游城十代在去参加高校的入学考试途中，遇到了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得了一张卡片。十代到达考场时已经迟到，而库洛诺斯教授却因十代的记录成绩不好而拒绝补考。十代与库洛诺斯的决斗开始了，库洛诺斯的稀有卡“古代机械巨人”有着3000的攻击力，十代受到了重创。在最后关头，十代感到了卡片传来的声音，那是从游戏手中得来的卡 “羽翼栗子球”……。在最后十代终于打败了库洛诺斯进入了游戏学院

决斗学园的生活开始了，十代被分配到了一个叫奥斯里斯·红的宿舍，这里是所谓的劣等生的聚集地。十代与住在奥比利斯·蓝宿舍的优等生万丈目发生口角，约定在深夜以卡片作为赌注决斗。十代与万丈目的决斗开始了，因为没有注意到万丈目的夺取对方融合怪物控制权的战术，十代陷入了被自己的主力怪物攻击的危险境地。最后十代抽到了一张卡，露出了笑容。可是这场决斗还是没有分出胜负。

库洛诺斯教授假借明日香的对十代设下陷阱，想让他变成偷看女生的色狼好被赶出学校，但是翔却上当了。为了救回被困在女生宿舍的翔，十代与明日香的决斗开始了，明日香卡组里华丽强力的怪兽登场，把十代逼入困境，此时十代召唤出了新的元素英雄……。计划再一次失败的库洛诺斯教授还是不肯善罢甘休。

每月一度的考试到来了，刚睡完懒觉爬起来赶去的十代，在路上因为帮助一个欧巴桑迟到了。笔试考试结束后，学生们都去购买部入手新的卡片，迟到的十代却没赶上，但他从购买部的欧巴桑那里得到了一张进化之翼的卡。实战考试中十代与万丈目再次交锋，面队对万丈目强大的VWXYZ的5体连携， 十代显得有些力不从心。可是借助进化之翼的力量十代还是打赢了决斗但是他却并没有因此升级。

十代一行人进入了其他学生口中的鬼屋，去寻找明日香哥哥的消息，行为古怪的泰坦出现在十代他们面前并提出了决斗。受雇于库洛诺斯的自称“暗之决斗者”和十代的决斗开始了，泰坦的卡组似乎具有黑暗游戏的危险性质，十代的生命值削减的同时，身体的一部分也同时消失。

十代和泰坦的决斗依然继续着，泰坦不停地向十代发动攻击，削减他的生命，十代的身体慢慢消失。即将失去意识的瞬间，十代被羽翼毛球的声音唤醒。正当众人以为泰坦的诡计被识破之时，真正的黑暗游戏开始了，十代在黑暗中与泰坦展开了最终决斗。与此同时，还有另一个人，也听到了羽翼栗子球的声音。

由于私自去了幽灵屋，十代和翔被处罚惩罚双人决斗，如果他们不能战胜库洛诺斯教授选择的对手，就要被退学。翔的特训决斗开始，翔的卡组是交通工具卡组，决斗中十代发现翔在某次抽卡时表情怪异，后来得知原来是抽到了“力量结合”，一张超强力的卡。翔曾经有痛苦的经验，因此不能使用这张卡。

十代知道了翔的伤心事，于是去挑战翔的哥哥，被称为凯撒的强豪决斗者亮。十代与亮的决斗开始，亮是以“电子龙”为基础，以融合为主题的卡组，和十代的英雄卡组有共同之处。大家互相承认了对方的实力，看到与亮对战的十代，情绪失落的翔的心中似乎摆脱掉了什么。

隼人的父亲前田摩山，不想隼人继续在决斗学校，要他回家去。隼人与摩山的决斗开始，世界高知名度的决斗者摩山卡组以一击必杀而出名，称为醉汉卡组，这让大家惊叹不已。隼人以考拉怪兽对抗，熊蔵的醉酒怪兽不好对付，并且使用了一击必杀的永续魔法卡“回到饭桌”。

为了留在学校，十代和翔与迷宫兄弟的决斗开始了。迷宫兄弟是教授特意请来，传说中的强劲双人决斗者，迷宫兄弟用了几个回合就召唤了“雷魔神”“风魔神”“水魔神”，并融合召唤出了守护魔神。十代很高兴能和迷宫兄弟决斗，但是翔却带着不安的情绪，不太敢于进攻。

十代和翔与迷宫兄弟的决斗还在继续，在攻击力3750的守护魔神面前，十代和翔陷入苦战。十代鼓励翔要积极向前，想帮翔找回自信，他使用魔法卡盾崩坏，守护魔神被破坏了。迷宫兄弟支付出一半的基本分，召唤出了强力的攻击力3800的黑暗守护神，危机中的十代和翔有没有胜算呢？

黄宿舍的三泽无论学习、体育、 决斗都是新生里排第一的优等生，三泽想知道十代享受决斗的原因。另一方面，万丈目因为败给了十代，在蓝宿舍里面的地位开始动摇，于是他以留在学校作为赌注，挑战黄宿舍第一的三泽。三泽与万丈目的决斗开始，万丈目使用炎之卡组，三泽使用酸素、水素的小型龙，化合成水属性召唤出了强力的水龙。

为了寻找行踪不明的万丈目，十代遇到了被人类研究改造的决斗猿SAL，SAL以女子作为人质企图逃走。十代与SAL决斗，SAL的卡组召唤出了猿系怪兽，通过“DNA改造手术”“野性解放”破坏了自己的怪兽，这似乎就在暗示SAL自己的未来。

寒假就要到了，学生们都回家了。喜欢研究异灵的高寺呼唤出了人造人的精灵，之后人造人出现了，说要把高寺作为祭品。十代追寻消失的高寺，与不完全体的人造人精灵展开决斗，人造人的永续魔法逐渐削弱十代的基本分，随后人造人在决斗中召唤了自己……

网球课上，十代把球击中了教授。网球部的热血部长绫小路出现了，绫小路误解了明日香的话，为了成为明日香的未婚夫，他提出了决斗的请求。十代与绫小路的决斗开始，绫小路的卡组充满了网球的特色，猜覆盖卡的种类，并且带有削弱基本分和强烈攻击的战士。在网球的古怪气氛中，十代有点困惑了。

深夜，蓝宿舍的学生被迷之巨人强逼决斗，之后夺走罕有卡的事件频繁发生，于是教授命令十代寻找犯人。黄宿舍的大原是一个很强壮的男子但他决斗并不厉害，他的死党小原有决斗的实力却比较怕事，因此经常落败，蓝宿舍的学生经常说他们是笨蛋。夜里，十代追捕犯人，结果发现犯人竟然是大原……

十代喜欢买稀有的黄金面包，但这几天面包却不知道被谁偷了，犯人能在那么多面包中能偷走黄金包，看来是抽卡运很强的强者，最后他抓到了半野生化的原蓝宿舍学生大山。为了强化“抽”的力量，大山这一年都在大自然中生活的。十代与大山展开决斗，大山的卡组是以“抽”为赌注的卡组，十代能否获胜？

学校又起风波，这次游戏学院要展视游戏王武藤游戏过去所使用过的牌组，大家因为都能一睹传说中的牌卡感到兴奋不已。小卖部得到了牌组的参观券，但是只剩下最后一张了，太阳神·黄的学生神乐坂与翔只要用决斗来争夺参观券。

神乐从展示柜中偷走了游戏王的牌组, 并且用这个牌组和十代展开了对战。神乐坂拥有攻击力2800的混沌黑魔法师，局面变得很棘手。神乐信心满满，以为既然是游戏王的牌组，那就一定是无敌的……

决斗学院和北方学校的友好决斗照例进行，教授本以为会和去年一样，由优秀的丸藤亮作为代表参赛。没想到对方提出了异议，要求选举新的代表，而丸藤建议的人选竟然是十代，看来这次决斗会好玩起来了……

为了要选出新的学院代表，去和北方学校进行友好战斗，游城十代和三泽大地展开了一场非常战斗。虽然在LP上是十代有利，但十代牌组中的王牌让E·HERO融合特殊召唤的怪物，如果不能融合的话，十代就输定了。

被三沢封印了融合的十代，因为无法进化E-HERO而陷入了苦战。十代用场地魔法摩天楼强化了E-HERO的力量和三沢的水龙（攻击力2600）进行对抗。但是，由于三沢完美的战术，在钻石龙的面前，十代的场上变得空无一物。但就在这时，十代召唤了新的E-HERO——（荒野人）……。

十代使用不到最后不放弃的韧性大逆转，终于击败了毫无破绽的三泽。尽管十代打败了三泽，获得了参赛资格，但库洛诺斯教授还是不肯让他担任友好决斗的代表。教授搬出潘多拉的盒子，计划对十代展开阴谋计划。

不甘心曾经输给十代的万丈目准， 在一场奇遇之后，名正言顺的进入了战斗游戏学院诺斯校。新生要接受传说中的“欢迎仪式”，死之五十人决斗，按照排位顺序战斗，万丈能一举成名吗？

决斗学院和北方学校的友好决斗大会终于开始了， 双方派出的选手都是一年级的学生，北方学校派出的是一战成名的万丈目，这让十代惊讶不已。比赛将会全国直播，万丈目与十代的比赛开始，两人都抱着必胜的决心。

友好比赛在十代和万丈目之间展开，万丈目指挥武装龙LV7直接攻击十代，十代发动陷阱英雄灵魂躲过一击。万丈目的回合结束，轮到十代抽排了，但形势看上去还是对万丈目有利。面对无敌的武装龙LV7，十代该如何对抗？

大德寺老师带着十代一行共四人，来到了传说中的古墓，他们打算进去探险。古墓里貌似沉睡着很了不得的怪物，这让翔有了不好的预感。古墓外出现了奇怪的光，大家逃进遗迹里，十代发现自己竟然能摸到羽翼栗子球了。课外教学竟然是黑暗决斗，这究竟是怎么回事？

