガイを召喚するのであった。

アモンに破れ、エドも失う十代。闘う気力も失い、ただヨハンを求め、前に進むことだけ精一杯となってしまう。そんな十代を見た亮はここで俺とデュエルをしろとデュエルを強要する。やむなくデュエルを行う十代。が、いつもと様子が違っていた。亮の怒涛の攻撃に対しその場しのぎのデュエルであった。そして亮は気付くのであった。十代が融合のカードを使えなくなっていることを。融合のカードを使えなくなった十代の前にバオウが現れデュエルを挑まれる。

バオウは十代が「融合」のカードを使えないことを知りデュエルを挑んできた。レベル包囲網－グラビティ・ゲイン－』を発動し、レベル４以下のモンスターが攻撃できないようにし、十代を追い込む。その戦いの最中三沢とタニヤが合流し、十代を励ます。何とか勝利した十代だったが、以前「融合」のカードは使えないままであった。一方、亮は地下デュエルの影響で心臓病を患っていた。そんな彼の前に「ヨハン」が現れる。以前行った次元を超えた戦いの決着をつけようと亮はヨハンにデュエルを挑むのであった。

亮ＶＳヨハン。亮はサイバー・ドラゴンの2連打をヨハンに浴びせるが、ヨハンもトラップカード「虹の行方」を発動し、攻撃を封じる。そして、ヨハンは究極宝玉神レインボー・ダーク・ドラゴンを特殊召喚し、亮に攻撃するのであった。追い込まれた亮はサイバー・レーザー・ドラゴンを召喚し、反撃にでるも、レインボー・ダーク・ドラゴンの効果により破壊を無効にされてしまう。だが、亮はあきらめず、ひたすら「レインボー・ダーク・ドラゴン」の破壊を行うデュエルを展開するのであった。

亮との戦いで力を消耗したヨハンは一旦十代の前から姿を消し、ユベル城に戻るのであった。だが、最上階の玉座にエはクゾディアを手に入れたアモンが待ち受けていた。自らが王であることを証明するためにヨハンにデュエルを挑むアモン。ここにアモンＶＳヨハンの戦いが始まる。ヨハンは１ターン目から降雷皇ハモンを召喚し、またエクゾディア対策として手札団殺を発動させる。アモンはエクゾデュオスを召喚し、対抗する。一方、十代は、亮の戦いを見、また三沢の言葉に励まされ、決意を新たにし、ヨハンのもとに向かうのであった。

アモンＶＳヨハンの続き。ヨハンは3幻魔を融合した究極の幻魔アーミタイルを召喚し、アモンのエクゾディアの召喚を封じた。が、アモンは動揺することなく、フィールド魔法「霧の王城」を発動させ、霧の王を召喚し、逆にアーミタイルを消滅させるのであった。一方、ヨハンのもとに向かう十代はユベル城にたどり着く。そこで見たものは・・・・

アモンのとの戦いに勝利し、力を回復したヨハンのもとにたどり着いた十代。ヨハンに取り付いたユベルからヨハンを救出すべく、「デュエルの力」を信じデュエルディスクを展開する。十代ＶＳヨハン（ユベル）のデュエル。ヨハンはアドバンスド宝玉獣コバルト・イーグルを召喚させる。一方、十代は融合のカードをドローする。意を決して「融合」を発動させフレイムウイングマンを召喚し、攻撃するのだが、ヨハンはアドバンスド・ダークの効果で攻撃を無効にするのだった。

十代ＶＳヨハン続き。ヨハンは究極宝玉神レインボー・ダーク・ドラゴンを召喚させ、ネオスを破壊するのであった。窮地に追い込まれた十代だったが、なんとかピンチをしのぎ反撃にでるのであった。その戦い最中、十代は宝玉獣たちから、ヨハンの魂がレインボー・ダーク・ドラゴンの中にあり、元のレインボー・ドラゴンに戻すことでヨハンを救出することができることを教えられる。そして、アクアドルフィン、エア・ハミングバード・ネオスを召喚させ、究極のトリプルコンタクト融合でストーム・ネオスを召喚させるのであった。

ヨハンを救出するために、「超融合のカード」を使いレインポー・ドラゴンとネオスを融合させたレインボー・ネオスを召喚させた十代。無事ヨハンを救出することができたが、「超融合のカード」がユベルのものとなってしまった。そして、最後の決着をつけるべく、十代はユベルとデュエルをすることに。ヨハンの宝玉獣のカードを託されて。一方、翔もこの戦いの唯一の目撃者となるために十代の後を追ってユベルのもとに向かった。ついにユベルとのデュエルが始まり、ユベルが「サクリファイス・ロータス」を召喚する。