在大德寺老师的带领之下，十代一行人来到了王家古墓, 打算进行探索。没想到他们遇到了守墓的士兵，同伴们纷纷被抓，十代与其展开对决。在古代墓地中无法使用墓地的效果，十代陷入苦战。

鲛岛校长把十代、 三泽大地、丸藤亮及明日香、万丈目等人集合起来, 告诉他们岛上有关七精门和三幻魔之卡的传说。古代传下来的三张卡片，就埋在这座岛上，而这个学校就在封印那三张卡的地点之上。

LP很快变成了700VS3000，十代的形势非常不利。每一次的伤害都会让自己的身体受到火焰的烧伤，再加上担心翔和隼人的危险，十代的身心都处于十分辛苦的状况。达克尼斯召唤了真红眼暗龙。并因为墓地里有7只龙族，攻击力达到了4500。十代巧妙地运用荒野人和魔法野性分半降低了真红眼暗龙的力量，并通过融合召唤出了荒野锯齿侠…

作为第二名刺客，美丽而又恐怖的吸血鬼女郎卡缪拉（卡米拉）来到了岛上。十代因为之前的黑暗游戏消耗了太多的体力而需要休息。心里想逃走的克罗诺斯教授却逃跑失败，克罗诺斯VS卡米拉的决斗开始了。克罗诺斯使用以古董齿轮为代表的中世纪卡组。而卡米拉使用以吸血鬼(吸血鬼创造主)为代表的吸血鬼卡组迎击。一场以败者成为人偶的条件黑暗游戏开始了。

击败了克罗诺斯的卡米拉挑选了长相英俊的恺撒亮(丸藤亮)作为下一回合的对手。恺撒亮VSカ卡米拉的决斗开始了。虽然恺撒在序盘就好不留情地使用功率混合(力量结合)强化了网络终端(电子终极龙)（攻撃力8000）并进行攻击，但形势慢慢地向熟悉了解亮的卡组的卡米拉一边转换了。恺撒用网络巴利亚龙(电子护罩龙)和网络激光龙(电子雷射龙)组合而成多种攻击方式追击着カ卡米拉。但是当卡米拉使用魔法卡(幻魔之门)时，利用黑暗力量的卑鄙战术开始了

十代从吹雪手上接过了暗黑道具，向卡米拉发出了决斗挑战。复活的十代VS卡米拉的决斗开始。十代召唤了暴风侠（攻撃力2800）。卡米拉原本打算用幻魔之门将明日香他们变成祭品，但是被十代手上的暗黑道具所阻碍。将自己作为祭品，夺去了数字明星，十代的生命值一口气被削减到了1200。在偷看了十代卡组的卡米拉面前，十代的战术完全不起作用…

持续着的沉重战斗令十代感到疲惫和厌烦。在哈尼克里克的指引下，进入了向着温泉方向的精灵界。在那里出现了精灵凯曼。以有着蓝眼珠(青眼白龙)的卡片为名向十代发出挑战。十代VS凯曼的决斗开始。这是海马濑人所使用的卡组。在蓝色、白龙之圣骑士的面前，不知不觉十代又找回了决斗的感觉，开始认真起来。终于，阿尔提斯(青眼终极龙)召唤了出来…。

万丈目的哥哥想要收购学校（十代所在的决斗学校）。作为收购的条件，万丈目VS万丈目的哥哥·长作的决斗开始了。由于被强加了不得使用攻击力500以上的怪物这个不公平条件，万丈目只能使用从四处收集的弱小怪物组成卡组。召唤出来的怪物除了防守表示以外没有其他办法。长作场上有攻击力高达2500的龙族怪物，形势方面完全压倒了万丈目。然而，当扰乱3人组登场出现在场上时，万丈目的反击开始了…。

作为第三名刺客的亚马逊卡组塔尼娅（塔尼雅）。指明要和三泽决斗，而且输了的话就要当她的新郎。三泽利用化学卡组进行了彻底的计算，用正负磁铁怪物控制了战斗的主导权。但是，塔尼雅的亚马逊卡组和其杂乱无章的形象不同，其实是有经过精心计算的卡组。在塔尼雅积极地表达自己的好感下，冷静的三泽的精神开始动摇了。

三沢被塔尼雅作为新郎带走，但是过了一晚就被放了回来。タニヤ的体力、精神力、决斗等级，不论哪一方面都是三沢所无法超过的。十代因为兴趣向塔尼雅提出了挑战。十代VS塔尼雅决斗开始了。十代在与亚马逊的剑士的战斗中虽然获胜但是生命值也削减了。而且在场地魔法亚马逊的死斗下，双方开始了除非双方的体力耗尽否则不会结束的肉搏战。在战斗中，两人互相肯定了对方的实力。

一位名叫安娜西斯的大富翁男子来到了岛上。以三幻魔卡为赌注提出了暗黑决斗。但当他提出要在海底决斗时，众人才意识到对方把海之决斗同暗黑决斗混淆了（注：日语里海和暗的发音近似）。很想在海底决斗的十代，接受了对方的挑战。十代VS安娜西斯的决斗开始。在场地魔法传说之都阿特兰蒂斯的作用下，安娜西斯的水属性怪物变得十分有利。暗黒大要塞鯱、海竜ダイダロス等强力水属性怪物另十代陷入了困境。

十代他们的七精门的钥匙被偷走了。这是潜伏在学院里的黑蝎盗掘团5个人搞的鬼。为了解决事件，万丈目VS黑蝎团的决斗开始了。万丈目使用的武装龙升级的进攻战术，被黑蝎团5人众封锁了。5人的协力攻击令万丈目一回合就受到2000LP的伤害，只要再受一次攻击就会输掉决斗。危机时刻，万丈目将一切都赌在了扰乱鬼的身上。

seven stars的下一位刺客，创下古代埃及无败神话，被称为决斗之神的少年王——阿维多斯三世出现在了十代他们面前。十代VS阿维多斯三世的决斗开始。十代与对方打得难分胜负，而阿维多斯却说“其实你还是很弱的”。然而，阿维多斯却第一次因决斗而感觉愉悦。阿维多斯用场上的3个棺材召唤出了法老之魂，同时召唤了4个下仆加强了防守。但是十代已经设下了大反击的布局……。

明日香探望还没恢复记忆的兄长。兄长的记忆将会恢复，明日香和泰坦的决斗开始了。泰坦以前是，真的暗之决斗者。泰坦使用人造系的怪兽，利用黑暗的斗牛场~黑暗Arena引诱明日香进入黑暗决斗，确立了优势。明日香的网络武器在黑暗中不能选择攻击对象，不能破坏对方的怪兽。

学院祭的COSPLAY（角色扮演）决斗开始了。明日香cos神鹰女郎，万丈目cosXYZ。和十代决斗的是，一个cos黑魔导女郎的迷之美少女。十代VS黑魔导女郎的决斗，黑魔导女郎的卡组意外地强大，马吉香斯·瓦尔基亚、兄弟姐妹先后召唤制压着十代。实力拥有这个程度的少女，绝对不是学院里面的人……

在赌博界成名的青年“Boy”来到了学院。Boy以“同SevenStar决斗过”自居（这整句话几个语法不是太明确，也有很大可能是自称是7星之一）。作为旧友的明日香向Boy提出了决斗邀请。Boy的战术，是使用以猜硬币正反来决斗的“赌博卡组”。利用第2次机会进行2次投币使猜测正反面的准确率提高。而明日香却利用了Boy从小就有的弱点完全看透了Boy的行动……。

大德寺老师不见了，众人都担心是否老师被7星击败了。十代他们为了寻找大德寺老师进入了黑森林。另一边，明日香为了搜寻失踪的吹雪，反而遇上了身为最后的7星成员的迷之决斗者，并被其以压倒式的力量击败。万丈目也是为了查探大德寺的线索，而遇上了迷之决斗者且惨败。大德寺老师会没事么……？还有迷之决斗者的真身是……？

七精门的六个钥匙打开了。十几岁的人去了废宿舍，发现了大德寺的木乃伊尸体。最后的Seven Stars“阿姆纳尔”出现了。十代VS阿姆纳尔的决斗。敌人是以炼金术的想法为基础的甲板。当十代用丰富的属性的E英雄攻击的时候，被无效化为永续陷阱。另外，从炼金锅混沌·迪斯蒂开始出现怪物，并进行直接攻击。

十代VS阿姆纳尔的决斗阿姆纳尔是大德寺，木乃伊的尸体也是大德寺。这个样子是用炼金术的力量向人偶注入灵魂的人造人告白。阿姆纳尔使用永续陷阱宏大波斯菊、原始太阳海丽、双胞胎的太阳等，将舞台变成太阳系宇宙。由明日香、万丈目、吹雪关在构成的行星上。十代受到行星直列的攻击。终于三个孩子的太阳（攻击力3900）出现了……

万丈目无法抑制对明日香的爱慕之情。被暴风雪包围，盗取七精门的钥匙，向明日香强求决斗。赌上万丈目VS明日香的恋爱的决斗。万丈目一边使用《恋文》、《隐藏的思念》的卡片，一边随意地妄想恋爱的骄傲。穿着浴衣令牌和穿衣王封住明日香的怪物召唤来抓住胜利，但以“战胜恋爱”为优先，错过了好机会。明日香以“网络天使”为目标。

理事长的影丸老人夺取了七精门的钥匙，把“三幻魔”的卡片掌握在手中。十代VS影丸老人的决斗。影丸召唤了第一个幻魔“神炎皇乌利亚”。攻击力在墓地的陷阱卡的数×1000，把对方的陷阱返回。十几岁的人打破了亚利亚，但每次都能简单地复活。此外，第二个幻魔“降雷皇哈蒙”（攻击力4000）被召唤，十代在两个幻魔面前出现了痛苦的状况。影丸通过幻魔，得到了二人怪物的精气，成为了年轻的肉体。

十代VS影丸的决斗挡住十代的两个幻魔的攻击力是5000和4000。并且第3的幻魔“幻魔皇拉比爱蜜”（攻击力4000）也被召唤。影丸的目标是夺取十代，从二代怪物得到永远的生命。十代的是LP降到600。但是，在大德寺留下的谜之卡上许愿，巧妙地使用了shenning fachan的融合和解除，怀念危机。在伊丽克西勒安装了那张卡，一口气瞄准逆转。

隼人的画很好，在I2公司的卡设计竞赛中获得冠军。但是如果不战胜与克罗诺斯教谕的考试决斗，就成了希望的卡设计师。隼人VS克罗诺斯的决斗。隼人没有比赛失误，与克罗诺斯的古董齿轮系卡相差无几，渐渐被安迪克齿轮卡尔姆所压倒，变得气馁。想起了一年前在澳大利亚旅行下的决心，以魔法“艾斯洛斯·Solls”来瞄准逆转

学园首位的凯撒亮指名了毕业纪念模范二代的对战对象。十代VS凯撒亮的决斗。背负着的十代比平时都是周密的，要防止长龙和强大的能量。然而，凯撒将从第1个回合开始将网络末端龙融合召唤。虽然避免了致命的伤害，但由于凯撒的巧妙的融合和解除，十代被剥夺了主导权。终于被召唤到强化了能量的网络末端龙（攻击力8000）。

十代终于以100LP的姿态控制住了强化后的电子终结龙的猛攻。空腹的十代吃了饭团，找回了自信。于是联合了地水火风4属性的元素英雄，通过陷阱卡将恺撒的场上一扫而空。然而凯撒却再度召唤了强化的电子终结龙，并更通过「限制解除」将攻击力提升到了16000。同样精通“融合”战术的两人的决斗预演预烈…。

十几岁的人进入二年级。一个看似大人的新生和十几岁的人决斗。新生的甲板虽然不是很强大，但这也应该是这样的，之前在小卖部买的8包就赶上了40张的即兴。即便如此，在“大天使研讨会”中，将十代的LP降至1200。在决斗中用手机和神秘的男人说话，感受到了这两个男人的预言是没有意思的。翔们，新生著名的明星决斗者的爱德·菲尼克斯。渐渐注意到···。

万丈目与中等部的最高成绩的精英新生五阶堂合作。以前是中等部的第一位，现在在红宿舍，据说新生已经沦落到了使用浴衣怪物的万丈目。万丈目在XYZ转换器上很帅地进行先发制人的攻击，但是被“吉尔福德·扎克杰德”等战士族甲板反击。但是，万丈目不动，看这一年的集大成！正因为如此，使用了“梅卡浴衣”…

黄舍的1年中最高层的提拉诺剑山，向十代挑战二代。是原·番长的剑山，证明了打倒十代，在学院也有魅力。剑山非常喜欢恐龙，使用恐龙甲板。在场魔法「朱拉雅·世界」中，使恐龙族·鸟兽族提升，也会陷入陷阱。然后用“超·进化药”的始祖鸟进化为“黑蒂拉诺”（攻击力2900），威胁十代。

在翔上登上了黄黄宿舍升格的故事。克罗诺斯准备的是蓝色宿舍的胡蝶兰的少女，以双击取胜是条件。翔虽然害怕，但对于十几岁的人说的话，也开始出了气。翔在维克罗伊德甲板上，小兰在昆虫甲板上战斗。小兰在翔的场上增殖蚂蚁，攻击它，把“Incoro·布丁”的攻击力提高到2900。翔不使用「功率波」而战斗，使3个的比克罗伊德合为合体，召唤“巨型钻头”。

职业联赛的决斗，恺撒亮和爱德·菲尼克斯决斗的。爱德甲板甲板，E英雄，但十代不同卡和战术，凯拥有“凤凰”融合召唤。凯撒用网络龙系迎击。十代他们，是以前的战斗，爱德强烈。终于，凯撒在力量圈中强化了网络双龙。

为了证明谁才是真正的HERO使用者，十代VS爱德的决斗开始了。十代使用火焰翼人先制攻击。爱德使用同样素材融合召唤凤凰人，互相不分胜负。继续下去，是闪光火焰翼人VS闪光凤凰人的上级融合EHERO的战斗。爱德对乐观的对待EHERO的十代并不认可。

（续前）十代VS爱德的决斗②。爱德发动了场地魔法——「幽狱の时计塔」，诡异的命运之时针开始转动。有着「D?HERO」之名的HERO怪兽一个接一个地在场上召唤。那是传说中，受到了命运的引导，具有能够自由操纵时间的能力，比E?HERO还更上级的怪兽群。决斗中，十代苦于自军英雄被消灭使局势回到数回合前，复活却又受到对方操纵对自己造成攻击等战术连锁。终于，被幽禁在「幽狱の时计塔」中着的神秘D?HERO出现了……。

十代在决斗中输给了爱德，卡片变成了白纸。另一边，受到克罗诺斯的安排，吹雪与妹妹明日香展开了决斗。吹雪希望通过决斗说服明日香，同妹妹组成兄妹偶像组合进军演艺界。决斗中，吹雪发动了场地魔法——「究极的舞台服装」，使怪兽的攻击力上升了3000点。然而却因为衣服太大了限制了行动，攻击时又恢复到了原本的攻击力而没有任何效果。面对哥哥的进攻，明日香使用了通过仪式召唤的拥有「网络天使」之名的怪兽们进行反击。

一位神秘的男子——斋王，突然出现在了万丈目面前，并提出了决斗挑战。斋王将手牌盖伏在了场上，并将卡组交给万丈目洗牌，还说通过抽到的卡，能够预示万丈目的命运，这种战斗方式简直就如同塔罗牌占卜一般。斋王通过「ザ?ハングドマン（倒吊男）」的正位与逆位的变换，发挥出了完全不同的效果。……相信命运是绝对的斋王，与认为命运是靠自己开辟的万丈目，究竟谁才能站到最后？

失意的十代彷徨在亚空间之中。而在他面前突然出现了一位神秘的海豚型宇宙人。在友好的宇宙人的指引下，十代与儿时自己所绘的、被海马公司带到宇宙中的绘图卡再会了。但它们已经被宇宙意志的力量所影响、进化成了真正的决斗卡片。十代通过与敌对的宇宙生物的决斗，在宇宙的深处获得了能量体——「NEO SPACE」的力量，并构思了如何让决斗怪兽们提高能力的新生卡组。

剑山等黄宿舍的学生长期赖在红宿舍里的行为终于引起了黄宿舍的宿舍长桦山教授的不满。而教授希望通过美味的咖喱料理来诱使剑山他们回到黄宿舍的主意也碰上了钉子。终于，事态演变成了剑山VS桦山教授的决斗。 决斗中，桦山教授发动了永续魔法（咖喱壶），并将“胡萝卜”、“土豆”和“洋葱”（咖喱的三种主要材料）依次从决斗中除外，召唤出了具有将调味料卡转换为攻击力的特殊能力，使得其攻击力上升到了4100。这简直就像是准备周全、精心料理出来的咖喱一般……。

十代不在期间，翔和剑山经常为“十代大哥的小弟”地位互相争吵。终于，各自赌上自己对大哥的崇拜，翔VS剑山的决斗开始了。 决斗中，剑山用其主力怪兽（暗黑霸王龙），对翔进行直接攻击，占了上风。翔也不甘示弱，发动了永续陷阱（电子聚集（召唤）冲击波），以300为单位逐渐地削减剑山的生命值，并使用（救援信号？）、（诱饵？）完成了防御组合……。

竞技比赛中输给爱德以来，恺撒亮上精彩。被奇怪的职业发动机邀请，在地下决斗中出场。这是在野蛮的观众面前，挺起身体的视觉要素的强大的决斗。凯撒亮VS犬饲的决斗。通过使网络龙等机械族生锈的“玻璃机器病毒”，凯撒被封印了怪物召唤，受到伤害。在LP减少的时候，电流被冲走，观众兴奋…。

在森林中迷路的十代，由于空腹而意识逐渐淡薄，而以往的决斗的画面渐渐浮现在眼前…… 入学考试中，用（火焰翼人）将克罗诺斯教授的（古代机械巨人）击败…入学后，与蓝宿舍的精英万丈目的（XYVWZ龙加农）的战斗…以决斗学园的代表为赌注，与三沢的第7副卡组的战斗…在恺撒亮的（电子终极龙）前第一次败北的情形…

经过了漫长的时间，十代终于回到了大家的身边。而却又遇上了红宿舍将要被废除的危机。以红宿舍的废除为赌注，十代再次向爱德发起了挑战。 爱德的D·HERO依然十分强劲。然而十代早已从上次的败北中完全振作了起来，用掌握了宇宙的波动而进化的[NEOS]卡组斗志昂扬地迎接了挑战。 决斗中，十代将（Aqua Dolphin）、（E·HERO NEOS）、（Aqua NEOS）共同进化，击败了爱德的D·HERO——红罗卜，但却在那瞬间返回了卡组之中。十代到底能否自由运用[NEOS]卡组这新的力量呢？

尚未能灵活运用NEOS卡组的十代，被D·HERO的直接攻击使得生命值下降到了200这个危险阶段。但通过NEOS卡组中的（Air Hmmingbird）的效果使得生命值得到大量恢复，并将（Flare Scarabe）召唤了出来并提升了攻击力。接着十代发动了场地魔法将决斗带到了新的空间（NEOS Space）内，以「（E·HERO NEOS）[攻击力2500]为媒介，召唤出了（Flare·NEOS）…