十代ＶＳユベル続き。ユベルは自分を場に召喚させる。ユベルへの攻撃はすべて相手プレイヤーへのダメージとなり、十代を苦しめていた。意を決した十代は自分の中で死んだ「覇王十代」の心を甦らせ、ユベルと対峙することに。そしてネオスペーシアンたちの力をかりユベルに攻撃する十代だったが、ユベルもトラップカード「ゼロ・ホール」や「ヘイト・バスター」の効果で対抗するのであった。そんな中、ユベルはある呪文をとなえるのであった。そして。。。。。

ヨハンから託された宝玉獣のカードを使い、レインボー・ネオスを召喚した十代は、「レインボー・ヴェール」を装備させ、ユベルに攻撃をしかける。一方ユベルは第二形態になり、「デモンズ・ローズ」を発動させ、ダメージを防ぐ。そして、マジック・サイクロンを発動し、レインボー・ヴェールを破壊し、十代に攻撃をしかける。ライフポイントが残りわずかになっている十代は墓地の「ネクロ・ガードナー」の効果で何とかしのぎきるのであった。そんな一進一退の攻防が続く中、ユベルは究極形態「ユベル／ダス・エクストリーム・トラウリヒ・ドラッヘ」と進化するのであった。

デュエルアカデミアに戻ったのは万丈目、明日香、剣山、翔、吹雪、クロノス、オブライエン、ジム、ヨハン。その中に十代の姿はなかった。そして、一週間がたったレッド寮の食堂には十代と同じくもどらなかった三沢、亮と十代を含めた3人の写真が飾られていた。そんな十代の写真を見てた万丈目は初めて十代とデュエルをした時のことを思い出すのであった。そんな感慨にふける万丈目に対して翔は十代が戻ってくると信じているのだが。

十代がデュエルアカデミアに戻り、一ヶ月が過ぎようとしていた。ヨハン、オブライエン、アモン、ジムはそれぞれの学校に戻り、翔と万丈目とレイはブルー寮に移動し、新たな学園生活がスタートしたのだが、十代はレッド寮から一歩も出ず引きこもったままだった。そんな中、突如デュエルシステムに不具合が発生する。ソリッドビジョンが反応しないカードが出始めるである。その原因を究明するために万丈目、明日香、そして藤原優介がコンピューター室などを調査するのであった。一方、十代にも送り主不明の携帯電話が届き、ある情報が伝えられるのであった。

なぞの生徒「藤原優介」の存在を見破った十代。そんな十代も重大な決断をし、鮫島校長に「退学届け」を提出する。「退学届け」を受けとれないという鮫島の指示である人物にあう十代。その人物とは影丸と斎王であった。今後起こるであろう危機を感じた影丸、斎王は十代にそのことを伝えにきたのである。そんな3人の前にスーツの男が現れるのであった。

藤原優介から吹雪を助けたのはオブライエンだった。オブライエンはＩＩ社から新たな任務を受け、デュエルアカデミアに戻ってきたのであった。そして十代はダークネスの謎を解くべく吹雪とデュエルすることに。吹雪はダークネスの力をかり、レッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚させ、さらにレッドアイズ・ブラックドラゴンを生贄にレッドアイズ・ダークネス・ドラゴンを特殊召喚し、十代に襲いかかる。

藤原優介の正体は「カードの精霊オネスト」だった。対峙する十代は魂の中にいるユベルの力を使い、オネストの攻撃を食い止める。そして十代は今起こっている世界の異変についてオネストに問い、オネストは語り始めるのであった。その様子を見ていたダークネスの使者トゥルーマンことミスターＴは十代たちを消そうと攻撃をしかけてくる。その攻撃によりオネストがやられ、怒り心頭の十代はミスターＴにデュエルを挑む。ミスターＴは１ターン目から「Ｆ・Ｇ・Ｄ」を召喚させるのであった。

思い出作りとしてデュエルパーティーを開催すること企画する剣山たち2年生たち。一方、明日香は進路のことで悩んでいた。アカデミアに残りキッズスクールの講師になるかまたは海外に留学するかを。そんな中、開催されるデュエルパーティーは男女ペアを組み、卒業生と在校生でデュエルをするというものだった。明日香は相手を誰にするか決めかねていたとき、ひょんなことから十代とペアを組むことに。

ペアデュエルの決勝戦。十代・明日香ペアと剣山・レイのペアが戦うことに。明日香は戦略をねり、カードを伏せる。一方レイは十代と明日香のペアの息が合っていないことを確認し、意味ありげにカードを伏せるのであった。そして十代は明日香に言われ伏せカードを確認するが、明日香の思惑とは関係なく自分のデュエルを展開するのであった。その様子に怒った明日香に対してレイは伏せカードをオープンするのであった。そのカードとは。。。。。