围绕着是否废除红宿舍的话题，各自坚持己见的克罗诺斯临时校长与拿破仑教头的冲突愈演愈烈，终于演变成了教授间的决斗。 决斗中，拿破仑从其拿手的玩具军团卡组中召唤了三体（玩具兵），并通过魔法卡「强行军」、「鼓笛队」的效果，给于了克罗诺斯很大的生命值伤害。每当克罗诺斯的生命值受到伤害的瞬间，红宿舍便会受到拆除队的拆毁铁球的猛烈撞击。而随着克罗诺斯用其擅长的古代机械怪物的反击，工匠门又会逐渐修复红宿舍……。

万丈目陆续击倒蓝宿舍的学生、作出把蓝宿舍染成白色的不可理解的行为。宣言学校将会纳入斋王领导的「光の结社」统治。明日香为了阻止这种行为和万丈目决斗。万丈目使用永续魔法「赫兹·白」、自己的手卡全部被看见来使用、并且给与对方600分的伤害。明日香被这种战术扰乱。万丈目接着使用武装龙进行追击。最终明日香战败，昏倒在地，接受了光之结社的洗脑。正在众人激励明日香时，被成功洗脑的她已选择了加入光之结社，在众目之下跪下以示臣服，并表达了将永远效忠于光之结社。

洗脑后的明日香被同化成了光之结社的一员，换上了统一的白色制服，开始为斋王效忠。明日香告诉十代自己获得了新生。新生后的明日香性格和言语变得古怪起来。她离开了十代等人，与光之结社的成员们生活在一起，被斋王培养成光之结社的干部，与万丈目一起直接为斋王服务。白色结社、射击游戏的霸者·银流星作为刺客来到学校。使用好像宇宙战舰一样的决斗系统的银和十代决斗。银的「巨大戦舰テトラン」，带着3层的保护罩，并且不会被破坏。还有永续魔法「头头高峰」，不断召唤出水晶核心、大核心等巨大战舰。十代使用格林格像鼹鼠那样在空间上做出了一个虫洞……

白色结社派来强大的职业决斗者艾克斯到学校、和十代决斗。艾克斯的战术是“卡组破坏”、那种独特的战术在初次碰上要想胜利是很困难的。在艾克斯的战术下，十代的大量德卡被送到墓地。虽然使用格罗摩斯能暂时找出突破口，但是被艾克斯夺去了。逐渐地，在心理上，十代开始对卡组里面的怪兽的信赖受到动摇……

斋王为了确定塔罗占卜出来的（不屈服之力），进入了决斗学院并和剑山决斗了。斋王的塔罗卡组，随着卡片的正位置、反位置被命运所翻转。剑山的恐龙卡组作出对抗，虽然暂时领先，但是好像都在斋王的占卜之中。斋王巧妙使用象征着“不屈服之力”的正·反位置，对剑山作出追击。

为了决定修学旅行的目的地，十代为斋王们代表的少女玫瑰决斗。她的甲板是青蛙甲板。从序盘开始，为了把“恶魂邪苦止”为墓地，召唤了3个“小姐加尔”（攻击力1900）的玫瑰。并且，在魔法卡“死的合唱”中被全灭了怪物的十代，被决定直接攻击，受到相当大的伤害

决斗学院的学生一行人修学旅行到了童野实町。童野实町是出现了武藤游戏和海马濑人的决斗圣地。十代在去拜访武藤游戏的家的时候遇到了双六老爷子。在町散步中的双六被抓走，追上去的翔和剑山互相背靠，和光之结社的2个刺客——雷丸和冰丸的双人决斗组合进行决斗。剑山的恐龙怪兽，被「氷帝の城」降低力量，受到先制攻击。

翔和剑山VS雷丸和冰丸的双人决斗②。雷丸和冰丸虽然互相不喜欢对方不过却很厉害。翔和剑山的LP很快就只剩下1000了。剑山的恐龙卡组和冰丸的卡组相性很差，而翔的交通工具卡组又被雷丸的「降低系统」「暴走电容器」封印行动。当此时的翔他们知道十代有麻烦时，团结了起来……

因为想击败十代却被斎王的妹妹美寿知通知已经被排除在战力之外的岩丸激动了起来。在不知道十代的样子而没有办法的情况下和红宿舍的教学旅行队伍合流了。十代和岩丸互相不知道对方的身份、成为了好朋友。当2人进行友谊的决斗时却知道了对方的身份，了解到彼此应该憎恨对方的存在。以「地帝格林格」（攻击力2400）为开始，集合了4帝力量的「戴维尔戈斯EMAD」召唤了出来，攻击力高达4900……

十代和爱德在美寿知的引导下进入了假想空间。十代和爱德VS美寿知的非正常规则双人决斗开始。美寿知使用「镜」再现了另一个自己。想救出翔的十代、想证明自己是第一的爱德，2人的联手并不顺利。「神圣的结界-镜像」像是用对接在一起的镜子一样，无限地映射出怪兽，把十代他们的怪兽破坏。而场上的「月轮镜」映出来的满月在怪兽被破坏时都会令他们觉得诡异……

十代和爱德VS美寿知的非正常规则双人决斗②。美寿知把2只「魔镜の式神」祭品，召唤出不会被战斗破坏的无敌的（暗之神-Dark God）（攻击力3000）。再使用场地魔法「无限の降魔镜」，通过拼合的镜子互相映射、10只暗神出现在场上。和已经有战败的觉悟的爱德相反，十代还是有着很强的斗志。新的新空间侠（黑豹）召唤了。

在红宿舍里出现了转校生的美少女爱丽丝。剑山虽然迷上了爱丽丝，但觉得可疑的三泽，知道有同样名字的神秘卡。那天晚上，十几岁的爱丽丝知道了二人的决斗者，于是就知道了剑山。十代VS爱丽丝的决斗。爱丽丝一个接一个地重复攻击力0的人偶零件，召唤合在河岸上的人偶“Doel Kamera”。多尔基米拉在受到攻击的时候增加了那个零件，不断提高攻击力。

暗恋明日香的猜谜王神田，看到和明日香吵架的十代，决斗挑战。神田使用猜谜卡组，发动永续魔法卡（猜谜时间）。非常明显地像是换了一个身份，十代攻击前都好像猜谜会的主持人一样要提出问题。十代的体力胜负问题通过了，但是决斗的知识全都不会，Lp开始下降……

三泽想着光之结社不来劝降自己，在考虑自己是否太弱而着急起来。三泽找到斋王，宣言如果战胜斋王，斋王就从离开这个岛。代替斋王的万丈目和三泽决斗。万丈目新的同盟怪兽合体召唤（强袭加农甲虫）（攻击力2800），把扰乱者当作弹药一样使用，三泽的LP剩下1600。三泽看着前方思考着战术，不过……

地狱凯撒亮，为了寻求封印的强力卡组，访问（电子流决斗）的昔日的创始人原鲛岛校长。亮VS鲛岛的师弟的决斗。亮在序盘就召唤了电子终极龙，鲛岛使用复制怪兽防了。鲛岛的电子流风格是以柔制刚，吸收了亮的怪兽的攻击力后攻击力高达4000，而亮也用电子雷射龙避免了攻击。鲛岛使用陷阱卡、夺取亮的电子终极龙，展开了最终决战……

鲛岛校长宣布（决斗·世界杯）开始。以决斗学校的岛为舞台、学生和世界的职业决斗者一起参加的最大的决斗大会。斋王和欧洲的强国的名流王子决斗。王子放出要一回杀取得胜利的豪言壮语、斋王也作出在自己的回合到来前决斗会结束的预言。（卫星加农炮）攻击力4000，向斋王攻击了……

研究者风的法兰兹出现在十代面前。从I2社赶来的帕伽索斯和前田隼人告知，I2社有社员使用最强的卡「勒之翼神龙」的复制卡，非常危险。十代VS法兰兹的决斗。序盘就召唤了「勒之翼神龙」。本来要受到神罚，不过是用了他自己制作的魔法卡（束缚神之锁）从而操纵神。不过十代也有前田隼人亲自设计而送给他的新场地魔法卡（摩天楼2-英雄都市）。

在感叹找不到对战对手的十代面前，突然打锣打鼓响了起来，在樱吹雪之下舞蹈。在那之中穿着歌舞伎衣服的职业决斗者卡布尔基德登场，并挑战十代。卡布尔基德说让观众高兴才是职业的决斗，主张在华丽的舞台上演出，发动了场地魔法「歌舞伎舞台～大桥」。不关心决斗是否华丽的十代开始有了疑问……

万丈目和职业对战者决斗。作为光之结社的一员的他使用（白色骑士·剑客）、压倒性的强的胜利。万丈目对观战了决斗的十代作出了挑战。十代发现万丈目的卡组已经没有了（扰乱者）了。十代便去寻找那些对于万丈目很重要的「扰乱者」，想通过那些卡令万丈目变回以前的样子。得到了扰乱者的十代便和万丈目决斗了。

身为光之结社的一员，使用斋王所托付的卡（白色骑士·领主）展开了攻势。另一方面，十代使用对于万丈目很重要的卡「扰乱者」进行防守。面对不断的攻击，十代始终使用扰乱者オ防守。扰乱者也在向万丈目说出了“伙伴”……终于，看到扰乱者的凄惨状况的万丈目觉醒了。

地狱凯撒亮回到决斗学院参加世界赛。见到凯撒这个样子的吹雪决定要和凯撒决斗。为了以前凯撒在自己受到暗黑力量影响时帮助自己的恩情。吹雪VS凯撒的决斗开始了，吹雪使用了（Darkness，前作故事吹雪受到此暗黑力量成为“7星”）召唤了真红眼黑龙。另一方面，凯撒……

由于决斗学院的学生不断败给职业决斗者，决斗学院的评价会变得很差，害怕这种情况出现的克诺罗斯教授和拿破仑教头派出了称之为秘密武器的人物参加世界赛。

有能一回杀的玩家参加了世界赛的传言流出。它的真正身份是和死神之卡订立了契约，得到抽卡力量的叫做橘的决斗者。向死神出卖了灵魂的橘和十代决斗了。决斗刚开始，橘就使用了魔法卡(一击必杀居合型抽卡)，十代面临着被一回杀的危险。十代会……。

学院中流传着克诺罗斯平教员和拿破仑教头会的流言，被鲛岛校长怒嚎“出去~”。意气消沉的2人，遇到了前来访问鲛岛校长的I2社会长帕伽索斯，并表达了想去I2社就职的意愿。帕伽索斯说如果能胜出决斗就通过就职许可。帕伽索斯VS克诺罗斯VS拿破仑的三角决斗开始。克诺罗斯和拿破仑会…… 注：这一话预告中克诺罗斯教授的头衔已经变成了“平教员”。

斋王的2个人格在纠缠着。受到光之波动影响要世界破灭的人格，以及防止此事发生的善良的人格。善良的心的人格知道要防止世界的破灭，十代和爱德是关键。也知道此事的被光之波动影响的另一个人格的斋王，为了得到这个关键，派明日香到十代的面前。得到斋王强力卡组的明日香用白夜之女王对十代开始攻击了。

使用被斋王强化过的卡组的明日香逐步追击十代。处于苦战的十代不断尝试唤醒明日香的「心」。对十代的话完全听不进的明日香召唤出了最强的卡白夜龙（白夜之女王）。处于绝境的十代，使用万丈目和吹雪所说的充满了「（明日香的所想）的卡作为王牌……

想兄长恢复回过去令人尊敬的样子的翔，向地狱凯撒亮作出了决斗挑战。但是，亮很绝情的对翔提出了、基本分减少的同时要受到电流袭击的条件。这样亮VS翔的兄弟决斗开始了。翔还是像往常一样尊敬着对手的情况下展开了决斗，而亮使用电子流的里卡组，对翔做出了致命的袭击。

受到光之波动影响的斋王要夺回重要的“关键”，不断往十代派送刺客。那个刺客就是利用十代的不得意理论而组合了卡组的天才物理博士发动相对性领域迎击十代。并且，使十代最得意的融合无效、怪兽不能召唤，在优势下展开了决斗。

鲛岛校长开办世界赛的真正目的原来是为了查出谁是持有(究级的D之卡)。同样爱德为了查出谁是弑父并且夺走卡片的人而进行着决斗。而同时，决斗的职业比赛的世界锦标赛开始了。世界赛十年君临的王者「DD」。爱德的後见人DD和IQ200的收藏家展开了决斗。但是，胜负只在一瞬间就决出了。DD使用了究级的D之卡。

爱德知道了世界冠军DD杀死了自己的亲父并夺走卡片的事实。作为被斋王认为是关键的爱德做出了挑战。使用DHERO之卡，爱德战斗了。但，作为不断经历世界赛级别以上的决斗的DD，终于使用了究级的D之卡(Bloo-D)。处于穷途末路的爱德……

十代从欧洲王子的秘书口中得知了“键”的秘密。那个“键”其实就是镭射卫星的控制器。欧洲王子也受到斋王的命令去夺回十代这个“键”、于是乎彼此都提出了挑战。王子召唤了3体卫星加农炮并作出了攻击。在危机中使用火焰翼人对抗的十代会……

爱德从父亲的话之中了解到斋王被光之波动缠绕的事，去了找斋王。到达了光之结社专用决斗场的爱德向斋王咨询一切。斋王的思想被光之波动夺取换了另一个人格，要爱德交出镭射卫星的钥匙。爱德下定了决心和斋王决斗了。斋王就像已经看透了一切命运般的使出了各种秘仪卡。

斋王和爱德的决斗。斋王让秘仪之21「THE WORLD」(世界)爆炸。受到了大伤害的爱德，仍然相信被光之波动控制的斋王之中有着「真正的斋王」而坚持战斗。然而爱德被斋王完全不留手的攻击逼入了绝路。已经死心的时候，爱德发生了异变，开始了反击。从那个爱德的身上，似乎可以看到「善良的斋王」的影子。

和被光之波动控制的斋王决斗的爱德落败了。斋王向十代提出用镭射卫星的钥匙换取爱德的要求。十代被逼入了绝境。此时「NEOS」出现了并阻止了十代把钥匙交给斋王。狂怒的斋王和十代决斗了。斋王和跟爱德决斗时一样预言了未来，在决斗中占据了优势。另一方面，十代用最擅长的融合召唤了怪兽。

被光之波动控制的斋王发动了场地魔法「光之结界」。这个结界有着使「卡之精灵们」削弱的效果、十代的怪兽陷入了劣势。斋王还使用了秘仪之力「THE WORLD」(世界)袭击十代。另一方面，被邪恶斋王控制的王子拿着镭射卫星的2个钥匙启动了卫星。剑山前去制止，不过一切已经晚了，镭射卫星已经向地球发出了光束。结果将会……

十代召唤格罗尼亚斯，破坏光的结界。逆转局势的十代，向邪恶的斋王进行直接攻击。陷入窘境的邪恶的斋王，将猴子的真实载荷、扎菲、扎克·海伦·罗勒作为生品，召唤了终极卡片“阿尔加福斯·赛尔·莱特·卢勒”。给予强烈的一击。另一方面，十代也会使“格林格”和“内公”相融合，召唤“格伦·内公”，转为反击……

迎来新学期的前一天，万丈目把因为白色结社而涂白的校舍涂回了蓝色。另一方面，十代回忆了到斋王战为止的和NEOS一起战斗的日子。在爱德战中败北，卡片全部变成了雪白的现象的经历，遇到了新空间人，得到了新空间NEOS的卡，再次和爱德一决胜负、并和爱德结成组合和美寿知的决斗。

决斗学院的新学期开始了。决斗学院招待了学校的冠军(阿蒙)、(奥布赖恩)、(鳄鱼)、(教授·眼镜蛇)和「谜の男」(迷之男)为留学生，他们成为了新的同伴。另一方面，有少年能看到十代校舍屋上的精灵。那个少年就是「谜の男」约翰。眼镜蛇提议进行公开决斗。那个决斗就是十代VS约翰。约翰是使用很珍稀的怪兽宝玉兽的决斗者。

约翰接连召唤出宝玉兽(紫晶猫)、(黄玉虎)。十代使用新空间的弗雷亚·星拉贝和混沌接触融合出(火焰新生侠)对抗。约翰破坏了十代的场地魔法，使出新的地形魔法、发动了」(虹之古代都市・彩虹废墟)，新空间人回到了卡组。看到了这些精湛攻势的爱德，开始说起和约翰、宝玉兽不为人知的关系。

教授·眼镜蛇宣言举行使用能公开实力的系统的显示器(Disclosure Duel/注)。全校学生都装着能测定决斗者热情、集中力、决断力和决斗心的决斗腰带。眼镜蛇命令奥布赖恩和十代决斗。那个作战将会使十代使出全部的潜在能力。作战开始实行，奥布赖恩用翔作为人质和十代决斗。

奥布赖恩把翔作为人质彻底激发十代的潜能。十代如奥布赖恩所想的那样认真地接受了决斗，迎战炎卡组。奥布赖恩对十代的直接攻击发动了永续陷阱(火焰之壁)，使直接攻击无效化。另一方面，十代使用新生侠和火焰甲虫进行接触融合，融合出火焰新生侠进行了反击……

吉姆·鳄鱼发现决斗学校出现了强力的电磁波。吉姆和十代、约翰、翔、剑山一起到森林里面调查。突然发生了强烈的电磁波，鳄鱼的「卡伦」向剑山发出了袭击。同时剑山野因为受到电磁波影响失去自我地袭击吉姆。剑山和吉姆决斗了。面对剑山本能般地召唤强力恐龙，吉姆使出了魔法卡化石融合，召唤出了化石龙。

眼镜蛇发现了阿蒙调查自己身边的事情。于是眼镜蛇催促阿蒙进行死亡决斗。阿蒙也发现自己的行动可能已经被察觉并且目标是自己、有计划地进行着。另一方面，万丈目也注意到了阿蒙，调查了他的资料。结果查出阿蒙是加拉姆财团的长子，知道此事后万丈目对阿蒙提出了决斗。阿蒙使用云之卡组对万丈目作出了攻击。

万丈目召唤出了VWXYZ-神龙弹射炮，对阿蒙展开了怒涛般的攻势。不过，面对此攻势阿蒙露出了绰绰有余的笑容。并且展开了反击。翻开2张覆盖卡(暴风雨)和(自然灾害)使万丈目受到了伤害。迎战的万丈目被阿蒙的连续攻击逼入了劣势。但是，万丈目使出了(扰乱三角闪电)做出了反击……

死亡决斗中出现了大量的伤者，确信这样的事情和眼镜蛇教授绝对有关系的十代，秘密潜入了眼镜蛇的研究设置SAL。在里面发现了连接到地下的电梯，于是乎十代他们便到了SAL的地底、分头打探眼镜蛇的事情。在里面十代遇见了佐藤先生。佐藤说出“如果不在打倒我通向眼镜蛇的门是不会打开的”的话。十代便和佐藤决斗了。佐藤召唤了能把攻击的对象变为我方怪兽的(疮痂·骷髅骑士)。面对攻击十代的爆炎女郎，十代会……

佐藤通过滑雪夜的效果把爆炎女郎和天空蜂鸟变为我方怪兽、并对十代攻击。另一方面十代融合召唤出水手侠对佐藤直接攻击。通过监视器看到这个决斗的眼镜蛇，告知十代这个决斗是一个圈套。圈套就是明日香作为人质，当作藤受到攻击，关闭明日香的密室的水位就会上涨。面对不能攻击的十代，佐藤毫不留情的展开了攻击。