突如、鮫島校長を襲ったものが現れた。その人物とはサイバー流とほぼ同時にできた流派サイコ流を操る男「猪爪誠」。彼の目的はサイコ流を主流流派にすべく、サイバー流を倒しにきたのである。サイバー流元師範の鮫島を倒した猪爪の次のターゲットは・・・・サイバー流継承者「丸藤亮」であった。そのころ「亮」はデュエルアカデミアの保養所で体の回復を図っていたのであった。そんな亮の前に猪爪から挑戦状が届くのであった。そしてついて亮と猪爪は対峙するのであった。

亮のデュエルを引き継ぐと宣言した翔。亮のデッキを使って練習するがうまくいかない。そんな翔の前に十代が現われ翔に告げる。「亮のモノマネをしてもだめだぜ。そのデッキは亮と一緒に戦ってきたんだから亮の物真似をする人間なんて見抜いてしまうと。もっとデッキっと聞いてみなそしてお前のデッキしな」と。そして翔は猪爪と対決することに。翔は最初兄と同じ戦法で戦い、猪爪もまた同様に戦っていた。が、翔がサイバー・ダーク・ドラゴンを召喚した時に猪爪はサイコ・ショッカーを特殊召喚したのであった。

兄たちの力を借りずプロデュエリストを目指す万丈目。が、彼の手元に届くのは不採用地通知ばかりであった。そんな万丈目の様子を見かねたクロノスは万丈目を連れてあるところに向かうのであった。その場所とはエドのクルーザーであった。そこでクロノスはエドに申し出る「万丈目を弟子にしてくれ」と。エドの弟子になった万丈目だったが、彼が見たプロデュエリスト「エド」の日常は想像を絶するものであった。朝の7時に同時に鳴り出す取材の電話。握手会の長蛇の列など。そして最も驚いたのは天才とうたわれるエドがコーチと血のにじむようなデュエルのトレーニングをしていたことに。

大事なカードを失い、プロを引退したエド。一方、万丈目はマイクと組むことで一躍スターの座を射止めたのであった。そんな万丈目のもとにエドの元秘書のエメラルダが現れ、カードを盗んだ真犯人が誰かを告げる。マイクは万丈目を更なるスターにすべく、元師匠であったエドとの再戦を行うように計らうのであった。万丈目は決闘の前に十代のもとを訪れ、あることを依頼する。そして、ついに万丈目とエドの再戦が始まる。

剣山たちが作った卒業アルバムを見たクロノスは突然大声を出すのであった。そして普段より厳しい授業を展開するのであった。算数の授業をしたり、漢字の勉強をさせたり、腕立て伏せをさせたり。。。。。そして挙句の果てに授業をボイコットし、休講にし、逃げ回ったりするのであった。見かねた十代はクロノスにデュエルを申し込むのであった。そして対決する十代とクロノス。まさに入学試験以来の対決であった。クロノスはアンティーク・ギア・ソルジャーを召喚させる。一方十代もフレイム・ウイングマンを召喚するのであった。

ついにデュエルアカデミアでは卒業デュエルがスタートするのであった。のんびりとデュエルを楽しもうと思っていた十代に在校生が列をなしてデュエルを申し込んできたのであった。そしてブルー寮ででかなりの実力があると言われている二年生の空野（そらの）が十代とデュエルをすることに。空野はたった１ターンで「ホルスの黒炎竜」をレベル４からレベル８へと成長させるのであった。

オブライエンの前に現れるミスターＴ。オブライエンとミスターＴによるデュエルが始まる。オブライエンはヴォルカニック・エッジを召喚し、ライフを５００奪う。一方、ミスターＴはダーック・アーキタイプを召喚させ、ヴォルカニック・エッジに攻撃することで新たなモンスター「ダーク・サイコ・アイ」を召喚するのであった。するとオブライエンの前にはいるはずのない父親が現れるのであった。動揺してはいけないと冷静に対処するオブライエンだったが。。。

大量にミスターＴが出現し、十代を取り囲む。逃げ場を失った十代の前に現れる人物・・・・それは斎王だった。ミスターＴから逃れた十代に対して斎王は重要情報を伝えるのであった。ミスターＴの標的はデュエルアカデミアであるということを。が学園には行かすことができないという斎王は突如十代にデュエルを挑んでくるのであった。応戦するしかない十代に対して、斎王は「ザ・フール」と「死者の巡遊」のコンボでモンスターを召喚できないようにし、追い込むであった。

デッキが「愚者の種蒔き」によってカードがどんどん削り取られていき、窮地に追い込まれる十代。そこへハネクリボーの声が届き、なんとか応戦するもの、ザ・ダーク・ルーラーの正位置の効果により、バトルフェイズ中２回も攻撃されることに。カードが残り１３枚になり、追い込まれる十代のもとに「斎王を救ってほしい」と願うミズチの声が届く。救うためには斎王を倒さなくてはならないことを悟った十代は意を決して斎王と向き合う。