眼镜蛇教授派出第2个刺客前往去找十代。那个刺客就是能看到精灵的(基斯)。他抓了宝玉兽蓝宝石比萨斯，强行要求决斗。代替体力消耗过多的十代，约翰和基斯决斗。约翰和基斯的决斗开始了。基斯发动了捕抓怪兽的反击陷阱(狩猎网)，捕获了紫晶猫。想要救助宝玉兽的约翰，面前是陷阱在等待着他。

基斯用各种各样的陷阱捕抓宝玉兽。并召唤了地狱之番犬，向约翰攻击。对基斯的卑鄙决斗感觉愤怒的约翰开始了反击。约翰预计基斯的陷阱战术，使用更高明的战术召唤出了黄玉虎、翡翠龟攻击。被追击入困境的基斯，抓住约翰的弱点，制止了约翰的攻击。面对不出手的约翰，基斯发动永续魔法(代替的伤疼)，给与了伤害。

击败了眼镜蛇教授的刺客的十代和约翰会合了明日香和基姆等伙伴一起去找眼镜蛇教授。另一方面，单独前往去找眼镜蛇教授的阿蒙，比十代先到达眼镜蛇教授的地方，被告知“他们没来”。而在赶往的十代等人，因为电子防御装置发生短路、墙壁不断逼近，在无路可走之时，奥布赖恩出现了并用双肩顶住墙壁。在奥布赖恩的帮助下十代到达了眼镜蛇教授的所在之处。和眼镜蛇教授的决斗开始了。

科布拉斯发动了场魔法“威诺姆·斯图普”，对十代召唤的怪物毒害，降低攻击力，破坏。对的十代，融合了苏格曼和边缘人，召唤新的英雄“等离子者”。破坏了“威诺姆·斯内克”。但是，科布拉使用拖拉卡的效果召唤了两个怪物。继续进行毒攻。而且，两个怪物的攻击被召唤到“毒蛇王Vonamon”，破坏了“等离子·维斯曼”。

十代无法如自己计划的那样攻击眼镜蛇教授的「毒蛇王ヴェノミノン」。但抽到了(奇迹融合)，十代召唤了荒野剑齿人，终于破坏了毒蛇王。被破坏了毒蛇王的眼镜蛇教授发动陷阱卡「毒蛇神降临」，召唤」(毒蛇神 维诺米纳加)。毒蛇神的攻击使十代受到了伤害，这个伤害也使毒蛇神发动了效果，3回合后毒将会偏布全身，决斗败北。十代仍不放弃、融合闪电侠和死灵黑侠，召唤（暗耀侠)，攻击眼镜蛇教授……

和眼镜蛇教授死斗后昏迷过去的十代醒来后发现的是……沙漠。在那片沙漠中只有决斗学院的校舍，情况很异常。熟悉地质学的吉姆告诉大家决斗学院进入了异世界了。在这个异常事态之下决斗学院的学生混乱起来了。还有更大的危机。在这世界会遭到实体化怪兽的袭击。约翰与袭来的神鹰女郎对峙。

早乙女礼因为某人受到重伤。为了得到治疗礼的药，十代去找三泽看到的潜水艇。潜水艇的在需要越过沙漠的地方。在那里泰坦在十代的面前实体化了，阻止了他们的前进。泰坦VS约翰的决斗开始。(沙漠狮蚁)实体化，面对攻击，约翰让宝玉兽对抗。在沙漠中召唤出了强大怪兽的泰坦，让约翰陷入了苦战。

在潜水艇得到药的十代赶回去决斗学院。另一方面，在为保护学院而警备的万丈目那边来了几个很怪的学生，并提出「来决斗吧～」的决斗请求。万丈目决斗了，然后一个接着一个地提出决斗请求……回到学院的十代发现本该在警备的学生不见了而感到奇怪，此时出现了奇怪的学生带着「来决斗吧～」的请求。察觉到学院奇怪状况的十代会……

学院内的腐尸学生不断增殖。想到礼因为重伤而休息所处的保健室可能会被占领，十代担心了。大家协力的冲向了保健室。途中还好几次和腐尸学生相遇，十代和约翰终于到达了保健室。在那里等候的，是已经腐尸化的鮎川先生。鮎川阻止给礼喂药。十代决定与鮎川决斗。鮎川先生召唤出了(堕天使护士-丽菲库鲁)，给与十代恢复生命……

十代陷入了学院内有腐尸学生徘徊，外面有实体化的怪兽的危险境地。尽管如此还是要保护剩下的学生，并且制作路障强化保护。但是在此情况下因为耐不住肚饿的原田、寺冈、山中逃走了变得下落不明。马丁被十代叫去寻找失踪的学生。十代也想用已经占据的发电厂地区交换食品仓库。在那个区域的决斗对手是「笑」「无表情」「怒」的3个假面学生。和他们对决的奥布赖恩、约翰、吉姆……

约翰VS「无表情」假面、奥布赖恩VS「笑」假面、吉姆VS「怒」假面的决斗在食品仓库继续。约翰被「无表情」假面的「沈黙の虚构」慢慢逼进了困境，吉姆不断被、（怒之链锚骑士)削弱基本分。奥布赖恩冷静的进行决斗，把握了决斗中的诱导，一口气决出了胜负。约翰、吉姆听到了奥布赖恩关于「诱导」的事情，应战也开始逆转了。另一方面，拿破仑教头因为担心马丁而去礼那里叫十代跟上找回马丁。

十代追赶往着三幻魔封印之地走的马丁。但，挡在十代面前的是已经腐尸化的万丈目。面对不会让路的万丈目，十代决斗了。万丈目召唤出了(复活腐尸)和(血魔)袭向十代。另一方面，约翰等人的决斗是诱导，而学生们知道了有食品的地方就一拥而入，结果遭到腐尸学生的袭击，全部被腐尸化。在那样的情况下，奥布赖恩似乎在发电厂区域听到了什么人的通信。

鲛岛校长和帕伽索斯发现了(虹龙)的石板，并前去那个现场。得到了三幻魔的马丁，对阿蒙作出了挑衅、提出了决斗。阿蒙的信心有所动摇，在调整了心态后应战了。马丁使用(疯狂装载者)守备表示召唤，阿蒙召唤了攻击力3000的(云魔物 －台风之眼)，对马丁造成了3000的伤害。马丁面对这种攻击绰绰有余。另一方面，约翰为了领取(虹龙)的卡片而前去了其所在地的设施。

要得到虹龙)必须要有很强大的决斗能量。在那里地狱凯撒亮和约翰的决斗开始了。亮在最初的回合已经召唤了(嵌合超载龙)，并且再发动装备魔法(未来融合)，2回合后召唤(电子终结龙)。约翰使用紫晶猫直接攻击，亮并没有动摇，更召唤出了(暗黑电子龙)。

马丁以腐尸学生作为人质威胁十代决斗。十代和马丁决斗了。十代在警戒马丁的三幻魔的情况下开始了决斗。马丁召唤了攻击力0的(混沌之核)并放置了1张卡就结束了回合。十代一口气召唤了E·HERO。另一方面，约翰和奥布赖恩在收有虹龙的密封舱落下的沙漠探索……

十代和得到了虹龙回来的约翰交换，继续和马丁决斗。不介意不利条件的马丁召唤出了（幻魔皇 拉比艾尔)、(降雷皇 哈蒙)、(神炎皇 尤利亚)。约翰作为对抗，把自己场上·墓地的宝玉兽集齐，召唤出了虹龙。三幻魔VS虹龙，胜利将偏向哪一方……

借助虹龙的力量十代一群人平安地回到了现实世界。但是，却发现约翰没有回来。知道这次的事件的元凶是青年的卡的十代觉得自己有责任，于是乎回去找约翰。另一方面明日香从鲛岛校长的口中得知青年的卡和十代的关系。同时，三泽和博士感觉到决斗校园再次出现了异变。

为了找回约翰，十代从决斗校园出现的回荡再次回到了异次元的世界。但是，回到的世界和以前的不一样了。为了救出约翰而单独行动的十代，在地下迷宫迷路了。察觉了十代不见了的奥布赖恩和三泽也出现在地下迷宫中。タニヤ出现在地下迷宫合流了的十代他们面前，一起走出迷宫。在离开时遭遇了守护地下迷宫的鸟人，十代和之决斗。这个世界的决斗是真正的赌上生死的决斗。

从地下迷宫脱出，十代他们从出口的门到了下一个世界。那个世界是由像欧洲中世纪风格的石道和石建筑组成的。但是，镇上面没有人，像是被什么人袭击过一样荒废着。那个时候，一个叫做カイル的少年被暗黑界的斥候滑车袭击。为了保护少年十代决斗了。十代VS滑车的决斗。滑车召唤出了(恶魔士兵)，而十代则召唤闪电巨人进行连续攻击。明日香对十代充满气魄的决斗感到惊讶。

得到据说有人看到约翰的情报，十代一个人去了那个地方。留下来的明日香等人不知所措结果也跟着十代一起去。另一方面保护着卡尔的戦士(费雷德)觉得十代前往暗黑界的地方是一个好时机于是乎把居民移到避难所。认为约翰也在避难所的十代，面前等待他的是黑暗界的骑士苏尔。知道这是陷阱的十代接受了挑战。十代把新生侠与光辉青苔人接触融合召唤光辉新生侠攻击卡尔同时魔爪也伸向了跟随十代的明日香他们……

得到了地图和(音速鸭)的十代一个人先去了下个目的地的城堡。另一方面，明日香等人一边不理解十代的先行行动而继续跟随着十代。明日香、万丈目、吹雪、剑山等人遭到黑暗界的狂王罗恩手下武神和军神礼帽的袭击。先行到达的十代进入了城堡。在那里等待的是布隆。十代和布隆的决斗开始了。布隆召唤了黑暗界的猎人兄弟，并发动了永続魔法「邪心経典」。