斎王との戦いを終え、デュエルアカデミアに行こうとする十代の前にミスターＴが現れるのであった。一方、デュエルアカデミアではミスターTの魔の手が伸びており、空野の姿になったミスターTと剣山がデュエルを繰り広げていた。十代はミスターＴとデュエルをするのが、ミスターＴはなんとヨハンしか持っていない宝玉獣デッキを使ってきたのであった。ヨハンまでもがミスターＴの手におちたと思った十代は必死に宝玉獣と戦うのであったが。。。。

デュエルアカデミアでは、ミスターＴが乗っ取った空野が次々と生徒を襲いダークネスの世界へと導いていた。学園に残っているのは吹雪と万丈目、明日香とジュンコとモモエだけとなる。そんな彼らの前にもとうとうミスターＴが現れ、襲ってくるのであった。ミスターＴ倒され生徒はダークネスの世界に引き込まれ、残った人間は消された生徒の記憶をなくすのであった。万丈目、明日香がミスターＴに敗れ、彼らの記憶を失った吹雪は誰もいなくなった学園を彷徨うのであった。そんな吹雪の前にダークネスが現れるのであった。

ダークネスの正体は藤原優介だった。藤原はダークネスの世界の素晴らしさを説くが、その考えに反発する吹雪。藤原はフィールド魔法「クリアー・ワールド」を発動し、吹雪にネガティブエフェクトを与えるのであった。さらに、上級クリアーモンスターである「クリアー・バイス・ドラゴン」を召喚するのであった。この「クリアー・バイス・ドラゴン」は相手モンスターの攻撃力の２倍が攻撃力となるモンスターであった。窮地に追い込まれる吹雪。そんな吹雪に対して追い討ちをかけるように万丈目、明日香、翔たちの心の闇を見せる藤原。

十代とヨハンはタッグを組み、藤原とデュエルを開始する。藤原はフィールド魔法「クリアー・ワールド」を展開し、ネガティブエフェクトを発動する。さらに藤原はクリアーレイジゴーレムとクリアー・ファントムのコンボで十代に攻撃を仕掛ける。だが、ヨハンのサポートにより窮地を脱する十代。十代とヨハンの絆を断たなければ勝利することができないと悟った藤原はヨハンの心を覗き、心の闇を探るのであった。

十代・ヨハンＶＳ藤原　後編。ヨハンの心の闇を利用して十代とヨハンの固い絆を破壊しようとしたが失敗する藤原。が、その絆により逆上した藤原は「属性重力アトリビュート・グラビティ」を発動するのであった。この効果によりヨハンのモンスターたちが十代のモンスターを攻撃するのであった。そして十代の攻撃の時には「属性変化アトリビュート・カメレオン」を発動し、逆にヨハンのモンスターを十代のモンスターが攻撃するということを行うのであった。絆を否定し、互いに攻撃しあうことを行なわせた藤原の前にオネストが現れ、藤原の悲しい過去を話すであった。

藤原からダークネス引き離すことに成功した十代。しかし、世界は皆既日食の闇に包まれたままであった。その闇の中からついに、真のダークネスが現れるのであった。ダークネスは十代に告げる。デュエリストの心の闇によりダークネスの世界が創られたと。ダークネスの世界から皆を救うべく、十代はダークネスと決闘を挑む！恐怖のコンボ「虚無と無限」を発動させるダークネスに対して十代は。。。。

十代はネオスとユベルを融合させ、ネオス・ワイズマンを召喚させ、ダークネスに攻撃する。だが、余裕の笑みを浮かべるダークネスは、ダークネス・アイを復活させ、「虚無と無限」のコンボを発動させるのであった。一進一退の攻防が繰り広げられる中、ダークネスから衝撃の真実が十代に告げられる。それはダークネス自身が人間の未来の姿であるということを。人類の運命をかけ、戦う十代。

十代は究極コンタクト融合を行うことでゴッド・ネオスを召喚させダークネスに勝利するのであった。世界はもとに戻り、十代にかけよる翔たち。そして。。。。。卒業式を迎えるのであった。涙ぐみ司会がまともにできないクロノス。在校生代表として送辞を読む剣山だったが、涙でまともに贈る言葉が言えず。明日香、翔、万丈目、十代たち卒業生に卒業証書がわたされるのであった。その晩、謝恩会が開催されるのであったが、その場に十代の姿はなかった。荷造りをし、旅にでようとした十代の前にハネクリボーが現れ、ある場所へと導くのであった。

遊城十代ＶＳ武藤遊戯。ハネクリボーの導きで武藤遊戯のいる世界に飛んだ十代。神のカードを持つ遊戯と真の卒業デュエルを行うことに。それは十代が3年間戦い続けたことにより失ったものを見つける戦いでもあった。十代はネオスを召喚し、遊戯もブラックマジシャンを召喚し、激しいデュエルが始まるのであった。果たしてその結末は。。。。。