（续）狂王发动了永续魔法「邪心経典」，并且发动了速攻魔法「邪心教义・怒」让人质中的万丈目变成了光之粒子消失了。如果十代继续攻击的话，作为人质的明日香、剑山、吹雪将会牺牲，十代不能攻击了。被逼进了绝境并且不能攻击。只好把羽翼侠守备表示召唤。狂王发动了永续陷阱（暗黑分裂)，在十代场上召唤了2只(黑暗衍生物)。另一方面，翔得到吉姆和奥布赖恩的帮助逃离了武神、军神的威胁，前往十代那里。

剑山、吹雪、明日香相继变成了光之粒子消失，翔看到十代面对此情况仍然抱着求胜的心态而不顾朋友去决斗的做法开始产生了疑问。之后，打算忘记十代而一个人离开的翔发现了溺水的扰乱黄，并提供了帮助。那个正是万丈目的扰乱黄。从扰乱黄的口中得知万丈目最后情况的翔对十代的疑惑更大了，并且把决斗盘投入了山谷中。就在此时恶魔铲土虫出现在翔和扰乱黄的面前并袭击过了。

吉姆和奥布赖恩寻找失踪的十代。途中他们帮助了被橄榄战斗员袭击的老人和少年。从老人处得知有霸王军狩猎决斗者的事情。吉姆他们暂时前往老人和少年的村子。那个村子也被霸王军袭击了，绝対防御将军巴基迪正守护着村子。从巴基迪处知道了霸王军的情报，吉姆他们前往十代可能所在的霸王城。

霸王的真正身份是……十代。吉姆和奥布赖恩都大吃一惊。吉姆对霸王十代大喊“为什么！”，霸王十代也不给出任何回复。吉姆和奥布赖恩暂时逃离了那个地方。吉姆对奥布赖恩说出了自己右眼失明的秘密。小时候为了救鳄鱼卡莲而失去了右眼。之后右眼装上了当拯救无可替代的朋友时会出现奇迹的(奥利哈钢之眼)。当代表着不吉的红色彗星飞来的时候就是用这只（奥利哈钢之眼）拯救十代的时刻。下定了决心的吉姆向霸王十代提出决斗。

地狱凯撒亮和爱德搜索十代的下落。从葛布林士兵口中打听到霸王十代的事情，前往了霸王城。另一方面，因为霸王十代的强大而感到恐惧的奥布赖恩逃跑了躲入了废墟。奥布赖恩手中仍然拿着吉姆的奥利哈钢之眼。无法战胜恐惧心的奥布赖恩丢下了决斗盘离开了。翔看到了这个样子的奥布赖恩。在森林中出现在彷徨的奥布赖恩面前的是(海神之巫女)与「(舞蹈妖精)。她们问奥布赖恩「你就是挑战霸王的勇者么」。

识破（骷髅主教)的叛变阴谋的奥布赖恩提出了决斗分胜负。奥布赖恩召唤了火山利刃慢慢削弱对方的LP。斯科比发动了仪式魔法·合成魔术，召唤了(人狼)。被人狼的攻击和效果追击至剩下100LP的奥布赖恩召唤了王牌卡「(火山恶魔)，战胜了斯科比。看到了这场决斗的村民都请求奥布赖恩以领导者的身份守护城市。同时，霸王军以城市为目的地进军了。

进入了霸王城的奥布赖恩和霸王十代的决斗开始了。霸王十代发动暗黑融合，召唤(荒野旋风)进行攻击。另一方面奥布赖恩发动永续魔法火炎加农炮-三叉戟式进行对抗，十代召唤(地狱狙击者)继续进行追击。在决斗中，吉姆托付的奥利哈钢之眼发出光辉，映射出了霸王真正的姿态。奥布赖恩开始进行反击。召唤了火山恶魔，追击十代。

经过和奥布赖恩的决斗，霸王十代变回了以前的十代。十代因为霸王身份时的决斗而发起了高烧倒下了。看护中的爱德和亮发现了同样来到了这个次元世界而被怪兽袭击的克罗诺斯教员和艾珂。爱德发现了艾珂掉落的饰品，发现了饰品里面的阿蒙的照片。亮·爱德·克罗诺斯·艾珂他们对话的地方突然起了雾。雾散去后发现到了另一个地方，而「阿蒙」正站在那里。

爱德VS阿蒙。阿蒙的决斗战略是以解放被封印的练习进行手卡补充的战术。爱德注意到了此事发动了限制只能最多4张手卡的(力量之四)。始踪想得到艾克佐迪亚的阿蒙发动了「究极封印解放仪式术」，作为祭品。并且召唤出了究极封印神(究级封印神艾克佐迪奥斯)。艾克佐迪奥斯每次攻击都要把名字带有「封印されし」的卡送去墓地。另一方面爱德也把圆盘人·钻石人·阴湿人作为祭品召唤出了教义人。

十代失去了战败给阿蒙的爱德。失去了继续战斗的气力，只求见到约翰，稍微前进已经竭尽全力。见到这样的十代，亮说“就在这里和我决斗吧”强行要求决斗。十代被逼决斗。但是和平时的样子不一样。面对亮的怒涛的攻击十代也只是敷衍了事的应对。然后亮发现十代已经不能够再使用融合之卡。在不能使用融合的十代面前，(守护者巴奥)出现并提出决斗。

巴奥知道十代不能够再使用「融合」的卡而提出决斗。发动(等级包围网-重力增幅-)，让等级4以下的怪兽不能进行攻击，把十代逼入绝境。这场决斗的进行中三泽和タニヤ(塔尼娅)跟大家会合了，并鼓励十代。十代想尽办法，但是以往的「融合」卡现在无法使用了。另一方面，亮因为地下决斗的影响患了心脏病。在他面前「约翰」出现了。打算给以前超越次元的决斗画上句号的亮向约翰提出了决斗。

亮VS约翰。亮使用电子龙对约翰进行2连打，但约翰也发动陷阱卡彩虹的去向进行攻击封锁。并且，约翰特殊召唤出了究极宝玉神(究级宝玉神 虹黑龙)，向亮进行攻击。被逼入绝境的亮召唤电子镭射龙进行反击，也被虹黑龙的效果破坏和无效。但是亮并没有放弃，展开只顾以破坏虹黑龙为目标的决斗。

和亮的决斗消耗过多体力的约翰暂时在十代面前消失，回到(休伯特)城。但是，在最上层的宝座等待着他的是得到了艾克佐迪亚的阿蒙。为了证明自己才是王，阿蒙对约翰做出了决斗挑战。阿蒙VS约翰的决斗开始了。约翰第一回合就召唤了降雷皇哈蒙，并且发动针对艾克佐迪亚战术的手札団杀。阿蒙召唤了艾克佐迪奥斯对抗。另一方面，十代在看过亮的决斗、并且在三泽的鼓励下，重新下定了决心，前往约翰所在的地方。

继续阿蒙VS约翰的决斗。约翰把三幻魔融合成究极的幻魔(亚米泰勒)，并封住了阿蒙艾克佐迪亚的召唤。但是阿蒙没有被动摇，发动场地魔法(雾之王城)，召唤(雾之王)，反击消灭了亚米泰勒。另一方面，寻找约翰的十代终于到达了休伯特城。在那里他看到的是……

十代终于到达战胜了阿蒙并恢复了体力的约翰面前。为了从附身约翰的休伯特手中救出约翰，相信「决斗之力」并展开了决斗盘。十代VS约翰（休伯特）的决斗。约翰召唤出了(高等宝玉兽 蓝钴鹰)。另一方面，十代抽到了融合的卡。下定决心发动「融合」召唤出了火炎翼人并攻击，但约翰使用（高等黑暗)的效果让攻击无效。

继续十代VS约翰的决斗。约翰召唤了究级宝玉神虹黑龙，破坏了新生侠。十代虽然被逼入绝境，但是不断想着一切办法反击。在决斗中，十代从宝玉兽们口中得知，约翰之魂在虹黑龙中，变回原来的虹龙就能救出约翰。于是，召唤了水之海豚、天空蜂鸟、新生侠，用究极的三重接触融合召唤出(风暴新生侠)。

为了救出约翰，十代用「超融合的卡」把虹龙与新生侠融合，召唤出（彩虹新生侠)。虽然安全地救出约翰，但是「超融合的卡」却落入休伯特手中。然后，最后的胜负，十代和休伯特的决斗。约翰把宝玉兽托付给了十代。另一方面，翔也因为跟着十代来到休伯特这里成为这场决斗的唯一目击者。跟休伯特的决斗终于开始了，休伯特召唤了(纳祭之莲)。

十代VS休伯特决斗继续。休伯特把自己召唤上场。对休伯特的攻击会全部变成对对方玩家的伤害，十代陷入苦战。心意已决的十代让已经在自己心内死去的「霸王十代」苏醒了过来，与休伯特对峙。十代用新空间侠们的力量攻击休伯特，休伯特也用陷阱卡(零洞)、(憎恨破坏光)的效果来对抗。在那决斗中，休伯特念起了咒文。然后……

十代使用约翰托付的宝玉兽卡，召唤了彩虹新生侠，并装备(虹之衣)，向休伯特攻击。另一方面休伯特变为第二形态，发动(魔物玫瑰)防御伤害。再发动(魔法旋风)破坏了虹之衣，对十代进行反击。只剩下很少LP的十代用墓地的(死灵卫士)的效果总算勉强撑了过去。在那一进一退的持续攻防战之中，休伯特终于进化成为了究极形态(休伯特/极度悲哀之龙)。

万丈目、明日香、剑山、翔、吹雪、克罗诺斯、奥布赖恩、吉姆、约翰回到了决斗学园。但是在他们之中没有十代的身影。之后，一周过去了，红宿舍的食堂被挂上了包括与十代一样没回来的三泽、亮和十代3人的照片，看着十代的照片万丈目想起初次和十代决斗时候的事。看着如此深深感概的万丈目，翔坚信十代一定会回来。

十代回到决斗学园后，一个月即将过去了。约翰、奥布赖恩、阿蒙、吉姆回到了各自的学校，翔、万丈目和礼搬去了蓝宿舍，新的学园生活开始了，但十代仍没有踏出红宿舍一步。就在此时，决斗系统突然发生了问题。不出现立体影像的卡开始陆续出现。为了查明原因的万丈目、明日香、还有藤原优介去了电脑室等地方调查。另一方面，十代收到发送者不明送来的手机，并且传来了某个信息。

十代识破了神秘学生「藤原优介」的存在。十代也做出了重大的决定，向鲛岛校长提出了退学的请求。鲛岛校长不接受十代的退学请求并要十代见一些人。那些人正是影丸和斋王。影丸和斋王是感觉到今后校园将会发生危机特地来找十代的。突然，穿着西装的男子出现在3人的面前。

从藤原优介那里帮助了吹雪的是奥布赖恩。奥布赖恩从I2社那里接受了新的任务返回了决斗校园。十代为了解开Darkness之谜和吹雪决斗。吹雪借助Darkness之力召唤了(真红眼黑龙)，并且再用真红眼暗龙作为祭品召唤了(真红眼暗龙)，袭向了十代。

藤原优介的正体是(欧尼斯特/诚实/Honest)。对峙中的十代使用了在灵魂里的休伯特之力，制止住欧尼斯特的攻击。同时十代对现在发生的世界异变一事质问欧尼斯特，欧尼斯特开始慢慢解释。见到那个状况的Darkness的使者(杜鲁门/Truman)、(T先生/Mr.T)企图杀掉十代而发出攻击。那个攻击打伤了欧尼斯特。怒在心头的十代向Mr.T提出决斗。Mr.T第1回合就召唤了「F・G・D」(五神龙)。

剑山等人和2年生们在计划举办能制造回忆的决斗派对。另一方面，明日香正为以后该走哪条路而苦恼。是应该留在学园当儿童教室的讲师还是到海外去留学。就在此时，举办的决斗派对要组成男女配对组合，让毕业生和在校生决斗。就在明日香难以决定谁当拍档时，意想不到的和十代组成了配对组合。

配对决斗的决胜战。十代·明日香和剑山·礼的一战。明日香想好战略，放了覆盖卡。另一方面礼确认到十代和明日香配对的步调不一致，放置了似乎带有某种含意的覆盖卡。而十代虽确认了明日香所说的覆盖卡，但却不理会明日香的想法只顾自己决斗。就在对此情况感到很不高兴的明日香面前礼打开了覆盖卡。那张卡居然是……

突然间，袭击鲛岛校长的人出现了。那个人竟是操纵可以说是和电子流同时创立的流派(念力流)的男子「猪爪诚」。他的目的是为了让念力流成为主流流派，所以来打倒电子流的。打倒了电子流原师范鲛岛的猪爪的下个目标是。。。。电子流继承者「丸藤亮」。这个时候「亮」被安置在决斗学园的疗养所康复中。挑战书从猪爪送到那样的亮面前。并且终于亮和猪爪对峙了。

翔宣言要继承亮的决斗。使用亮卡组的练习很不顺利。十代出现在翔的面前并告诉翔。「一味只是对亮的模仿是不行的。那个卡组是与亮一起战斗了很长日子的，能识穿哪些是模仿亮的人，哪个才是亮。要更加认识卡组的一切，再让它成为你的卡组」。然后翔终于与猪爪开始决斗了。最初，翔像哥哥那样用同样的战术战斗，猪爪也又用同样战术作战着。翔召唤(铠黑龙-电子暗黑龙)的同时猪爪也把(人造人-精神震撼者)特殊召唤了。

万丈目借助哥哥们的力量以成为职业决斗者为目标。但到他手只有不录取的通知。看不过去万丈目那种情况的克罗诺斯带着万丈目去了某个地方。那地方是爱德的游艇。在那克洛诺斯向万丈目提出「请收万丈目为弟子吧」的请求。万丈目成了爱德的弟子，然而他所见的职业决斗者「爱德」的日常远超想象。早上7点的时候响起了很多采访电话。握手会那大排长龙的队伍等等。而最感到吃惊的是与被称为天才的爱德教练那要命般的决斗练习。

因为万丈目犯下的过错，爱德从职业决斗者界引退后不知去向…。另一方面，万丈目被TV导演(迈克)发掘明星时发现，打算利用明星决斗者的宝座这个点子。迈克下次要搞的是「师徒对决！爱德vs万丈目！！」。然而，爱德从职业决斗界引退一事背后另有秘密…。现在，万丈目和爱德的决斗终于开始了。

十代他们的毕业相册终于完成了！但克罗诺斯在看过之后开始了异常的行动。上课时没有任何理由突然地变得很严厉，要人抄写九九乘法表和汉字，还有做俯卧撑…。结果是学生集体罢课，全逃了。此时十代向克罗诺斯提出决斗。十代和克罗诺斯的对决自从入学考试那次以后这是第1次。二人都召唤了和那个时候相同的怪兽。

决斗学园的毕业决斗开始了。很多人提出挑战十代的请求。虽然为2年生但却属蓝宿舍中的实力者·空野向十代发出了挑战。空野第一回合就把(荷露斯之黑炎龙)成长为LV8，使得观众都沸腾了起来。而十代也用EHERO卡组接受了挑战！！就在那时，奥布赖恩感觉到了童实野町的异变。

引发异变的元凶原来是T先生。奥布赖恩和T先生的决斗开始了。奥布赖恩很慎重地决斗，但在谜之怪兽(暗黑读心眼)之眼睁开时，奥布赖恩受到了幻觉的袭击！

大量的T先生出现、并包围了十代。已经无路可逃的十代面前出现的是……斋王。斋王告诉了从T先生手中逃脱的十代重要的情报。那就是T先生的目标是决斗学园这件事情。不让十代去学园的斋王突然提出了决斗。无奈之下只好应战的十代被摘王用(愚者)和(死者之巡游)组合的战术封锁了怪兽的召唤、陷入了困境。

卡组被(愚者之种莳)不断削卡、十代被逼入困境。此时传来了羽翼栗子球的声音、勉强应战的十代由于（暗之支配者)的正位置效果在战斗流程中被攻击2次。只剩下13张卡片了、处于绝境的十代听到了美寿知"请救救斋王"的求助。意识到要撑救斋王就必须打倒斋王的十代下定决心与斋王正面对决。

结束与斋王的战斗，打算赶回决斗学园的十代面前出现的是T先生。另一方面，T先生的魔爪伸向决斗学园，变成空野样子的T先生和剑山展开着决斗。十代和T先生决斗，但T先生不知为何使用的竟是约翰以外的人不可能拥有的宝玉兽卡组。想到连约翰也已落入T先生手中的十代抱着必死的决心迎战宝玉兽。

在决斗学园，T先生变成的空野不断地袭击学生将其引导去达克尼斯的世界。学园只剩下吹雪、万丈目、明日香、纯子和百惠。T先生终于也出现在他们面前并展开袭击。T先生打倒的学生都被拉进达克尼斯的世界。还留在世上的人失去被消去学生的记忆。万丈目、明日香输给T先生，最终失去了他们记忆的吹雪一人彷徨于谁都不存在的学园中。在那吹雪面前，达克尼斯出现了。

达克尼斯的正体是藤原优介。藤原向吹雪说明了达克尼斯的世界是多么美好，但吹雪始终反对那个说法。藤原发动场地魔法(净界)，给与吹雪负影响。同时，召唤了上级(净怪兽)的(净恶龙)。这是能变成对方怪兽攻击力2倍的攻击力的怪兽。吹雪被逼进困境。藤原更进一步给那样的吹雪看到了万丈目、明日香、翔他们的内心黑暗。

十代和约翰组队，与藤原开始决斗。藤原用场地魔法「净界」，发动负影响。藤原更用(净怒巨人)和(净之幻影)的组合对十代展开攻击。但在约翰的帮助下十代成功逃出困境。悟出如不斩断十代约翰的羁绊就难以获胜的藤原窥探约翰的心，探索内心黑暗。

十代·约翰VS藤原 后编。藤原利用约翰的内心黑暗企图破坏十代和约翰的坚固羁绊失败。因2人的羁绊而勃然大怒的藤原发动了属性重力和属性変化。藤原陆续放出的二个业，让约翰和十代双方怪兽间互相攻击。但，就在藤原面前欧尼斯特出现，开始说起藤原悲哀的过去。

十代成功从藤原身上把达克尼斯分离出来。可是，世界被日全食的黑暗包围了。终于从那黑暗之中，真·达克尼斯现身了。达克尼斯告诉十代，是决斗者内心的黑暗创造了达克尼斯的世界。为了从达克尼斯的世界救出大家，十代向达克尼斯挑战！面对发动了恐怖组合「虚无与无限」的达克尼斯这十代会……

十代把新生侠和休伯特融合，召唤(新生大贤者)，攻击达克尼斯。然而，脸上还是一脸绰绰有余般笑容的达克尼斯，复活(暗之眼)，再度发动「虚无与无限」的组合。一进一退的攻防战进展中，达克尼斯说出了冲击性的现实。那就是达克尼斯本身将会就是人类未来的样子。十代赌上人类的命运而战。

十代进行究极接触融合召唤了(神・新生侠)终于打赢了达克尼斯。世界恢复原样，十代和翔他们迎来了一个圆满的毕业礼。那天晚上举办了谢师宴，但现场却不见十代的踪影。收拾好行李准备去旅行的十代面前，羽翼栗子球出现并引导他前往某个地方。

游城十代VS武藤游戏！在羽翼栗子球的引导下，十代穿越来到武藤游戏还是十几岁的时代，和持有神之卡的游戏的真正的毕业决斗进行着，那时十代找回了3年来持续的战斗中失去的重要之物。十代召唤出了“新生侠”，游戏也召唤出了“黑魔术师”，激烈的决斗开始了！最后的结果到底会……